MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Halopiger xanaduensis SH-6 plasmid pHALXA03

Total Repeats: 202

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015659	ACGC	2	8	32	39	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_015659	ATTG	2	8	46	53	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015659	CGAC	2	8	508	515	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_015659	GCCG	2	8	843	850	0 %	0 %	50 %	50 %	336251462
5	NC_015659	CGCC	2	8	2035	2042	0 %	0 %	25 %	75 %	336251463
6	NC_015659	GCCG	2	8	2283	2290	0 %	0 %	50 %	50 %	336251463
7	NC_015659	ATCG	2	8	2443	2450	25 %	25 %	25 %	25 %	336251463
8	NC_015659	GACT	2	8	2617	2624	25 %	25 %	25 %	25 %	336251463
9	NC_015659	GCAA	2	8	2801	2808	50 %	0 %	25 %	25 %	336251463
10	NC_015659	GTCG	2	8	4375	4382	0 %	25 %	50 %	25 %	336251464
11	NC_015659	GCCC	2	8	4616	4623	0 %	0 %	25 %	75 %	336251465
12	NC_015659	ACCG	2	8	5181	5188	25 %	0 %	25 %	50 %	336251467
13	NC_015659	CGAG	2	8	5256	5263	25 %	0 %	50 %	25 %	336251467
14	NC_015659	CGGC	2	8	5491	5498	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
15	NC_015659	CGGT	2	8	5692	5699	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_015659	GTCG	2	8	5727	5734	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_015659	ACCG	2	8	5822	5829	25 %	0 %	25 %	50 %	336251468
18	NC_015659	GGCC	2	8	7640	7647	0 %	0 %	50 %	50 %	336251471
19	NC_015659	GTTA	2	8	7858	7865	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015659	GACG	2	8	8024	8031	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
21	NC_015659	CGCC	2	8	8511	8518	0 %	0 %	25 %	75 %	336251472
22	NC_015659	CGAC	2	8	8550	8557	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_015659	ACAA	2	8	8620	8627	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_015659	GGGA	2	8	9302	9309	25 %	0 %	75 %	0 %	336251473
25	NC_015659	GATT	2	8	9456	9463	25 %	50 %	25 %	0 %	336251473
26	NC_015659	TCAC	2	8	9647	9654	25 %	25 %	0 %	50 %	336251474
27	NC_015659	CGTT	2	8	10381	10388	0 %	50 %	25 %	25 %	336251474
28	NC_015659	CGGC	2	8	11152	11159	0 %	0 %	50 %	50 %	336251474
29	NC_015659	CGAT	2	8	11608	11615	25 %	25 %	25 %	25 %	336251474
30	NC_015659	CCGT	2	8	11813	11820	0 %	25 %	25 %	50 %	336251475
31	NC_015659	GCCG	2	8	11932	11939	0 %	0 %	50 %	50 %	336251475
32	NC_015659	GGTC	2	8	11952	11959	0 %	25 %	50 %	25 %	336251475
33	NC_015659	AGTT	2	8	12158	12165	25 %	50 %	25 %	0 %	336251476
34	NC_015659	GACG	2	8	12633	12640	25 %	0 %	50 %	25 %	336251476
35	NC_015659	ACTC	2	8	12733	12740	25 %	25 %	0 %	50 %	336251477
36	NC_015659	CGAC	2	8	12967	12974	25 %	0 %	25 %	50 %	336251477
37	NC_015659	CGAC	2	8	13888	13895	25 %	0 %	25 %	50 %	336251477
38	NC_015659	GATC	2	8	13970	13977	25 %	25 %	25 %	25 %	336251477
39	NC_015659	CACC	2	8	14459	14466	25 %	0 %	0 %	75 %	336251478
40	NC_015659	GATC	2	8	14691	14698	25 %	25 %	25 %	25 %	336251478
41	NC_015659	ACGC	2	8	14973	14980	25 %	0 %	25 %	50 %	336251478
42	NC_015659	GCCG	2	8	15247	15254	0 %	0 %	50 %	50 %	336251478
43	NC_015659	TGAC	2	8	15931	15938	25 %	25 %	25 %	25 %	336251478
44	NC_015659	CTCG	2	8	16255	16262	0 %	25 %	25 %	50 %	336251480
45	NC_015659	CGAC	2	8	16547	16554	25 %	0 %	25 %	50 %	336251481
46	NC_015659	GCCC	2	8	16569	16576	0 %	0 %	25 %	75 %	336251481
47	NC_015659	CCGA	2	8	16744	16751	25 %	0 %	25 %	50 %	336251481
48	NC_015659	GGTG	2	8	17383	17390	0 %	25 %	75 %	0 %	336251483
49	NC_015659	CGAC	2	8	17602	17609	25 %	0 %	25 %	50 %	336251484
50	NC_015659	CCGG	2	8	17686	17693	0 %	0 %	50 %	50 %	336251484
51	NC_015659	CAGC	2	8	18158	18165	25 %	0 %	25 %	50 %	336251484
52	NC_015659	TCGA	2	8	18429	18436	25 %	25 %	25 %	25 %	336251484
53	NC_015659	CCGA	2	8	18648	18655	25 %	0 %	25 %	50 %	336251484
54	NC_015659	GAAC	2	8	18662	18669	50 %	0 %	25 %	25 %	336251484
55	NC_015659	CCGA	2	8	18769	18776	25 %	0 %	25 %	50 %	336251484
56	NC_015659	CCGC	2	8	18799	18806	0 %	0 %	25 %	75 %	336251484
57	NC_015659	TGAC	2	8	19586	19593	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_015659	CGAA	2	8	19904	19911	50 %	0 %	25 %	25 %	336251485
59	NC_015659	ACGA	2	8	20666	20673	50 %	0 %	25 %	25 %	336251486
60	NC_015659	TCGA	2	8	20761	20768	25 %	25 %	25 %	25 %	336251487
61	NC_015659	CCGA	2	8	20800	20807	25 %	0 %	25 %	50 %	336251487
62	NC_015659	ATCG	2	8	21299	21306	25 %	25 %	25 %	25 %	336251488
63	NC_015659	GTCC	2	8	21310	21317	0 %	25 %	25 %	50 %	336251488
64	NC_015659	ACCG	2	8	21486	21493	25 %	0 %	25 %	50 %	336251489
65	NC_015659	CGGC	2	8	21565	21572	0 %	0 %	50 %	50 %	336251489
66	NC_015659	CCGA	2	8	21813	21820	25 %	0 %	25 %	50 %	336251489
67	NC_015659	CAAC	2	8	22191	22198	50 %	0 %	0 %	50 %	336251491
68	NC_015659	GGTC	2	8	22313	22320	0 %	25 %	50 %	25 %	336251491
69	NC_015659	CAGC	2	8	22371	22378	25 %	0 %	25 %	50 %	336251491
70	NC_015659	CCGC	2	8	22454	22461	0 %	0 %	25 %	75 %	336251491
71	NC_015659	CGAC	2	8	22545	22552	25 %	0 %	25 %	50 %	336251491
72	NC_015659	CTCG	2	8	22986	22993	0 %	25 %	25 %	50 %	336251492
73	NC_015659	CGAC	2	8	23365	23372	25 %	0 %	25 %	50 %	336251494
74	NC_015659	GGTG	2	8	24664	24671	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015659	CGGA	2	8	24833	24840	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_015659	GATC	2	8	25145	25152	25 %	25 %	25 %	25 %	336251498
77	NC_015659	GCGT	2	8	25801	25808	0 %	25 %	50 %	25 %	336251498
78	NC_015659	CCGA	2	8	26107	26114	25 %	0 %	25 %	50 %	336251499
79	NC_015659	GCTC	2	8	26539	26546	0 %	25 %	25 %	50 %	336251500
80	NC_015659	GTCA	2	8	27474	27481	25 %	25 %	25 %	25 %	336251500
81	NC_015659	TCAA	2	8	27698	27705	50 %	25 %	0 %	25 %	336251501
82	NC_015659	GGTC	2	8	27798	27805	0 %	25 %	50 %	25 %	336251501
83	NC_015659	TCGA	2	8	27968	27975	25 %	25 %	25 %	25 %	336251501
84	NC_015659	CGAT	2	8	28767	28774	25 %	25 %	25 %	25 %	336251505
85	NC_015659	TCGC	2	8	28909	28916	0 %	25 %	25 %	50 %	336251505
86	NC_015659	CGCT	2	8	29375	29382	0 %	25 %	25 %	50 %	336251506
87	NC_015659	GTCC	2	8	29502	29509	0 %	25 %	25 %	50 %	336251507
88	NC_015659	GGCG	2	8	29704	29711	0 %	0 %	75 %	25 %	336251508
89	NC_015659	CGGC	2	8	29954	29961	0 %	0 %	50 %	50 %	336251509
90	NC_015659	CGGA	2	8	30423	30430	25 %	0 %	50 %	25 %	336251510
91	NC_015659	CCGG	2	8	30740	30747	0 %	0 %	50 %	50 %	336251511
92	NC_015659	GCTC	2	8	31489	31496	0 %	25 %	25 %	50 %	336251513
93	NC_015659	CGTT	2	8	31516	31523	0 %	50 %	25 %	25 %	336251513
94	NC_015659	TCGG	2	8	31840	31847	0 %	25 %	50 %	25 %	336251514
95	NC_015659	CGAC	2	8	31868	31875	25 %	0 %	25 %	50 %	336251514
96	NC_015659	TCAC	2	8	32435	32442	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_015659	GTCG	2	8	32650	32657	0 %	25 %	50 %	25 %	336251515
98	NC_015659	ACGA	2	8	32979	32986	50 %	0 %	25 %	25 %	336251516
99	NC_015659	AACA	2	8	33079	33086	75 %	0 %	0 %	25 %	336251516
100	NC_015659	CGAG	2	8	33416	33423	25 %	0 %	50 %	25 %	336251518
101	NC_015659	CTCG	2	8	34176	34183	0 %	25 %	25 %	50 %	336251520
102	NC_015659	GCGA	2	8	34249	34256	25 %	0 %	50 %	25 %	336251520
103	NC_015659	ATCG	2	8	34570	34577	25 %	25 %	25 %	25 %	336251520
104	NC_015659	GGCC	2	8	34930	34937	0 %	0 %	50 %	50 %	336251522
105	NC_015659	GATT	2	8	36041	36048	25 %	50 %	25 %	0 %	336251524
106	NC_015659	TGAC	2	8	36249	36256	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_015659	CGAC	2	8	36959	36966	25 %	0 %	25 %	50 %	336251526
108	NC_015659	GCGA	2	8	37082	37089	25 %	0 %	50 %	25 %	336251526
109	NC_015659	GGCC	2	8	37958	37965	0 %	0 %	50 %	50 %	336251527
110	NC_015659	GCCG	2	8	38002	38009	0 %	0 %	50 %	50 %	336251527
111	NC_015659	GCTC	2	8	38013	38020	0 %	25 %	25 %	50 %	336251527
112	NC_015659	CGAC	2	8	38138	38145	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
113	NC_015659	CGGC	2	8	38264	38271	0 %	0 %	50 %	50 %	336251528
114	NC_015659	CGTG	2	8	38446	38453	0 %	25 %	50 %	25 %	336251528
115	NC_015659	GTCG	2	8	38620	38627	0 %	25 %	50 %	25 %	336251528
116	NC_015659	CGAG	2	8	38819	38826	25 %	0 %	50 %	25 %	336251529
117	NC_015659	GACC	2	8	39136	39143	25 %	0 %	25 %	50 %	336251529
118	NC_015659	CGCC	2	8	39524	39531	0 %	0 %	25 %	75 %	336251530
119	NC_015659	GCAC	2	8	39841	39848	25 %	0 %	25 %	50 %	336251531
120	NC_015659	GCCA	2	8	39877	39884	25 %	0 %	25 %	50 %	336251531
121	NC_015659	TTCG	2	8	39937	39944	0 %	50 %	25 %	25 %	336251531
122	NC_015659	CGCA	2	8	40283	40290	25 %	0 %	25 %	50 %	336251531
123	NC_015659	CCCA	2	8	40624	40631	25 %	0 %	0 %	75 %	336251532
124	NC_015659	GCTG	2	8	40746	40753	0 %	25 %	50 %	25 %	336251532
125	NC_015659	GCCG	2	8	40957	40964	0 %	0 %	50 %	50 %	336251532
126	NC_015659	CGTT	2	8	41672	41679	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_015659	ACGA	2	8	42063	42070	50 %	0 %	25 %	25 %	336251534
128	NC_015659	TGGG	2	8	42791	42798	0 %	25 %	75 %	0 %	336251535
129	NC_015659	GCGG	2	8	43061	43068	0 %	0 %	75 %	25 %	336251535
130	NC_015659	GGAC	2	8	43947	43954	25 %	0 %	50 %	25 %	336251537
131	NC_015659	AGGT	2	8	44057	44064	25 %	25 %	50 %	0 %	336251537
132	NC_015659	CTGT	2	8	44106	44113	0 %	50 %	25 %	25 %	336251537
133	NC_015659	CCAC	2	8	44145	44152	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
134	NC_015659	TGGT	2	8	44468	44475	0 %	50 %	50 %	0 %	336251538
135	NC_015659	ATCG	2	8	44600	44607	25 %	25 %	25 %	25 %	336251539
136	NC_015659	GGTC	2	8	45152	45159	0 %	25 %	50 %	25 %	336251539
137	NC_015659	CGAG	2	8	45727	45734	25 %	0 %	50 %	25 %	336251539
138	NC_015659	TCGT	2	8	46118	46125	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_015659	CGTT	2	8	46590	46597	0 %	50 %	25 %	25 %	336251540
140	NC_015659	TTCG	2	8	46863	46870	0 %	50 %	25 %	25 %	336251540
141	NC_015659	CGCT	2	8	47371	47378	0 %	25 %	25 %	50 %	336251541
142	NC_015659	GTCG	2	8	47676	47683	0 %	25 %	50 %	25 %	336251541
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.