MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanothermococcus okinawensis IH1 chromosome

Total Repeats: 390

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015636	AAAATA	2	12	4781	4792	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015636	ATTAAA	2	12	12041	12052	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015636	TTTATA	2	12	26126	26137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015636	ATTAAA	2	12	30161	30172	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015636	AAATTA	2	12	32825	32836	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015636	AAAATA	2	12	34000	34011	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015636	CATTAT	2	12	55717	55728	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_015636	ATTTAT	2	12	55931	55942	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015636	TAATAT	2	12	55966	55977	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015636	AATTAA	2	12	58430	58441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015636	AAATTA	2	12	58460	58471	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015636	ATTTAA	2	12	62406	62417	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015636	TAAAAA	2	12	76127	76138	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015636	TTAATA	2	12	78048	78059	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015636	TTTTTA	2	12	78120	78131	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015636	TAAAAG	2	12	80397	80408	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015636	ATTAAA	2	12	80783	80794	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015636	AAAGAA	2	12	81116	81127	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015636	ATATTT	2	12	83737	83748	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015636	ATTAAA	2	12	83936	83947	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015636	ATAAAA	2	12	97606	97617	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015636	ATAATT	2	12	103642	103653	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015636	ATCATT	2	12	110032	110043	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_015636	TTTTAG	2	12	117209	117220	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015636	TATGAA	2	12	125228	125239	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015636	TATTTT	2	12	127788	127799	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015636	ATTCAT	2	12	127824	127835	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_015636	AATAAA	2	12	130078	130089	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015636	TAAAAA	2	12	132899	132910	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015636	TTTATT	2	12	139555	139566	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015636	TTTTAT	2	12	146213	146224	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015636	TATTAA	2	12	154166	154177	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015636	TAATTT	2	12	158288	158299	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015636	ATTTTT	2	12	164100	164111	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015636	ATTTTA	2	12	164415	164426	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015636	TAATAT	2	12	170674	170685	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015636	TTTATG	2	12	170734	170745	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015636	TTAATT	2	12	175292	175303	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015636	TAAAAA	2	12	175620	175631	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015636	AAACTA	2	12	184511	184522	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_015636	AAATTA	2	12	184534	184545	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015636	TTTAAT	2	12	186632	186643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015636	TTTAAT	2	12	186657	186668	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015636	AATAAA	2	12	192739	192750	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015636	ATTTAA	2	12	198003	198014	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015636	TATAAT	2	12	200928	200939	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015636	TATGGA	2	12	200963	200974	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015636	TAAAAA	2	12	218123	218134	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015636	TTATTT	2	12	219986	219997	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015636	ATTTTT	2	12	224314	224325	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015636	GGAGAT	2	12	226228	226239	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015636	AGAGCC	2	12	226561	226572	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_015636	ATCTGA	2	12	227966	227977	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_015636	AATAAA	2	12	230314	230325	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015636	AGTTCA	2	12	230567	230578	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_015636	TAAAAT	2	12	234108	234119	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015636	AATAAA	2	12	247306	247317	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015636	TAATTA	2	12	247417	247428	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015636	TTTTTA	2	12	247657	247668	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015636	TATAAT	2	12	248849	248860	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015636	TTTTAT	2	12	254827	254838	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015636	TTTTTA	2	12	257227	257238	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015636	AAATAA	2	12	257762	257773	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015636	ATTTAT	2	12	258057	258068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015636	AATGAT	2	12	267119	267130	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015636	ATTTTA	2	12	270520	270531	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015636	AGAAAT	2	12	274489	274500	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015636	AATTTA	2	12	278429	278440	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015636	TAAAAA	2	12	286642	286653	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015636	TAGCAT	2	12	291431	291442	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_015636	AAATAA	2	12	292950	292961	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015636	TAAAAT	2	12	293000	293011	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015636	TTTTTA	3	18	294437	294454	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015636	ATTAAA	2	12	295240	295251	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015636	AGTAAA	2	12	295683	295694	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015636	TTATTT	2	12	296246	296257	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015636	ACAAAA	2	12	301141	301152	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_015636	ACAAAA	2	12	301734	301745	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_015636	ATAAAA	2	12	303103	303114	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015636	AACAGG	2	12	303251	303262	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_015636	ATTTTT	2	12	306739	306750	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015636	TATAAA	2	12	308474	308485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015636	TAGTTA	2	12	310624	310635	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015636	TATCAT	2	12	311362	311373	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_015636	ATAAAA	2	12	346682	346693	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015636	TGATAA	2	12	368665	368676	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015636	AATATT	2	12	371221	371232	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015636	TTATAA	2	12	373641	373652	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015636	TATTTT	2	12	374572	374583	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015636	ATTTTT	2	12	381389	381400	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015636	ATAAAA	2	12	382357	382368	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015636	AAACAA	2	12	382769	382780	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_015636	ATATTT	2	12	395937	395948	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015636	TTTTCC	2	12	396762	396773	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_015636	ATTTTA	2	12	396835	396846	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015636	TATTTT	2	12	397000	397011	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015636	TCTAAT	2	12	397017	397028	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_015636	TATTTT	2	12	399583	399594	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015636	ACAATA	2	12	405466	405477	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_015636	ATAGAT	2	12	406387	406398	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015636	TAATTA	2	12	409918	409929	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015636	TTAATT	2	12	418642	418653	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015636	TATGAA	3	18	418686	418703	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015636	ATTAAT	2	12	419739	419750	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015636	ATTTAT	2	12	426648	426659	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015636	ATATTT	2	12	428643	428654	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015636	TTTTTA	2	12	428968	428979	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015636	TATATT	2	12	429344	429355	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015636	ATAAAA	2	12	437004	437015	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015636	AATAAA	2	12	437018	437029	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015636	ATTTAA	2	12	440947	440958	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015636	ATTTTA	2	12	446665	446676	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015636	ATCATT	2	12	448880	448891	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_015636	TAAAAT	2	12	462527	462538	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015636	TTTTAT	2	12	473515	473526	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015636	ATTTTA	2	12	477160	477171	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015636	TTTTTA	2	12	478386	478397	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015636	TAATTT	2	12	481186	481197	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015636	TAAATT	2	12	484063	484074	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015636	TTTATC	2	12	486032	486043	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_015636	ATTTTT	2	12	486094	486105	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015636	ATTATA	2	12	487682	487693	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015636	AATTAA	2	12	487744	487755	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015636	TTAAAA	2	12	504507	504518	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015636	TATTGT	2	12	517386	517397	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015636	ATTTAA	2	12	527154	527165	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015636	TAAAAA	2	12	533504	533515	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015636	TAAAAA	2	12	533529	533540	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015636	TATTGC	2	12	540306	540317	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_015636	TAAAAA	3	18	542699	542716	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015636	AATTAA	2	12	552109	552120	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015636	TTTTAA	2	12	553233	553244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015636	TTTAAT	2	12	559366	559377	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015636	CATAAA	2	12	559513	559524	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.