MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Halopiger xanaduensis SH-6 plasmid pHALXA02

Total Repeats: 146

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015667	AAGG	2	8	14415	14422	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015667	CACC	2	8	15116	15123	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
3	NC_015667	GAGT	2	8	15136	15143	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015667	GAGC	2	8	15247	15254	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_015667	AGCG	2	8	15536	15543	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_015667	CGGC	2	8	15601	15608	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
7	NC_015667	CTGA	2	8	15756	15763	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_015667	GTTG	2	8	18296	18303	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015667	CTAC	2	8	20976	20983	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_015667	CACC	2	8	21061	21068	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
11	NC_015667	CGTC	2	8	21071	21078	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_015667	ACCC	2	8	21092	21099	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
13	NC_015667	CATC	2	8	21826	21833	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_015667	TTAT	2	8	21970	21977	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015667	CAGC	2	8	23430	23437	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
16	NC_015667	ATCT	2	8	23489	23496	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_015667	GGTC	2	8	24838	24845	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_015667	CAGC	2	8	25053	25060	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
19	NC_015667	TTCG	2	8	25141	25148	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_015667	CGAC	2	8	25157	25164	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
21	NC_015667	CTGC	3	12	25174	25185	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
22	NC_015667	CGGG	2	8	25191	25198	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
23	NC_015667	CGCT	2	8	25395	25402	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_015667	CTCA	2	8	25439	25446	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_015667	TCGC	2	8	25456	25463	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_015667	GCGA	2	8	25488	25495	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
27	NC_015667	GTCG	2	8	25514	25521	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_015667	GACC	2	8	26491	26498	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
29	NC_015667	GCTC	2	8	26529	26536	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_015667	CGGT	2	8	27867	27874	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_015667	GCTC	2	8	28012	28019	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NC_015667	GGGC	2	8	31478	31485	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
33	NC_015667	AACC	2	8	31594	31601	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_015667	AATT	2	8	33334	33341	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015667	GAAC	2	8	37887	37894	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_015667	ACGC	2	8	37914	37921	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_015667	TTTC	2	8	38880	38887	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_015667	CATC	2	8	39910	39917	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_015667	AACA	2	8	41913	41920	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_015667	ATGA	2	8	41946	41953	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015667	GTGG	2	8	43696	43703	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015667	ACGA	2	8	43817	43824	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_015667	TCAG	2	8	44012	44019	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_015667	TTAA	2	8	44201	44208	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015667	TCCG	2	8	44600	44607	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
46	NC_015667	TAGA	2	8	47879	47886	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015667	ACCG	2	8	50404	50411	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
48	NC_015667	TAAG	2	8	51099	51106	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015667	CGGA	2	8	52350	52357	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_015667	GTTT	2	8	52869	52876	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015667	GGAC	2	8	54911	54918	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NC_015667	ACGG	2	8	55531	55538	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
53	NC_015667	CCTC	2	8	55683	55690	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
54	NC_015667	GACG	2	8	55896	55903	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_015667	GCCA	2	8	56051	56058	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_015667	TGTC	2	8	56209	56216	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_015667	TCGC	2	8	56242	56249	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
58	NC_015667	GCTC	2	8	56275	56282	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_015667	TCGG	2	8	57686	57693	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_015667	CGAG	2	8	58967	58974	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_015667	GAGC	2	8	59600	59607	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_015667	TGTT	2	8	63409	63416	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015667	CCAC	2	8	64033	64040	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
64	NC_015667	CCCG	2	8	68058	68065	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
65	NC_015667	CAGC	2	8	70086	70093	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
66	NC_015667	TGAC	2	8	72623	72630	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_015667	ACAA	2	8	72703	72710	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_015667	CGAT	2	8	73806	73813	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_015667	GCCT	2	8	75401	75408	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
70	NC_015667	TTCT	2	8	75575	75582	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_015667	TCTT	2	8	75747	75754	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_015667	TGCC	2	8	76261	76268	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
73	NC_015667	TAAC	2	8	76405	76412	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_015667	TGGC	2	8	77185	77192	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_015667	TCGT	2	8	77204	77211	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_015667	GGCG	2	8	77276	77283	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
77	NC_015667	ATCT	2	8	77548	77555	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_015667	CTTA	2	8	77563	77570	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_015667	TCGC	2	8	79025	79032	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
80	NC_015667	CAAG	2	8	81148	81155	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_015667	TCGA	2	8	82940	82947	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_015667	GGAC	2	8	83779	83786	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_015667	GTGA	2	8	84338	84345	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015667	CTTC	2	8	84720	84727	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_015667	GTCG	2	8	85262	85269	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
86	NC_015667	AACA	2	8	85390	85397	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_015667	TAGC	2	8	85399	85406	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_015667	GCTC	2	8	87690	87697	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_015667	GTCC	2	8	87990	87997	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_015667	ACGA	2	8	89750	89757	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_015667	GAAC	2	8	89910	89917	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_015667	CGAG	2	8	94770	94777	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_015667	CTCG	2	8	94785	94792	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
94	NC_015667	ACGG	2	8	95462	95469	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_015667	CCGT	2	8	95506	95513	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_015667	GGGA	2	8	96163	96170	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015667	AGTC	2	8	99655	99662	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_015667	TCCG	2	8	103584	103591	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
99	NC_015667	CTCG	2	8	103595	103602	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
100	NC_015667	TCAA	2	8	105696	105703	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_015667	GGAC	2	8	105885	105892	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
102	NC_015667	GTCG	2	8	107845	107852	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
103	NC_015667	GAAC	2	8	109244	109251	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_015667	AGCA	2	8	109445	109452	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_015667	GAAA	2	8	109600	109607	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015667	ATCG	2	8	110220	110227	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_015667	CGGG	2	8	110309	110316	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
108	NC_015667	ATCA	2	8	111289	111296	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_015667	AGCG	2	8	116225	116232	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
110	NC_015667	TCGA	2	8	117304	117311	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_015667	AATT	2	8	117378	117385	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015667	GAAC	2	8	118006	118013	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_015667	TCGA	2	8	118204	118211	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_015667	TACA	2	8	118284	118291	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_015667	GATT	2	8	120577	120584	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015667	GCCG	2	8	124534	124541	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
117	NC_015667	CGGA	2	8	124544	124551	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
118	NC_015667	CGTT	2	8	124670	124677	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_015667	TCCT	2	8	125021	125028	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_015667	AGTG	2	8	128057	128064	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015667	AGCA	2	8	144347	144354	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_015667	GTCG	2	8	151071	151078	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
123	NC_015667	GTCC	2	8	153140	153147	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
124	NC_015667	GACT	2	8	153191	153198	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_015667	ATCC	2	8	155727	155734	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_015667	ATCG	2	8	156537	156544	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_015667	TCGT	2	8	159929	159936	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_015667	GTGG	2	8	160980	160987	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015667	AAGG	2	8	161657	161664	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015667	TCGT	2	8	161746	161753	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_015667	ATCT	2	8	163054	163061	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_015667	TCAA	2	8	163166	163173	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_015667	CCGA	2	8	164171	164178	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
134	NC_015667	GCGA	2	8	165224	165231	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_015667	CTAC	2	8	165442	165449	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_015667	GTCC	2	8	167713	167720	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
137	NC_015667	CGAA	2	8	168124	168131	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_015667	ACGA	2	8	168205	168212	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_015667	CCGG	2	8	168213	168220	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
140	NC_015667	ACCG	2	8	170708	170715	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
141	NC_015667	CCAA	2	8	170725	170732	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_015667	TCCT	2	8	170789	170796	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_015667	TCGA	2	8	172821	172828	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_015667	GGTG	2	8	178485	178492	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015667	GAGG	2	8	181442	181449	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015667	CGTT	2	8	181532	181539	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.