MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Lactobacillus reuteri SD2112 plasmid pLR584

Total Repeats: 218

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015701	ACC	2	6	373	378	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338204607
2	NC_015701	CTA	2	6	437	442	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204607
3	NC_015701	AAC	2	6	443	448	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338204607
4	NC_015701	TGA	2	6	492	497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204607
5	NC_015701	ATC	2	6	611	616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204607
6	NC_015701	GAG	2	6	623	628	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	338204607
7	NC_015701	TTG	2	6	698	703	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338204607
8	NC_015701	AAC	2	6	721	726	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338204608
9	NC_015701	AAT	2	6	783	788	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338204608
10	NC_015701	ATG	3	9	889	897	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204608
11	NC_015701	AGA	2	6	907	912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338204608
12	NC_015701	TGA	2	6	1201	1206	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204608
13	NC_015701	GTT	2	6	1904	1909	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338204609
14	NC_015701	CTT	2	6	2049	2054	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338204609
15	NC_015701	AGT	2	6	2138	2143	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204609
16	NC_015701	TTC	2	6	2175	2180	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338204609
17	NC_015701	TAA	2	6	2220	2225	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338204609
18	NC_015701	GTT	2	6	2246	2251	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338204609
19	NC_015701	ATC	2	6	2448	2453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204609
20	NC_015701	GTG	2	6	2469	2474	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338204609
21	NC_015701	CCT	2	6	2542	2547	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	338204609
22	NC_015701	TCA	2	6	2638	2643	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204609
23	NC_015701	ATC	2	6	2665	2670	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204609
24	NC_015701	CTA	2	6	2747	2752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204609
25	NC_015701	CGT	2	6	2765	2770	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338204609
26	NC_015701	TAT	2	6	2801	2806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204609
27	NC_015701	TTG	2	6	2853	2858	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338204609
28	NC_015701	CCA	2	6	2870	2875	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338204609
29	NC_015701	CCA	2	6	2902	2907	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338204609
30	NC_015701	CTG	2	6	3038	3043	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338204609
31	NC_015701	TAC	2	6	3149	3154	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204609
32	NC_015701	TTG	2	6	3207	3212	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338204609
33	NC_015701	CAT	2	6	3929	3934	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204610
34	NC_015701	ATC	2	6	3939	3944	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204610
35	NC_015701	CAA	2	6	3948	3953	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338204610
36	NC_015701	TCT	2	6	4069	4074	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338204610
37	NC_015701	AGT	2	6	4796	4801	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204611
38	NC_015701	CAA	2	6	4937	4942	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338204611
39	NC_015701	CAT	2	6	5107	5112	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204611
40	NC_015701	TAC	2	6	5343	5348	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204611
41	NC_015701	ATT	2	6	5374	5379	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204611
42	NC_015701	TCA	2	6	5389	5394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204611
43	NC_015701	GAC	2	6	5428	5433	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338204611
44	NC_015701	ACT	2	6	5556	5561	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204611
45	NC_015701	ACT	2	6	6910	6915	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204612
46	NC_015701	TAC	2	6	7004	7009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204612
47	NC_015701	GAA	2	6	7010	7015	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338204612
48	NC_015701	GCA	2	6	7026	7031	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338204612
49	NC_015701	ATG	2	6	7060	7065	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204612
50	NC_015701	GAA	2	6	7078	7083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338204612
51	NC_015701	TCT	2	6	7125	7130	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338204612
52	NC_015701	AGA	2	6	7140	7145	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338204612
53	NC_015701	AAC	2	6	7277	7282	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338204612
54	NC_015701	TCA	2	6	7310	7315	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204612
55	NC_015701	ACC	2	6	7326	7331	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338204612
56	NC_015701	CTA	2	6	7367	7372	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204612
57	NC_015701	AAT	2	6	7456	7461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338204612
58	NC_015701	ATT	2	6	7483	7488	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204612
59	NC_015701	AAT	2	6	7513	7518	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338204612
60	NC_015701	CGA	2	6	7566	7571	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338204612
61	NC_015701	ATT	2	6	7588	7593	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204612
62	NC_015701	ATT	2	6	7711	7716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204612
63	NC_015701	AAG	2	6	7781	7786	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338204613
64	NC_015701	GCA	2	6	7886	7891	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338204613
65	NC_015701	TTA	2	6	7950	7955	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204613
66	NC_015701	ATG	2	6	8062	8067	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204613
67	NC_015701	AGT	2	6	8258	8263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204614
68	NC_015701	TTG	2	6	8306	8311	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338204614
69	NC_015701	CAT	2	6	8399	8404	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204614
70	NC_015701	ATA	2	6	8441	8446	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338204614
71	NC_015701	TCG	2	6	8481	8486	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338204614
72	NC_015701	TCG	2	6	8517	8522	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338204614
73	NC_015701	CAT	2	6	8668	8673	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204614
74	NC_015701	ATT	2	6	8738	8743	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204614
75	NC_015701	ATG	2	6	8925	8930	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204615
76	NC_015701	TTC	2	6	8968	8973	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338204615
77	NC_015701	TTA	2	6	9028	9033	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204615
78	NC_015701	TTG	2	6	9072	9077	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338204615
79	NC_015701	CAA	2	6	9080	9085	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338204615
80	NC_015701	TTA	2	6	9088	9093	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204615
81	NC_015701	ACA	2	6	9123	9128	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338204615
82	NC_015701	TGA	2	6	9224	9229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204615
83	NC_015701	TGT	2	6	9254	9259	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338204615
84	NC_015701	GAT	2	6	9309	9314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204615
85	NC_015701	AAG	2	6	9322	9327	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338204615
86	NC_015701	TGA	2	6	9335	9340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204615
87	NC_015701	TGA	2	6	9455	9460	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204615
88	NC_015701	AAT	2	6	9486	9491	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338204615
89	NC_015701	GAT	2	6	9693	9698	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204615
90	NC_015701	ATT	2	6	9755	9760	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204615
91	NC_015701	TAA	2	6	9788	9793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338204615
92	NC_015701	CAA	2	6	9878	9883	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338204615
93	NC_015701	ATT	2	6	9901	9906	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204615
94	NC_015701	CTT	2	6	9943	9948	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338204615
95	NC_015701	ATT	2	6	10099	10104	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204615
96	NC_015701	GAT	2	6	10164	10169	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204615
97	NC_015701	CTA	2	6	10213	10218	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204615
98	NC_015701	TAT	2	6	10227	10232	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204615
99	NC_015701	AGG	2	6	10337	10342	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	338204615
100	NC_015701	ATT	2	6	10376	10381	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204615
101	NC_015701	ATT	2	6	10389	10394	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204615
102	NC_015701	TAA	2	6	10406	10411	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338204615
103	NC_015701	AAT	2	6	10539	10544	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338204615
104	NC_015701	TGA	2	6	10850	10855	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204615
105	NC_015701	GAA	2	6	10958	10963	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338204616
106	NC_015701	ATC	2	6	11020	11025	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204616
107	NC_015701	TAA	2	6	11053	11058	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338204616
108	NC_015701	CTT	2	6	11239	11244	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338204616
109	NC_015701	CTG	2	6	11262	11267	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338204616
110	NC_015701	ACA	2	6	11322	11327	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338204616
111	NC_015701	CAA	2	6	11429	11434	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338204616
112	NC_015701	CGA	2	6	11515	11520	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338204616
113	NC_015701	CAC	2	6	11525	11530	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338204616
114	NC_015701	TGA	2	6	11593	11598	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204616
115	NC_015701	AAC	2	6	11625	11630	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338204616
116	NC_015701	ATG	2	6	11727	11732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204616
117	NC_015701	ATA	2	6	11766	11771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338204616
118	NC_015701	TGA	2	6	11773	11778	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204616
119	NC_015701	CAG	2	6	11940	11945	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338204616
120	NC_015701	CAA	2	6	11954	11959	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338204616
121	NC_015701	TGA	2	6	12121	12126	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204616
122	NC_015701	AAG	2	6	12139	12144	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338204616
123	NC_015701	GTG	2	6	12306	12311	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338204616
124	NC_015701	AAG	2	6	12341	12346	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338204616
125	NC_015701	TGA	2	6	12364	12369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204616
126	NC_015701	TAC	2	6	12404	12409	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204616
127	NC_015701	AAG	2	6	12530	12535	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338204616
128	NC_015701	TAA	2	6	12568	12573	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338204616
129	NC_015701	AAC	2	6	12634	12639	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338204616
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.