MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Halopiger xanaduensis SH-6 plasmid pHALXA01

Total Repeats: 75

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015658	TCCTC	2	10	2197	2206	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
2	NC_015658	TCTCT	2	10	2370	2379	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
3	NC_015658	TCGAA	2	10	3076	3085	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_015658	TCCTC	2	10	3322	3331	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
5	NC_015658	AGTAC	2	10	3389	3398	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_015658	CATTC	2	10	3771	3780	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_015658	AATGA	2	10	4146	4155	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015658	ATTCG	2	10	7653	7662	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_015658	GTCGC	2	10	9634	9643	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_015658	GAAAT	2	10	14987	14996	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015658	TGATT	2	10	16116	16125	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015658	CGGCG	2	10	38228	38237	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
13	NC_015658	GTTTC	2	10	41966	41975	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_015658	GACCG	2	10	46991	47000	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
15	NC_015658	TCGGT	2	10	52153	52162	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_015658	CGCTC	2	10	58921	58930	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
17	NC_015658	GACCG	2	10	59011	59020	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_015658	ACCGA	2	10	62163	62172	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_015658	CGTCT	2	10	69152	69161	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_015658	AACGC	2	10	104203	104212	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_015658	CCGAA	2	10	104352	104361	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_015658	CGATC	2	10	124457	124466	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_015658	AGTAA	2	10	133287	133296	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015658	CGAAC	2	10	142109	142118	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_015658	GAACG	2	10	149156	149165	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_015658	GGTCG	2	10	149788	149797	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
27	NC_015658	TTCGA	2	10	150087	150096	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_015658	AGTAT	2	10	150147	150156	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015658	CGCGA	2	10	168978	168987	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_015658	TACCG	2	10	184370	184379	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_015658	CGGCT	2	10	185649	185658	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_015658	GAACG	2	10	217749	217758	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_015658	ACCGA	2	10	239813	239822	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_015658	CGCGG	2	10	241037	241046	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
35	NC_015658	TCTCG	2	10	241159	241168	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_015658	AGTCA	2	10	243573	243582	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_015658	GACGG	2	10	252123	252132	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
38	NC_015658	CCGAG	2	10	254981	254990	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
39	NC_015658	GCCCA	2	10	257718	257727	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
40	NC_015658	ATGGT	2	10	257865	257874	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015658	ATCGA	2	10	257985	257994	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015658	ATAAC	2	10	263379	263388	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015658	CGCGG	2	10	268759	268768	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
44	NC_015658	ACGAA	2	10	273033	273042	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015658	CGGAA	2	10	275069	275078	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_015658	GAACG	2	10	275092	275101	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_015658	TCGAT	2	10	284687	284696	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_015658	ATATT	2	10	293249	293258	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015658	GGTTC	2	10	296250	296259	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_015658	ACGAT	2	10	301089	301098	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_015658	GACTG	2	10	302186	302195	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_015658	ACACC	2	10	307422	307431	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
53	NC_015658	ATATA	2	10	313024	313033	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015658	CCGTT	2	10	313163	313172	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_015658	CCGTC	2	10	319248	319257	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
56	NC_015658	GACCG	2	10	322734	322743	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
57	NC_015658	TTTAG	2	10	326561	326570	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015658	ACAGC	2	10	331687	331696	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_015658	CCGGA	2	10	344497	344506	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_015658	AGGAA	2	10	348009	348018	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015658	TAATA	2	10	362232	362241	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015658	GTCTA	2	10	364347	364356	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_015658	GCCCC	2	10	365792	365801	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
64	NC_015658	GTATC	2	10	366294	366303	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_015658	CCATA	2	10	375171	375180	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
66	NC_015658	AATTC	2	10	380753	380762	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_015658	ATATC	2	10	386645	386654	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_015658	GATCG	2	10	387314	387323	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_015658	CTGTT	2	10	395448	395457	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_015658	CTTCG	2	10	414469	414478	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_015658	TAGTA	2	10	416244	416253	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015658	ATGAA	2	10	418867	418876	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015658	TCGCC	2	10	422510	422519	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
74	NC_015658	TGTCC	2	10	422520	422529	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_015658	ACTAA	2	10	431494	431503	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.