MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Clostridium acetobutylicum DSM 1731 plasmid pSMBa

Total Repeats: 182

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015686	GGATA	2	10	86	95	40 %	20 %	40 %	0 %	337735033
2	NC_015686	GCTTA	2	10	366	375	20 %	40 %	20 %	20 %	337735033
3	NC_015686	AATTA	2	10	705	714	60 %	40 %	0 %	0 %	337735033
4	NC_015686	AGTAT	2	10	1986	1995	40 %	40 %	20 %	0 %	337735034
5	NC_015686	TAGTT	2	10	2576	2585	20 %	60 %	20 %	0 %	337735034
6	NC_015686	TTAGA	2	10	3076	3085	40 %	40 %	20 %	0 %	337735034
7	NC_015686	AAAGT	2	10	3463	3472	60 %	20 %	20 %	0 %	337735034
8	NC_015686	AATGT	2	10	8401	8410	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015686	TTCAT	2	10	9822	9831	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_015686	ATATT	2	10	10166	10175	40 %	60 %	0 %	0 %	337735041
11	NC_015686	AAAGG	2	10	10495	10504	60 %	0 %	40 %	0 %	337735041
12	NC_015686	ACTTC	2	10	11263	11272	20 %	40 %	0 %	40 %	337735042
13	NC_015686	ATTTT	2	10	15238	15247	20 %	80 %	0 %	0 %	337735045
14	NC_015686	TACAG	2	10	17284	17293	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_015686	TAAAA	2	10	17616	17625	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015686	AAAAT	2	10	18490	18499	80 %	20 %	0 %	0 %	337735048
17	NC_015686	TACGT	2	10	20673	20682	20 %	40 %	20 %	20 %	337735051
18	NC_015686	ATCTA	2	10	21141	21150	40 %	40 %	0 %	20 %	337735051
19	NC_015686	TAAAC	2	10	21196	21205	60 %	20 %	0 %	20 %	337735051
20	NC_015686	TGGTT	2	10	21590	21599	0 %	60 %	40 %	0 %	337735051
21	NC_015686	TTTTC	2	10	21605	21614	0 %	80 %	0 %	20 %	337735051
22	NC_015686	CTTTT	2	10	22296	22305	0 %	80 %	0 %	20 %	337735053
23	NC_015686	TAAAG	2	10	23333	23342	60 %	20 %	20 %	0 %	337735053
24	NC_015686	CTTTT	2	10	23704	23713	0 %	80 %	0 %	20 %	337735054
25	NC_015686	ATATT	2	10	24097	24106	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015686	TGAAT	2	10	25106	25115	40 %	40 %	20 %	0 %	337735056
27	NC_015686	TATCT	2	10	27755	27764	20 %	60 %	0 %	20 %	337735058
28	NC_015686	ATAAA	2	10	29436	29445	80 %	20 %	0 %	0 %	337735059
29	NC_015686	ACAGC	2	10	30455	30464	40 %	0 %	20 %	40 %	337735060
30	NC_015686	TAAAG	2	10	32279	32288	60 %	20 %	20 %	0 %	337735062
31	NC_015686	TTAAT	2	10	32473	32482	40 %	60 %	0 %	0 %	337735063
32	NC_015686	AAATA	2	10	32739	32748	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015686	TTATT	2	10	34807	34816	20 %	80 %	0 %	0 %	337735066
34	NC_015686	TTTTA	2	10	35456	35465	20 %	80 %	0 %	0 %	337735066
35	NC_015686	ATTTT	2	10	36501	36510	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015686	TTTAT	2	10	37513	37522	20 %	80 %	0 %	0 %	337735068
37	NC_015686	AAATT	2	10	38127	38136	60 %	40 %	0 %	0 %	337735068
38	NC_015686	ATAAC	2	10	38187	38196	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_015686	TTTAT	2	10	38414	38423	20 %	80 %	0 %	0 %	337735069
40	NC_015686	AAATT	2	10	41060	41069	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015686	ATTAT	2	10	44285	44294	40 %	60 %	0 %	0 %	337735075
42	NC_015686	TAGAA	2	10	46241	46250	60 %	20 %	20 %	0 %	337735077
43	NC_015686	AAAGA	2	10	48093	48102	80 %	0 %	20 %	0 %	337735079
44	NC_015686	TATAA	2	10	49037	49046	60 %	40 %	0 %	0 %	337735079
45	NC_015686	TTTTC	2	10	52380	52389	0 %	80 %	0 %	20 %	337735082
46	NC_015686	TAGGT	2	10	52758	52767	20 %	40 %	40 %	0 %	337735082
47	NC_015686	TTCTT	2	10	52920	52929	0 %	80 %	0 %	20 %	337735082
48	NC_015686	TATTC	2	10	53039	53048	20 %	60 %	0 %	20 %	337735083
49	NC_015686	TTATT	2	10	53469	53478	20 %	80 %	0 %	0 %	337735083
50	NC_015686	TGAGT	2	10	53804	53813	20 %	40 %	40 %	0 %	337735084
51	NC_015686	CAATC	2	10	54084	54093	40 %	20 %	0 %	40 %	337735084
52	NC_015686	TAAAA	2	10	57956	57965	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015686	AGTAT	2	10	58456	58465	40 %	40 %	20 %	0 %	337735088
54	NC_015686	CATTT	2	10	61111	61120	20 %	60 %	0 %	20 %	337735090
55	NC_015686	GATAT	2	10	61733	61742	40 %	40 %	20 %	0 %	337735091
56	NC_015686	TCATA	2	10	63069	63078	40 %	40 %	0 %	20 %	337735093
57	NC_015686	TAAGT	2	10	63636	63645	40 %	40 %	20 %	0 %	337735094
58	NC_015686	GCCAG	2	10	64198	64207	20 %	0 %	40 %	40 %	337735094
59	NC_015686	TGTGC	2	10	65110	65119	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_015686	TAAAA	2	10	65225	65234	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015686	TTGAA	2	10	65992	66001	40 %	40 %	20 %	0 %	337735095
62	NC_015686	TCTCA	2	10	66026	66035	20 %	40 %	0 %	40 %	337735095
63	NC_015686	ATTTT	2	10	66218	66227	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015686	ATTTA	2	10	66258	66267	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015686	AGAAA	2	10	66978	66987	80 %	0 %	20 %	0 %	337735096
66	NC_015686	ATATT	2	10	68485	68494	40 %	60 %	0 %	0 %	337735096
67	NC_015686	GGTAA	2	10	69085	69094	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015686	GTTAA	2	10	72011	72020	40 %	40 %	20 %	0 %	337735099
69	NC_015686	TTTAA	2	10	72333	72342	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015686	GACAA	2	10	73956	73965	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_015686	AATAA	2	10	76323	76332	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015686	TTGTT	2	10	77296	77305	0 %	80 %	20 %	0 %	337735104
73	NC_015686	TTATT	2	10	77662	77671	20 %	80 %	0 %	0 %	337735104
74	NC_015686	TTATG	2	10	78427	78436	20 %	60 %	20 %	0 %	337735104
75	NC_015686	AATGG	2	10	79019	79028	40 %	20 %	40 %	0 %	337735105
76	NC_015686	TTATT	2	10	81015	81024	20 %	80 %	0 %	0 %	337735108
77	NC_015686	ATTAA	2	10	81920	81929	60 %	40 %	0 %	0 %	337735108
78	NC_015686	CTCTT	2	10	82697	82706	0 %	60 %	0 %	40 %	337735109
79	NC_015686	TTTAA	2	10	83931	83940	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015686	GATAT	2	10	84799	84808	40 %	40 %	20 %	0 %	337735111
81	NC_015686	AAAAG	2	10	85289	85298	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015686	GTCTT	2	10	86409	86418	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_015686	ATCAA	2	10	86903	86912	60 %	20 %	0 %	20 %	337735114
84	NC_015686	AAAAT	2	10	88131	88140	80 %	20 %	0 %	0 %	337735116
85	NC_015686	TGAAC	2	10	89539	89548	40 %	20 %	20 %	20 %	337735117
86	NC_015686	GATGT	2	10	89964	89973	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015686	GAAAT	2	10	91087	91096	60 %	20 %	20 %	0 %	337735118
88	NC_015686	TATTC	2	10	91990	91999	20 %	60 %	0 %	20 %	337735119
89	NC_015686	CTTCT	2	10	92487	92496	0 %	60 %	0 %	40 %	337735119
90	NC_015686	CAAGC	2	10	93441	93450	40 %	0 %	20 %	40 %	337735120
91	NC_015686	CAATA	2	10	95758	95767	60 %	20 %	0 %	20 %	337735124
92	NC_015686	GTTCT	2	10	95887	95896	0 %	60 %	20 %	20 %	337735124
93	NC_015686	AGAAT	2	10	97290	97299	60 %	20 %	20 %	0 %	337735125
94	NC_015686	TAAAT	2	10	100559	100568	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015686	ATATT	2	10	100735	100744	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015686	GCTTG	2	10	101539	101548	0 %	40 %	40 %	20 %	337735128
97	NC_015686	TTTTG	2	10	101597	101606	0 %	80 %	20 %	0 %	337735128
98	NC_015686	ATTCA	2	10	102870	102879	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_015686	TTTAG	2	10	103920	103929	20 %	60 %	20 %	0 %	337735129
100	NC_015686	CATAT	2	10	103971	103980	40 %	40 %	0 %	20 %	337735129
101	NC_015686	TAAAA	2	10	104864	104873	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015686	TTATT	2	10	106611	106620	20 %	80 %	0 %	0 %	337735132
103	NC_015686	GTATT	2	10	107205	107214	20 %	60 %	20 %	0 %	337735132
104	NC_015686	AATTT	2	10	107229	107238	40 %	60 %	0 %	0 %	337735132
105	NC_015686	TAGAT	2	10	107830	107839	40 %	40 %	20 %	0 %	337735132
106	NC_015686	ATAAA	2	10	109023	109032	80 %	20 %	0 %	0 %	337735132
107	NC_015686	TTTCA	2	10	113482	113491	20 %	60 %	0 %	20 %	337735136
108	NC_015686	AATTA	2	10	114369	114378	60 %	40 %	0 %	0 %	337735138
109	NC_015686	AGAGA	2	10	114569	114578	60 %	0 %	40 %	0 %	337735138
110	NC_015686	TTTAT	2	10	114912	114921	20 %	80 %	0 %	0 %	337735139
111	NC_015686	GATAC	2	10	117984	117993	40 %	20 %	20 %	20 %	337735142
112	NC_015686	TTACA	2	10	120557	120566	40 %	40 %	0 %	20 %	337735144
113	NC_015686	AAAGA	2	10	120603	120612	80 %	0 %	20 %	0 %	337735144
114	NC_015686	TTACA	2	10	121310	121319	40 %	40 %	0 %	20 %	337735145
115	NC_015686	ACCAT	2	10	124050	124059	40 %	20 %	0 %	40 %	337735147
116	NC_015686	TTTAA	2	10	128612	128621	40 %	60 %	0 %	0 %	337735149
117	NC_015686	TTCAG	2	10	132109	132118	20 %	40 %	20 %	20 %	337735151
118	NC_015686	CTACA	2	10	132594	132603	40 %	20 %	0 %	40 %	337735151
119	NC_015686	ATTAC	2	10	132776	132785	40 %	40 %	0 %	20 %	337735152
120	NC_015686	CTTGC	2	10	135357	135366	0 %	40 %	20 %	40 %	337735154
121	NC_015686	ATCTT	2	10	136723	136732	20 %	60 %	0 %	20 %	337735156
122	NC_015686	TTAAT	2	10	137363	137372	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015686	AAAGA	2	10	138751	138760	80 %	0 %	20 %	0 %	337735158
124	NC_015686	ATAAA	2	10	139335	139344	80 %	20 %	0 %	0 %	337735158
125	NC_015686	TTGGA	2	10	140570	140579	20 %	40 %	40 %	0 %	337735159
126	NC_015686	TTATT	2	10	141910	141919	20 %	80 %	0 %	0 %	337735161
127	NC_015686	TATTT	2	10	143319	143328	20 %	80 %	0 %	0 %	337735163
128	NC_015686	TAAAT	2	10	144136	144145	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015686	CTCTT	2	10	148207	148216	0 %	60 %	0 %	40 %	337735167
130	NC_015686	CTATC	2	10	148239	148248	20 %	40 %	0 %	40 %	337735167
131	NC_015686	ATGTT	2	10	148832	148841	20 %	60 %	20 %	0 %	337735168
132	NC_015686	TTTCT	2	10	149131	149140	0 %	80 %	0 %	20 %	337735168
133	NC_015686	TTTCC	2	10	149243	149252	0 %	60 %	0 %	40 %	337735168
134	NC_015686	AATAA	2	10	150306	150315	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015686	GGCTT	2	10	150800	150809	0 %	40 %	40 %	20 %	337735170
136	NC_015686	TTACT	2	10	151384	151393	20 %	60 %	0 %	20 %	337735170
137	NC_015686	TCTTA	2	10	151860	151869	20 %	60 %	0 %	20 %	337735170
138	NC_015686	AATAT	2	10	152329	152338	60 %	40 %	0 %	0 %	337735171
139	NC_015686	ATTTT	2	10	152616	152625	20 %	80 %	0 %	0 %	337735171
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.