MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema primitia ZAS-2 chromosome

Total Repeats: 131

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015578	GGTATA	2	12	7662	7673	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015578	TAAATA	2	12	41595	41606	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015578	TAAGAT	2	12	84658	84669	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015578	ATGCCT	2	12	89127	89138	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_015578	GCAGTT	2	12	106750	106761	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_015578	ATTTTA	2	12	125869	125880	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015578	TAATAT	2	12	125909	125920	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015578	GGCGAA	2	12	180073	180084	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_015578	GCCGGA	2	12	181972	181983	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_015578	TGTCCA	2	12	218996	219007	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_015578	TGAAGC	2	12	222979	222990	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_015578	TTTATA	2	12	269425	269436	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015578	ATTTTT	2	12	303105	303116	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015578	CTGTTT	2	12	317159	317170	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_015578	ATTTCT	2	12	342930	342941	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_015578	CCGTTG	2	12	346444	346455	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_015578	TATTTT	2	12	358997	359008	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015578	CGGTTC	2	12	429121	429132	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_015578	TAACAA	2	12	470736	470747	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_015578	CACATA	2	12	480814	480825	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_015578	ATGGCA	2	12	485407	485418	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_015578	CGAGCC	2	12	508619	508630	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
23	NC_015578	TATCTA	2	12	553858	553869	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_015578	GAGTAA	2	12	631477	631488	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015578	TCCCCC	2	12	700330	700341	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
26	NC_015578	GGGGGA	2	12	700500	700511	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015578	TCCCGT	2	12	708031	708042	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
28	NC_015578	GACCTG	2	12	741444	741455	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_015578	ACAGCG	2	12	742343	742354	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_015578	ACCTGG	2	12	742399	742410	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_015578	ACAGCC	2	12	742852	742863	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
32	NC_015578	TTAGGG	2	12	753490	753501	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015578	TTGCTG	2	12	869050	869061	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_015578	CAAACC	2	12	881431	881442	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_015578	AGTTCC	2	12	930114	930125	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_015578	GCTTGT	2	12	1038534	1038545	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_015578	GGGAAG	2	12	1047909	1047920	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015578	ATTTTT	2	12	1219820	1219831	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015578	TTAAAG	2	12	1237082	1237093	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015578	TAATTA	2	12	1243355	1243366	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015578	AAATCT	2	12	1243403	1243414	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_015578	CTCCAT	2	12	1258942	1258953	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_015578	CGTCAG	2	12	1371298	1371309	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_015578	CGGCCC	2	12	1397430	1397441	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_015578	ATATAA	2	12	1457183	1457194	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015578	TTACCC	2	12	1567499	1567510	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_015578	CAATAC	2	12	1567704	1567715	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_015578	GGCATG	2	12	1568674	1568685	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_015578	TCCTCT	2	12	1588555	1588566	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_015578	CTTTTT	2	12	1602398	1602409	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_015578	AAAAGG	2	12	1659384	1659395	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015578	CTATAA	2	12	1678650	1678661	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_015578	CTTTCT	2	12	1739813	1739824	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_015578	TTAGTA	2	12	1752293	1752304	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015578	GGCCTG	2	12	1793831	1793842	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_015578	AAATTA	2	12	1845363	1845374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015578	CAACAG	2	12	1941331	1941342	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_015578	AGCGGA	2	12	1941761	1941772	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_015578	AAAGAC	2	12	1962688	1962699	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_015578	ATGAAT	2	12	1966615	1966626	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015578	GATATT	2	12	1967079	1967090	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015578	ATAAAA	2	12	1967320	1967331	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015578	AGAAAA	2	12	1969835	1969846	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015578	AGTGGA	2	12	1970646	1970657	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015578	GAAAAA	2	12	1970689	1970700	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015578	CATTTT	2	12	2025391	2025402	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_015578	ACAATT	2	12	2058818	2058829	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_015578	GCAAAT	2	12	2059246	2059257	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_015578	CGCAAA	2	12	2060561	2060572	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_015578	GATTAC	2	12	2101564	2101575	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_015578	GTAATA	2	12	2109305	2109316	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015578	ACCTAT	2	12	2150310	2150321	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_015578	ATATGA	2	12	2180691	2180702	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015578	AGTATT	2	12	2186193	2186204	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015578	TTCAAT	2	12	2201679	2201690	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_015578	TAGCCC	2	12	2267379	2267390	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
77	NC_015578	AAAATA	2	12	2290152	2290163	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015578	GTGGGG	2	12	2397236	2397247	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015578	AGGGGC	2	12	2413298	2413309	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_015578	CCAGGG	2	12	2446914	2446925	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_015578	AATAAA	2	12	2476929	2476940	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015578	GCGGAG	2	12	2508573	2508584	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_015578	ATATAC	2	12	2534584	2534595	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_015578	AGGGGG	2	12	2605710	2605721	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015578	TGTTTC	2	12	2663442	2663453	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_015578	AATGCA	2	12	2670440	2670451	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_015578	CTCCGG	2	12	2696839	2696850	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
88	NC_015578	AGATAA	2	12	2697696	2697707	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015578	TTCGCC	2	12	2698806	2698817	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
90	NC_015578	ATGACC	2	12	2736359	2736370	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_015578	GAGCAC	2	12	2736409	2736420	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_015578	TATTGA	2	12	2746657	2746668	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015578	TCCTGG	2	12	2776241	2776252	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_015578	ACCGTG	2	12	2776985	2776996	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_015578	GGTGTG	2	12	2826015	2826026	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015578	AGGCTA	2	12	2829938	2829949	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_015578	ATCGGC	2	12	2855792	2855803	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_015578	ATCGAG	2	12	2856268	2856279	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_015578	AGAAGG	2	12	2873526	2873537	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015578	GTAACC	2	12	2878825	2878836	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_015578	AGAAAA	2	12	2936606	2936617	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015578	GCTTCC	2	12	2965815	2965826	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
103	NC_015578	GCCAGG	2	12	2972812	2972823	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_015578	TTATAG	2	12	3007977	3007988	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015578	CTAAGT	2	12	3147798	3147809	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_015578	CGGAAG	2	12	3225668	3225679	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_015578	GCTGCA	2	12	3309126	3309137	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_015578	TATAAA	2	12	3309207	3309218	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015578	TTTTGT	2	12	3318650	3318661	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015578	TATCCT	2	12	3366053	3366064	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_015578	AATTGA	2	12	3377819	3377830	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015578	TCCTAT	2	12	3395643	3395654	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_015578	TGGGTG	2	12	3452245	3452256	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015578	CAGGTC	2	12	3453126	3453137	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_015578	GACTTC	2	12	3453423	3453434	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_015578	TGAGGG	2	12	3453614	3453625	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015578	CGGGGG	2	12	3454091	3454102	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_015578	TGGTAA	2	12	3454370	3454381	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015578	TCAAGG	2	12	3465284	3465295	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_015578	CCGGAT	2	12	3481372	3481383	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_015578	GAAGAG	2	12	3533010	3533021	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015578	ATATTT	2	12	3576010	3576021	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015578	ACGGCA	2	12	3597632	3597643	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_015578	TCGACA	2	12	3598301	3598312	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_015578	TAAGTA	2	12	3701903	3701914	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015578	TTCCTT	2	12	3867027	3867038	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_015578	ATTGAA	2	12	3906316	3906327	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015578	AGGATA	2	12	3965277	3965288	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015578	CTGGAC	2	12	3970687	3970698	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_015578	GTATCA	2	12	3983881	3983892	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_015578	AATTTT	2	12	3993437	3993448	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.