MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Runella slithyformis DSM 19594 plasmid pRUNSL01

Total Repeats: 89

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015693	AAGGT	2	10	2233	2242	40 %	20 %	40 %	0 %	338209373
2	NC_015693	GGGCA	2	10	2490	2499	20 %	0 %	60 %	20 %	338209373
3	NC_015693	ATGAT	2	10	5658	5667	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015693	AAATT	2	10	9139	9148	60 %	40 %	0 %	0 %	338209376
5	NC_015693	TTTTG	2	10	10877	10886	0 %	80 %	20 %	0 %	338209378
6	NC_015693	GTACA	2	10	11650	11659	40 %	20 %	20 %	20 %	338209380
7	NC_015693	TTTGA	2	10	12548	12557	20 %	60 %	20 %	0 %	338209380
8	NC_015693	CCCGT	2	10	13982	13991	0 %	20 %	20 %	60 %	338209381
9	NC_015693	TTCTG	2	10	15895	15904	0 %	60 %	20 %	20 %	338209384
10	NC_015693	AACCC	2	10	16750	16759	40 %	0 %	0 %	60 %	338209386
11	NC_015693	GCCTT	2	10	19615	19624	0 %	40 %	20 %	40 %	338209389
12	NC_015693	CTGCC	2	10	22560	22569	0 %	20 %	20 %	60 %	338209391
13	NC_015693	CGAGT	2	10	24211	24220	20 %	20 %	40 %	20 %	338209391
14	NC_015693	TCACC	2	10	24283	24292	20 %	20 %	0 %	60 %	338209391
15	NC_015693	TGGGT	2	10	24577	24586	0 %	40 %	60 %	0 %	338209391
16	NC_015693	GCCGA	2	10	25407	25416	20 %	0 %	40 %	40 %	338209393
17	NC_015693	CATAC	2	10	25691	25700	40 %	20 %	0 %	40 %	338209393
18	NC_015693	CCAAA	2	10	27470	27479	60 %	0 %	0 %	40 %	338209395
19	NC_015693	AGTAA	2	10	27547	27556	60 %	20 %	20 %	0 %	338209395
20	NC_015693	AAAAG	2	10	29291	29300	80 %	0 %	20 %	0 %	338209396
21	NC_015693	AGAAA	2	10	30638	30647	80 %	0 %	20 %	0 %	338209396
22	NC_015693	CCAAC	2	10	30679	30688	40 %	0 %	0 %	60 %	338209396
23	NC_015693	ACCTT	2	10	31142	31151	20 %	40 %	0 %	40 %	338209396
24	NC_015693	TCAAA	2	10	32583	32592	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_015693	TACCT	2	10	34082	34091	20 %	40 %	0 %	40 %	338209400
26	NC_015693	ATTGG	2	10	34287	34296	20 %	40 %	40 %	0 %	338209400
27	NC_015693	GTTGG	2	10	34406	34415	0 %	40 %	60 %	0 %	338209400
28	NC_015693	TTGGG	2	10	36782	36791	0 %	40 %	60 %	0 %	338209402
29	NC_015693	TTAAA	2	10	37468	37477	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015693	GAGGT	2	10	39085	39094	20 %	20 %	60 %	0 %	338209404
31	NC_015693	GGTAT	2	10	39406	39415	20 %	40 %	40 %	0 %	338209405
32	NC_015693	CTTTA	2	10	39579	39588	20 %	60 %	0 %	20 %	338209405
33	NC_015693	CTATC	2	10	40023	40032	20 %	40 %	0 %	40 %	338209405
34	NC_015693	ATTTT	2	10	40702	40711	20 %	80 %	0 %	0 %	338209406
35	NC_015693	CAATG	2	10	41439	41448	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015693	GGTAT	2	10	42211	42220	20 %	40 %	40 %	0 %	338209407
37	NC_015693	AACGT	2	10	42347	42356	40 %	20 %	20 %	20 %	338209407
38	NC_015693	CCGTA	2	10	42647	42656	20 %	20 %	20 %	40 %	338209408
39	NC_015693	CATTC	2	10	42773	42782	20 %	40 %	0 %	40 %	338209408
40	NC_015693	GTCGG	2	10	49772	49781	0 %	20 %	60 %	20 %	338209413
41	NC_015693	GGTAA	2	10	49946	49955	40 %	20 %	40 %	0 %	338209413
42	NC_015693	AATTC	2	10	53243	53252	40 %	40 %	0 %	20 %	338209416
43	NC_015693	CCAAT	2	10	53672	53681	40 %	20 %	0 %	40 %	338209416
44	NC_015693	GGCTT	2	10	54711	54720	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015693	GCCAG	2	10	55902	55911	20 %	0 %	40 %	40 %	338209417
46	NC_015693	GACCC	2	10	56017	56026	20 %	0 %	20 %	60 %	338209417
47	NC_015693	GCCCG	2	10	57266	57275	0 %	0 %	40 %	60 %	338209417
48	NC_015693	ATTTT	2	10	57749	57758	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015693	GCTTT	2	10	58015	58024	0 %	60 %	20 %	20 %	338209418
50	NC_015693	CTCAC	2	10	59194	59203	20 %	20 %	0 %	60 %	338209420
51	NC_015693	CCTTA	2	10	59388	59397	20 %	40 %	0 %	40 %	338209420
52	NC_015693	AGAAA	2	10	60077	60086	80 %	0 %	20 %	0 %	338209421
53	NC_015693	TGAAC	2	10	66044	66053	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_015693	TGATT	2	10	67338	67347	20 %	60 %	20 %	0 %	338209428
55	NC_015693	AAGTA	2	10	69125	69134	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015693	CATGG	2	10	71507	71516	20 %	20 %	40 %	20 %	338209433
57	NC_015693	CCAAA	2	10	72026	72035	60 %	0 %	0 %	40 %	338209433
58	NC_015693	TCAAT	2	10	72244	72253	40 %	40 %	0 %	20 %	338209434
59	NC_015693	CTCAA	2	10	72730	72739	40 %	20 %	0 %	40 %	338209434
60	NC_015693	CGTTG	2	10	72851	72860	0 %	40 %	40 %	20 %	338209434
61	NC_015693	CTGAT	2	10	73719	73728	20 %	40 %	20 %	20 %	338209435
62	NC_015693	GGAAA	2	10	74510	74519	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015693	AATAA	2	10	75715	75724	80 %	20 %	0 %	0 %	338209436
64	NC_015693	AATAA	2	10	75889	75898	80 %	20 %	0 %	0 %	338209437
65	NC_015693	CTTTT	2	10	76696	76705	0 %	80 %	0 %	20 %	338209438
66	NC_015693	CCTGT	2	10	78031	78040	0 %	40 %	20 %	40 %	338209438
67	NC_015693	AAAGA	2	10	80085	80094	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015693	TGGTG	2	10	81996	82005	0 %	40 %	60 %	0 %	338209441
69	NC_015693	CAAAA	2	10	82372	82381	80 %	0 %	0 %	20 %	338209441
70	NC_015693	GAATA	2	10	82467	82476	60 %	20 %	20 %	0 %	338209441
71	NC_015693	TACCG	2	10	82972	82981	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_015693	CAACT	2	10	85817	85826	40 %	20 %	0 %	40 %	338209442
73	NC_015693	TGCCC	2	10	86315	86324	0 %	20 %	20 %	60 %	338209443
74	NC_015693	AACGC	2	10	87996	88005	40 %	0 %	20 %	40 %	338209444
75	NC_015693	AAATA	2	10	88375	88384	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015693	CAAGG	2	10	89106	89115	40 %	0 %	40 %	20 %	338209445
77	NC_015693	AACGG	2	10	89578	89587	40 %	0 %	40 %	20 %	338209445
78	NC_015693	TAAAA	2	10	90007	90016	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015693	AGGGT	2	10	93515	93524	20 %	20 %	60 %	0 %	338209448
80	NC_015693	TACTG	2	10	93854	93863	20 %	40 %	20 %	20 %	338209448
81	NC_015693	TTTTC	2	10	95473	95482	0 %	80 %	0 %	20 %	338209450
82	NC_015693	GTTTT	2	10	95498	95507	0 %	80 %	20 %	0 %	338209450
83	NC_015693	CCGTG	2	10	98385	98394	0 %	20 %	40 %	40 %	338209452
84	NC_015693	TAAGG	2	10	105043	105052	40 %	20 %	40 %	0 %	338209455
85	NC_015693	TTTTA	2	10	105239	105248	20 %	80 %	0 %	0 %	338209456
86	NC_015693	CTTTT	2	10	105628	105637	0 %	80 %	0 %	20 %	338209456
87	NC_015693	TTGGT	2	10	105902	105911	0 %	60 %	40 %	0 %	338209456
88	NC_015693	TCGGG	2	10	106794	106803	0 %	20 %	60 %	20 %	338209456
89	NC_015693	AAGCA	2	10	106885	106894	60 %	0 %	20 %	20 %	338209456

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.