MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Sinorhizobium meliloti AK83 plasmid pSINME01

Total Repeats: 105

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015597	GATCG	2	10	9224	9233	20 %	20 %	40 %	20 %	334321239
2	NC_015597	GCTCT	2	10	9461	9470	0 %	40 %	20 %	40 %	334321239
3	NC_015597	TTGAT	2	10	17323	17332	20 %	60 %	20 %	0 %	334321243
4	NC_015597	GGCCT	2	10	30493	30502	0 %	20 %	40 %	40 %	334321250
5	NC_015597	GATCG	2	10	42030	42039	20 %	20 %	40 %	20 %	334321253
6	NC_015597	GATCG	2	10	42042	42051	20 %	20 %	40 %	20 %	334321253
7	NC_015597	ACGTC	2	10	46188	46197	20 %	20 %	20 %	40 %	334321257
8	NC_015597	TATTG	2	10	50958	50967	20 %	60 %	20 %	0 %	334321261
9	NC_015597	CCTCG	2	10	52113	52122	0 %	20 %	20 %	60 %	334321262
10	NC_015597	AGGGG	2	10	55161	55170	20 %	0 %	80 %	0 %	334321263
11	NC_015597	CGACA	2	10	64403	64412	40 %	0 %	20 %	40 %	334321267
12	NC_015597	ATTCA	2	10	69288	69297	40 %	40 %	0 %	20 %	334321271
13	NC_015597	GCCTC	2	10	69755	69764	0 %	20 %	20 %	60 %	334321271
14	NC_015597	CGCGT	2	10	72860	72869	0 %	20 %	40 %	40 %	334321274
15	NC_015597	CTGGC	2	10	73579	73588	0 %	20 %	40 %	40 %	334321274
16	NC_015597	TTCAA	2	10	74245	74254	40 %	40 %	0 %	20 %	334321275
17	NC_015597	GAAGC	2	10	76419	76428	40 %	0 %	40 %	20 %	334321277
18	NC_015597	ACCCA	2	10	77366	77375	40 %	0 %	0 %	60 %	334321278
19	NC_015597	CTTCG	2	10	78320	78329	0 %	40 %	20 %	40 %	334321279
20	NC_015597	ACGCC	2	10	86910	86919	20 %	0 %	20 %	60 %	334321284
21	NC_015597	TGGAT	2	10	89154	89163	20 %	40 %	40 %	0 %	334321286
22	NC_015597	TAATG	2	10	93716	93725	40 %	40 %	20 %	0 %	334321290
23	NC_015597	CGGGG	2	10	95288	95297	0 %	0 %	80 %	20 %	334321291
24	NC_015597	ATCAA	2	10	101673	101682	60 %	20 %	0 %	20 %	334321299
25	NC_015597	ATCAA	2	10	107743	107752	60 %	20 %	0 %	20 %	334321303
26	NC_015597	CCCCG	2	10	109627	109636	0 %	0 %	20 %	80 %	334321304
27	NC_015597	GCCGC	2	10	111113	111122	0 %	0 %	40 %	60 %	334321305
28	NC_015597	TCTGA	2	10	114170	114179	20 %	40 %	20 %	20 %	334321308
29	NC_015597	CAATC	2	10	115537	115546	40 %	20 %	0 %	40 %	334321310
30	NC_015597	CGATG	2	10	115627	115636	20 %	20 %	40 %	20 %	334321310
31	NC_015597	GTCGT	2	10	116085	116094	0 %	40 %	40 %	20 %	334321310
32	NC_015597	CGGTC	2	10	116272	116281	0 %	20 %	40 %	40 %	334321310
33	NC_015597	CGCGG	2	10	116983	116992	0 %	0 %	60 %	40 %	334321311
34	NC_015597	GATCG	2	10	118326	118335	20 %	20 %	40 %	20 %	334321311
35	NC_015597	CTCGT	2	10	118465	118474	0 %	40 %	20 %	40 %	334321311
36	NC_015597	ATCAC	2	10	120005	120014	40 %	20 %	0 %	40 %	334321311
37	NC_015597	CCTGT	2	10	120284	120293	0 %	40 %	20 %	40 %	334321311
38	NC_015597	ACGAT	2	10	120734	120743	40 %	20 %	20 %	20 %	334321311
39	NC_015597	GACAT	2	10	124770	124779	40 %	20 %	20 %	20 %	334321314
40	NC_015597	CCCCT	2	10	130938	130947	0 %	20 %	0 %	80 %	334321320
41	NC_015597	CGGGG	2	10	132395	132404	0 %	0 %	80 %	20 %	334321321
42	NC_015597	ACGAG	2	10	142059	142068	40 %	0 %	40 %	20 %	334321328
43	NC_015597	AAGCG	2	10	152956	152965	40 %	0 %	40 %	20 %	334321335
44	NC_015597	AGGGA	2	10	156153	156162	40 %	0 %	60 %	0 %	334321337
45	NC_015597	GCCCG	2	10	159451	159460	0 %	0 %	40 %	60 %	334321341
46	NC_015597	CAAGG	2	10	162884	162893	40 %	0 %	40 %	20 %	334321343
47	NC_015597	AGCGG	2	10	162919	162928	20 %	0 %	60 %	20 %	334321343
48	NC_015597	AAGTT	2	10	163555	163564	40 %	40 %	20 %	0 %	334321344
49	NC_015597	ACCCT	2	10	164182	164191	20 %	20 %	0 %	60 %	334321346
50	NC_015597	AAGGC	2	10	166145	166154	40 %	0 %	40 %	20 %	334321348
51	NC_015597	GACCA	2	10	177955	177964	40 %	0 %	20 %	40 %	334321357
52	NC_015597	GACGA	2	10	177991	178000	40 %	0 %	40 %	20 %	334321357
53	NC_015597	AGCCG	2	10	178034	178043	20 %	0 %	40 %	40 %	334321357
54	NC_015597	CCGGC	2	10	180355	180364	0 %	0 %	40 %	60 %	334321359
55	NC_015597	TGCGC	2	10	183690	183699	0 %	20 %	40 %	40 %	334321363
56	NC_015597	CCTTC	2	10	184520	184529	0 %	40 %	0 %	60 %	334321364
57	NC_015597	TGCCT	2	10	185168	185177	0 %	40 %	20 %	40 %	334321364
58	NC_015597	TCAAT	2	10	185387	185396	40 %	40 %	0 %	20 %	334321364
59	NC_015597	AACCG	2	10	185526	185535	40 %	0 %	20 %	40 %	334321364
60	NC_015597	GGTCG	2	10	186129	186138	0 %	20 %	60 %	20 %	334321365
61	NC_015597	TGGCA	2	10	187365	187374	20 %	20 %	40 %	20 %	334321365
62	NC_015597	CGACC	2	10	189484	189493	20 %	0 %	20 %	60 %	334321367
63	NC_015597	AGGCG	2	10	192270	192279	20 %	0 %	60 %	20 %	334321370
64	NC_015597	ACTGA	2	10	192871	192880	40 %	20 %	20 %	20 %	334321370
65	NC_015597	GCCCC	2	10	195748	195757	0 %	0 %	20 %	80 %	334321373
66	NC_015597	CCTCA	2	10	198145	198154	20 %	20 %	0 %	60 %	334321375
67	NC_015597	ACCTC	2	10	198858	198867	20 %	20 %	0 %	60 %	334321375
68	NC_015597	TCCAT	2	10	199755	199764	20 %	40 %	0 %	40 %	334321377
69	NC_015597	CGCAG	2	10	199797	199806	20 %	0 %	40 %	40 %	334321377
70	NC_015597	TCGTC	2	10	199922	199931	0 %	40 %	20 %	40 %	334321377
71	NC_015597	GGCAA	2	10	200595	200604	40 %	0 %	40 %	20 %	334321377
72	NC_015597	CGAGC	2	10	201170	201179	20 %	0 %	40 %	40 %	334321378
73	NC_015597	CTTCG	2	10	203072	203081	0 %	40 %	20 %	40 %	334321379
74	NC_015597	GCGAA	2	10	203801	203810	40 %	0 %	40 %	20 %	334321379
75	NC_015597	CATTG	2	10	204325	204334	20 %	40 %	20 %	20 %	334321381
76	NC_015597	GGCCA	2	10	206590	206599	20 %	0 %	40 %	40 %	334321384
77	NC_015597	ATGGC	2	10	208520	208529	20 %	20 %	40 %	20 %	334321385
78	NC_015597	TCGGA	2	10	209198	209207	20 %	20 %	40 %	20 %	334321385
79	NC_015597	CCGTC	2	10	211092	211101	0 %	20 %	20 %	60 %	334321386
80	NC_015597	CATGC	2	10	212200	212209	20 %	20 %	20 %	40 %	334321387
81	NC_015597	CGATG	2	10	212413	212422	20 %	20 %	40 %	20 %	334321387
82	NC_015597	GCCGC	2	10	213212	213221	0 %	0 %	40 %	60 %	334321388
83	NC_015597	CGCTC	2	10	214563	214572	0 %	20 %	20 %	60 %	334321390
84	NC_015597	TGACC	2	10	214950	214959	20 %	20 %	20 %	40 %	334321391
85	NC_015597	GCTGC	2	10	215035	215044	0 %	20 %	40 %	40 %	334321391
86	NC_015597	ATGCT	2	10	217154	217163	20 %	40 %	20 %	20 %	334321394
87	NC_015597	GCCGT	2	10	219548	219557	0 %	20 %	40 %	40 %	334321400
88	NC_015597	TTACC	2	10	226109	226118	20 %	40 %	0 %	40 %	334321407
89	NC_015597	CTGGG	2	10	226237	226246	0 %	20 %	60 %	20 %	334321407
90	NC_015597	TCCTC	2	10	226811	226820	0 %	40 %	0 %	60 %	334321408
91	NC_015597	TCCCC	2	10	233228	233237	0 %	20 %	0 %	80 %	334321413
92	NC_015597	ATCGA	2	10	235891	235900	40 %	20 %	20 %	20 %	334321415
93	NC_015597	CCCCG	2	10	239753	239762	0 %	0 %	20 %	80 %	334321417
94	NC_015597	CGGCG	2	10	242670	242679	0 %	0 %	60 %	40 %	334321420
95	NC_015597	CGAAG	2	10	242922	242931	40 %	0 %	40 %	20 %	334321420
96	NC_015597	AACCA	2	10	244202	244211	60 %	0 %	0 %	40 %	334321421
97	NC_015597	AGCGA	2	10	244666	244675	40 %	0 %	40 %	20 %	334321421
98	NC_015597	CGACG	2	10	247666	247675	20 %	0 %	40 %	40 %	334321426
99	NC_015597	CTCCC	3	15	248639	248653	0 %	20 %	0 %	80 %	334321427
100	NC_015597	TGCCC	2	10	250098	250107	0 %	20 %	20 %	60 %	334321428
101	NC_015597	CTCGC	2	10	251043	251052	0 %	20 %	20 %	60 %	334321428
102	NC_015597	AGGAA	2	10	251443	251452	60 %	0 %	40 %	0 %	334321429
103	NC_015597	GGGCC	2	10	251725	251734	0 %	0 %	60 %	40 %	334321429
104	NC_015597	TACCC	2	10	252373	252382	20 %	20 %	0 %	60 %	334321429
105	NC_015597	GCAAG	2	10	253146	253155	40 %	0 %	40 %	20 %	334321430

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.