MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Halopiger xanaduensis SH-6 plasmid pHALXA02

Total Repeats: 114

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015667	ACATCG	2	12	2000	2011	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	336251563
2	NC_015667	TTCGGC	2	12	4712	4723	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251566
3	NC_015667	CCGAGA	2	12	7717	7728	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251567
4	NC_015667	CGTCGA	2	12	8136	8147	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	336251568
5	NC_015667	TCGAAA	2	12	10299	10310	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	336251568
6	NC_015667	AGTACG	2	12	15408	15419	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_015667	CGACGC	2	12	16103	16114	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	336251572
8	NC_015667	GTCTTC	2	12	19983	19994	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_015667	AGTTTC	2	12	20085	20096	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_015667	GCGGTG	2	12	24713	24724	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	336251584
11	NC_015667	TCGCGC	2	12	30607	30618	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	336251588
12	NC_015667	GGTCGG	2	12	31056	31067	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	336251589
13	NC_015667	TACTTT	2	12	31738	31749	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_015667	TTTTCG	2	12	32945	32956	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	336251590
15	NC_015667	TACCAA	2	12	33343	33354	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_015667	TCACGG	2	12	33603	33614	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	336251591
17	NC_015667	ACATCC	2	12	33957	33968	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	336251591
18	NC_015667	TTTCAC	2	12	34497	34508	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_015667	ACGAGG	2	12	39783	39794	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	336251597
20	NC_015667	TGAAGA	2	12	42479	42490	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	336251601
21	NC_015667	TTGTCG	2	12	46008	46019	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	336251604
22	NC_015667	GGTCAA	2	12	47049	47060	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	336251605
23	NC_015667	GATCCC	2	12	47677	47688	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	336251605
24	NC_015667	TGGATG	2	12	50204	50215	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	336251607
25	NC_015667	GGTGCG	2	12	56187	56198	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_015667	CACCGC	2	12	56781	56792	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_015667	GCTTTC	2	12	56846	56857	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_015667	TACAGG	2	12	57131	57142	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_015667	GTCGAA	2	12	63102	63113	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	336251620
30	NC_015667	CTCGAA	2	12	63309	63320	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	336251620
31	NC_015667	CACGGC	2	12	64376	64387	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	336251622
32	NC_015667	GAAGCG	2	12	64913	64924	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	336251622
33	NC_015667	CCAACG	2	12	65712	65723	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	336251623
34	NC_015667	GTGATG	2	12	66741	66752	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	336251624
35	NC_015667	CATCGC	2	12	66914	66925	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	336251624
36	NC_015667	CGCCGA	2	12	67624	67635	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	336251625
37	NC_015667	GAGGGC	2	12	71108	71119	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	336251629
38	NC_015667	ATCTGG	2	12	71873	71884	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	336251631
39	NC_015667	ACGCCC	2	12	72282	72293	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	336251631
40	NC_015667	TCGACG	2	12	72303	72314	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	336251631
41	NC_015667	ACGATC	2	12	73144	73155	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	336251632
42	NC_015667	ATTCAC	2	12	74975	74986	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	336251633
43	NC_015667	GGGCGA	2	12	75839	75850	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_015667	AATCCA	2	12	76989	77000	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	336251635
45	NC_015667	TTGAGT	2	12	77071	77082	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	336251635
46	NC_015667	AGTCGA	2	12	78609	78620	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	336251637
47	NC_015667	CCGTCT	2	12	81042	81053	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
48	NC_015667	ATGACG	2	12	84122	84133	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	336251642
49	NC_015667	TCGATC	2	12	85949	85960	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	336251643
50	NC_015667	TTCACG	2	12	87253	87264	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	336251644
51	NC_015667	TTCGAA	2	12	89373	89384	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	336251647
52	NC_015667	GGCGTA	2	12	91379	91390	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	336251649
53	NC_015667	CCGTCG	2	12	92155	92166	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	336251650
54	NC_015667	CCGTCG	2	12	92362	92373	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	336251650
55	NC_015667	GTCGAA	2	12	94713	94724	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	336251652
56	NC_015667	GTGCGT	2	12	98063	98074	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	336251657
57	NC_015667	TCATCG	2	12	98938	98949	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	336251658
58	NC_015667	TGGCGG	2	12	99267	99278	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	336251659
59	NC_015667	CATCGA	2	12	99621	99632	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_015667	GATTCG	2	12	104759	104770	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	336251666
61	NC_015667	CGCGAC	2	12	105609	105620	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
62	NC_015667	CGGTCG	2	12	108989	109000	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	336251669
63	NC_015667	CGCGGC	2	12	111068	111079	0 %	0 %	50 %	50 %	336251671
64	NC_015667	TGTCGA	2	12	112362	112373	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	336251672
65	NC_015667	CGTGGA	2	12	113408	113419	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	336251674
66	NC_015667	CCCGAT	2	12	119183	119194	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	336251681
67	NC_015667	CGAGCA	2	12	122158	122169	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251683
68	NC_015667	CAGTTC	2	12	122453	122464	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	336251684
69	NC_015667	GCGTGC	2	12	123021	123032	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	336251684
70	NC_015667	CGAGCA	2	12	123469	123480	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251684
71	NC_015667	GTCGCG	2	12	124606	124617	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_015667	GTGCTC	2	12	124763	124774	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_015667	AAGACC	2	12	125950	125961	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	336251686
74	NC_015667	GATCGA	2	12	126137	126148	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	336251686
75	NC_015667	ACGCCG	2	12	126859	126870	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	336251687
76	NC_015667	CGTCGC	2	12	127887	127898	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	336251689
77	NC_015667	CGAGCG	2	12	129749	129760	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	336251690
78	NC_015667	GAGGAC	2	12	129882	129893	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	336251690
79	NC_015667	CGGCCG	2	12	131906	131917	0 %	0 %	50 %	50 %	336251691
80	NC_015667	GACGTC	2	12	138049	138060	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	336251696
81	NC_015667	ACTCGT	2	12	140396	140407	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	336251698
82	NC_015667	GTTCGA	2	12	142112	142123	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	336251701
83	NC_015667	GGCGTC	2	12	142317	142328	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	336251701
84	NC_015667	CGAACG	2	12	142391	142402	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251701
85	NC_015667	CTCGAC	2	12	142659	142670	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	336251701
86	NC_015667	CCGACG	2	12	143465	143476	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	336251702
87	NC_015667	CGCGGT	2	12	145734	145745	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_015667	CGAGTA	2	12	146237	146248	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	336251706
89	NC_015667	GGATCG	2	12	149916	149927	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	336251709
90	NC_015667	CGTCTC	2	12	150047	150058	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	336251709
91	NC_015667	CGAAGT	2	12	150679	150690	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	336251709
92	NC_015667	CGAGAT	2	12	151489	151500	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	336251710
93	NC_015667	CGACAC	2	12	152570	152581	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	336251710
94	NC_015667	CTGACG	2	12	154055	154066	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	336251712
95	NC_015667	AACGCG	2	12	154821	154832	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251713
96	NC_015667	ACAGTG	2	12	156153	156164	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	336251716
97	NC_015667	CCGTCA	2	12	157858	157869	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
98	NC_015667	TCCCGA	2	12	159818	159829	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	336251719
99	NC_015667	CCGAAG	2	12	160129	160140	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251720
100	NC_015667	ACGAAC	2	12	160165	160176	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	336251720
101	NC_015667	GAGATG	2	12	164971	164982	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	336251725
102	NC_015667	TCACGA	2	12	165111	165122	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	336251725
103	NC_015667	CGCTCG	2	12	165481	165492	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	336251726
104	NC_015667	CGGAAT	2	12	168018	168029	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	336251729
105	NC_015667	GTCGCG	2	12	170499	170510	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	336251733
106	NC_015667	GTCGAC	2	12	171219	171230	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	336251734
107	NC_015667	TCCCGA	2	12	174700	174711	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	336251740
108	NC_015667	CTCGAC	2	12	175891	175902	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	336251741
109	NC_015667	TTCGAC	2	12	176224	176235	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	336251741
110	NC_015667	GTGCAA	2	12	179097	179108	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_015667	GGTTGG	2	12	179326	179337	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	336251748
112	NC_015667	CCTCGA	2	12	180067	180078	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	336251749
113	NC_015667	ACCCGG	2	12	180189	180200	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	336251749
114	NC_015667	TTTCGA	2	12	180799	180810	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	336251749

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.