MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Buchnera aphidicola (Cinara tujafilina) chromosome

Total Repeats: 96

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015662	TTTATT	2	12	1960	1971	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015662	TAATAT	2	12	11990	12001	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015662	TTTATT	2	12	13832	13843	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015662	TATTAA	3	18	15403	15420	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015662	TACTAT	2	12	18603	18614	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_015662	TGTTTT	2	12	43119	43130	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015662	ATTTTT	2	12	50809	50820	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015662	TAAATA	2	12	57912	57923	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015662	TTAAAA	2	12	63555	63566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015662	TTTTTA	2	12	70291	70302	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015662	ATTTTT	2	12	71164	71175	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015662	ATTTTT	2	12	71206	71217	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015662	ATTTTT	2	12	71298	71309	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015662	TAAATT	2	12	80834	80845	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015662	TTATTT	2	12	88255	88266	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015662	TTTTAA	2	12	88821	88832	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015662	TATTTT	2	12	102256	102267	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015662	TAATAT	2	12	110841	110852	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015662	TATTAA	2	12	114206	114217	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015662	TAATTT	2	12	134759	134770	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015662	ATTTTT	2	12	140423	140434	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015662	TTAATT	2	12	144988	144999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015662	TTTTAA	2	12	145397	145408	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015662	GTTTTT	2	12	145877	145888	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015662	TTTTTC	2	12	160614	160625	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_015662	ATTTTA	2	12	160663	160674	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015662	TTTTAA	2	12	166874	166885	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015662	ATTAGA	2	12	176069	176080	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015662	ATTTTT	2	12	178063	178074	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015662	TTATAT	2	12	179348	179359	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015662	ATTTTT	2	12	180665	180676	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015662	ATATTT	2	12	189145	189156	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015662	TTAAAA	2	12	196636	196647	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015662	ATTTAA	2	12	202672	202683	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015662	TTTTAA	2	12	205726	205737	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015662	GTGTTT	2	12	233085	233096	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015662	TATTGA	2	12	234227	234238	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015662	TATAAA	2	12	240672	240683	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015662	AATATT	2	12	241566	241577	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015662	ATAAAA	2	12	244138	244149	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015662	ATTTAT	2	12	246709	246720	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015662	ATTTTT	2	12	249598	249609	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015662	TTATAT	2	12	252603	252614	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015662	AATATT	2	12	254832	254843	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015662	TTTTTA	2	12	256857	256868	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015662	AATTAA	2	12	264696	264707	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015662	ATTTTT	2	12	266067	266078	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015662	TAAAAA	2	12	269365	269376	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015662	AAAGAA	2	12	269474	269485	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015662	ATTTAT	2	12	271112	271123	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015662	ATATAA	2	12	273309	273320	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015662	TTAATT	2	12	275681	275692	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015662	TATTTT	2	12	277647	277658	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015662	ATTAAA	2	12	277842	277853	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015662	ATATTT	2	12	285397	285408	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015662	ATTTAT	2	12	288935	288946	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015662	TATATT	2	12	302518	302529	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015662	TAATCA	2	12	302725	302736	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_015662	AAATAA	2	12	312310	312321	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015662	ATTATA	2	12	312457	312468	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015662	TTAAAT	2	12	317470	317481	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015662	ATTTTT	2	12	320112	320123	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015662	ATTTTT	2	12	320180	320191	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015662	ATATCA	2	12	320578	320589	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_015662	ATATAC	2	12	320590	320601	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_015662	AATAAA	2	12	327804	327815	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015662	ATATTT	2	12	335278	335289	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015662	AAATAT	2	12	337368	337379	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015662	AGAAAA	2	12	340177	340188	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015662	TAAAAT	2	12	340252	340263	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015662	AAAAAT	2	12	340397	340408	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015662	ATATAA	2	12	340624	340635	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015662	TTTATA	2	12	340862	340873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015662	GGAATT	2	12	354971	354982	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015662	AGAAAA	2	12	354997	355008	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015662	TTTATA	2	12	367685	367696	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015662	TAAAAA	2	12	368266	368277	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015662	ATAAAT	2	12	377216	377227	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015662	TAATTT	2	12	377234	377245	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015662	AATAAA	2	12	378980	378991	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015662	TCGTAT	2	12	379563	379574	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_015662	AAAAAT	2	12	381714	381725	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015662	TAAAAA	2	12	403707	403718	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015662	AATAAA	2	12	411514	411525	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015662	TAAAAA	2	12	413176	413187	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015662	AATTTT	2	12	415908	415919	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015662	TAAAAA	2	12	416026	416037	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015662	ATTAGG	2	12	417321	417332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015662	TCATAA	2	12	417453	417464	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_015662	ATATAA	2	12	417504	417515	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015662	TAAATT	2	12	418402	418413	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015662	ATTTTA	2	12	421321	421332	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015662	ATTTTT	2	12	428202	428213	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015662	TAAATA	2	12	435637	435648	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015662	ATTTTT	2	12	437622	437633	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015662	ATTTAT	2	12	442004	442015	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.