MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Novosphingobium sp. PP1Y plasmid Lpl

Total Repeats: 71

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015579	TCAGAG	2	12	813	824	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	334133219
2	NC_015579	CCATGC	2	12	3864	3875	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	334133220
3	NC_015579	TGCGGG	2	12	6056	6067	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	334133223
4	NC_015579	CGCTAA	2	12	6719	6730	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_015579	TGCATA	2	12	8982	8993	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	334133228
6	NC_015579	AGGCCA	2	12	11807	11818	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	334133232
7	NC_015579	TGCCCG	2	12	20831	20842	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	334133242
8	NC_015579	TTCGTC	2	12	24114	24125	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	334133247
9	NC_015579	GCCGGC	2	12	26945	26956	0 %	0 %	50 %	50 %	334133250
10	NC_015579	GTGGCA	2	12	27027	27038	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	334133250
11	NC_015579	CAGTAC	2	12	29208	29219	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	334133251
12	NC_015579	ACCGCG	2	12	29407	29418	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	334133251
13	NC_015579	GGCTTC	2	12	32342	32353	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	334133253
14	NC_015579	AGCGGA	2	12	37616	37627	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	334133258
15	NC_015579	TGACGC	2	12	38575	38586	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	334133260
16	NC_015579	GATCGC	2	12	39950	39961	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_015579	CCCGAA	2	12	40632	40643	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	334133261
18	NC_015579	CTTGTG	2	12	45628	45639	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_015579	GGCATC	2	12	50326	50337	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	334133271
20	NC_015579	GCTCAC	2	12	50634	50645	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
21	NC_015579	GCCGAT	2	12	53861	53872	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_015579	GACCGG	2	12	56017	56028	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	334133279
23	NC_015579	GATGAA	2	12	57132	57143	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	334133279
24	NC_015579	CGATTG	2	12	59984	59995	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	334133280
25	NC_015579	TTTCAT	2	12	60716	60727	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	334133281
26	NC_015579	CTGGAA	2	12	69531	69542	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	334133289
27	NC_015579	CTTCGA	2	12	74283	74294	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	334133295
28	NC_015579	GCGAGC	2	12	74646	74657	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	334133295
29	NC_015579	AGCCCC	2	12	78116	78127	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	334133299
30	NC_015579	CGAGAT	2	12	81101	81112	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	334133301
31	NC_015579	TCACGA	2	12	83137	83148	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	334133302
32	NC_015579	GCGCTG	2	12	83532	83543	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	334133302
33	NC_015579	CCGAGC	2	12	85207	85218	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	334133303
34	NC_015579	CAACGC	2	12	85219	85230	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	334133303
35	NC_015579	TGCCGA	2	12	88736	88747	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	334133305
36	NC_015579	TCGCGC	2	12	93912	93923	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	334133310
37	NC_015579	GTGCCT	2	12	94924	94935	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	334133312
38	NC_015579	GCGCGA	2	12	96310	96321	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	334133313
39	NC_015579	GCGACC	2	12	97842	97853	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	334133314
40	NC_015579	ATCCTG	2	12	100792	100803	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	334133318
41	NC_015579	GGGCGA	2	12	101286	101297	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	334133318
42	NC_015579	GGGCAT	2	12	103737	103748	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	334133318
43	NC_015579	CGCCGG	2	12	104178	104189	0 %	0 %	50 %	50 %	334133318
44	NC_015579	ACCTTC	2	12	108021	108032	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	334133319
45	NC_015579	CGGCAA	2	12	109025	109036	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	334133321
46	NC_015579	GGTGAA	2	12	115808	115819	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015579	AGGGCA	2	12	118692	118703	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	334133335
48	NC_015579	GGTCGC	2	12	121061	121072	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	334133338
49	NC_015579	CCGGCA	2	12	124342	124353	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	334133343
50	NC_015579	GCTTCC	2	12	124729	124740	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	334133343
51	NC_015579	TCACCG	2	12	132395	132406	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	334133356
52	NC_015579	AAGGCA	2	12	134633	134644	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	334133359
53	NC_015579	GCCGAT	2	12	138493	138504	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	334133364
54	NC_015579	TGCCGC	2	12	147283	147294	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	334133376
55	NC_015579	GATCGG	2	12	149281	149292	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	334133377
56	NC_015579	GCTCAT	2	12	150105	150116	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	334133378
57	NC_015579	CTTGCG	2	12	153518	153529	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	334133381
58	NC_015579	TGACCG	2	12	153654	153665	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	334133381
59	NC_015579	CTGGTC	2	12	154064	154075	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	334133381
60	NC_015579	CTCGAC	2	12	158555	158566	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	334133385
61	NC_015579	CCGCCA	2	12	163036	163047	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	334133391
62	NC_015579	CTTCGG	2	12	163308	163319	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	334133392
63	NC_015579	GATCGA	2	12	174594	174605	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	334133402
64	NC_015579	CAGCGT	2	12	176700	176711	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	334133404
65	NC_015579	TCGCTG	2	12	177217	177228	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	334133404
66	NC_015579	CGTGAT	2	12	177607	177618	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	334133405
67	NC_015579	CCGGAA	2	12	181051	181062	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	334133408
68	NC_015579	CCGCTG	2	12	182012	182023	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	334133409
69	NC_015579	TCGCCT	2	12	182907	182918	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	334133409
70	NC_015579	GCGACA	2	12	189334	189345	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	334133414
71	NC_015579	TTCCAT	2	12	189665	189676	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	334133414

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.