MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus reuteri SD2112 chromosome

Total Repeats: 91

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015697	AATGAT	2	12	11116	11127	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015697	CACTTC	2	12	45094	45105	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_015697	ATTTCA	2	12	45924	45935	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_015697	CTCGGC	2	12	46559	46570	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
5	NC_015697	TTTTTA	2	12	58766	58777	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015697	TCTTTT	2	12	69703	69714	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_015697	CAAATT	2	12	114788	114799	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_015697	CTTTTT	2	12	127284	127295	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_015697	TTAAAA	2	12	130339	130350	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015697	TAAAAA	2	12	190937	190948	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015697	TTAAAT	2	12	255530	255541	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015697	TTTAAT	2	12	328848	328859	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015697	CACTTC	2	12	330313	330324	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_015697	ATTTCA	2	12	331143	331154	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_015697	CTCGGC	2	12	331778	331789	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
16	NC_015697	AATATA	2	12	421156	421167	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015697	TTTGTA	2	12	425553	425564	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015697	TCTTTT	2	12	431822	431833	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_015697	TGTTAA	2	12	456076	456087	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015697	TGTAAG	2	12	470395	470406	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015697	GGGCCT	2	12	480230	480241	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_015697	TTCAAA	2	12	598919	598930	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_015697	CTTAAT	2	12	614235	614246	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_015697	TGGTAT	2	12	671050	671061	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015697	TAGAAA	2	12	677460	677471	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015697	GATTTT	2	12	709998	710009	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015697	TATAAT	2	12	719520	719531	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015697	GATAAT	2	12	724025	724036	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015697	GTTTTT	2	12	742571	742582	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015697	TATTGT	2	12	743286	743297	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015697	TGGCTG	2	12	769495	769506	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_015697	TTTACT	2	12	776276	776287	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_015697	TTTAAT	2	12	784649	784660	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015697	CAATAA	2	12	819709	819720	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_015697	TTTCAT	2	12	821998	822009	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_015697	TAACTA	2	12	867443	867454	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_015697	TTATTT	2	12	1010940	1010951	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015697	TAATTA	2	12	1034078	1034089	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015697	AATATT	2	12	1037765	1037776	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015697	AAAAAC	2	12	1058900	1058911	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_015697	TATTTT	2	12	1069630	1069641	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015697	ATAAAA	2	12	1078866	1078877	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015697	TAAAAT	2	12	1147380	1147391	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015697	TAAATA	2	12	1219404	1219415	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015697	TTATAA	2	12	1263222	1263233	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015697	CATTTC	2	12	1280799	1280810	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_015697	TGAAAA	2	12	1282942	1282953	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015697	GCCGAG	2	12	1307122	1307133	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_015697	TGAAAT	2	12	1307757	1307768	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015697	TGGAAG	2	12	1308585	1308596	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015697	TACAAC	2	12	1330802	1330813	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_015697	TAAGCC	2	12	1340132	1340143	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_015697	TTTTTA	2	12	1405351	1405362	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015697	ATTCAA	2	12	1477149	1477160	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_015697	ATGCTG	2	12	1486115	1486126	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_015697	AAAGAA	2	12	1486215	1486226	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015697	GCCGAG	2	12	1492804	1492815	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_015697	TGAAAT	2	12	1493439	1493450	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015697	TGGAAG	2	12	1494267	1494278	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015697	TCTAGC	2	12	1494844	1494855	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_015697	TGCGTT	2	12	1500666	1500677	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_015697	GGAATG	2	12	1588892	1588903	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015697	TAGAAG	2	12	1613592	1613603	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015697	TTCTCT	2	12	1653772	1653783	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_015697	GTTCAT	2	12	1726737	1726748	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_015697	TGAGAG	2	12	1752155	1752166	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015697	GCCGAG	2	12	1824778	1824789	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_015697	TGAAAT	2	12	1825413	1825424	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015697	TGGAAG	2	12	1826241	1826252	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015697	TCTAGC	2	12	1828340	1828351	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_015697	AATCCT	2	12	1838064	1838075	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_015697	GCCGAG	2	12	1847045	1847056	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_015697	TGAAAT	2	12	1847680	1847691	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015697	TGGAAG	2	12	1848508	1848519	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015697	TCTAGC	2	12	1848883	1848894	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_015697	TATTTA	2	12	1925678	1925689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015697	TTGGAG	2	12	1927024	1927035	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015697	TCTTTT	2	12	1941374	1941385	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_015697	GTTCCA	2	12	1959641	1959652	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_015697	TCATTA	2	12	1968348	1968359	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_015697	AAATTT	2	12	2018389	2018400	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015697	TTTTAT	2	12	2054498	2054509	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015697	TTTCCA	2	12	2078802	2078813	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_015697	GATAAA	2	12	2088136	2088147	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015697	AGTAAA	2	12	2110414	2110425	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015697	TAAAAA	2	12	2140290	2140301	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015697	AGTAAG	2	12	2141094	2141105	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015697	TGGTCT	2	12	2183499	2183510	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_015697	GTCCTC	2	12	2229474	2229485	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
90	NC_015697	TGTATT	2	12	2254470	2254481	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015697	AATCCT	2	12	2258785	2258796	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.