MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Halopiger xanaduensis SH-6 plasmid pHALXA01

Total Repeats: 259

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015658	GCACG	2	10	11679	11688	20 %	0 %	40 %	40 %	336251759
2	NC_015658	CGTAT	2	10	16623	16632	20 %	40 %	20 %	20 %	336251762
3	NC_015658	CCAGT	2	10	18019	18028	20 %	20 %	20 %	40 %	336251764
4	NC_015658	ATCGA	2	10	18053	18062	40 %	20 %	20 %	20 %	336251764
5	NC_015658	ATTCG	2	10	18688	18697	20 %	40 %	20 %	20 %	336251764
6	NC_015658	ATCGA	2	10	18707	18716	40 %	20 %	20 %	20 %	336251764
7	NC_015658	GACGG	2	10	19308	19317	20 %	0 %	60 %	20 %	336251765
8	NC_015658	CGTCG	2	10	19642	19651	0 %	20 %	40 %	40 %	336251765
9	NC_015658	GACGG	2	10	20968	20977	20 %	0 %	60 %	20 %	336251766
10	NC_015658	CTGGA	2	10	22715	22724	20 %	20 %	40 %	20 %	336251767
11	NC_015658	GTTCG	2	10	23141	23150	0 %	40 %	40 %	20 %	336251768
12	NC_015658	GATCG	2	10	23684	23693	20 %	20 %	40 %	20 %	336251770
13	NC_015658	ACGAT	2	10	24627	24636	40 %	20 %	20 %	20 %	336251770
14	NC_015658	TCCGG	2	10	26009	26018	0 %	20 %	40 %	40 %	336251772
15	NC_015658	GCGGG	2	10	26073	26082	0 %	0 %	80 %	20 %	336251772
16	NC_015658	GAATC	2	10	26228	26237	40 %	20 %	20 %	20 %	336251772
17	NC_015658	GGGTC	2	10	34460	34469	0 %	20 %	60 %	20 %	336251778
18	NC_015658	GGGAC	2	10	37714	37723	20 %	0 %	60 %	20 %	336251780
19	NC_015658	GACGG	2	10	38084	38093	20 %	0 %	60 %	20 %	336251780
20	NC_015658	CGGTC	2	10	38671	38680	0 %	20 %	40 %	40 %	336251781
21	NC_015658	ACTCG	2	10	40895	40904	20 %	20 %	20 %	40 %	336251783
22	NC_015658	GGTCC	2	10	41566	41575	0 %	20 %	40 %	40 %	336251783
23	NC_015658	CGAAC	2	10	45240	45249	40 %	0 %	20 %	40 %	336251786
24	NC_015658	ACCGG	2	10	45316	45325	20 %	0 %	40 %	40 %	336251786
25	NC_015658	GATCG	2	10	45529	45538	20 %	20 %	40 %	20 %	336251786
26	NC_015658	GCTCG	2	10	46021	46030	0 %	20 %	40 %	40 %	336251787
27	NC_015658	CAGCG	2	10	46207	46216	20 %	0 %	40 %	40 %	336251787
28	NC_015658	TGCGT	2	10	46316	46325	0 %	40 %	40 %	20 %	336251787
29	NC_015658	GTCCG	2	10	50477	50486	0 %	20 %	40 %	40 %	336251790
30	NC_015658	ACGCG	2	10	55682	55691	20 %	0 %	40 %	40 %	336251796
31	NC_015658	CGAAC	2	10	58858	58867	40 %	0 %	20 %	40 %	336251798
32	NC_015658	GGCGA	2	10	59403	59412	20 %	0 %	60 %	20 %	336251799
33	NC_015658	CGATC	2	10	59888	59897	20 %	20 %	20 %	40 %	336251799
34	NC_015658	CCCGA	2	10	59910	59919	20 %	0 %	20 %	60 %	336251799
35	NC_015658	GATCG	2	10	60462	60471	20 %	20 %	40 %	20 %	336251799
36	NC_015658	ACCGA	2	10	64179	64188	40 %	0 %	20 %	40 %	336251800
37	NC_015658	CGGCC	2	10	66814	66823	0 %	0 %	40 %	60 %	336251803
38	NC_015658	CCGCG	2	10	67454	67463	0 %	0 %	40 %	60 %	336251803
39	NC_015658	GTGAC	2	10	67869	67878	20 %	20 %	40 %	20 %	336251804
40	NC_015658	GTCGT	2	10	79740	79749	0 %	40 %	40 %	20 %	336251812
41	NC_015658	CGGCG	2	10	80785	80794	0 %	0 %	60 %	40 %	336251813
42	NC_015658	TCGGT	2	10	81363	81372	0 %	40 %	40 %	20 %	336251813
43	NC_015658	CACTT	2	10	85671	85680	20 %	40 %	0 %	40 %	336251815
44	NC_015658	GCGTC	2	10	86044	86053	0 %	20 %	40 %	40 %	336251815
45	NC_015658	CTTCG	2	10	90085	90094	0 %	40 %	20 %	40 %	336251817
46	NC_015658	CGAAC	2	10	91334	91343	40 %	0 %	20 %	40 %	336251817
47	NC_015658	CGTCG	2	10	91496	91505	0 %	20 %	40 %	40 %	336251817
48	NC_015658	TCGGG	2	10	95086	95095	0 %	20 %	60 %	20 %	336251821
49	NC_015658	ATCGA	2	10	95210	95219	40 %	20 %	20 %	20 %	336251821
50	NC_015658	GCACT	2	10	96844	96853	20 %	20 %	20 %	40 %	336251822
51	NC_015658	GATCC	2	10	99347	99356	20 %	20 %	20 %	40 %	336251823
52	NC_015658	TCGAC	2	10	100691	100700	20 %	20 %	20 %	40 %	336251825
53	NC_015658	CCCGA	2	10	102514	102523	20 %	0 %	20 %	60 %	336251827
54	NC_015658	GTACG	2	10	103344	103353	20 %	20 %	40 %	20 %	336251828
55	NC_015658	GCGAC	2	10	103654	103663	20 %	0 %	40 %	40 %	336251828
56	NC_015658	CTGGT	2	10	104890	104899	0 %	40 %	40 %	20 %	336251829
57	NC_015658	GATCC	2	10	108870	108879	20 %	20 %	20 %	40 %	336251831
58	NC_015658	GCCGC	2	10	108883	108892	0 %	0 %	40 %	60 %	336251831
59	NC_015658	ACCCG	2	10	109145	109154	20 %	0 %	20 %	60 %	336251831
60	NC_015658	CCGGC	2	10	110904	110913	0 %	0 %	40 %	60 %	336251833
61	NC_015658	ACTCG	2	10	111929	111938	20 %	20 %	20 %	40 %	336251834
62	NC_015658	TCGGC	2	10	113428	113437	0 %	20 %	40 %	40 %	336251836
63	NC_015658	CGGCG	2	10	114244	114253	0 %	0 %	60 %	40 %	336251836
64	NC_015658	GCGAC	2	10	116235	116244	20 %	0 %	40 %	40 %	336251837
65	NC_015658	CGCAG	2	10	120068	120077	20 %	0 %	40 %	40 %	336251842
66	NC_015658	GCTTC	2	10	121726	121735	0 %	40 %	20 %	40 %	336251843
67	NC_015658	TTGTC	3	15	125373	125387	0 %	60 %	20 %	20 %	336251845
68	NC_015658	TCCGC	2	10	128459	128468	0 %	20 %	20 %	60 %	336251849
69	NC_015658	ACCGC	2	10	134250	134259	20 %	0 %	20 %	60 %	336251854
70	NC_015658	ACGCC	2	10	142402	142411	20 %	0 %	20 %	60 %	336251863
71	NC_015658	CGGCG	2	10	145142	145151	0 %	0 %	60 %	40 %	336251867
72	NC_015658	GTCGC	2	10	148608	148617	0 %	20 %	40 %	40 %	336251868
73	NC_015658	GGACG	2	10	151309	151318	20 %	0 %	60 %	20 %	336251873
74	NC_015658	GGCCG	2	10	151726	151735	0 %	0 %	60 %	40 %	336251873
75	NC_015658	ACTCG	2	10	153914	153923	20 %	20 %	20 %	40 %	336251874
76	NC_015658	ACTGT	2	10	158416	158425	20 %	40 %	20 %	20 %	336251879
77	NC_015658	TCGGT	2	10	159372	159381	0 %	40 %	40 %	20 %	336251880
78	NC_015658	GTCGC	2	10	161245	161254	0 %	20 %	40 %	40 %	336251880
79	NC_015658	GCCGA	2	10	161523	161532	20 %	0 %	40 %	40 %	336251880
80	NC_015658	CGGGC	2	10	161634	161643	0 %	0 %	60 %	40 %	336251880
81	NC_015658	GGGAG	2	10	164461	164470	20 %	0 %	80 %	0 %	336251883
82	NC_015658	GACCT	2	10	165012	165021	20 %	20 %	20 %	40 %	336251883
83	NC_015658	GTCGT	2	10	167435	167444	0 %	40 %	40 %	20 %	336251885
84	NC_015658	GGACA	2	10	167657	167666	40 %	0 %	40 %	20 %	336251885
85	NC_015658	TCCGG	2	10	168832	168841	0 %	20 %	40 %	40 %	336251886
86	NC_015658	GAACC	2	10	169437	169446	40 %	0 %	20 %	40 %	336251887
87	NC_015658	ACGCC	2	10	171012	171021	20 %	0 %	20 %	60 %	336251887
88	NC_015658	GACGC	2	10	173943	173952	20 %	0 %	40 %	40 %	336251890
89	NC_015658	CATCG	2	10	174362	174371	20 %	20 %	20 %	40 %	336251891
90	NC_015658	CATAC	2	10	175415	175424	40 %	20 %	0 %	40 %	336251891
91	NC_015658	TCGCG	2	10	178013	178022	0 %	20 %	40 %	40 %	336251894
92	NC_015658	GACTG	2	10	180089	180098	20 %	20 %	40 %	20 %	336251896
93	NC_015658	CGGCG	2	10	182511	182520	0 %	0 %	60 %	40 %	336251898
94	NC_015658	CGTCT	2	10	183821	183830	0 %	40 %	20 %	40 %	336251899
95	NC_015658	GCGAC	2	10	183852	183861	20 %	0 %	40 %	40 %	336251899
96	NC_015658	TCGGG	2	10	184977	184986	0 %	20 %	60 %	20 %	336251900
97	NC_015658	CGTCG	2	10	186959	186968	0 %	20 %	40 %	40 %	336251901
98	NC_015658	GTCGT	2	10	186969	186978	0 %	40 %	40 %	20 %	336251901
99	NC_015658	CGTGA	2	10	189435	189444	20 %	20 %	40 %	20 %	336251902
100	NC_015658	CGCGG	2	10	189841	189850	0 %	0 %	60 %	40 %	336251903
101	NC_015658	GGCTG	2	10	190585	190594	0 %	20 %	60 %	20 %	336251903
102	NC_015658	GCGAC	2	10	191750	191759	20 %	0 %	40 %	40 %	336251903
103	NC_015658	GAACG	2	10	193192	193201	40 %	0 %	40 %	20 %	336251904
104	NC_015658	AGCGA	2	10	194407	194416	40 %	0 %	40 %	20 %	336251904
105	NC_015658	GACCG	2	10	196400	196409	20 %	0 %	40 %	40 %	336251905
106	NC_015658	TTCGA	2	10	197934	197943	20 %	40 %	20 %	20 %	336251906
107	NC_015658	ATCGA	2	10	199384	199393	40 %	20 %	20 %	20 %	336251908
108	NC_015658	TCGAT	2	10	201412	201421	20 %	40 %	20 %	20 %	336251908
109	NC_015658	CGAGC	2	10	202095	202104	20 %	0 %	40 %	40 %	336251909
110	NC_015658	GCATC	2	10	202378	202387	20 %	20 %	20 %	40 %	336251909
111	NC_015658	GTTTC	2	10	203953	203962	0 %	60 %	20 %	20 %	336251911
112	NC_015658	CGTTC	2	10	204150	204159	0 %	40 %	20 %	40 %	336251911
113	NC_015658	TCCGT	2	10	204339	204348	0 %	40 %	20 %	40 %	336251911
114	NC_015658	CGTCC	2	10	205809	205818	0 %	20 %	20 %	60 %	336251913
115	NC_015658	GCCGG	2	10	208759	208768	0 %	0 %	60 %	40 %	336251915
116	NC_015658	CTCGT	2	10	208827	208836	0 %	40 %	20 %	40 %	336251915
117	NC_015658	TCGAT	2	10	209346	209355	20 %	40 %	20 %	20 %	336251916
118	NC_015658	GATCG	2	10	213119	213128	20 %	20 %	40 %	20 %	336251917
119	NC_015658	AGGTC	2	10	214779	214788	20 %	20 %	40 %	20 %	336251920
120	NC_015658	TCTCG	2	10	216778	216787	0 %	40 %	20 %	40 %	336251921
121	NC_015658	GGAGA	2	10	217958	217967	40 %	0 %	60 %	0 %	336251922
122	NC_015658	GCGAC	2	10	218556	218565	20 %	0 %	40 %	40 %	336251922
123	NC_015658	CGAAC	2	10	220054	220063	40 %	0 %	20 %	40 %	336251922
124	NC_015658	GGACG	2	10	220840	220849	20 %	0 %	60 %	20 %	336251923
125	NC_015658	CTTCG	2	10	221341	221350	0 %	40 %	20 %	40 %	336251923
126	NC_015658	CCGGG	2	10	222226	222235	0 %	0 %	60 %	40 %	336251923
127	NC_015658	CGAAC	2	10	224036	224045	40 %	0 %	20 %	40 %	336251925
128	NC_015658	CCGCC	2	10	224079	224088	0 %	0 %	20 %	80 %	336251925
129	NC_015658	CGACG	2	10	226313	226322	20 %	0 %	40 %	40 %	336251927
130	NC_015658	GATCG	2	10	228338	228347	20 %	20 %	40 %	20 %	336251931
131	NC_015658	ACCGC	2	10	229374	229383	20 %	0 %	20 %	60 %	336251933
132	NC_015658	TCGTC	2	10	230431	230440	0 %	40 %	20 %	40 %	336251935
133	NC_015658	CCGCG	2	10	230483	230492	0 %	0 %	40 %	60 %	336251935
134	NC_015658	TCCGA	2	10	232752	232761	20 %	20 %	20 %	40 %	336251938
135	NC_015658	TATCG	2	10	235614	235623	20 %	40 %	20 %	20 %	336251940
136	NC_015658	ACGGA	2	10	235725	235734	40 %	0 %	40 %	20 %	336251940
137	NC_015658	GGATC	2	10	236282	236291	20 %	20 %	40 %	20 %	336251940
138	NC_015658	ACCGG	2	10	238926	238935	20 %	0 %	40 %	40 %	336251942
139	NC_015658	TGTCG	2	10	240219	240228	0 %	40 %	40 %	20 %	336251943
140	NC_015658	GCCGC	2	10	241568	241577	0 %	0 %	40 %	60 %	336251944
141	NC_015658	GGGGA	2	10	244844	244853	20 %	0 %	80 %	0 %	336251945
142	NC_015658	CAACT	2	10	245551	245560	40 %	20 %	0 %	40 %	336251946
143	NC_015658	TCGAT	2	10	246992	247001	20 %	40 %	20 %	20 %	336251947
144	NC_015658	CGAGG	2	10	247546	247555	20 %	0 %	60 %	20 %	336251948
145	NC_015658	GCAGC	2	10	248022	248031	20 %	0 %	40 %	40 %	336251948
146	NC_015658	GATCG	2	10	248122	248131	20 %	20 %	40 %	20 %	336251948
147	NC_015658	AGCGA	2	10	249655	249664	40 %	0 %	40 %	20 %	336251950
148	NC_015658	TCTCG	2	10	251451	251460	0 %	40 %	20 %	40 %	336251951
149	NC_015658	TCGAC	2	10	253868	253877	20 %	20 %	20 %	40 %	336251952
150	NC_015658	GGCGA	2	10	254663	254672	20 %	0 %	60 %	20 %	336251953
151	NC_015658	CTCGA	2	10	258318	258327	20 %	20 %	20 %	40 %	336251955
152	NC_015658	GTCGC	2	10	260605	260614	0 %	20 %	40 %	40 %	336251956
153	NC_015658	ACCGA	2	10	264020	264029	40 %	0 %	20 %	40 %	336251957
154	NC_015658	CGAAG	2	10	266037	266046	40 %	0 %	40 %	20 %	336251957
155	NC_015658	TCGTA	2	10	267610	267619	20 %	40 %	20 %	20 %	336251958
156	NC_015658	TCGAT	2	10	272039	272048	20 %	40 %	20 %	20 %	336251961
157	NC_015658	CCGGT	2	10	272746	272755	0 %	20 %	40 %	40 %	336251962
158	NC_015658	TCGAG	2	10	274290	274299	20 %	20 %	40 %	20 %	336251965
159	NC_015658	GCCTC	2	10	274523	274532	0 %	20 %	20 %	60 %	336251965
160	NC_015658	GGATC	2	10	274659	274668	20 %	20 %	40 %	20 %	336251965
161	NC_015658	GATCG	2	10	275354	275363	20 %	20 %	40 %	20 %	336251966
162	NC_015658	GTATC	2	10	275674	275683	20 %	40 %	20 %	20 %	336251966
163	NC_015658	CCGAC	2	10	276316	276325	20 %	0 %	20 %	60 %	336251967
164	NC_015658	CCGGA	2	10	277638	277647	20 %	0 %	40 %	40 %	336251968
165	NC_015658	CGATC	2	10	278515	278524	20 %	20 %	20 %	40 %	336251970
166	NC_015658	TCGGC	2	10	281120	281129	0 %	20 %	40 %	40 %	336251971
167	NC_015658	CGAGT	2	10	283708	283717	20 %	20 %	40 %	20 %	336251974
168	NC_015658	TCGCC	2	10	283746	283755	0 %	20 %	20 %	60 %	336251974
169	NC_015658	GCTTC	2	10	284362	284371	0 %	40 %	20 %	40 %	336251975
170	NC_015658	ATCGC	2	10	286661	286670	20 %	20 %	20 %	40 %	336251978
171	NC_015658	GATCG	2	10	293023	293032	20 %	20 %	40 %	20 %	336251984
172	NC_015658	AGTCG	2	10	293432	293441	20 %	20 %	40 %	20 %	336251985
173	NC_015658	GGACG	2	10	295804	295813	20 %	0 %	60 %	20 %	336251986
174	NC_015658	TCGGC	2	10	296872	296881	0 %	20 %	40 %	40 %	336251987
175	NC_015658	CGGCC	2	10	305254	305263	0 %	0 %	40 %	60 %	336251994
176	NC_015658	GATCG	2	10	305286	305295	20 %	20 %	40 %	20 %	336251994
177	NC_015658	CCGGG	2	10	310884	310893	0 %	0 %	60 %	40 %	336251998
178	NC_015658	GAGCC	2	10	312604	312613	20 %	0 %	40 %	40 %	336252000
179	NC_015658	CACCG	2	10	313648	313657	20 %	0 %	20 %	60 %	336252001
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183	NC_015658	GCCGG	2	10	318711	318720	0 %	0 %	60 %	40 %	336252005
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185	NC_015658	CGATA	2	10	321718	321727	40 %	20 %	20 %	20 %	336252007
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192	NC_015658	CGATC	2	10	331915	331924	20 %	20 %	20 %	40 %	336252018
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199	NC_015658	TCACC	2	10	338125	338134	20 %	20 %	0 %	60 %	336252023
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201	NC_015658	CGAGC	2	10	345025	345034	20 %	0 %	40 %	40 %	336252029
202	NC_015658	CGAGC	2	10	346910	346919	20 %	0 %	40 %	40 %	336252030
203	NC_015658	GACCG	2	10	347207	347216	20 %	0 %	40 %	40 %	336252030
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241	NC_015658	CGGTC	2	10	407589	407598	0 %	20 %	40 %	40 %	336252078
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244	NC_015658	GTTCG	2	10	411271	411280	0 %	40 %	40 %	20 %	336252080
245	NC_015658	CGCGG	2	10	412649	412658	0 %	0 %	60 %	40 %	336252081
246	NC_015658	GTCTC	2	10	413924	413933	0 %	40 %	20 %	40 %	336252082
247	NC_015658	GGGCT	2	10	414074	414083	0 %	20 %	60 %	20 %	336252082
248	NC_015658	GACAC	2	10	416998	417007	40 %	0 %	20 %	40 %	336252084
249	NC_015658	AGTCT	2	10	420275	420284	20 %	40 %	20 %	20 %	336252086
250	NC_015658	GGACG	2	10	423035	423044	20 %	0 %	60 %	20 %	336252088
251	NC_015658	GTCGA	2	10	423385	423394	20 %	20 %	40 %	20 %	336252088
252	NC_015658	CCGCG	2	10	423671	423680	0 %	0 %	40 %	60 %	336252088
253	NC_015658	CCACC	2	10	425937	425946	20 %	0 %	0 %	80 %	336252089
254	NC_015658	GCGCC	2	10	426901	426910	0 %	0 %	40 %	60 %	336252089
255	NC_015658	TTGTC	2	10	427222	427231	0 %	60 %	20 %	20 %	336252089
256	NC_015658	AATCG	2	10	427792	427801	40 %	20 %	20 %	20 %	336252090
257	NC_015658	GTCGT	2	10	432524	432533	0 %	40 %	40 %	20 %	336252094
258	NC_015658	CCGGT	2	10	432776	432785	0 %	20 %	40 %	40 %	336252094
259	NC_015658	CCGCC	2	10	433449	433458	0 %	0 %	20 %	80 %	336252094

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.