MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Novosphingobium sp. PP1Y plasmid Lpl

Total Repeats: 152

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015579	GCGAT	2	10	2110	2119	20 %	20 %	40 %	20 %	334133219
2	NC_015579	CGCTG	2	10	3843	3852	0 %	20 %	40 %	40 %	334133220
3	NC_015579	GCGCC	2	10	4905	4914	0 %	0 %	40 %	60 %	334133221
4	NC_015579	TCCTC	2	10	6032	6041	0 %	40 %	0 %	60 %	334133223
5	NC_015579	AACGA	2	10	6549	6558	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_015579	CCGGC	2	10	7952	7961	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
7	NC_015579	GAGAC	2	10	9574	9583	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_015579	GGCGC	2	10	12778	12787	0 %	0 %	60 %	40 %	334133234
9	NC_015579	CTGCA	2	10	16506	16515	20 %	20 %	20 %	40 %	334133239
10	NC_015579	GCCGC	2	10	17743	17752	0 %	0 %	40 %	60 %	334133240
11	NC_015579	CGATC	2	10	17942	17951	20 %	20 %	20 %	40 %	334133240
12	NC_015579	GCGCC	2	10	18972	18981	0 %	0 %	40 %	60 %	334133241
13	NC_015579	CCGCG	2	10	19504	19513	0 %	0 %	40 %	60 %	334133241
14	NC_015579	CTGCG	2	10	19523	19532	0 %	20 %	40 %	40 %	334133241
15	NC_015579	TGATC	2	10	22256	22265	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_015579	AAAGC	2	10	22333	22342	60 %	0 %	20 %	20 %	334133245
17	NC_015579	TCTGG	2	10	22724	22733	0 %	40 %	40 %	20 %	334133245
18	NC_015579	AGGAG	2	10	22898	22907	40 %	0 %	60 %	0 %	334133245
19	NC_015579	CGCGG	2	10	24332	24341	0 %	0 %	60 %	40 %	334133247
20	NC_015579	CTCGC	2	10	24749	24758	0 %	20 %	20 %	60 %	334133248
21	NC_015579	GACAG	2	10	25709	25718	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_015579	GAGCT	2	10	26289	26298	20 %	20 %	40 %	20 %	334133249
23	NC_015579	GCAGG	2	10	26890	26899	20 %	0 %	60 %	20 %	334133250
24	NC_015579	GCCGC	2	10	30929	30938	0 %	0 %	40 %	60 %	334133252
25	NC_015579	CGCGG	2	10	30963	30972	0 %	0 %	60 %	40 %	334133252
26	NC_015579	TTGGC	2	10	32392	32401	0 %	40 %	40 %	20 %	334133253
27	NC_015579	CGTCG	2	10	32807	32816	0 %	20 %	40 %	40 %	334133253
28	NC_015579	AGGCA	2	10	33699	33708	40 %	0 %	40 %	20 %	334133253
29	NC_015579	GGCGT	2	10	34185	34194	0 %	20 %	60 %	20 %	334133254
30	NC_015579	CCGAG	2	10	34871	34880	20 %	0 %	40 %	40 %	334133255
31	NC_015579	GCGCA	2	10	37851	37860	20 %	0 %	40 %	40 %	334133259
32	NC_015579	AAGGC	2	10	38344	38353	40 %	0 %	40 %	20 %	334133259
33	NC_015579	GCCGC	2	10	38893	38902	0 %	0 %	40 %	60 %	334133260
34	NC_015579	CAGCC	2	10	40778	40787	20 %	0 %	20 %	60 %	334133262
35	NC_015579	GTGAG	2	10	41510	41519	20 %	20 %	60 %	0 %	334133262
36	NC_015579	TCGGC	2	10	43420	43429	0 %	20 %	40 %	40 %	334133263
37	NC_015579	CAGCA	2	10	43890	43899	40 %	0 %	20 %	40 %	334133265
38	NC_015579	ATCGC	2	10	44680	44689	20 %	20 %	20 %	40 %	334133265
39	NC_015579	AGCTG	2	10	45411	45420	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_015579	GACCA	2	10	46207	46216	40 %	0 %	20 %	40 %	334133266
41	NC_015579	AATGG	2	10	47014	47023	40 %	20 %	40 %	0 %	334133267
42	NC_015579	GCTGG	2	10	51955	51964	0 %	20 %	60 %	20 %	334133273
43	NC_015579	GGCAG	2	10	52207	52216	20 %	0 %	60 %	20 %	334133274
44	NC_015579	CGGCG	2	10	52700	52709	0 %	0 %	60 %	40 %	334133274
45	NC_015579	CGGCG	2	10	53700	53709	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
46	NC_015579	GAGCA	2	10	54787	54796	40 %	0 %	40 %	20 %	334133278
47	NC_015579	CATCG	2	10	54919	54928	20 %	20 %	20 %	40 %	334133278
48	NC_015579	GCGCG	2	10	55462	55471	0 %	0 %	60 %	40 %	334133279
49	NC_015579	TGCGG	2	10	56186	56195	0 %	20 %	60 %	20 %	334133279
50	NC_015579	GCAGT	2	10	56993	57002	20 %	20 %	40 %	20 %	334133279
51	NC_015579	GGCTT	2	10	64145	64154	0 %	40 %	40 %	20 %	334133284
52	NC_015579	GTCCA	2	10	70664	70673	20 %	20 %	20 %	40 %	334133290
53	NC_015579	TGCGC	2	10	71789	71798	0 %	20 %	40 %	40 %	334133291
54	NC_015579	GCCTT	2	10	73209	73218	0 %	40 %	20 %	40 %	334133294
55	NC_015579	TTCGT	2	10	73582	73591	0 %	60 %	20 %	20 %	334133295
56	NC_015579	GTCCT	2	10	76623	76632	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_015579	TGCGC	2	10	76787	76796	0 %	20 %	40 %	40 %	334133298
58	NC_015579	ACCGG	2	10	77629	77638	20 %	0 %	40 %	40 %	334133299
59	NC_015579	GCCGG	2	10	79268	79277	0 %	0 %	60 %	40 %	334133300
60	NC_015579	CGACG	2	10	79318	79327	20 %	0 %	40 %	40 %	334133300
61	NC_015579	TCCCG	2	10	79609	79618	0 %	20 %	20 %	60 %	334133300
62	NC_015579	TTCGC	2	10	83460	83469	0 %	40 %	20 %	40 %	334133302
63	NC_015579	ATTGC	2	10	84297	84306	20 %	40 %	20 %	20 %	334133302
64	NC_015579	TGGAA	2	10	86235	86244	40 %	20 %	40 %	0 %	334133303
65	NC_015579	CGGCC	2	10	87409	87418	0 %	0 %	40 %	60 %	334133304
66	NC_015579	CGGCG	2	10	89189	89198	0 %	0 %	60 %	40 %	334133306
67	NC_015579	CGTCT	2	10	89306	89315	0 %	40 %	20 %	40 %	334133306
68	NC_015579	GGGCC	2	10	90318	90327	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
69	NC_015579	CAGGG	2	10	92019	92028	20 %	0 %	60 %	20 %	334133307
70	NC_015579	GCGCG	2	10	94012	94021	0 %	0 %	60 %	40 %	334133310
71	NC_015579	GCCGC	2	10	94454	94463	0 %	0 %	40 %	60 %	334133311
72	NC_015579	CACAG	2	10	97802	97811	40 %	0 %	20 %	40 %	334133314
73	NC_015579	GCAAC	2	10	101250	101259	40 %	0 %	20 %	40 %	334133318
74	NC_015579	GCCGC	2	10	101755	101764	0 %	0 %	40 %	60 %	334133318
75	NC_015579	TTGCC	2	10	102260	102269	0 %	40 %	20 %	40 %	334133318
76	NC_015579	GCCGA	2	10	102472	102481	20 %	0 %	40 %	40 %	334133318
77	NC_015579	TGCGC	2	10	102804	102813	0 %	20 %	40 %	40 %	334133318
78	NC_015579	GCCCG	2	10	103752	103761	0 %	0 %	40 %	60 %	334133318
79	NC_015579	GACCT	2	10	104128	104137	20 %	20 %	20 %	40 %	334133318
80	NC_015579	GCGCC	2	10	105179	105188	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
81	NC_015579	GCGAT	2	10	106267	106276	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_015579	CTGGG	2	10	108650	108659	0 %	20 %	60 %	20 %	334133320
83	NC_015579	GCAAG	2	10	108941	108950	40 %	0 %	40 %	20 %	334133321
84	NC_015579	ATCTG	2	10	109882	109891	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_015579	TCGCC	2	10	110414	110423	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_015579	CGGGA	2	10	111768	111777	20 %	0 %	60 %	20 %	334133325
87	NC_015579	CTGGA	2	10	112819	112828	20 %	20 %	40 %	20 %	334133327
88	NC_015579	CCACA	2	10	113678	113687	40 %	0 %	0 %	60 %	334133327
89	NC_015579	CATGA	2	10	114135	114144	40 %	20 %	20 %	20 %	334133327
90	NC_015579	CCTTT	2	10	115044	115053	0 %	60 %	0 %	40 %	334133328
91	NC_015579	GATCG	2	10	119562	119571	20 %	20 %	40 %	20 %	334133336
92	NC_015579	CCGCG	2	10	120595	120604	0 %	0 %	40 %	60 %	334133337
93	NC_015579	ATGGC	2	10	124069	124078	20 %	20 %	40 %	20 %	334133343
94	NC_015579	AGGTC	2	10	124177	124186	20 %	20 %	40 %	20 %	334133343
95	NC_015579	GAAGG	2	10	126408	126417	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015579	TTGCC	2	10	128568	128577	0 %	40 %	20 %	40 %	334133349
97	NC_015579	CTGCA	2	10	128686	128695	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_015579	TGCAG	2	10	128707	128716	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_015579	CCACA	2	10	128965	128974	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
100	NC_015579	CGGCG	2	10	132093	132102	0 %	0 %	60 %	40 %	334133355
101	NC_015579	CGCGC	2	10	132348	132357	0 %	0 %	40 %	60 %	334133356
102	NC_015579	CGCAG	2	10	132819	132828	20 %	0 %	40 %	40 %	334133356
103	NC_015579	CCGTG	2	10	133104	133113	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
104	NC_015579	GCAGG	2	10	135571	135580	20 %	0 %	60 %	20 %	334133360
105	NC_015579	TGGCG	2	10	137987	137996	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
106	NC_015579	CGCTG	2	10	138130	138139	0 %	20 %	40 %	40 %	334133364
107	NC_015579	GCATG	2	10	141267	141276	20 %	20 %	40 %	20 %	334133368
108	NC_015579	GGCGA	2	10	143593	143602	20 %	0 %	60 %	20 %	334133372
109	NC_015579	TGTGC	2	10	144815	144824	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_015579	CCGGC	2	10	147591	147600	0 %	0 %	40 %	60 %	334133376
111	NC_015579	ACGCG	2	10	150311	150320	20 %	0 %	40 %	40 %	334133378
112	NC_015579	CCTGA	2	10	151678	151687	20 %	20 %	20 %	40 %	334133380
113	NC_015579	CGCTG	2	10	152274	152283	0 %	20 %	40 %	40 %	334133380
114	NC_015579	GCGAT	2	10	153321	153330	20 %	20 %	40 %	20 %	334133381
115	NC_015579	GCTGG	2	10	153718	153727	0 %	20 %	60 %	20 %	334133381
116	NC_015579	ACGAA	2	10	154518	154527	60 %	0 %	20 %	20 %	334133381
117	NC_015579	GGACA	2	10	154890	154899	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_015579	GCCAC	2	10	155455	155464	20 %	0 %	20 %	60 %	334133382
119	NC_015579	CCTCG	2	10	155702	155711	0 %	20 %	20 %	60 %	334133382
120	NC_015579	GCCGG	2	10	155939	155948	0 %	0 %	60 %	40 %	334133382
121	NC_015579	TGGGC	2	10	156206	156215	0 %	20 %	60 %	20 %	334133382
122	NC_015579	GCGCA	2	10	163199	163208	20 %	0 %	40 %	40 %	334133391
123	NC_015579	ATGCG	2	10	164002	164011	20 %	20 %	40 %	20 %	334133392
124	NC_015579	ACGCG	2	10	164286	164295	20 %	0 %	40 %	40 %	334133392
125	NC_015579	GCGTC	2	10	165171	165180	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
126	NC_015579	TAGAT	2	10	166003	166012	40 %	40 %	20 %	0 %	334133393
127	NC_015579	ATCGG	2	10	167658	167667	20 %	20 %	40 %	20 %	334133395
128	NC_015579	GCGAA	2	10	168317	168326	40 %	0 %	40 %	20 %	334133396
129	NC_015579	CAAGG	2	10	170927	170936	40 %	0 %	40 %	20 %	334133399
130	NC_015579	CCTGA	2	10	171772	171781	20 %	20 %	20 %	40 %	334133400
131	NC_015579	CGCGC	2	10	171821	171830	0 %	0 %	40 %	60 %	334133400
132	NC_015579	ACAGA	2	10	171954	171963	60 %	0 %	20 %	20 %	334133400
133	NC_015579	GCCCG	2	10	173464	173473	0 %	0 %	40 %	60 %	334133402
134	NC_015579	CCGAT	2	10	174098	174107	20 %	20 %	20 %	40 %	334133402
135	NC_015579	AGACG	2	10	174957	174966	40 %	0 %	40 %	20 %	334133402
136	NC_015579	AATGT	2	10	175166	175175	40 %	40 %	20 %	0 %	334133402
137	NC_015579	GCAGG	2	10	175740	175749	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
138	NC_015579	GGCCG	2	10	177042	177051	0 %	0 %	60 %	40 %	334133404
139	NC_015579	CTCTT	2	10	177461	177470	0 %	60 %	0 %	40 %	334133404
140	NC_015579	TTCGA	2	10	178607	178616	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_015579	GCCGC	2	10	178680	178689	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
142	NC_015579	AGGCG	2	10	181275	181284	20 %	0 %	60 %	20 %	334133408
143	NC_015579	GTTCG	2	10	182817	182826	0 %	40 %	40 %	20 %	334133409
144	NC_015579	CGCCA	2	10	183115	183124	20 %	0 %	20 %	60 %	334133409
145	NC_015579	TCCAT	2	10	183790	183799	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_015579	GCAAG	2	10	183977	183986	40 %	0 %	40 %	20 %	334133410
147	NC_015579	GCGTC	2	10	184648	184657	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
148	NC_015579	CGGCA	2	10	187254	187263	20 %	0 %	40 %	40 %	334133413
149	NC_015579	CGGCT	2	10	188284	188293	0 %	20 %	40 %	40 %	334133413
150	NC_015579	GCCGC	2	10	189238	189247	0 %	0 %	40 %	60 %	334133414
151	NC_015579	GATCG	2	10	191186	191195	20 %	20 %	40 %	20 %	334133415
152	NC_015579	GGAGG	2	10	191917	191926	20 %	0 %	80 %	0 %	334133415

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.