MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Lactobacillus reuteri SD2112 plasmid pLR581

Total Repeats: 138

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015700	CTG	2	6	230	235	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202320
2	NC_015700	ATC	2	6	305	310	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202320
3	NC_015700	TAA	2	6	325	330	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202320
4	NC_015700	TCA	2	6	354	359	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202320
5	NC_015700	CTT	2	6	455	460	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202320
6	NC_015700	CAT	2	6	542	547	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202320
7	NC_015700	TAT	2	6	584	589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202321
8	NC_015700	TTG	2	6	681	686	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202321
9	NC_015700	GTT	2	6	779	784	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202321
10	NC_015700	AGT	2	6	834	839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202321
11	NC_015700	ATT	2	6	863	868	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202322
12	NC_015700	TAA	2	6	965	970	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202322
13	NC_015700	GTT	2	6	1007	1012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202322
14	NC_015700	ATT	2	6	1014	1019	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202322
15	NC_015700	TTC	2	6	1048	1053	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202322
16	NC_015700	TAA	2	6	1125	1130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202322
17	NC_015700	AGC	2	6	1464	1469	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202323
18	NC_015700	TTG	2	6	1664	1669	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202323
19	NC_015700	TAA	2	6	1814	1819	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202323
20	NC_015700	CGG	2	6	1872	1877	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202323
21	NC_015700	GTT	2	6	1951	1956	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202323
22	NC_015700	CCG	2	6	2214	2219	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202324
23	NC_015700	TAA	2	6	2283	2288	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202324
24	NC_015700	GAT	2	6	2334	2339	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202324
25	NC_015700	ATA	2	6	2343	2348	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202324
26	NC_015700	TCT	2	6	2571	2576	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202325
27	NC_015700	GGC	2	6	2601	2606	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202325
28	NC_015700	CGG	2	6	2615	2620	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202325
29	NC_015700	TGG	2	6	2790	2795	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202325
30	NC_015700	CAT	2	6	2811	2816	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202325
31	NC_015700	CAG	2	6	2875	2880	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202325
32	NC_015700	CCG	2	6	2940	2945	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202325
33	NC_015700	TAA	2	6	2963	2968	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202325
34	NC_015700	GTG	2	6	3129	3134	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202325
35	NC_015700	GGC	2	6	3170	3175	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202325
36	NC_015700	AAC	2	6	3286	3291	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202325
37	NC_015700	CAG	2	6	3397	3402	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202325
38	NC_015700	GCA	2	6	3444	3449	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202325
39	NC_015700	CGC	2	6	3689	3694	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202325
40	NC_015700	GCG	2	6	3740	3745	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202325
41	NC_015700	ATA	2	6	3829	3834	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202325
42	NC_015700	CGC	2	6	3863	3868	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202325
43	NC_015700	TCC	2	6	3872	3877	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	338202325
44	NC_015700	AAT	2	6	3926	3931	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202325
45	NC_015700	TCC	2	6	3980	3985	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	338202325
46	NC_015700	TGA	2	6	4020	4025	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202325
47	NC_015700	CGG	2	6	4032	4037	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202325
48	NC_015700	TTG	2	6	4097	4102	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202325
49	NC_015700	GTC	2	6	4430	4435	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202325
50	NC_015700	ATT	2	6	4472	4477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202325
51	NC_015700	ACT	2	6	5165	5170	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202326
52	NC_015700	CAT	2	6	5178	5183	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202326
53	NC_015700	GTT	2	6	5216	5221	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202326
54	NC_015700	GTT	2	6	5361	5366	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202326
55	NC_015700	TTG	2	6	5377	5382	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202326
56	NC_015700	ATT	2	6	5401	5406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202326
57	NC_015700	TCT	2	6	5549	5554	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202327
58	NC_015700	TAA	3	9	5926	5934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202328
59	NC_015700	AGT	2	6	5939	5944	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202328
60	NC_015700	CTT	2	6	5978	5983	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202328
61	NC_015700	ATG	2	6	6023	6028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202328
62	NC_015700	CAC	2	6	6085	6090	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202328
63	NC_015700	TCA	2	6	6283	6288	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202329
64	NC_015700	CGC	2	6	6410	6415	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202329
65	NC_015700	ATC	2	6	6677	6682	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202331
66	NC_015700	GTT	2	6	6778	6783	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202331
67	NC_015700	GCA	2	6	6788	6793	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202331
68	NC_015700	TAA	2	6	6855	6860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202331
69	NC_015700	TAA	2	6	6883	6888	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202331
70	NC_015700	ACT	2	6	6956	6961	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202331
71	NC_015700	TAA	2	6	7044	7049	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202331
72	NC_015700	AAT	2	6	7207	7212	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202331
73	NC_015700	CTA	2	6	7233	7238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202331
74	NC_015700	CTG	2	6	7242	7247	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202331
75	NC_015700	ATT	2	6	7255	7260	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202331
76	NC_015700	CTT	2	6	7429	7434	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202331
77	NC_015700	TGG	2	6	7480	7485	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202331
78	NC_015700	CGT	2	6	7525	7530	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202331
79	NC_015700	TAG	2	6	7665	7670	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202331
80	NC_015700	CTC	2	6	7671	7676	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	338202331
81	NC_015700	TAA	2	6	7790	7795	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202332
82	NC_015700	AAT	2	6	7823	7828	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202332
83	NC_015700	CTC	2	6	7863	7868	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	338202332
84	NC_015700	ATG	2	6	8270	8275	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202333
85	NC_015700	GAA	2	6	8276	8281	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202333
86	NC_015700	ATT	2	6	8303	8308	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202333
87	NC_015700	GAA	2	6	8392	8397	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202333
88	NC_015700	AGA	2	6	8458	8463	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202333
89	NC_015700	ATG	2	6	8499	8504	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202333
90	NC_015700	AAC	2	6	8556	8561	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202333
91	NC_015700	ATC	2	6	8725	8730	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202333
92	NC_015700	GTG	2	6	8806	8811	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202333
93	NC_015700	TGT	2	6	8841	8846	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202334
94	NC_015700	TCA	3	9	9010	9018	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202334
95	NC_015700	TAA	2	6	9166	9171	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202334
96	NC_015700	CAA	2	6	9239	9244	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202334
97	NC_015700	TTC	2	6	9364	9369	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202334
98	NC_015700	AAT	2	6	9396	9401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202334
99	NC_015700	TGT	2	6	9489	9494	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202334
100	NC_015700	AAT	2	6	9539	9544	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202334
101	NC_015700	AAC	2	6	9594	9599	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202334
102	NC_015700	ATC	2	6	9646	9651	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202334
103	NC_015700	TTA	2	6	9940	9945	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202335
104	NC_015700	TGT	2	6	9947	9952	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
105	NC_015700	ATT	2	6	10029	10034	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202335
106	NC_015700	GTT	2	6	10138	10143	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
107	NC_015700	TGT	2	6	10155	10160	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
108	NC_015700	GTT	2	6	10250	10255	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
109	NC_015700	ATG	2	6	10307	10312	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202335
110	NC_015700	GGT	2	6	10425	10430	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202335
111	NC_015700	TTG	2	6	10434	10439	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
112	NC_015700	GTA	2	6	10465	10470	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202335
113	NC_015700	AGT	2	6	10476	10481	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202335
114	NC_015700	CTT	2	6	10550	10555	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202335
115	NC_015700	GTT	2	6	10623	10628	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
116	NC_015700	GGC	2	6	10662	10667	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202335
117	NC_015700	GCT	2	6	10688	10693	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202335
118	NC_015700	TTC	2	6	10701	10706	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202335
119	NC_015700	TGC	2	6	10741	10746	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202335
120	NC_015700	GTT	3	9	10760	10768	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
121	NC_015700	CAG	2	6	10790	10795	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202335
122	NC_015700	TTG	2	6	10836	10841	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
123	NC_015700	AGC	2	6	10863	10868	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202335
124	NC_015700	TGG	2	6	10940	10945	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202335
125	NC_015700	CAT	2	6	10997	11002	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202335
126	NC_015700	TGG	2	6	11056	11061	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202335
127	NC_015700	TGG	2	6	11414	11419	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202335
128	NC_015700	AAT	2	6	11438	11443	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202335
129	NC_015700	TTG	2	6	11460	11465	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
130	NC_015700	ATT	2	6	11469	11474	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202335
131	NC_015700	TTG	2	6	11494	11499	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
132	NC_015700	TAG	2	6	11501	11506	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202335
133	NC_015700	GTA	2	6	11611	11616	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202335
134	NC_015700	TTC	2	6	11631	11636	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202335
135	NC_015700	TTG	2	6	11661	11666	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
136	NC_015700	TGC	2	6	11844	11849	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202335
137	NC_015700	GTT	2	6	11992	11997	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202335
138	NC_015700	ATC	2	6	12021	12026	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202335

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.