MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema primitia ZAS-2 chromosome

Total Repeats: 319

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015578	AAACG	2	10	29429	29438	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_015578	AAAGC	2	10	53924	53933	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_015578	ATTTT	2	10	58439	58448	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015578	CGGAA	2	10	61778	61787	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_015578	ATTTA	2	10	73664	73673	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015578	ATTAT	2	10	73713	73722	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015578	AAGTT	2	10	77169	77178	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015578	CATAC	2	10	100016	100025	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_015578	TATAA	2	10	125994	126003	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015578	TATCT	2	10	173261	173270	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_015578	AACAA	2	10	176069	176078	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_015578	AATAA	2	10	178866	178875	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015578	AAGCG	2	10	180623	180632	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_015578	ACCGT	2	10	182958	182967	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_015578	TTCCG	2	10	184303	184312	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_015578	TATAA	2	10	212123	212132	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015578	TAATT	2	10	219838	219847	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015578	GTCGC	2	10	250603	250612	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_015578	TTTAA	2	10	267496	267505	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015578	GGTAT	2	10	280278	280287	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015578	GAGCG	2	10	284616	284625	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
22	NC_015578	TTTTC	2	10	285415	285424	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_015578	ACCGC	2	10	292302	292311	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
24	NC_015578	GACAA	2	10	310720	310729	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_015578	GAGCG	2	10	318324	318333	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_015578	GCCAG	2	10	344907	344916	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_015578	TTGCT	2	10	357288	357297	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_015578	TATAG	2	10	359083	359092	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015578	CTCCG	2	10	361539	361548	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
30	NC_015578	ACCAT	2	10	409352	409361	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_015578	GCCCT	2	10	417787	417796	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
32	NC_015578	TGATT	2	10	428723	428732	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015578	GAAAA	2	10	428859	428868	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015578	AATAT	2	10	434452	434461	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015578	ATCTT	2	10	451009	451018	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015578	TATTG	2	10	474477	474486	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015578	TTTTC	2	10	474670	474679	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_015578	AATTT	2	10	483185	483194	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015578	AATGG	2	10	483230	483239	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015578	CCTAA	2	10	486662	486671	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_015578	AATAT	2	10	486930	486939	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015578	TTTTC	2	10	513988	513997	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015578	TATTT	2	10	540402	540411	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015578	TTCTT	2	10	551703	551712	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015578	TGCCG	2	10	556073	556082	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_015578	ATGAC	2	10	577537	577546	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_015578	TTCGC	2	10	610771	610780	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_015578	GTATA	2	10	635754	635763	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015578	GTTTT	2	10	639701	639710	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015578	TCCCC	2	10	641032	641041	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
51	NC_015578	TCTAA	2	10	643399	643408	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_015578	AGGGG	2	10	643476	643485	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015578	AAGAA	2	10	652611	652620	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015578	CATCC	2	10	654378	654387	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
55	NC_015578	ATATC	2	10	668617	668626	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_015578	TTAAT	2	10	675911	675920	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015578	GCTTC	2	10	723957	723966	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_015578	GCTTC	2	10	724367	724376	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_015578	TATAA	2	10	725943	725952	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015578	TATAG	2	10	725958	725967	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015578	GTTTA	2	10	726668	726677	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015578	GGGGA	2	10	736271	736280	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015578	TTGCC	2	10	774246	774255	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_015578	CCGGG	2	10	802309	802318	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
65	NC_015578	TTTTA	2	10	814178	814187	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015578	AGAAA	2	10	859675	859684	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015578	GGTAT	2	10	905311	905320	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015578	AGCGA	2	10	905492	905501	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_015578	GACCA	2	10	906575	906584	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_015578	TGGTG	2	10	907534	907543	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015578	ATACT	2	10	912470	912479	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_015578	ACCTT	2	10	917213	917222	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_015578	CGAAA	2	10	917251	917260	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_015578	TATAT	2	10	921458	921467	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015578	GCAGG	2	10	930095	930104	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
76	NC_015578	CAATG	2	10	937598	937607	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_015578	GAAGG	2	10	959239	959248	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015578	AGGGT	2	10	1008349	1008358	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015578	GGGAA	2	10	1008695	1008704	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015578	ATATA	2	10	1018446	1018455	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015578	GGGAG	2	10	1033979	1033988	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015578	CCCTC	2	10	1034119	1034128	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
83	NC_015578	GTTTT	2	10	1046108	1046117	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015578	ATTTA	2	10	1047999	1048008	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015578	TTATA	2	10	1065008	1065017	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015578	TTCCT	2	10	1160962	1160971	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_015578	GCGAT	2	10	1190779	1190788	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_015578	CCCTC	2	10	1270582	1270591	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
89	NC_015578	GGGAG	2	10	1275517	1275526	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015578	CCCTC	2	10	1275879	1275888	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
91	NC_015578	ACTTT	2	10	1303422	1303431	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_015578	TACAA	2	10	1311386	1311395	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_015578	AAATT	2	10	1311397	1311406	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015578	TGGCT	2	10	1313752	1313761	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_015578	TTTGC	2	10	1317862	1317871	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_015578	CCGTC	2	10	1335838	1335847	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
97	NC_015578	GCTTA	2	10	1348826	1348835	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_015578	TGTTT	2	10	1366584	1366593	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015578	CTATA	2	10	1368009	1368018	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_015578	TCCTT	2	10	1371572	1371581	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_015578	TTCCG	2	10	1398534	1398543	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_015578	AGTAA	2	10	1419718	1419727	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015578	CCGGG	2	10	1421642	1421651	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
104	NC_015578	CGGTG	2	10	1438704	1438713	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
105	NC_015578	GAAAA	2	10	1451237	1451246	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015578	GGCCA	2	10	1462410	1462419	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_015578	ATATG	2	10	1464066	1464075	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015578	ACATT	2	10	1472432	1472441	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_015578	ATAGT	2	10	1472448	1472457	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015578	TGGGG	2	10	1489098	1489107	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015578	TGGGG	2	10	1489212	1489221	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015578	TGGGG	2	10	1489326	1489335	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015578	TTTAC	2	10	1490989	1490998	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_015578	ATAGT	2	10	1492934	1492943	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015578	AAAGC	2	10	1496061	1496070	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_015578	ACCCG	2	10	1512560	1512569	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
117	NC_015578	TCCTC	2	10	1528380	1528389	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
118	NC_015578	TATAG	2	10	1536354	1536363	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015578	ATAGT	2	10	1543026	1543035	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015578	AGGGG	2	10	1559741	1559750	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015578	TTATA	2	10	1565019	1565028	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015578	CCCGG	2	10	1566838	1566847	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
123	NC_015578	TGGCT	2	10	1567364	1567373	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_015578	GCTAT	2	10	1581660	1581669	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_015578	AGGAA	2	10	1589784	1589793	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015578	TAAAA	2	10	1590085	1590094	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015578	AAACT	2	10	1590172	1590181	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_015578	TTAAA	2	10	1593760	1593769	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015578	CCGGG	2	10	1597373	1597382	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
130	NC_015578	CCGGG	2	10	1597512	1597521	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
131	NC_015578	CCGAA	2	10	1603203	1603212	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
132	NC_015578	AAAGA	2	10	1607157	1607166	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015578	ATTTT	2	10	1608170	1608179	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015578	GGGGA	2	10	1624611	1624620	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015578	GGGGA	2	10	1625108	1625117	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015578	ACTAA	2	10	1633355	1633364	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_015578	CCGCA	2	10	1636804	1636813	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
138	NC_015578	GCTCT	2	10	1637751	1637760	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_015578	GCAGA	2	10	1637863	1637872	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_015578	GGGAT	2	10	1659203	1659212	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015578	GGTAT	2	10	1661708	1661717	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015578	TATAA	2	10	1712763	1712772	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015578	TTATT	2	10	1728306	1728315	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015578	CCCCG	2	10	1729694	1729703	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
145	NC_015578	CGGCG	2	10	1740599	1740608	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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284	NC_015578	GGGTT	2	10	3454786	3454795	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
285	NC_015578	GTTCA	2	10	3455103	3455112	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
286	NC_015578	CTGGC	2	10	3455413	3455422	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
287	NC_015578	AAATC	2	10	3481296	3481305	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
288	NC_015578	CCGGG	2	10	3508921	3508930	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
289	NC_015578	GGTAT	2	10	3517395	3517404	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
290	NC_015578	TATAA	2	10	3525196	3525205	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
291	NC_015578	CGAGG	2	10	3527775	3527784	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
292	NC_015578	GTCCA	2	10	3533022	3533031	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
293	NC_015578	TCCTT	2	10	3533050	3533059	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
294	NC_015578	ACCGC	2	10	3533525	3533534	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
295	NC_015578	GAATA	2	10	3535998	3536007	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
296	NC_015578	CATCC	2	10	3553266	3553275	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
297	NC_015578	CGTTA	2	10	3596862	3596871	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
298	NC_015578	ATAAG	2	10	3599294	3599303	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
299	NC_015578	CTTTG	2	10	3607947	3607956	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
300	NC_015578	TATAA	2	10	3622437	3622446	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
301	NC_015578	CCTTT	2	10	3634044	3634053	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
302	NC_015578	ACCGC	2	10	3668917	3668926	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
303	NC_015578	ATAGT	2	10	3673444	3673453	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
304	NC_015578	CCGTT	2	10	3771325	3771334	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
305	NC_015578	TTTAC	2	10	3772292	3772301	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
306	NC_015578	CTCCC	2	10	3776953	3776962	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
307	NC_015578	GGTGC	2	10	3815212	3815221	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
308	NC_015578	ATTAT	2	10	3839070	3839079	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
309	NC_015578	ATTAT	2	10	3843724	3843733	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
310	NC_015578	TAAAA	2	10	3872194	3872203	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
311	NC_015578	AAAAT	2	10	3895156	3895165	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
312	NC_015578	TCTTT	2	10	3920983	3920992	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
313	NC_015578	CAACC	2	10	3969907	3969916	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
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315	NC_015578	ACAAT	2	10	3994169	3994178	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
316	NC_015578	CATAT	2	10	3996983	3996992	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
317	NC_015578	TAATA	2	10	4015498	4015507	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
318	NC_015578	GTTTC	2	10	4017007	4017016	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
319	NC_015578	TATAG	2	10	4043663	4043672	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.