MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Halopiger xanaduensis SH-6 plasmid pHALXA03

Total Repeats: 54

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015659	GCTAC	2	10	426	435	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_015659	CAGCG	2	10	4052	4061	20 %	0 %	40 %	40 %	336251464
3	NC_015659	ACGCG	2	10	5202	5211	20 %	0 %	40 %	40 %	336251467
4	NC_015659	CGGCC	2	10	6076	6085	0 %	0 %	40 %	60 %	336251468
5	NC_015659	ACACA	2	10	9508	9517	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_015659	GCGAA	2	10	10396	10405	40 %	0 %	40 %	20 %	336251474
7	NC_015659	GATCT	2	10	11055	11064	20 %	40 %	20 %	20 %	336251474
8	NC_015659	CCGAC	2	10	11761	11770	20 %	0 %	20 %	60 %	336251475
9	NC_015659	CAGAG	2	10	13207	13216	40 %	0 %	40 %	20 %	336251477
10	NC_015659	GTTCG	2	10	13443	13452	0 %	40 %	40 %	20 %	336251477
11	NC_015659	TTCGA	2	10	16150	16159	20 %	40 %	20 %	20 %	336251479
12	NC_015659	CGCGA	2	10	16280	16289	20 %	0 %	40 %	40 %	336251480
13	NC_015659	AGCGA	2	10	17004	17013	40 %	0 %	40 %	20 %	336251481
14	NC_015659	TCGGA	2	10	18265	18274	20 %	20 %	40 %	20 %	336251484
15	NC_015659	CGGAC	2	10	19749	19758	20 %	0 %	40 %	40 %	336251485
16	NC_015659	CGATC	2	10	21701	21710	20 %	20 %	20 %	40 %	336251489
17	NC_015659	CGACG	2	10	22425	22434	20 %	0 %	40 %	40 %	336251491
18	NC_015659	AATCG	2	10	23614	23623	40 %	20 %	20 %	20 %	336251495
19	NC_015659	GCTTC	2	10	24028	24037	0 %	40 %	20 %	40 %	336251495
20	NC_015659	CGTTC	2	10	24143	24152	0 %	40 %	20 %	40 %	336251496
21	NC_015659	GCGCC	2	10	28407	28416	0 %	0 %	40 %	60 %	336251503
22	NC_015659	CCGAC	2	10	28437	28446	20 %	0 %	20 %	60 %	336251503
23	NC_015659	TGCCG	2	10	29311	29320	0 %	20 %	40 %	40 %	336251506
24	NC_015659	GACCG	2	10	32113	32122	20 %	0 %	40 %	40 %	336251514
25	NC_015659	CCCGT	2	10	33531	33540	0 %	20 %	20 %	60 %	336251519
26	NC_015659	CACGG	2	10	34274	34283	20 %	0 %	40 %	40 %	336251520
27	NC_015659	GTTTC	2	10	35691	35700	0 %	60 %	20 %	20 %	336251523
28	NC_015659	CGCGA	2	10	37516	37525	20 %	0 %	40 %	40 %	336251526
29	NC_015659	CGACG	2	10	37788	37797	20 %	0 %	40 %	40 %	336251527
30	NC_015659	GAACT	2	10	38650	38659	40 %	20 %	20 %	20 %	336251528
31	NC_015659	CGGGC	2	10	39258	39267	0 %	0 %	60 %	40 %	336251529
32	NC_015659	TCCAA	2	10	41740	41749	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_015659	CGAAA	2	10	42413	42422	60 %	0 %	20 %	20 %	336251535
34	NC_015659	TTCGA	2	10	43628	43637	20 %	40 %	20 %	20 %	336251536
35	NC_015659	TCCAG	2	10	44181	44190	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_015659	TGCCC	2	10	48051	48060	0 %	20 %	20 %	60 %	336251541
37	NC_015659	TTTCG	2	10	48622	48631	0 %	60 %	20 %	20 %	336251541
38	NC_015659	CACGC	2	10	50145	50154	20 %	0 %	20 %	60 %	336251542
39	NC_015659	AGCGC	2	10	50394	50403	20 %	0 %	40 %	40 %	336251542
40	NC_015659	TCGGC	2	10	50682	50691	0 %	20 %	40 %	40 %	336251542
41	NC_015659	AGCGA	2	10	51213	51222	40 %	0 %	40 %	20 %	336251542
42	NC_015659	CGATT	2	10	52670	52679	20 %	40 %	20 %	20 %	336251543
43	NC_015659	CTTCA	2	10	52712	52721	20 %	40 %	0 %	40 %	336251543
44	NC_015659	CGATC	2	10	54563	54572	20 %	20 %	20 %	40 %	336251546
45	NC_015659	GGTTG	2	10	55116	55125	0 %	40 %	60 %	0 %	336251548
46	NC_015659	TCGAG	2	10	55516	55525	20 %	20 %	40 %	20 %	336251548
47	NC_015659	GCGCC	2	10	57356	57365	0 %	0 %	40 %	60 %	336251550
48	NC_015659	TTGTG	2	10	59128	59137	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015659	CCGTC	2	10	59347	59356	0 %	20 %	20 %	60 %	336251553
50	NC_015659	GTCGA	2	10	60917	60926	20 %	20 %	40 %	20 %	336251554
51	NC_015659	TCGTT	2	10	61095	61104	0 %	60 %	20 %	20 %	336251554
52	NC_015659	GTCGC	2	10	61717	61726	0 %	20 %	40 %	40 %	336251555
53	NC_015659	CATCG	2	10	62054	62063	20 %	20 %	20 %	40 %	336251555
54	NC_015659	GACGT	2	10	64383	64392	20 %	20 %	40 %	20 %	336251557

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.