MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Sphingobium chlorophenolicum L-1 plasmid pSPHCH01

Total Repeats: 325

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015595	ATCC	2	8	542	549	25 %	25 %	0 %	50 %	334346523
2	NC_015595	CCGA	2	8	1045	1052	25 %	0 %	25 %	50 %	334346524
3	NC_015595	CAGC	2	8	1414	1421	25 %	0 %	25 %	50 %	334346524
4	NC_015595	CGAG	2	8	1623	1630	25 %	0 %	50 %	25 %	334346525
5	NC_015595	CGCC	2	8	1800	1807	0 %	0 %	25 %	75 %	334346525
6	NC_015595	CGCC	2	8	1810	1817	0 %	0 %	25 %	75 %	334346525
7	NC_015595	GATG	2	8	2106	2113	25 %	25 %	50 %	0 %	334346526
8	NC_015595	GTTG	2	8	2755	2762	0 %	50 %	50 %	0 %	334346527
9	NC_015595	GCAT	2	8	3528	3535	25 %	25 %	25 %	25 %	334346528
10	NC_015595	CGGC	2	8	3707	3714	0 %	0 %	50 %	50 %	334346528
11	NC_015595	CCCG	2	8	4086	4093	0 %	0 %	25 %	75 %	334346528
12	NC_015595	GCCG	2	8	5154	5161	0 %	0 %	50 %	50 %	334346528
13	NC_015595	TCGT	2	8	5934	5941	0 %	50 %	25 %	25 %	334346531
14	NC_015595	GGTC	2	8	6245	6252	0 %	25 %	50 %	25 %	334346531
15	NC_015595	GGAC	2	8	6665	6672	25 %	0 %	50 %	25 %	334346532
16	NC_015595	TTGG	2	8	7082	7089	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015595	ATCG	2	8	7510	7517	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_015595	TGCG	2	8	7519	7526	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
19	NC_015595	CGGC	2	8	7970	7977	0 %	0 %	50 %	50 %	334346535
20	NC_015595	GCAG	2	8	7992	7999	25 %	0 %	50 %	25 %	334346535
21	NC_015595	GGCG	2	8	8268	8275	0 %	0 %	75 %	25 %	334346535
22	NC_015595	TCGG	2	8	8761	8768	0 %	25 %	50 %	25 %	334346535
23	NC_015595	TCGA	2	8	8773	8780	25 %	25 %	25 %	25 %	334346535
24	NC_015595	CGCC	2	8	9262	9269	0 %	0 %	25 %	75 %	334346536
25	NC_015595	GGCA	2	8	9272	9279	25 %	0 %	50 %	25 %	334346536
26	NC_015595	CGGA	2	8	9376	9383	25 %	0 %	50 %	25 %	334346536
27	NC_015595	CGGG	2	8	9547	9554	0 %	0 %	75 %	25 %	334346536
28	NC_015595	GCCG	2	8	9990	9997	0 %	0 %	50 %	50 %	334346536
29	NC_015595	AGGC	2	8	10240	10247	25 %	0 %	50 %	25 %	334346536
30	NC_015595	CCGG	2	8	11073	11080	0 %	0 %	50 %	50 %	334346537
31	NC_015595	GATC	2	8	11620	11627	25 %	25 %	25 %	25 %	334346537
32	NC_015595	GACA	2	8	11909	11916	50 %	0 %	25 %	25 %	334346537
33	NC_015595	GCTG	2	8	12135	12142	0 %	25 %	50 %	25 %	334346537
34	NC_015595	ACCG	2	8	12404	12411	25 %	0 %	25 %	50 %	334346537
35	NC_015595	GGCC	2	8	12454	12461	0 %	0 %	50 %	50 %	334346537
36	NC_015595	ATCT	2	8	13466	13473	25 %	50 %	0 %	25 %	334346537
37	NC_015595	CGTC	2	8	13555	13562	0 %	25 %	25 %	50 %	334346537
38	NC_015595	GGCC	2	8	13591	13598	0 %	0 %	50 %	50 %	334346537
39	NC_015595	GCCG	2	8	14236	14243	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
40	NC_015595	CCAG	2	8	14415	14422	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
41	NC_015595	GAGC	2	8	14459	14466	25 %	0 %	50 %	25 %	334346539
42	NC_015595	CGCA	2	8	15207	15214	25 %	0 %	25 %	50 %	334346539
43	NC_015595	GCTG	2	8	15303	15310	0 %	25 %	50 %	25 %	334346539
44	NC_015595	TGGC	2	8	15399	15406	0 %	25 %	50 %	25 %	334346539
45	NC_015595	GAGC	2	8	16459	16466	25 %	0 %	50 %	25 %	334346541
46	NC_015595	GGTG	2	8	16705	16712	0 %	25 %	75 %	0 %	334346541
47	NC_015595	CAGG	2	8	16775	16782	25 %	0 %	50 %	25 %	334346541
48	NC_015595	TCAA	2	8	17011	17018	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_015595	GCTC	2	8	17250	17257	0 %	25 %	25 %	50 %	334346542
50	NC_015595	CTGG	2	8	18122	18129	0 %	25 %	50 %	25 %	334346542
51	NC_015595	TGGC	2	8	18571	18578	0 %	25 %	50 %	25 %	334346542
52	NC_015595	CCCG	2	8	18747	18754	0 %	0 %	25 %	75 %	334346542
53	NC_015595	ATGA	2	8	19246	19253	50 %	25 %	25 %	0 %	334346542
54	NC_015595	GATC	2	8	19732	19739	25 %	25 %	25 %	25 %	334346542
55	NC_015595	TCGA	2	8	20364	20371	25 %	25 %	25 %	25 %	334346543
56	NC_015595	CTGC	2	8	20485	20492	0 %	25 %	25 %	50 %	334346543
57	NC_015595	CCCG	2	8	20768	20775	0 %	0 %	25 %	75 %	334346543
58	NC_015595	CAGC	2	8	21747	21754	25 %	0 %	25 %	50 %	334346544
59	NC_015595	CGGT	2	8	22097	22104	0 %	25 %	50 %	25 %	334346544
60	NC_015595	GGCA	2	8	22378	22385	25 %	0 %	50 %	25 %	334346544
61	NC_015595	GCCG	2	8	22612	22619	0 %	0 %	50 %	50 %	334346544
62	NC_015595	CAGG	2	8	23323	23330	25 %	0 %	50 %	25 %	334346544
63	NC_015595	GCAG	2	8	23633	23640	25 %	0 %	50 %	25 %	334346545
64	NC_015595	GCGA	2	8	24250	24257	25 %	0 %	50 %	25 %	334346546
65	NC_015595	CGCC	2	8	24346	24353	0 %	0 %	25 %	75 %	334346546
66	NC_015595	CGCC	2	8	24472	24479	0 %	0 %	25 %	75 %	334346546
67	NC_015595	CGAT	2	8	24742	24749	25 %	25 %	25 %	25 %	334346547
68	NC_015595	CCGC	2	8	24750	24757	0 %	0 %	25 %	75 %	334346547
69	NC_015595	TTTC	2	8	25451	25458	0 %	75 %	0 %	25 %	334346548
70	NC_015595	AAGC	2	8	26595	26602	50 %	0 %	25 %	25 %	334346550
71	NC_015595	GGCA	2	8	26678	26685	25 %	0 %	50 %	25 %	334346550
72	NC_015595	CACG	2	8	26746	26753	25 %	0 %	25 %	50 %	334346550
73	NC_015595	CGCC	2	8	26973	26980	0 %	0 %	25 %	75 %	334346550
74	NC_015595	GTCG	2	8	27365	27372	0 %	25 %	50 %	25 %	334346550
75	NC_015595	TGCC	2	8	27872	27879	0 %	25 %	25 %	50 %	334346550
76	NC_015595	CGAG	2	8	28624	28631	25 %	0 %	50 %	25 %	334346550
77	NC_015595	AGGT	2	8	28755	28762	25 %	25 %	50 %	0 %	334346550
78	NC_015595	TCGC	2	8	28787	28794	0 %	25 %	25 %	50 %	334346550
79	NC_015595	CGAC	2	8	29485	29492	25 %	0 %	25 %	50 %	334346551
80	NC_015595	GCGG	2	8	29972	29979	0 %	0 %	75 %	25 %	334346551
81	NC_015595	CCGA	2	8	30138	30145	25 %	0 %	25 %	50 %	334346551
82	NC_015595	GCAG	2	8	30434	30441	25 %	0 %	50 %	25 %	334346551
83	NC_015595	GCGA	2	8	30453	30460	25 %	0 %	50 %	25 %	334346551
84	NC_015595	GCGT	2	8	30597	30604	0 %	25 %	50 %	25 %	334346552
85	NC_015595	GCGG	2	8	30664	30671	0 %	0 %	75 %	25 %	334346552
86	NC_015595	GCCC	2	8	31229	31236	0 %	0 %	25 %	75 %	334346552
87	NC_015595	CCGC	2	8	31631	31638	0 %	0 %	25 %	75 %	334346552
88	NC_015595	ACGC	2	8	31808	31815	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_015595	CCCG	2	8	32657	32664	0 %	0 %	25 %	75 %	334346554
90	NC_015595	CCCG	2	8	32846	32853	0 %	0 %	25 %	75 %	334346554
91	NC_015595	TCGA	2	8	33105	33112	25 %	25 %	25 %	25 %	334346554
92	NC_015595	CGAG	2	8	33295	33302	25 %	0 %	50 %	25 %	334346554
93	NC_015595	CCTT	2	8	34796	34803	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_015595	AAGC	2	8	34824	34831	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_015595	CGTT	2	8	35068	35075	0 %	50 %	25 %	25 %	334346556
96	NC_015595	ATCG	2	8	35397	35404	25 %	25 %	25 %	25 %	334346557
97	NC_015595	CAGC	2	8	35443	35450	25 %	0 %	25 %	50 %	334346557
98	NC_015595	GATC	2	8	35855	35862	25 %	25 %	25 %	25 %	334346557
99	NC_015595	GAAA	2	8	37176	37183	75 %	0 %	25 %	0 %	334346558
100	NC_015595	GGCA	2	8	37649	37656	25 %	0 %	50 %	25 %	334346558
101	NC_015595	GGGA	2	8	38125	38132	25 %	0 %	75 %	0 %	334346558
102	NC_015595	AGGC	2	8	38152	38159	25 %	0 %	50 %	25 %	334346558
103	NC_015595	GTCG	2	8	38528	38535	0 %	25 %	50 %	25 %	334346558
104	NC_015595	TGGG	2	8	39030	39037	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015595	GCTC	2	8	39302	39309	0 %	25 %	25 %	50 %	334346559
106	NC_015595	GCGA	2	8	39772	39779	25 %	0 %	50 %	25 %	334346560
107	NC_015595	CTGG	2	8	40494	40501	0 %	25 %	50 %	25 %	334346560
108	NC_015595	GAGC	2	8	40648	40655	25 %	0 %	50 %	25 %	334346560
109	NC_015595	TGTT	2	8	41759	41766	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015595	ACCA	2	8	41768	41775	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_015595	CGGC	2	8	41906	41913	0 %	0 %	50 %	50 %	334346562
112	NC_015595	CGCT	2	8	42185	42192	0 %	25 %	25 %	50 %	334346562
113	NC_015595	CGTT	2	8	42381	42388	0 %	50 %	25 %	25 %	334346562
114	NC_015595	CATA	2	8	43051	43058	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_015595	AGAA	2	8	43064	43071	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015595	GATG	2	8	43480	43487	25 %	25 %	50 %	0 %	334346563
117	NC_015595	CACC	2	8	43717	43724	25 %	0 %	0 %	75 %	334346564
118	NC_015595	AGCG	2	8	44831	44838	25 %	0 %	50 %	25 %	334346566
119	NC_015595	CTTG	2	8	45355	45362	0 %	50 %	25 %	25 %	334346566
120	NC_015595	CCGA	2	8	47410	47417	25 %	0 %	25 %	50 %	334346568
121	NC_015595	GCGG	2	8	48003	48010	0 %	0 %	75 %	25 %	334346568
122	NC_015595	CCGC	2	8	48026	48033	0 %	0 %	25 %	75 %	334346568
123	NC_015595	GCAA	2	8	48050	48057	50 %	0 %	25 %	25 %	334346568
124	NC_015595	GCGA	2	8	48477	48484	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_015595	GGCA	2	8	48579	48586	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
126	NC_015595	TGGG	2	8	49272	49279	0 %	25 %	75 %	0 %	334346570
127	NC_015595	AGCC	2	8	49517	49524	25 %	0 %	25 %	50 %	334346570
128	NC_015595	GCCG	2	8	49792	49799	0 %	0 %	50 %	50 %	334346570
129	NC_015595	GCCC	2	8	49982	49989	0 %	0 %	25 %	75 %	334346570
130	NC_015595	GGGA	2	8	50096	50103	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015595	CCCG	2	8	50201	50208	0 %	0 %	25 %	75 %	334346571
132	NC_015595	GCGT	2	8	50454	50461	0 %	25 %	50 %	25 %	334346571
133	NC_015595	AGGC	2	8	50677	50684	25 %	0 %	50 %	25 %	334346571
134	NC_015595	GGCG	2	8	50846	50853	0 %	0 %	75 %	25 %	334346571
135	NC_015595	ATGG	2	8	51844	51851	25 %	25 %	50 %	0 %	334346571
136	NC_015595	CGCA	2	8	53087	53094	25 %	0 %	25 %	50 %	334346571
137	NC_015595	CACC	2	8	53098	53105	25 %	0 %	0 %	75 %	334346571
138	NC_015595	GCCC	2	8	53112	53119	0 %	0 %	25 %	75 %	334346571
139	NC_015595	GAGC	2	8	53672	53679	25 %	0 %	50 %	25 %	334346571
140	NC_015595	GCCG	2	8	53748	53755	0 %	0 %	50 %	50 %	334346571
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142	NC_015595	CGCA	2	8	53933	53940	25 %	0 %	25 %	50 %	334346571
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323	NC_015595	GTCC	2	8	122922	122929	0 %	25 %	25 %	50 %	334346644
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325	NC_015595	TAAG	2	8	123645	123652	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.