MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Halopiger xanaduensis SH-6 plasmid pHALXA03

Total Repeats: 173

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015659	GCCG	2	8	843	850	0 %	0 %	50 %	50 %	336251462
2	NC_015659	CGCC	2	8	2035	2042	0 %	0 %	25 %	75 %	336251463
3	NC_015659	GCCG	2	8	2283	2290	0 %	0 %	50 %	50 %	336251463
4	NC_015659	ATCG	2	8	2443	2450	25 %	25 %	25 %	25 %	336251463
5	NC_015659	GACT	2	8	2617	2624	25 %	25 %	25 %	25 %	336251463
6	NC_015659	GCAA	2	8	2801	2808	50 %	0 %	25 %	25 %	336251463
7	NC_015659	GTCG	2	8	4375	4382	0 %	25 %	50 %	25 %	336251464
8	NC_015659	GCCC	2	8	4616	4623	0 %	0 %	25 %	75 %	336251465
9	NC_015659	ACCG	2	8	5181	5188	25 %	0 %	25 %	50 %	336251467
10	NC_015659	CGAG	2	8	5256	5263	25 %	0 %	50 %	25 %	336251467
11	NC_015659	ACCG	2	8	5822	5829	25 %	0 %	25 %	50 %	336251468
12	NC_015659	GGCC	2	8	7640	7647	0 %	0 %	50 %	50 %	336251471
13	NC_015659	CGCC	2	8	8511	8518	0 %	0 %	25 %	75 %	336251472
14	NC_015659	GGGA	2	8	9302	9309	25 %	0 %	75 %	0 %	336251473
15	NC_015659	GATT	2	8	9456	9463	25 %	50 %	25 %	0 %	336251473
16	NC_015659	TCAC	2	8	9647	9654	25 %	25 %	0 %	50 %	336251474
17	NC_015659	CGTT	2	8	10381	10388	0 %	50 %	25 %	25 %	336251474
18	NC_015659	CGGC	2	8	11152	11159	0 %	0 %	50 %	50 %	336251474
19	NC_015659	CGAT	2	8	11608	11615	25 %	25 %	25 %	25 %	336251474
20	NC_015659	CCGT	2	8	11813	11820	0 %	25 %	25 %	50 %	336251475
21	NC_015659	GCCG	2	8	11932	11939	0 %	0 %	50 %	50 %	336251475
22	NC_015659	GGTC	2	8	11952	11959	0 %	25 %	50 %	25 %	336251475
23	NC_015659	AGTT	2	8	12158	12165	25 %	50 %	25 %	0 %	336251476
24	NC_015659	GACG	2	8	12633	12640	25 %	0 %	50 %	25 %	336251476
25	NC_015659	ACTC	2	8	12733	12740	25 %	25 %	0 %	50 %	336251477
26	NC_015659	CGAC	2	8	12967	12974	25 %	0 %	25 %	50 %	336251477
27	NC_015659	CGAC	2	8	13888	13895	25 %	0 %	25 %	50 %	336251477
28	NC_015659	GATC	2	8	13970	13977	25 %	25 %	25 %	25 %	336251477
29	NC_015659	CACC	2	8	14459	14466	25 %	0 %	0 %	75 %	336251478
30	NC_015659	GATC	2	8	14691	14698	25 %	25 %	25 %	25 %	336251478
31	NC_015659	ACGC	2	8	14973	14980	25 %	0 %	25 %	50 %	336251478
32	NC_015659	GCCG	2	8	15247	15254	0 %	0 %	50 %	50 %	336251478
33	NC_015659	TGAC	2	8	15931	15938	25 %	25 %	25 %	25 %	336251478
34	NC_015659	CTCG	2	8	16255	16262	0 %	25 %	25 %	50 %	336251480
35	NC_015659	CGAC	2	8	16547	16554	25 %	0 %	25 %	50 %	336251481
36	NC_015659	GCCC	2	8	16569	16576	0 %	0 %	25 %	75 %	336251481
37	NC_015659	CCGA	2	8	16744	16751	25 %	0 %	25 %	50 %	336251481
38	NC_015659	GGTG	2	8	17383	17390	0 %	25 %	75 %	0 %	336251483
39	NC_015659	CGAC	2	8	17602	17609	25 %	0 %	25 %	50 %	336251484
40	NC_015659	CCGG	2	8	17686	17693	0 %	0 %	50 %	50 %	336251484
41	NC_015659	CAGC	2	8	18158	18165	25 %	0 %	25 %	50 %	336251484
42	NC_015659	TCGA	2	8	18429	18436	25 %	25 %	25 %	25 %	336251484
43	NC_015659	CCGA	2	8	18648	18655	25 %	0 %	25 %	50 %	336251484
44	NC_015659	GAAC	2	8	18662	18669	50 %	0 %	25 %	25 %	336251484
45	NC_015659	CCGA	2	8	18769	18776	25 %	0 %	25 %	50 %	336251484
46	NC_015659	CCGC	2	8	18799	18806	0 %	0 %	25 %	75 %	336251484
47	NC_015659	CGAA	2	8	19904	19911	50 %	0 %	25 %	25 %	336251485
48	NC_015659	ACGA	2	8	20666	20673	50 %	0 %	25 %	25 %	336251486
49	NC_015659	TCGA	2	8	20761	20768	25 %	25 %	25 %	25 %	336251487
50	NC_015659	CCGA	2	8	20800	20807	25 %	0 %	25 %	50 %	336251487
51	NC_015659	ATCG	2	8	21299	21306	25 %	25 %	25 %	25 %	336251488
52	NC_015659	GTCC	2	8	21310	21317	0 %	25 %	25 %	50 %	336251488
53	NC_015659	ACCG	2	8	21486	21493	25 %	0 %	25 %	50 %	336251489
54	NC_015659	CGGC	2	8	21565	21572	0 %	0 %	50 %	50 %	336251489
55	NC_015659	CCGA	2	8	21813	21820	25 %	0 %	25 %	50 %	336251489
56	NC_015659	CAAC	2	8	22191	22198	50 %	0 %	0 %	50 %	336251491
57	NC_015659	GGTC	2	8	22313	22320	0 %	25 %	50 %	25 %	336251491
58	NC_015659	CAGC	2	8	22371	22378	25 %	0 %	25 %	50 %	336251491
59	NC_015659	CCGC	2	8	22454	22461	0 %	0 %	25 %	75 %	336251491
60	NC_015659	CGAC	2	8	22545	22552	25 %	0 %	25 %	50 %	336251491
61	NC_015659	CTCG	2	8	22986	22993	0 %	25 %	25 %	50 %	336251492
62	NC_015659	CGAC	2	8	23365	23372	25 %	0 %	25 %	50 %	336251494
63	NC_015659	GATC	2	8	25145	25152	25 %	25 %	25 %	25 %	336251498
64	NC_015659	GCGT	2	8	25801	25808	0 %	25 %	50 %	25 %	336251498
65	NC_015659	CCGA	2	8	26107	26114	25 %	0 %	25 %	50 %	336251499
66	NC_015659	GCTC	2	8	26539	26546	0 %	25 %	25 %	50 %	336251500
67	NC_015659	GTCA	2	8	27474	27481	25 %	25 %	25 %	25 %	336251500
68	NC_015659	TCAA	2	8	27698	27705	50 %	25 %	0 %	25 %	336251501
69	NC_015659	GGTC	2	8	27798	27805	0 %	25 %	50 %	25 %	336251501
70	NC_015659	TCGA	2	8	27968	27975	25 %	25 %	25 %	25 %	336251501
71	NC_015659	CGAT	2	8	28767	28774	25 %	25 %	25 %	25 %	336251505
72	NC_015659	TCGC	2	8	28909	28916	0 %	25 %	25 %	50 %	336251505
73	NC_015659	CGCT	2	8	29375	29382	0 %	25 %	25 %	50 %	336251506
74	NC_015659	GTCC	2	8	29502	29509	0 %	25 %	25 %	50 %	336251507
75	NC_015659	GGCG	2	8	29704	29711	0 %	0 %	75 %	25 %	336251508
76	NC_015659	CGGC	2	8	29954	29961	0 %	0 %	50 %	50 %	336251509
77	NC_015659	CGGA	2	8	30423	30430	25 %	0 %	50 %	25 %	336251510
78	NC_015659	CCGG	2	8	30740	30747	0 %	0 %	50 %	50 %	336251511
79	NC_015659	GCTC	2	8	31489	31496	0 %	25 %	25 %	50 %	336251513
80	NC_015659	CGTT	2	8	31516	31523	0 %	50 %	25 %	25 %	336251513
81	NC_015659	TCGG	2	8	31840	31847	0 %	25 %	50 %	25 %	336251514
82	NC_015659	CGAC	2	8	31868	31875	25 %	0 %	25 %	50 %	336251514
83	NC_015659	GTCG	2	8	32650	32657	0 %	25 %	50 %	25 %	336251515
84	NC_015659	ACGA	2	8	32979	32986	50 %	0 %	25 %	25 %	336251516
85	NC_015659	AACA	2	8	33079	33086	75 %	0 %	0 %	25 %	336251516
86	NC_015659	CGAG	2	8	33416	33423	25 %	0 %	50 %	25 %	336251518
87	NC_015659	CTCG	2	8	34176	34183	0 %	25 %	25 %	50 %	336251520
88	NC_015659	GCGA	2	8	34249	34256	25 %	0 %	50 %	25 %	336251520
89	NC_015659	ATCG	2	8	34570	34577	25 %	25 %	25 %	25 %	336251520
90	NC_015659	GGCC	2	8	34930	34937	0 %	0 %	50 %	50 %	336251522
91	NC_015659	GATT	2	8	36041	36048	25 %	50 %	25 %	0 %	336251524
92	NC_015659	CGAC	2	8	36959	36966	25 %	0 %	25 %	50 %	336251526
93	NC_015659	GCGA	2	8	37082	37089	25 %	0 %	50 %	25 %	336251526
94	NC_015659	GGCC	2	8	37958	37965	0 %	0 %	50 %	50 %	336251527
95	NC_015659	GCCG	2	8	38002	38009	0 %	0 %	50 %	50 %	336251527
96	NC_015659	GCTC	2	8	38013	38020	0 %	25 %	25 %	50 %	336251527
97	NC_015659	CGGC	2	8	38264	38271	0 %	0 %	50 %	50 %	336251528
98	NC_015659	CGTG	2	8	38446	38453	0 %	25 %	50 %	25 %	336251528
99	NC_015659	GTCG	2	8	38620	38627	0 %	25 %	50 %	25 %	336251528
100	NC_015659	CGAG	2	8	38819	38826	25 %	0 %	50 %	25 %	336251529
101	NC_015659	GACC	2	8	39136	39143	25 %	0 %	25 %	50 %	336251529
102	NC_015659	CGCC	2	8	39524	39531	0 %	0 %	25 %	75 %	336251530
103	NC_015659	GCAC	2	8	39841	39848	25 %	0 %	25 %	50 %	336251531
104	NC_015659	GCCA	2	8	39877	39884	25 %	0 %	25 %	50 %	336251531
105	NC_015659	TTCG	2	8	39937	39944	0 %	50 %	25 %	25 %	336251531
106	NC_015659	CGCA	2	8	40283	40290	25 %	0 %	25 %	50 %	336251531
107	NC_015659	CCCA	2	8	40624	40631	25 %	0 %	0 %	75 %	336251532
108	NC_015659	GCTG	2	8	40746	40753	0 %	25 %	50 %	25 %	336251532
109	NC_015659	GCCG	2	8	40957	40964	0 %	0 %	50 %	50 %	336251532
110	NC_015659	ACGA	2	8	42063	42070	50 %	0 %	25 %	25 %	336251534
111	NC_015659	TGGG	2	8	42791	42798	0 %	25 %	75 %	0 %	336251535
112	NC_015659	GCGG	2	8	43061	43068	0 %	0 %	75 %	25 %	336251535
113	NC_015659	GGAC	2	8	43947	43954	25 %	0 %	50 %	25 %	336251537
114	NC_015659	AGGT	2	8	44057	44064	25 %	25 %	50 %	0 %	336251537
115	NC_015659	CTGT	2	8	44106	44113	0 %	50 %	25 %	25 %	336251537
116	NC_015659	TGGT	2	8	44468	44475	0 %	50 %	50 %	0 %	336251538
117	NC_015659	ATCG	2	8	44600	44607	25 %	25 %	25 %	25 %	336251539
118	NC_015659	GGTC	2	8	45152	45159	0 %	25 %	50 %	25 %	336251539
119	NC_015659	CGAG	2	8	45727	45734	25 %	0 %	50 %	25 %	336251539
120	NC_015659	CGTT	2	8	46590	46597	0 %	50 %	25 %	25 %	336251540
121	NC_015659	TTCG	2	8	46863	46870	0 %	50 %	25 %	25 %	336251540
122	NC_015659	CGCT	2	8	47371	47378	0 %	25 %	25 %	50 %	336251541
123	NC_015659	GTCG	2	8	47676	47683	0 %	25 %	50 %	25 %	336251541
124	NC_015659	CGGT	2	8	47861	47868	0 %	25 %	50 %	25 %	336251541
125	NC_015659	GTCG	2	8	49448	49455	0 %	25 %	50 %	25 %	336251541
126	NC_015659	CGGT	2	8	49511	49518	0 %	25 %	50 %	25 %	336251541
127	NC_015659	GTTT	2	8	49626	49633	0 %	75 %	25 %	0 %	336251541
128	NC_015659	CCGG	2	8	49728	49735	0 %	0 %	50 %	50 %	336251542
129	NC_015659	CGAG	2	8	49866	49873	25 %	0 %	50 %	25 %	336251542
130	NC_015659	GTCG	2	8	50232	50239	0 %	25 %	50 %	25 %	336251542
131	NC_015659	CTCG	2	8	50281	50288	0 %	25 %	25 %	50 %	336251542
132	NC_015659	GGTC	2	8	50364	50371	0 %	25 %	50 %	25 %	336251542
133	NC_015659	GCCG	2	8	50542	50549	0 %	0 %	50 %	50 %	336251542
134	NC_015659	CGAG	2	8	51027	51034	25 %	0 %	50 %	25 %	336251542
135	NC_015659	AGCG	2	8	51295	51302	25 %	0 %	50 %	25 %	336251542
136	NC_015659	CCGA	2	8	53235	53242	25 %	0 %	25 %	50 %	336251543
137	NC_015659	GCAG	2	8	53395	53402	25 %	0 %	50 %	25 %	336251543
138	NC_015659	CGGC	2	8	54042	54049	0 %	0 %	50 %	50 %	336251544
139	NC_015659	TCCA	2	8	54065	54072	25 %	25 %	0 %	50 %	336251544
140	NC_015659	CGAT	2	8	54143	54150	25 %	25 %	25 %	25 %	336251544
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.