MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Lactobacillus reuteri SD2112 plasmid pLR581

Total Repeats: 165

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015700	TAA	2	6	13	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015700	CTG	2	6	230	235	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202320
3	NC_015700	ATC	2	6	305	310	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202320
4	NC_015700	TAA	2	6	325	330	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202320
5	NC_015700	TCA	2	6	354	359	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202320
6	NC_015700	CTT	2	6	455	460	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202320
7	NC_015700	CAT	2	6	542	547	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202320
8	NC_015700	CTT	2	6	556	561	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_015700	TAT	2	6	584	589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202321
10	NC_015700	TTG	2	6	681	686	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202321
11	NC_015700	GTT	2	6	779	784	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202321
12	NC_015700	AGT	2	6	834	839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202321
13	NC_015700	ATT	2	6	863	868	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202322
14	NC_015700	TAA	2	6	965	970	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202322
15	NC_015700	GTT	2	6	1007	1012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202322
16	NC_015700	ATT	2	6	1014	1019	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202322
17	NC_015700	TTC	2	6	1048	1053	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202322
18	NC_015700	TAA	2	6	1125	1130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202322
19	NC_015700	AAC	2	6	1276	1281	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_015700	AGC	2	6	1464	1469	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202323
21	NC_015700	TTG	2	6	1664	1669	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202323
22	NC_015700	TAA	2	6	1814	1819	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202323
23	NC_015700	CGG	2	6	1872	1877	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202323
24	NC_015700	GTT	2	6	1951	1956	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202323
25	NC_015700	TTA	2	6	2043	2048	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015700	GTT	2	6	2137	2142	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015700	GGA	2	6	2150	2155	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015700	AAT	2	6	2164	2169	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015700	CCG	2	6	2214	2219	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202324
30	NC_015700	TAA	2	6	2283	2288	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202324
31	NC_015700	GAT	2	6	2334	2339	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202324
32	NC_015700	ATA	2	6	2343	2348	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202324
33	NC_015700	AAG	2	6	2427	2432	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015700	TGT	2	6	2452	2457	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015700	TCT	2	6	2571	2576	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202325
36	NC_015700	GGC	2	6	2601	2606	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202325
37	NC_015700	CGG	2	6	2615	2620	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202325
38	NC_015700	TGG	2	6	2790	2795	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202325
39	NC_015700	CAT	2	6	2811	2816	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202325
40	NC_015700	CAG	2	6	2875	2880	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202325
41	NC_015700	CCG	2	6	2940	2945	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202325
42	NC_015700	TAA	2	6	2963	2968	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202325
43	NC_015700	GTG	2	6	3129	3134	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202325
44	NC_015700	GGC	2	6	3170	3175	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202325
45	NC_015700	AAC	2	6	3286	3291	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202325
46	NC_015700	CAG	2	6	3397	3402	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202325
47	NC_015700	GCA	2	6	3444	3449	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202325
48	NC_015700	CGC	2	6	3689	3694	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202325
49	NC_015700	GCG	2	6	3740	3745	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202325
50	NC_015700	ATA	2	6	3829	3834	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202325
51	NC_015700	CGC	2	6	3863	3868	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202325
52	NC_015700	TCC	2	6	3872	3877	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	338202325
53	NC_015700	AAT	2	6	3926	3931	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202325
54	NC_015700	TCC	2	6	3980	3985	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	338202325
55	NC_015700	TGA	2	6	4020	4025	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202325
56	NC_015700	CGG	2	6	4032	4037	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202325
57	NC_015700	TTG	2	6	4097	4102	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202325
58	NC_015700	GTC	2	6	4430	4435	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202325
59	NC_015700	ATT	2	6	4472	4477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202325
60	NC_015700	TCC	2	6	4490	4495	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_015700	CAG	2	6	4526	4531	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_015700	GAT	2	6	4553	4558	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015700	TTC	2	6	4823	4828	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_015700	CTG	2	6	4884	4889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_015700	GTG	2	6	4928	4933	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015700	CCG	2	6	5002	5007	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_015700	ACT	2	6	5165	5170	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202326
68	NC_015700	CAT	2	6	5178	5183	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202326
69	NC_015700	GTT	2	6	5216	5221	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202326
70	NC_015700	GTT	2	6	5361	5366	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202326
71	NC_015700	TTG	2	6	5377	5382	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202326
72	NC_015700	ATT	2	6	5401	5406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202326
73	NC_015700	ATA	2	6	5431	5436	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015700	ATA	2	6	5459	5464	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015700	TCT	2	6	5549	5554	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202327
76	NC_015700	TAA	3	9	5926	5934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202328
77	NC_015700	AGT	2	6	5939	5944	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202328
78	NC_015700	CTT	2	6	5978	5983	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202328
79	NC_015700	ATG	2	6	6023	6028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202328
80	NC_015700	CAC	2	6	6085	6090	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202328
81	NC_015700	TAT	2	6	6180	6185	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015700	TCA	2	6	6283	6288	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202329
83	NC_015700	CGC	2	6	6410	6415	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202329
84	NC_015700	ATC	2	6	6677	6682	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202331
85	NC_015700	GTT	2	6	6778	6783	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202331
86	NC_015700	GCA	2	6	6788	6793	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202331
87	NC_015700	TAA	2	6	6855	6860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202331
88	NC_015700	TAA	2	6	6883	6888	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202331
89	NC_015700	ACT	2	6	6956	6961	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202331
90	NC_015700	TAA	2	6	7044	7049	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202331
91	NC_015700	AAT	2	6	7207	7212	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202331
92	NC_015700	CTA	2	6	7233	7238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202331
93	NC_015700	CTG	2	6	7242	7247	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202331
94	NC_015700	ATT	2	6	7255	7260	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202331
95	NC_015700	CTT	2	6	7429	7434	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202331
96	NC_015700	TGG	2	6	7480	7485	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202331
97	NC_015700	CGT	2	6	7525	7530	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202331
98	NC_015700	TAG	2	6	7665	7670	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202331
99	NC_015700	CTC	2	6	7671	7676	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	338202331
100	NC_015700	TAA	2	6	7790	7795	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202332
101	NC_015700	AAT	2	6	7823	7828	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202332
102	NC_015700	CTC	2	6	7863	7868	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	338202332
103	NC_015700	AGT	2	6	8099	8104	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015700	TAA	2	6	8158	8163	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015700	TTA	2	6	8164	8169	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015700	GAA	2	6	8254	8259	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015700	ATG	2	6	8270	8275	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202333
108	NC_015700	GAA	2	6	8276	8281	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202333
109	NC_015700	ATT	2	6	8303	8308	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202333
110	NC_015700	GAA	2	6	8392	8397	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202333
111	NC_015700	AGA	2	6	8458	8463	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202333
112	NC_015700	ATG	2	6	8499	8504	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202333
113	NC_015700	AAC	2	6	8556	8561	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202333
114	NC_015700	ATC	2	6	8725	8730	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202333
115	NC_015700	GTG	2	6	8806	8811	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202333
116	NC_015700	TGT	2	6	8841	8846	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202334
117	NC_015700	TCA	3	9	9010	9018	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202334
118	NC_015700	TAA	2	6	9166	9171	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202334
119	NC_015700	CAA	2	6	9239	9244	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202334
120	NC_015700	TTC	2	6	9364	9369	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202334
121	NC_015700	AAT	2	6	9396	9401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202334
122	NC_015700	TGT	2	6	9489	9494	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202334
123	NC_015700	AAT	2	6	9539	9544	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202334
124	NC_015700	AAC	2	6	9594	9599	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202334
125	NC_015700	ATC	2	6	9646	9651	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202334
126	NC_015700	TAA	3	9	9829	9837	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015700	TTA	2	6	9940	9945	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202335
128	NC_015700	TGT	2	6	9947	9952	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
129	NC_015700	ATT	2	6	10029	10034	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202335
130	NC_015700	GTT	2	6	10138	10143	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
131	NC_015700	TGT	2	6	10155	10160	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
132	NC_015700	GTT	2	6	10250	10255	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
133	NC_015700	ATG	2	6	10307	10312	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202335
134	NC_015700	GGT	2	6	10425	10430	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202335
135	NC_015700	TTG	2	6	10434	10439	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
136	NC_015700	GTA	2	6	10465	10470	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202335
137	NC_015700	AGT	2	6	10476	10481	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202335
138	NC_015700	CTT	2	6	10550	10555	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202335
139	NC_015700	GTT	2	6	10623	10628	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
140	NC_015700	GGC	2	6	10662	10667	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202335
141	NC_015700	GCT	2	6	10688	10693	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202335
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151	NC_015700	TGG	2	6	11414	11419	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202335
152	NC_015700	AAT	2	6	11438	11443	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202335
153	NC_015700	TTG	2	6	11460	11465	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
154	NC_015700	ATT	2	6	11469	11474	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202335
155	NC_015700	TTG	2	6	11494	11499	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
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157	NC_015700	GTA	2	6	11611	11616	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202335
158	NC_015700	TTC	2	6	11631	11636	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202335
159	NC_015700	TTG	2	6	11661	11666	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
160	NC_015700	TGC	2	6	11844	11849	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202335
161	NC_015700	GTT	2	6	11992	11997	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
162	NC_015700	ATC	2	6	12021	12026	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202335
163	NC_015700	CAT	2	6	12049	12054	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
164	NC_015700	TAA	2	6	12069	12074	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_015700	CTG	2	6	12145	12150	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.