MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Runella slithyformis DSM 19594 plasmid pRUNSL05

Total Repeats: 408

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015695	TCA	2	6	196	201	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338215005
2	NC_015695	GCA	2	6	208	213	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338215005
3	NC_015695	AAT	2	6	233	238	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338215005
4	NC_015695	GAA	2	6	257	262	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338215005
5	NC_015695	ATT	2	6	266	271	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338215005
6	NC_015695	GTT	2	6	326	331	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338215005
7	NC_015695	TCT	2	6	344	349	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215005
8	NC_015695	AGA	2	6	375	380	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338215005
9	NC_015695	CAG	2	6	404	409	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338215005
10	NC_015695	TAT	2	6	434	439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338215005
11	NC_015695	CTC	2	6	441	446	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	338215005
12	NC_015695	ATT	2	6	578	583	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338215005
13	NC_015695	ATG	2	6	627	632	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338215005
14	NC_015695	ATC	2	6	821	826	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338215005
15	NC_015695	CGA	2	6	849	854	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338215005
16	NC_015695	ATA	2	6	870	875	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338215005
17	NC_015695	ATT	2	6	879	884	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338215005
18	NC_015695	GCA	2	6	888	893	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338215005
19	NC_015695	CCA	2	6	984	989	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338215005
20	NC_015695	TCG	2	6	1083	1088	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338215005
21	NC_015695	TGA	2	6	1176	1181	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338215005
22	NC_015695	ATG	2	6	1211	1216	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338215005
23	NC_015695	GAA	2	6	1320	1325	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338215005
24	NC_015695	ATT	2	6	1646	1651	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338215006
25	NC_015695	TCA	2	6	1660	1665	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338215006
26	NC_015695	GAA	2	6	1904	1909	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338215006
27	NC_015695	AGA	2	6	1948	1953	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338215006
28	NC_015695	CTG	2	6	1979	1984	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338215006
29	NC_015695	ACC	2	6	2007	2012	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338215006
30	NC_015695	GAT	2	6	2189	2194	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338215006
31	NC_015695	CGG	2	6	2221	2226	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338215006
32	NC_015695	ATC	2	6	2271	2276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338215006
33	NC_015695	GAA	2	6	2375	2380	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338215006
34	NC_015695	CTG	2	6	2495	2500	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338215006
35	NC_015695	CGG	2	6	2509	2514	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338215006
36	NC_015695	TGG	2	6	2639	2644	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338215006
37	NC_015695	TGT	2	6	2766	2771	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338215006
38	NC_015695	CAG	2	6	2774	2779	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338215006
39	NC_015695	CGA	2	6	3223	3228	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338215006
40	NC_015695	TGA	3	9	3310	3318	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338215006
41	NC_015695	ACG	2	6	3404	3409	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338215006
42	NC_015695	CTA	2	6	3460	3465	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338215006
43	NC_015695	CCT	2	6	3500	3505	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	338215006
44	NC_015695	TTC	2	6	3668	3673	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215007
45	NC_015695	CTT	2	6	3679	3684	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215007
46	NC_015695	CTT	2	6	3727	3732	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215007
47	NC_015695	TCT	2	6	3735	3740	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215007
48	NC_015695	AAT	2	6	3854	3859	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338215007
49	NC_015695	CTT	2	6	3880	3885	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215007
50	NC_015695	CTT	2	6	3910	3915	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215007
51	NC_015695	GTA	2	6	4103	4108	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338215007
52	NC_015695	AAT	2	6	4131	4136	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338215007
53	NC_015695	ACA	2	6	4231	4236	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338215007
54	NC_015695	CAA	2	6	4241	4246	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338215007
55	NC_015695	AAT	2	6	4450	4455	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338215008
56	NC_015695	GAA	2	6	4582	4587	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338215008
57	NC_015695	CGG	2	6	4724	4729	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338215008
58	NC_015695	GCT	2	6	4798	4803	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338215008
59	NC_015695	TGG	2	6	4964	4969	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338215008
60	NC_015695	GAA	2	6	4999	5004	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338215008
61	NC_015695	ATT	2	6	5111	5116	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338215008
62	NC_015695	GAA	2	6	5152	5157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338215008
63	NC_015695	TAA	2	6	5163	5168	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338215008
64	NC_015695	GAA	2	6	5173	5178	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338215008
65	NC_015695	GAA	2	6	5571	5576	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338215009
66	NC_015695	ATA	2	6	5710	5715	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338215009
67	NC_015695	TCT	2	6	5989	5994	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215010
68	NC_015695	TAT	2	6	6016	6021	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338215010
69	NC_015695	CTT	2	6	6022	6027	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215010
70	NC_015695	TAA	2	6	6033	6038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338215010
71	NC_015695	AAG	2	6	6083	6088	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338215010
72	NC_015695	ATC	2	6	6165	6170	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338215010
73	NC_015695	TTA	2	6	6216	6221	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338215010
74	NC_015695	TAC	2	6	6365	6370	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338215010
75	NC_015695	AAT	2	6	6426	6431	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338215010
76	NC_015695	ATA	2	6	6578	6583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338215010
77	NC_015695	ATC	2	6	6629	6634	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338215010
78	NC_015695	ACC	2	6	6651	6656	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338215010
79	NC_015695	GTT	2	6	6757	6762	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338215010
80	NC_015695	TGT	2	6	6936	6941	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338215011
81	NC_015695	CTC	2	6	6968	6973	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	338215011
82	NC_015695	CAT	2	6	7004	7009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338215011
83	NC_015695	ACT	2	6	7086	7091	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338215011
84	NC_015695	TTC	2	6	7103	7108	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215011
85	NC_015695	GAA	2	6	7158	7163	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338215011
86	NC_015695	GCA	2	6	7329	7334	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338215011
87	NC_015695	TCT	2	6	7434	7439	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215011
88	NC_015695	CGA	2	6	7568	7573	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338215011
89	NC_015695	TAA	2	6	7593	7598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338215011
90	NC_015695	CCA	3	9	7625	7633	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338215011
91	NC_015695	ATG	2	6	7680	7685	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338215011
92	NC_015695	CTT	2	6	7691	7696	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215011
93	NC_015695	ATG	2	6	7872	7877	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338215011
94	NC_015695	CCG	3	9	7999	8007	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338215011
95	NC_015695	TGC	2	6	8027	8032	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338215011
96	NC_015695	AAG	2	6	8276	8281	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338215011
97	NC_015695	CTG	2	6	8285	8290	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338215011
98	NC_015695	GCC	2	6	8292	8297	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338215011
99	NC_015695	CGC	2	6	8308	8313	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338215011
100	NC_015695	GTT	2	6	8387	8392	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338215011
101	NC_015695	CAC	2	6	8405	8410	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338215011
102	NC_015695	TCT	2	6	8523	8528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215011
103	NC_015695	CAT	2	6	8597	8602	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338215011
104	NC_015695	ATT	2	6	8609	8614	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338215011
105	NC_015695	ATC	3	9	8633	8641	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338215011
106	NC_015695	GCC	3	9	8666	8674	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338215011
107	NC_015695	AAC	2	6	8718	8723	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338215011
108	NC_015695	CCG	2	6	8781	8786	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338215011
109	NC_015695	AAT	2	6	9071	9076	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338215011
110	NC_015695	TGC	2	6	9292	9297	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338215011
111	NC_015695	GCT	2	6	9401	9406	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338215011
112	NC_015695	TTG	2	6	9482	9487	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338215011
113	NC_015695	TTC	2	6	9746	9751	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215012
114	NC_015695	CCA	2	6	10243	10248	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338215012
115	NC_015695	TTC	2	6	10300	10305	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215012
116	NC_015695	AAG	2	6	10583	10588	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338215013
117	NC_015695	GAT	2	6	10613	10618	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338215013
118	NC_015695	TTG	2	6	10783	10788	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338215013
119	NC_015695	GGT	2	6	10962	10967	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338215013
120	NC_015695	TCT	2	6	11011	11016	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215013
121	NC_015695	TCT	2	6	11240	11245	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215013
122	NC_015695	GAA	2	6	11358	11363	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338215013
123	NC_015695	CAG	2	6	11478	11483	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338215013
124	NC_015695	TGT	2	6	11501	11506	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338215013
125	NC_015695	ACC	2	6	11569	11574	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338215013
126	NC_015695	CGG	2	6	11579	11584	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338215013
127	NC_015695	GAC	2	6	11771	11776	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338215013
128	NC_015695	ATG	2	6	11856	11861	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338215013
129	NC_015695	GTC	2	6	11865	11870	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338215013
130	NC_015695	TGG	2	6	11945	11950	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338215013
131	NC_015695	TAG	2	6	11953	11958	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338215013
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256	NC_015695	TCT	2	6	24591	24596	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215024
257	NC_015695	TCT	2	6	24609	24614	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215024
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379	NC_015695	CAG	2	6	35756	35761	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338215033
380	NC_015695	TGA	2	6	35795	35800	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338215033
381	NC_015695	AAC	2	6	35910	35915	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338215033
382	NC_015695	CCG	2	6	35959	35964	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338215033
383	NC_015695	TTC	2	6	36004	36009	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215033
384	NC_015695	ATA	2	6	36133	36138	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338215034
385	NC_015695	TTC	2	6	36162	36167	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215034
386	NC_015695	TCA	2	6	36191	36196	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338215034
387	NC_015695	GCC	2	6	36243	36248	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338215034
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396	NC_015695	TTG	2	6	37041	37046	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338215035
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408	NC_015695	TCT	2	6	38133	38138	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338215036

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.