MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Sphingobium chlorophenolicum L-1 plasmid pSPHCH01

Total Repeats: 88

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015595	ATGGGC	2	12	557	568	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	334346523
2	NC_015595	GCGACC	2	12	739	750	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
3	NC_015595	GTGAAG	2	12	4126	4137	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	334346528
4	NC_015595	GCCCCT	2	12	5745	5756	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	334346530
5	NC_015595	GCGGCC	2	12	6346	6357	0 %	0 %	50 %	50 %	334346531
6	NC_015595	CATGAT	2	12	7884	7895	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	334346535
7	NC_015595	CGACCC	2	12	8544	8555	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	334346535
8	NC_015595	CGATGA	2	12	10498	10509	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	334346536
9	NC_015595	GGTTCG	2	12	10567	10578	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	334346536
10	NC_015595	GGCCGA	2	12	11302	11313	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	334346537
11	NC_015595	CATCGC	2	12	11815	11826	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	334346537
12	NC_015595	ATGTCG	2	12	12798	12809	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	334346537
13	NC_015595	TTCCTT	2	12	20465	20476	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	334346543
14	NC_015595	GCCGAG	2	12	20995	21006	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	334346544
15	NC_015595	CAGGAC	2	12	22060	22071	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	334346544
16	NC_015595	CTCGAT	2	12	22195	22206	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	334346544
17	NC_015595	GAACAG	2	12	22561	22572	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	334346544
18	NC_015595	GGCAGC	2	12	23201	23212	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	334346544
19	NC_015595	CAGCAC	2	12	23520	23531	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	334346545
20	NC_015595	GCACCT	2	12	26869	26880	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	334346550
21	NC_015595	GAAGGC	2	12	27767	27778	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	334346550
22	NC_015595	GCTTGT	2	12	28843	28854	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	334346550
23	NC_015595	CCGCGC	2	12	30059	30070	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	334346551
24	NC_015595	CGGGAT	2	12	30856	30867	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	334346552
25	NC_015595	CCTGCG	2	12	31704	31715	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	334346552
26	NC_015595	GTCCGA	2	12	31999	32010	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	334346553
27	NC_015595	CGGCGA	2	12	34242	34253	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	334346555
28	NC_015595	GATGTT	2	12	35709	35720	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	334346557
29	NC_015595	ATCAGC	2	12	37956	37967	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	334346558
30	NC_015595	GCCTGG	2	12	41233	41244	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	334346561
31	NC_015595	CGATAT	2	12	44253	44264	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	334346565
32	NC_015595	AGGTCG	2	12	46394	46405	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	334346567
33	NC_015595	CGCAGC	2	12	51102	51113	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	334346571
34	NC_015595	CTCTCG	2	12	54497	54508	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	334346572
35	NC_015595	GGTGCT	2	12	54712	54723	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	334346572
36	NC_015595	CGAGGC	2	12	55450	55461	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	334346572
37	NC_015595	GGCGTC	2	12	59127	59138	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	334346577
38	NC_015595	CTTCGC	2	12	59375	59386	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	334346577
39	NC_015595	GCGGAT	2	12	60141	60152	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	334346578
40	NC_015595	TTGCGC	2	12	62807	62818	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	334346581
41	NC_015595	GCCATC	2	12	64413	64424	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	334346583
42	NC_015595	ATCGCA	2	12	64821	64832	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	334346584
43	NC_015595	TTCGAG	2	12	66609	66620	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	334346587
44	NC_015595	TGGCGG	2	12	67037	67048	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	334346588
45	NC_015595	AGGCCG	2	12	67591	67602	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	334346589
46	NC_015595	GGGCGG	2	12	68896	68907	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_015595	TCAACC	2	12	69425	69436	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	334346591
48	NC_015595	GCGGGG	2	12	69711	69722	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	334346592
49	NC_015595	GAGCGC	2	12	71786	71797	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	334346594
50	NC_015595	ATGCAG	2	12	73459	73470	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	334346596
51	NC_015595	GCGAGC	2	12	77370	77381	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	334346599
52	NC_015595	TCGCTC	2	12	79777	79788	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	334346600
53	NC_015595	TGGATG	2	12	80127	80138	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	334346601
54	NC_015595	AGGAGC	2	12	80534	80545	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	334346601
55	NC_015595	CAGGAC	2	12	80902	80913	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	334346601
56	NC_015595	CCGAGG	2	12	81162	81173	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	334346601
57	NC_015595	GCCGAC	2	12	81337	81348	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	334346601
58	NC_015595	GCGACC	2	12	82575	82586	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	334346602
59	NC_015595	CGGCGA	2	12	82864	82875	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	334346602
60	NC_015595	TTGCCG	2	12	83217	83228	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	334346603
61	NC_015595	CGGCGA	2	12	84898	84909	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	334346604
62	NC_015595	TCGGTC	2	12	85271	85282	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	334346605
63	NC_015595	GACGGC	2	12	85878	85889	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_015595	TGAAGG	2	12	89615	89626	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	334346608
65	NC_015595	CCACAG	2	12	90571	90582	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	334346609
66	NC_015595	CTCGCC	2	12	91209	91220	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	334346611
67	NC_015595	GGCGAG	2	12	92110	92121	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	334346612
68	NC_015595	CCATAG	2	12	96919	96930	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	334346618
69	NC_015595	TGCGCG	2	12	100086	100097	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	334346621
70	NC_015595	CGATGC	2	12	100979	100990	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	334346622
71	NC_015595	ACATGC	2	12	102071	102082	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	334346623
72	NC_015595	GGGCAA	2	12	102710	102721	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	334346624
73	NC_015595	CGCCGG	2	12	102879	102890	0 %	0 %	50 %	50 %	334346624
74	NC_015595	AGTCGA	2	12	103711	103722	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	334346625
75	NC_015595	CCGACC	2	12	103983	103994	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	334346625
76	NC_015595	CCGCGA	2	12	104125	104136	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	334346625
77	NC_015595	GCTCCT	2	12	107466	107477	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	334346629
78	NC_015595	GCCCTA	2	12	108183	108194	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	334346630
79	NC_015595	CAGGAA	2	12	108969	108980	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	334346631
80	NC_015595	CACCTA	2	12	109244	109255	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	334346631
81	NC_015595	AGGTGC	2	12	111126	111137	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	334346632
82	NC_015595	TCGAAG	2	12	111258	111269	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	334346632
83	NC_015595	GGCCTC	2	12	113613	113624	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	334346634
84	NC_015595	CCGCAA	2	12	116654	116665	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	334346639
85	NC_015595	ACATCC	2	12	116883	116894	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	334346639
86	NC_015595	CCGCGC	2	12	119697	119708	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	334346642
87	NC_015595	CGCAGG	2	12	120747	120758	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	334346642
88	NC_015595	CGATAT	2	12	122512	122523	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	334346644

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.