MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Lactobacillus reuteri SD2112 plasmid pLR585

Total Repeats: 196

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015698	TGG	2	6	153	158	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015698	ATA	2	6	253	258	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015698	AAT	2	6	291	296	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015698	AGG	2	6	383	388	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015698	ACA	2	6	401	406	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202337
6	NC_015698	TAT	2	6	409	414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202337
7	NC_015698	TTA	2	6	557	562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202337
8	NC_015698	GGC	2	6	572	577	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202337
9	NC_015698	GAT	2	6	611	616	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202337
10	NC_015698	GCG	2	6	617	622	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202337
11	NC_015698	GGC	2	6	680	685	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202337
12	NC_015698	GCC	2	6	717	722	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202337
13	NC_015698	GAA	2	6	772	777	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202337
14	NC_015698	TGC	2	6	826	831	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202337
15	NC_015698	TGA	2	6	862	867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202337
16	NC_015698	AAG	2	6	912	917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202337
17	NC_015698	TGC	2	6	948	953	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202337
18	NC_015698	ATC	2	6	1004	1009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202337
19	NC_015698	CAC	2	6	1081	1086	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202337
20	NC_015698	CAT	2	6	1198	1203	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202337
21	NC_015698	GCC	2	6	1214	1219	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202337
22	NC_015698	CGC	2	6	1245	1250	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202337
23	NC_015698	TTA	2	6	1276	1281	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202337
24	NC_015698	ATG	2	6	1395	1400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202338
25	NC_015698	GTG	2	6	1408	1413	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202338
26	NC_015698	TGC	2	6	1474	1479	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202338
27	NC_015698	GGC	2	6	1493	1498	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202338
28	NC_015698	GTC	2	6	1563	1568	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202338
29	NC_015698	ATT	2	6	1575	1580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202338
30	NC_015698	TGA	2	6	1606	1611	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202338
31	NC_015698	AAG	2	6	1630	1635	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202338
32	NC_015698	CCG	2	6	1693	1698	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202338
33	NC_015698	GGT	2	6	1773	1778	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202338
34	NC_015698	AAC	2	6	2016	2021	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202338
35	NC_015698	CCA	2	6	2074	2079	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202338
36	NC_015698	ATT	2	6	2112	2117	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202338
37	NC_015698	ATT	2	6	2195	2200	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202338
38	NC_015698	GGT	2	6	2206	2211	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202338
39	NC_015698	GTG	2	6	2223	2228	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202338
40	NC_015698	GGC	2	6	2232	2237	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202338
41	NC_015698	CGG	2	6	2255	2260	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202338
42	NC_015698	TCG	2	6	2377	2382	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202338
43	NC_015698	CTG	2	6	2395	2400	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202338
44	NC_015698	CTA	2	6	2498	2503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202338
45	NC_015698	CTG	2	6	2514	2519	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202338
46	NC_015698	CTG	2	6	2539	2544	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202338
47	NC_015698	GCT	2	6	2546	2551	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202338
48	NC_015698	TTC	2	6	2559	2564	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202338
49	NC_015698	GTT	2	6	2850	2855	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202338
50	NC_015698	TAT	2	6	2866	2871	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202338
51	NC_015698	TGT	2	6	2923	2928	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202339
52	NC_015698	TCA	2	6	2994	2999	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202339
53	NC_015698	ATT	2	6	3057	3062	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202339
54	NC_015698	ATC	2	6	3108	3113	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202339
55	NC_015698	TGA	2	6	3234	3239	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202339
56	NC_015698	ACA	2	6	3283	3288	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202339
57	NC_015698	GCA	2	6	3292	3297	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202339
58	NC_015698	AAC	2	6	3301	3306	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202339
59	NC_015698	TCG	2	6	3361	3366	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202339
60	NC_015698	CAA	2	6	3419	3424	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202339
61	NC_015698	CGG	2	6	3426	3431	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202339
62	NC_015698	CAC	2	6	3433	3438	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202339
63	NC_015698	ATT	2	6	3755	3760	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202340
64	NC_015698	AAC	2	6	3873	3878	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202340
65	NC_015698	TGA	2	6	3985	3990	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202340
66	NC_015698	ATT	2	6	3999	4004	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202340
67	NC_015698	CAA	2	6	4059	4064	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202340
68	NC_015698	GAT	2	6	4125	4130	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202340
69	NC_015698	ATA	2	6	4308	4313	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015698	GTG	2	6	4413	4418	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202341
71	NC_015698	ACG	2	6	4525	4530	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202341
72	NC_015698	ATT	2	6	4540	4545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202341
73	NC_015698	TCA	2	6	4724	4729	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202341
74	NC_015698	ATC	2	6	4754	4759	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202341
75	NC_015698	CCA	2	6	4776	4781	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202341
76	NC_015698	CAC	2	6	4794	4799	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202341
77	NC_015698	CGT	2	6	4913	4918	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202341
78	NC_015698	TAC	2	6	5016	5021	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202341
79	NC_015698	GCT	2	6	5139	5144	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202341
80	NC_015698	AGC	2	6	5245	5250	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202341
81	NC_015698	TGA	2	6	5487	5492	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015698	ACA	2	6	5527	5532	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_015698	AAG	2	6	5572	5577	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202342
84	NC_015698	CAA	2	6	5807	5812	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202342
85	NC_015698	CAA	2	6	5814	5819	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202342
86	NC_015698	GAA	2	6	5917	5922	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202342
87	NC_015698	TAA	3	9	6111	6119	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202342
88	NC_015698	TCG	2	6	6424	6429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_015698	AGC	2	6	6459	6464	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_015698	AAG	2	6	6732	6737	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202343
91	NC_015698	CTT	2	6	6743	6748	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202343
92	NC_015698	ACC	2	6	6819	6824	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202343
93	NC_015698	CAT	3	9	6851	6859	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202343
94	NC_015698	TTC	2	6	6894	6899	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202343
95	NC_015698	TCT	2	6	6955	6960	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202343
96	NC_015698	TGT	2	6	7027	7032	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202343
97	NC_015698	CCA	2	6	7060	7065	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202343
98	NC_015698	ATT	3	9	7134	7142	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202343
99	NC_015698	CCT	2	6	7155	7160	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_015698	TCT	2	6	7195	7200	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_015698	AAC	2	6	7220	7225	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_015698	TAA	2	6	7236	7241	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015698	TAC	2	6	7351	7356	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_015698	ACT	2	6	7427	7432	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202344
105	NC_015698	ATC	2	6	7488	7493	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202344
106	NC_015698	TAG	2	6	7582	7587	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202344
107	NC_015698	TCT	2	6	7753	7758	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202344
108	NC_015698	GAC	2	6	7838	7843	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202344
109	NC_015698	TGC	2	6	7892	7897	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202344
110	NC_015698	TCT	2	6	7987	7992	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202344
111	NC_015698	GGA	2	6	8029	8034	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	338202344
112	NC_015698	GCA	2	6	8051	8056	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202344
113	NC_015698	ACT	2	6	8057	8062	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202344
114	NC_015698	GAA	2	6	8088	8093	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202344
115	NC_015698	TTA	2	6	8121	8126	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202344
116	NC_015698	TTG	2	6	8163	8168	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202344
117	NC_015698	TTA	2	6	8212	8217	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202344
118	NC_015698	TGC	2	6	8354	8359	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202344
119	NC_015698	GAT	2	6	8459	8464	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202344
120	NC_015698	GTT	2	6	8530	8535	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015698	AAG	2	6	8546	8551	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015698	TGT	2	6	8648	8653	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202345
123	NC_015698	TTG	2	6	8674	8679	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202345
124	NC_015698	TTA	2	6	8696	8701	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202345
125	NC_015698	AGT	2	6	8744	8749	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202345
126	NC_015698	TTG	2	6	8754	8759	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202345
127	NC_015698	AAT	2	6	8794	8799	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202345
128	NC_015698	ATA	2	6	8854	8859	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202345
129	NC_015698	CCT	2	6	9038	9043	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_015698	AGA	2	6	9259	9264	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015698	GCC	2	6	9332	9337	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_015698	GGC	2	6	9351	9356	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_015698	CAG	2	6	9388	9393	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_015698	TAA	2	6	9459	9464	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015698	ATA	2	6	9496	9501	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015698	AGA	2	6	9578	9583	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015698	CTC	2	6	9818	9823	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_015698	AAT	2	6	9836	9841	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015698	TCA	2	6	9882	9887	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202346
140	NC_015698	TTG	2	6	9935	9940	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202346
141	NC_015698	TAG	2	6	9950	9955	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202346
142	NC_015698	TAA	2	6	9973	9978	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202346
143	NC_015698	TAG	2	6	10096	10101	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202346
144	NC_015698	TGA	2	6	10132	10137	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202346
145	NC_015698	TAG	2	6	10174	10179	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202346
146	NC_015698	TGC	2	6	10218	10223	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202346
147	NC_015698	TTG	2	6	10362	10367	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202346
148	NC_015698	GTT	2	6	10378	10383	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202346
149	NC_015698	TTG	2	6	10400	10405	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202346
150	NC_015698	AGT	2	6	10442	10447	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202346
151	NC_015698	GTT	2	6	10642	10647	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202346
152	NC_015698	GTC	2	6	10667	10672	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202346
153	NC_015698	GTT	2	6	10705	10710	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202346
154	NC_015698	TTG	2	6	10736	10741	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202346
155	NC_015698	TGT	2	6	10746	10751	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202346
156	NC_015698	TGC	2	6	10778	10783	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202346
157	NC_015698	TTG	2	6	10802	10807	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202346
158	NC_015698	CCT	2	6	10813	10818	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	338202346
159	NC_015698	TGG	2	6	10906	10911	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202346
160	NC_015698	TGA	2	6	11022	11027	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202346
161	NC_015698	GTT	2	6	11056	11061	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202346
162	NC_015698	ATC	2	6	11090	11095	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202346
163	NC_015698	TCT	2	6	11163	11168	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202346
164	NC_015698	GCC	2	6	11298	11303	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202346
165	NC_015698	GCC	2	6	11312	11317	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202346
166	NC_015698	TCA	2	6	11370	11375	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202346
167	NC_015698	AGT	2	6	11404	11409	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202346
168	NC_015698	TGA	2	6	11430	11435	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202346
169	NC_015698	TTA	2	6	11439	11444	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202346
170	NC_015698	TTG	2	6	11546	11551	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202346
171	NC_015698	TCA	2	6	11632	11637	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202346
172	NC_015698	TCT	2	6	11686	11691	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202346
173	NC_015698	TTG	2	6	11822	11827	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202346
174	NC_015698	GTT	2	6	11958	11963	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202346
175	NC_015698	CAT	2	6	12014	12019	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
176	NC_015698	TAA	2	6	12139	12144	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_015698	ACA	2	6	12261	12266	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
178	NC_015698	CAA	2	6	12268	12273	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
179	NC_015698	ATT	3	9	12307	12315	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202347
180	NC_015698	CTT	2	6	12360	12365	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202347
181	NC_015698	CAT	2	6	12456	12461	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202347
182	NC_015698	TGA	2	6	12493	12498	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202347
183	NC_015698	TCT	2	6	12596	12601	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202347
184	NC_015698	CTT	2	6	12622	12627	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202347
185	NC_015698	CAT	2	6	12667	12672	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202347
186	NC_015698	CTT	2	6	12681	12686	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
187	NC_015698	AAT	2	6	12898	12903	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202348
188	NC_015698	TCA	2	6	12915	12920	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202348
189	NC_015698	TTC	2	6	13011	13016	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202348
190	NC_015698	GCT	2	6	13030	13035	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202348
191	NC_015698	AAG	3	9	13094	13102	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202349
192	NC_015698	ATC	2	6	13128	13133	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202349
193	NC_015698	TGA	2	6	13149	13154	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202349
194	NC_015698	AGA	2	6	13209	13214	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202349
195	NC_015698	GAG	2	6	13741	13746	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	338202350
196	NC_015698	GGA	2	6	14027	14032	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	338202350

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.