MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Sphingobium chlorophenolicum L-1 chromosome 1

Total Repeats: 89

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015593	GCCTTT	2	12	20004	20015	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_015593	TCAATT	2	12	176550	176561	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_015593	TGCCGC	2	12	216024	216035	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
4	NC_015593	TCCGTT	2	12	417082	417093	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_015593	CGACGG	2	12	423878	423889	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_015593	GGCCAG	2	12	446883	446894	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_015593	TTTTGT	2	12	449471	449482	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015593	GGGCTT	2	12	490080	490091	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_015593	CGTGAT	2	12	521498	521509	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_015593	AAGATC	2	12	531806	531817	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_015593	ATCGAA	2	12	538496	538507	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_015593	GCAATC	2	12	538894	538905	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_015593	CACCCC	2	12	598230	598241	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
14	NC_015593	GGGGGA	2	12	613543	613554	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015593	AAAAAG	2	12	667280	667291	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015593	GGGGCG	2	12	677071	677082	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_015593	GGGGAG	2	12	792383	792394	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015593	ACAGGG	2	12	842420	842431	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_015593	TTGCTT	2	12	907163	907174	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_015593	TCGATA	2	12	919278	919289	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_015593	GCGTGC	2	12	920205	920216	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_015593	CGGGCA	2	12	920253	920264	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_015593	GAACAG	2	12	927368	927379	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_015593	CTGCCG	2	12	944438	944449	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
25	NC_015593	GCGGGC	2	12	993202	993213	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_015593	GAGCCA	2	12	1002961	1002972	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_015593	CATAGA	2	12	1009432	1009443	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_015593	TGTCGG	2	12	1019753	1019764	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_015593	CCCCCT	2	12	1022109	1022120	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
30	NC_015593	AGGGTG	2	12	1038850	1038861	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015593	TTTCCT	2	12	1069737	1069748	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_015593	GAAAGG	2	12	1095155	1095166	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015593	TCTCGA	2	12	1111386	1111397	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_015593	ACGTAA	2	12	1171950	1171961	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_015593	CTTTCA	2	12	1179836	1179847	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_015593	AACGCG	2	12	1308802	1308813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_015593	CTGCGC	2	12	1423380	1423391	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
38	NC_015593	TGATCC	2	12	1449720	1449731	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_015593	TCCCTC	2	12	1562236	1562247	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_015593	CTATCC	2	12	1597805	1597816	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_015593	TTTTGC	2	12	1650858	1650869	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_015593	AACATT	2	12	1734827	1734838	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_015593	TCTTTA	2	12	1752467	1752478	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_015593	AGCGCC	2	12	1807571	1807582	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
45	NC_015593	GGTGCG	2	12	1860501	1860512	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_015593	TCCCGC	2	12	1863609	1863620	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_015593	AGCGCC	2	12	1915729	1915740	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
48	NC_015593	GCAGCG	2	12	1925794	1925805	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_015593	GGACCA	2	12	1939822	1939833	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_015593	CACCGA	2	12	2002786	2002797	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
51	NC_015593	CGCGAG	2	12	2005527	2005538	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_015593	GGAAAA	2	12	2005583	2005594	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015593	ATGGCC	2	12	2092443	2092454	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_015593	GCCGAA	2	12	2121520	2121531	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_015593	CTTCCT	2	12	2185788	2185799	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_015593	CCCGAT	2	12	2232740	2232751	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
57	NC_015593	TGGCAG	2	12	2234928	2234939	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_015593	GGAGAT	2	12	2287797	2287808	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015593	CTCAAC	2	12	2287962	2287973	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_015593	TCGCCG	2	12	2288282	2288293	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
61	NC_015593	CGGTCG	2	12	2297177	2297188	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_015593	GATCGA	2	12	2309708	2309719	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_015593	CCCTCT	2	12	2319040	2319051	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_015593	CCTTTT	2	12	2379104	2379115	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_015593	CGGCGC	2	12	2455990	2456001	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
66	NC_015593	GGCCGG	2	12	2487782	2487793	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_015593	GTTGGG	2	12	2494852	2494863	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015593	TTCAAT	2	12	2575590	2575601	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_015593	GGAATG	2	12	2587972	2587983	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015593	CAACCT	2	12	2602512	2602523	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_015593	TTGCGC	2	12	2622724	2622735	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_015593	CCACCC	2	12	2666299	2666310	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
73	NC_015593	AGCGGG	2	12	2674628	2674639	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_015593	GGGACT	2	12	2675016	2675027	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_015593	AACGAG	2	12	2700063	2700074	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_015593	GTCGCA	2	12	2716835	2716846	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_015593	TCTTGC	2	12	2737189	2737200	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_015593	ATGAAA	2	12	2739752	2739763	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015593	CGGCTT	2	12	2769531	2769542	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_015593	TTGTCC	2	12	2795420	2795431	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_015593	GCATGG	2	12	2798014	2798025	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_015593	CTTCGC	2	12	2883363	2883374	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
83	NC_015593	ATGCCG	2	12	2885580	2885591	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_015593	GCGCCT	2	12	2896445	2896456	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
85	NC_015593	GGCACT	3	18	2900594	2900611	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_015593	CGCTCC	2	12	2901564	2901575	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
87	NC_015593	CATTAT	2	12	2955877	2955888	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_015593	AGGGTG	2	12	3031834	3031845	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015593	AAGGAA	2	12	3050238	3050249	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.