MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Clostridium acetobutylicum DSM 1731 plasmid pSMBa

Total Repeats: 98

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015686	AATATA	2	12	50	61	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	337735033
2	NC_015686	GATAAA	2	12	5958	5969	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	337735035
3	NC_015686	TAAAAA	2	12	6317	6328	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	337735035
4	NC_015686	AAATTG	2	12	6981	6992	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	337735036
5	NC_015686	ATATTA	2	12	8413	8424	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015686	AGGGTT	2	12	8445	8456	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015686	TAACCC	2	12	8469	8480	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_015686	TATTAA	2	12	9607	9618	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015686	GAAAAA	2	12	13018	13029	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	337735043
10	NC_015686	TTATAT	2	12	17593	17604	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015686	TAAAAC	2	12	18885	18896	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	337735049
12	NC_015686	AATTTT	2	12	21814	21825	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	337735051
13	NC_015686	CAAATA	2	12	23320	23331	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	337735053
14	NC_015686	TTCTTT	2	12	24752	24763	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	337735055
15	NC_015686	AAAAGA	2	12	26078	26089	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	337735056
16	NC_015686	TAGTGC	2	12	27891	27902	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	337735058
17	NC_015686	TTATAG	2	12	27956	27967	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	337735058
18	NC_015686	TAGAAA	2	12	31340	31351	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	337735061
19	NC_015686	GATTTA	2	12	31657	31668	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	337735061
20	NC_015686	ATATCT	2	12	35619	35630	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	337735066
21	NC_015686	TTCATT	2	12	42517	42528	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	337735074
22	NC_015686	AAAATT	2	12	43547	43558	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	337735074
23	NC_015686	AAGTGA	2	12	47364	47375	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	337735078
24	NC_015686	ATATGT	2	12	47782	47793	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015686	CTTAAA	2	12	47860	47871	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_015686	TGAATT	2	12	50015	50026	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	337735080
27	NC_015686	CAAAGG	2	12	51348	51359	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	337735081
28	NC_015686	TAAAAA	2	12	55598	55609	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015686	TAGCAA	2	12	55769	55780	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	337735086
30	NC_015686	GTTAAC	2	12	56776	56787	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_015686	TAATTT	2	12	57795	57806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	337735087
32	NC_015686	TATGAT	2	12	67651	67662	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	337735096
33	NC_015686	GCTAAT	2	12	67822	67833	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	337735096
34	NC_015686	AGTTAA	2	12	69915	69926	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	337735097
35	NC_015686	TTCCAT	2	12	70630	70641	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	337735098
36	NC_015686	GCTATT	2	12	70843	70854	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	337735098
37	NC_015686	TTTAGC	2	12	71250	71261	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	337735098
38	NC_015686	AATTAA	2	12	71388	71399	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	337735099
39	NC_015686	GCTTTA	2	12	73278	73289	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	337735101
40	NC_015686	GTAAAA	2	12	79007	79018	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	337735105
41	NC_015686	ATGTAT	2	12	79148	79159	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015686	TTTCCA	2	12	81106	81117	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	337735108
43	NC_015686	TTACTA	2	12	83197	83208	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	337735109
44	NC_015686	TAAAAA	2	12	87332	87343	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	337735114
45	NC_015686	ATTATA	2	12	87631	87642	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015686	CATTTT	2	12	89059	89070	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	337735117
47	NC_015686	TAAAAA	2	12	93058	93069	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015686	ACTTAA	2	12	93744	93755	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	337735120
49	NC_015686	ATTTTA	2	12	98572	98583	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015686	ACTTTA	2	12	99463	99474	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	337735126
51	NC_015686	CTACTT	2	12	100705	100716	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_015686	ATAATT	2	12	103259	103270	50 %	50 %	0 %	0 %	337735129
53	NC_015686	TATTTA	2	12	105196	105207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015686	ATCAGC	2	12	107470	107481	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	337735132
55	NC_015686	GTTGCA	2	12	111178	111189	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	337735134
56	NC_015686	TATGAA	2	12	112821	112832	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	337735136
57	NC_015686	ATCATT	2	12	113023	113034	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	337735136
58	NC_015686	CAGAAG	2	12	117313	117324	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	337735141
59	NC_015686	CCACTG	2	12	120075	120086	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	337735144
60	NC_015686	CTTTTA	2	12	121481	121492	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	337735145
61	NC_015686	CCTTCT	2	12	125002	125013	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_015686	CCTGAA	2	12	125419	125430	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	337735148
63	NC_015686	CCTGAA	2	12	127202	127213	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	337735149
64	NC_015686	AACATA	2	12	131334	131345	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	337735151
65	NC_015686	ATTTAT	2	12	134138	134149	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	337735153
66	NC_015686	ACCTCC	2	12	134534	134545	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	337735154
67	NC_015686	TTTAAT	2	12	136803	136814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	337735156
68	NC_015686	GTACTA	2	12	138441	138452	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	337735158
69	NC_015686	TACATT	2	12	140832	140843	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_015686	TTGGCT	2	12	142699	142710	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	337735161
71	NC_015686	TAATTG	2	12	144884	144895	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	337735164
72	NC_015686	GCATTA	2	12	145526	145537	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	337735165
73	NC_015686	GTCTAA	2	12	150469	150480	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_015686	CAATTT	2	12	152825	152836	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	337735171
75	NC_015686	ACAAAA	2	12	153669	153680	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	337735172
76	NC_015686	CTTACT	2	12	157869	157880	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	337735178
77	NC_015686	GTTAAC	2	12	158755	158766	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_015686	TTTGGT	2	12	161739	161750	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	337735180
79	NC_015686	CTTTTG	2	12	163372	163383	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	337735181
80	NC_015686	AAAGGA	2	12	166084	166095	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	337735184
81	NC_015686	AAATGC	2	12	167933	167944	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	337735186
82	NC_015686	CTTTAA	2	12	171036	171047	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	337735190
83	NC_015686	TATTGT	2	12	172756	172767	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	337735190
84	NC_015686	ATGGCA	2	12	178990	179001	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	337735193
85	NC_015686	ATACCT	2	12	183300	183311	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	337735198
86	NC_015686	AAATTA	2	12	183884	183895	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015686	AAACTA	2	12	184822	184833	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	337735200
88	NC_015686	AGTATT	2	12	184882	184893	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015686	TAACCC	2	12	184894	184905	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_015686	TAAAAA	2	12	185900	185911	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	337735203
91	NC_015686	ATTAGT	2	12	187314	187325	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	337735204
92	NC_015686	TTAATT	2	12	187402	187413	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	337735204
93	NC_015686	AACCCC	2	12	187977	187988	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_015686	AACTAT	2	12	189820	189831	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_015686	ATATTA	2	12	190575	190586	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015686	AAGATT	2	12	190824	190835	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	337735207
97	NC_015686	AAAATC	2	12	190998	191009	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	337735207
98	NC_015686	ATATTA	2	12	191560	191571	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.