MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Novosphingobium sp. PP1Y chromosome

Total Repeats: 200

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015580	CCTGAT	2	12	67907	67918	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_015580	TCTTGG	2	12	76105	76116	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_015580	GGGCCT	2	12	77510	77521	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_015580	GCCCTG	2	12	90877	90888	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
5	NC_015580	GGCATG	2	12	154453	154464	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_015580	TGCCGG	2	12	158262	158273	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_015580	CTCGCT	2	12	161566	161577	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
8	NC_015580	CGGCCT	2	12	171618	171629	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
9	NC_015580	CGAGGC	2	12	193417	193428	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_015580	GGAACA	2	12	218009	218020	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_015580	CGGGTT	2	12	250506	250517	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_015580	GAAAGT	2	12	257585	257596	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015580	CGCGTG	2	12	266215	266226	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_015580	TCGCGG	2	12	288068	288079	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_015580	AAGAGG	2	12	315510	315521	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015580	AGAGGA	2	12	317020	317031	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015580	GCCCCA	2	12	328332	328343	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_015580	CGTAGC	2	12	355923	355934	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_015580	GAGTGC	2	12	365812	365823	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_015580	GCTCTG	2	12	365941	365952	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_015580	CGGTTC	2	12	379664	379675	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_015580	CCGCGC	2	12	414707	414718	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_015580	GCCGAT	3	18	415162	415179	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_015580	CGGCCT	3	18	415388	415405	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
25	NC_015580	TCCAGC	2	12	415661	415672	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
26	NC_015580	GGGCAA	2	12	421338	421349	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_015580	GCGGGT	2	12	439975	439986	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_015580	TTAGGC	2	12	444049	444060	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_015580	CTCGTT	2	12	490528	490539	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_015580	CGGTCG	2	12	594919	594930	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_015580	TCGGTG	2	12	595024	595035	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_015580	GCCTTG	2	12	598232	598243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_015580	CGTCCC	2	12	608308	608319	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_015580	CGCTGG	2	12	665136	665147	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_015580	CTCATT	2	12	695064	695075	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_015580	AACCTG	2	12	716616	716627	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_015580	CAGAAA	2	12	719454	719465	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_015580	AGGATC	2	12	758026	758037	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_015580	GGGCCG	2	12	763118	763129	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_015580	CGCGGT	2	12	763549	763560	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_015580	TGGCGG	2	12	763563	763574	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_015580	GCCGGT	2	12	770680	770691	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_015580	GCTTCG	2	12	781423	781434	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_015580	GCGGGG	2	12	802314	802325	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_015580	CCACCG	2	12	812776	812787	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_015580	GATGCG	2	12	814863	814874	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_015580	CGCTCC	2	12	823835	823846	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_015580	CAGCCG	2	12	844350	844361	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
49	NC_015580	CAAGGC	2	12	847652	847663	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_015580	GCCCTG	2	12	861571	861582	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
51	NC_015580	TCCGGC	2	12	863776	863787	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
52	NC_015580	GGCGAA	2	12	864352	864363	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_015580	GCGAAA	2	12	892213	892224	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_015580	TGAACC	2	12	896741	896752	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_015580	CAGCGG	2	12	902964	902975	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_015580	ATGGCA	2	12	903769	903780	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_015580	TCCGCC	2	12	907552	907563	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_015580	GGGGTG	2	12	925057	925068	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015580	GGGGTT	2	12	974186	974197	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015580	GCAGGC	2	12	974669	974680	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_015580	GAAGCG	2	12	984551	984562	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_015580	TGCCGC	2	12	984820	984831	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
63	NC_015580	CTGGCG	2	12	1014051	1014062	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_015580	AGGCGG	2	12	1038700	1038711	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_015580	TCGCCG	2	12	1046597	1046608	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
66	NC_015580	GTGCTT	2	12	1187306	1187317	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_015580	GCGCCC	2	12	1205478	1205489	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_015580	GTATCT	2	12	1253358	1253369	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_015580	GGCATG	2	12	1310538	1310549	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_015580	TGCCGG	2	12	1314347	1314358	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_015580	CCAGCG	2	12	1331972	1331983	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
72	NC_015580	GACAGG	2	12	1469111	1469122	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_015580	CCCACT	2	12	1510106	1510117	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_015580	GCGAGA	2	12	1550750	1550761	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_015580	CCGATG	2	12	1631294	1631305	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_015580	GTTCGG	2	12	1681980	1681991	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_015580	CCGAAC	2	12	1682930	1682941	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
78	NC_015580	TCGGGC	2	12	1721600	1721611	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_015580	GGGGGC	2	12	1785566	1785577	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_015580	AAAGCG	2	12	1802165	1802176	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_015580	CGCTGG	2	12	1808736	1808747	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_015580	GATGAC	2	12	1874233	1874244	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_015580	GTGCGG	2	12	1887907	1887918	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_015580	CATCGT	2	12	1896510	1896521	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_015580	CTCGAT	2	12	1905730	1905741	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_015580	CCGGCC	2	12	1905775	1905786	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
87	NC_015580	CCGAAG	2	12	1931922	1931933	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_015580	CCCGGC	2	12	1935104	1935115	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_015580	TGCAGA	2	12	1960486	1960497	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_015580	CGGTTT	2	12	2107746	2107757	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_015580	CGCTGG	2	12	2107793	2107804	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_015580	CAACGA	2	12	2161571	2161582	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_015580	CATGGC	2	12	2186235	2186246	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_015580	CTTTTC	2	12	2259250	2259261	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_015580	GGGGCA	2	12	2273084	2273095	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_015580	GACGGC	2	12	2285352	2285363	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_015580	AAGGTC	2	12	2301543	2301554	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_015580	CTGGCC	2	12	2334566	2334577	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
99	NC_015580	GGGGAA	2	12	2356664	2356675	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015580	GAGGGG	2	12	2370177	2370188	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015580	GGCCGG	2	12	2376642	2376653	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_015580	TTTCCC	2	12	2378497	2378508	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_015580	GGCCGT	2	12	2381710	2381721	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_015580	CGTCCC	2	12	2395165	2395176	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_015580	CCGCCT	2	12	2401312	2401323	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_015580	ATTGCG	2	12	2413579	2413590	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_015580	TGGCGG	2	12	2423858	2423869	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_015580	TGTTCC	2	12	2429717	2429728	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_015580	TTGCCC	2	12	2430392	2430403	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
110	NC_015580	TCAAGC	2	12	2431350	2431361	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_015580	GGATGA	2	12	2433666	2433677	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015580	ATCTTG	2	12	2433806	2433817	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_015580	TATGCC	2	12	2449699	2449710	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_015580	ATGCCA	2	12	2449901	2449912	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_015580	CACCGC	2	12	2450169	2450180	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_015580	CCACTT	2	12	2452052	2452063	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_015580	TGCGCG	2	12	2452260	2452271	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_015580	GTGCAG	2	12	2529605	2529616	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_015580	GACGCC	2	12	2534014	2534025	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
120	NC_015580	GATCAG	2	12	2562574	2562585	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_015580	GGGTGA	2	12	2565939	2565950	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015580	TCGATA	2	12	2570699	2570710	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_015580	AGGCCG	2	12	2602360	2602371	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_015580	GCAAGG	2	12	2616674	2616685	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_015580	GAGGCC	2	12	2646282	2646293	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_015580	GTCGAA	2	12	2646358	2646369	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_015580	GCCGCA	2	12	2646399	2646410	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
128	NC_015580	GACAAG	2	12	2683779	2683790	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_015580	CGGCCA	2	12	2684948	2684959	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
130	NC_015580	ACCCTC	2	12	2748783	2748794	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
131	NC_015580	AAAGCG	2	12	2760593	2760604	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_015580	CACTGA	2	12	2786149	2786160	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_015580	GGCAAG	2	12	2799121	2799132	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_015580	CGACCG	2	12	2881275	2881286	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
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138	NC_015580	CCCGGG	2	12	2933973	2933984	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
139	NC_015580	CTAGCT	2	12	2945665	2945676	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_015580	TGCCGC	2	12	2986857	2986868	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
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142	NC_015580	CGTCAC	2	12	2998523	2998534	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
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144	NC_015580	CCGCGC	2	12	2999808	2999819	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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146	NC_015580	CCGTCG	2	12	3010460	3010471	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
147	NC_015580	CGGGAG	2	12	3027970	3027981	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
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149	NC_015580	CCTGTC	2	12	3042785	3042796	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
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152	NC_015580	GTCAGG	2	12	3110849	3110860	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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154	NC_015580	CCCCTT	2	12	3138113	3138124	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
155	NC_015580	GCCGAT	2	12	3155236	3155247	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_015580	TGACTT	2	12	3172566	3172577	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_015580	GTTCCT	2	12	3243909	3243920	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.