MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Halopiger xanaduensis SH-6 plasmid pHALXA02

Total Repeats: 133

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015667	CCACG	2	10	1236	1245	20 %	0 %	20 %	60 %	336251563
2	NC_015667	ACTCG	2	10	5080	5089	20 %	20 %	20 %	40 %	336251566
3	NC_015667	GAGCA	2	10	6636	6645	40 %	0 %	40 %	20 %	336251567
4	NC_015667	GAACG	2	10	7766	7775	40 %	0 %	40 %	20 %	336251567
5	NC_015667	AACGA	2	10	7776	7785	60 %	0 %	20 %	20 %	336251567
6	NC_015667	TCGGC	2	10	8234	8243	0 %	20 %	40 %	40 %	336251568
7	NC_015667	TGATG	2	10	11013	11022	20 %	40 %	40 %	0 %	336251568
8	NC_015667	ACCCA	2	10	14190	14199	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
9	NC_015667	GCGGA	2	10	14955	14964	20 %	0 %	60 %	20 %	336251571
10	NC_015667	CGAGC	2	10	16031	16040	20 %	0 %	40 %	40 %	336251572
11	NC_015667	CGCCC	2	10	16162	16171	0 %	0 %	20 %	80 %	336251573
12	NC_015667	GGACA	2	10	16202	16211	40 %	0 %	40 %	20 %	336251573
13	NC_015667	GACCG	2	10	20308	20317	20 %	0 %	40 %	40 %	336251579
14	NC_015667	CCTGA	2	10	22208	22217	20 %	20 %	20 %	40 %	336251583
15	NC_015667	GTAGA	2	10	24851	24860	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015667	CCACC	2	10	26508	26517	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
17	NC_015667	CTCCG	2	10	26518	26527	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
18	NC_015667	CTCCG	2	10	28001	28010	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
19	NC_015667	ATCGG	2	10	29768	29777	20 %	20 %	40 %	20 %	336251587
20	NC_015667	CAGCT	2	10	31835	31844	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_015667	ATCTT	2	10	32216	32225	20 %	60 %	0 %	20 %	336251590
22	NC_015667	TCCGA	2	10	32646	32655	20 %	20 %	20 %	40 %	336251590
23	NC_015667	CTATA	2	10	37051	37060	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_015667	GCATG	2	10	42693	42702	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_015667	GGTGA	2	10	42807	42816	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015667	TGTCT	2	10	43760	43769	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_015667	GCTCC	2	10	47658	47667	0 %	20 %	20 %	60 %	336251605
28	NC_015667	CGAGT	2	10	47692	47701	20 %	20 %	40 %	20 %	336251605
29	NC_015667	GGCGG	2	10	47981	47990	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
30	NC_015667	ATCAA	2	10	51801	51810	60 %	20 %	0 %	20 %	336251609
31	NC_015667	GACGT	2	10	54097	54106	20 %	20 %	40 %	20 %	336251611
32	NC_015667	CTGAG	2	10	55352	55361	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_015667	CGATA	2	10	55382	55391	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_015667	ACCGC	2	10	55438	55447	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
35	NC_015667	CGCGA	2	10	56432	56441	20 %	0 %	40 %	40 %	336251612
36	NC_015667	TAGCG	2	10	60966	60975	20 %	20 %	40 %	20 %	336251617
37	NC_015667	ACGCT	2	10	63395	63404	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_015667	GACGC	3	15	64156	64170	20 %	0 %	40 %	40 %	336251622
39	NC_015667	TGTTT	2	10	69727	69736	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015667	GAGCT	2	10	70124	70133	20 %	20 %	40 %	20 %	336251629
41	NC_015667	GGCGA	2	10	72170	72179	20 %	0 %	60 %	20 %	336251631
42	NC_015667	GGATG	2	10	73658	73667	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015667	GCCAA	2	10	78779	78788	40 %	0 %	20 %	40 %	336251637
44	NC_015667	AGTTG	2	10	79630	79639	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015667	ACCGT	2	10	80113	80122	20 %	20 %	20 %	40 %	336251638
46	NC_015667	TTTCG	2	10	81271	81280	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_015667	ATCGT	2	10	89790	89799	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_015667	TCCGA	2	10	90208	90217	20 %	20 %	20 %	40 %	336251648
49	NC_015667	TCGCG	2	10	90687	90696	0 %	20 %	40 %	40 %	336251648
50	NC_015667	CCATC	2	10	93787	93796	20 %	20 %	0 %	60 %	336251651
51	NC_015667	AGTCG	2	10	94529	94538	20 %	20 %	40 %	20 %	336251652
52	NC_015667	ACGAG	2	10	97891	97900	40 %	0 %	40 %	20 %	336251657
53	NC_015667	CGGCG	2	10	98576	98585	0 %	0 %	60 %	40 %	336251658
54	NC_015667	CACGG	2	10	100335	100344	20 %	0 %	40 %	40 %	336251660
55	NC_015667	GAACC	2	10	101079	101088	40 %	0 %	20 %	40 %	336251660
56	NC_015667	GTCGA	2	10	101482	101491	20 %	20 %	40 %	20 %	336251661
57	NC_015667	CTATT	2	10	101796	101805	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_015667	CCGAT	2	10	102068	102077	20 %	20 %	20 %	40 %	336251662
59	NC_015667	GAACG	2	10	103733	103742	40 %	0 %	40 %	20 %	336251665
60	NC_015667	CCGCA	2	10	104375	104384	20 %	0 %	20 %	60 %	336251666
61	NC_015667	CGTCG	2	10	104652	104661	0 %	20 %	40 %	40 %	336251666
62	NC_015667	ATCCG	2	10	105245	105254	20 %	20 %	20 %	40 %	336251666
63	NC_015667	CGCGA	2	10	107709	107718	20 %	0 %	40 %	40 %	336251668
64	NC_015667	TCGAT	2	10	107779	107788	20 %	40 %	20 %	20 %	336251668
65	NC_015667	TCGCG	2	10	110000	110009	0 %	20 %	40 %	40 %	336251670
66	NC_015667	TCGTC	2	10	111537	111546	0 %	40 %	20 %	40 %	336251672
67	NC_015667	TCCGT	2	10	113930	113939	0 %	40 %	20 %	40 %	336251674
68	NC_015667	CGCAG	2	10	114155	114164	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_015667	GTGCT	2	10	114258	114267	0 %	40 %	40 %	20 %	336251675
70	NC_015667	CGTCG	2	10	115023	115032	0 %	20 %	40 %	40 %	336251676
71	NC_015667	GTTTC	2	10	115715	115724	0 %	60 %	20 %	20 %	336251677
72	NC_015667	GAGTC	2	10	118949	118958	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_015667	ACCGA	2	10	119000	119009	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_015667	CGATT	2	10	119235	119244	20 %	40 %	20 %	20 %	336251681
75	NC_015667	CTGAT	2	10	120537	120546	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_015667	GGCAG	2	10	122139	122148	20 %	0 %	60 %	20 %	336251683
77	NC_015667	TCCGA	2	10	122319	122328	20 %	20 %	20 %	40 %	336251683
78	NC_015667	TCAGT	2	10	122401	122410	20 %	40 %	20 %	20 %	336251683
79	NC_015667	TCGAG	2	10	124687	124696	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_015667	CGGCG	2	10	126536	126545	0 %	0 %	60 %	40 %	336251686
81	NC_015667	CGAAG	2	10	127315	127324	40 %	0 %	40 %	20 %	336251687
82	NC_015667	GCGAG	2	10	128606	128615	20 %	0 %	60 %	20 %	336251690
83	NC_015667	GCGTC	2	10	129509	129518	0 %	20 %	40 %	40 %	336251690
84	NC_015667	TCGCG	2	10	130573	130582	0 %	20 %	40 %	40 %	336251690
85	NC_015667	CGAGA	2	10	131526	131535	40 %	0 %	40 %	20 %	336251691
86	NC_015667	GCATC	2	10	132199	132208	20 %	20 %	20 %	40 %	336251691
87	NC_015667	CGCAG	2	10	132431	132440	20 %	0 %	40 %	40 %	336251691
88	NC_015667	TCCGA	2	10	133042	133051	20 %	20 %	20 %	40 %	336251691
89	NC_015667	GCCGT	2	10	135962	135971	0 %	20 %	40 %	40 %	336251694
90	NC_015667	CGGAT	2	10	136582	136591	20 %	20 %	40 %	20 %	336251695
91	NC_015667	CAGGA	2	10	139173	139182	40 %	0 %	40 %	20 %	336251697
92	NC_015667	CGCGG	2	10	139232	139241	0 %	0 %	60 %	40 %	336251697
93	NC_015667	CCGAC	2	10	139364	139373	20 %	0 %	20 %	60 %	336251697
94	NC_015667	TGGTT	2	10	141279	141288	0 %	60 %	40 %	0 %	336251699
95	NC_015667	GATCT	2	10	141467	141476	20 %	40 %	20 %	20 %	336251700
96	NC_015667	TCGTC	2	10	141572	141581	0 %	40 %	20 %	40 %	336251701
97	NC_015667	GGATC	2	10	142884	142893	20 %	20 %	40 %	20 %	336251702
98	NC_015667	GCCCG	2	10	143267	143276	0 %	0 %	40 %	60 %	336251702
99	NC_015667	CCCGA	2	10	143521	143530	20 %	0 %	20 %	60 %	336251702
100	NC_015667	CCTCG	2	10	143923	143932	0 %	20 %	20 %	60 %	336251702
101	NC_015667	ATCGG	2	10	145935	145944	20 %	20 %	40 %	20 %	336251706
102	NC_015667	AGACG	2	10	146225	146234	40 %	0 %	40 %	20 %	336251706
103	NC_015667	GAGGC	2	10	147000	147009	20 %	0 %	60 %	20 %	336251706
104	NC_015667	CGATC	2	10	148226	148235	20 %	20 %	20 %	40 %	336251708
105	NC_015667	CGGGT	2	10	149377	149386	0 %	20 %	60 %	20 %	336251709
106	NC_015667	CGTCT	2	10	151173	151182	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
107	NC_015667	GCTCT	2	10	153606	153615	0 %	40 %	20 %	40 %	336251711
108	NC_015667	CCGAG	2	10	156705	156714	20 %	0 %	40 %	40 %	336251717
109	NC_015667	CCCGT	2	10	157107	157116	0 %	20 %	20 %	60 %	336251717
110	NC_015667	GACGT	2	10	157498	157507	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_015667	ACCGA	2	10	157950	157959	40 %	0 %	20 %	40 %	336251718
112	NC_015667	CACCG	2	10	160182	160191	20 %	0 %	20 %	60 %	336251720
113	NC_015667	GGGTC	2	10	161290	161299	0 %	20 %	60 %	20 %	336251721
114	NC_015667	GGACT	2	10	163449	163458	20 %	20 %	40 %	20 %	336251724
115	NC_015667	CACGC	2	10	163824	163833	20 %	0 %	20 %	60 %	336251724
116	NC_015667	CACCG	2	10	164488	164497	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
117	NC_015667	TCGAT	2	10	165039	165048	20 %	40 %	20 %	20 %	336251725
118	NC_015667	GTCGA	2	10	167965	167974	20 %	20 %	40 %	20 %	336251729
119	NC_015667	CAGCG	2	10	168503	168512	20 %	0 %	40 %	40 %	336251730
120	NC_015667	TCGCC	2	10	168592	168601	0 %	20 %	20 %	60 %	336251730
121	NC_015667	GTCGC	2	10	170839	170848	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
122	NC_015667	ACCGT	2	10	170924	170933	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_015667	GGTGC	2	10	171397	171406	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
124	NC_015667	TTCAA	2	10	171475	171484	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_015667	ACATT	2	10	171752	171761	40 %	40 %	0 %	20 %	336251735
126	NC_015667	CTGCG	2	10	172213	172222	0 %	20 %	40 %	40 %	336251736
127	NC_015667	GACGA	2	10	172602	172611	40 %	0 %	40 %	20 %	336251737
128	NC_015667	CGCTT	2	10	174123	174132	0 %	40 %	20 %	40 %	336251739
129	NC_015667	GCCGA	2	10	174645	174654	20 %	0 %	40 %	40 %	336251740
130	NC_015667	TCCCG	2	10	174923	174932	0 %	20 %	20 %	60 %	336251740
131	NC_015667	CGCTG	2	10	177094	177103	0 %	20 %	40 %	40 %	336251743
132	NC_015667	AAGCC	2	10	177377	177386	40 %	0 %	20 %	40 %	336251744
133	NC_015667	ATTGA	2	10	177685	177694	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.