MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema azotonutricium ZAS-9 chromosome

Total Repeats: 279

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015577	TATAA	2	10	143	152	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015577	TTGCG	2	10	33064	33073	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_015577	CTTAA	2	10	33161	33170	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_015577	CTTCC	2	10	52454	52463	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
5	NC_015577	CATAC	2	10	145504	145513	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_015577	TCAGG	2	10	150937	150946	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_015577	ATAGT	2	10	192270	192279	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015577	TTGTC	2	10	246467	246476	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_015577	TATTT	2	10	246778	246787	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015577	AAAAG	2	10	259098	259107	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015577	CTGCC	2	10	265011	265020	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
12	NC_015577	AAAAT	2	10	305030	305039	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015577	AAGGG	2	10	325591	325600	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015577	CAGGC	2	10	326039	326048	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
15	NC_015577	AATGA	2	10	331141	331150	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015577	ATCCA	2	10	343087	343096	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_015577	AATCG	2	10	347537	347546	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_015577	ATGGT	2	10	352103	352112	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015577	AAAAT	2	10	356266	356275	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015577	CAAAA	2	10	357861	357870	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_015577	TTGTT	2	10	363091	363100	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015577	ATGAG	2	10	365948	365957	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015577	GCCTT	2	10	381661	381670	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_015577	TCCCT	2	10	382223	382232	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
25	NC_015577	GCCTG	2	10	385338	385347	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_015577	CTATA	2	10	386040	386049	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_015577	TATTT	2	10	399278	399287	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015577	AAACC	2	10	404097	404106	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_015577	ACCAA	2	10	404355	404364	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
30	NC_015577	CCCCG	2	10	411787	411796	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
31	NC_015577	TATAA	2	10	411881	411890	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015577	AGAAA	2	10	412795	412804	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015577	ATTTT	2	10	421406	421415	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015577	GTGAA	2	10	422916	422925	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015577	CAAAA	2	10	423730	423739	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015577	AAAAT	2	10	425643	425652	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015577	ATTAT	2	10	436094	436103	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015577	TCATT	2	10	439303	439312	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_015577	TCCTC	2	10	443049	443058	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
40	NC_015577	CAGGA	2	10	443115	443124	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_015577	CCGGG	2	10	446770	446779	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
42	NC_015577	AGGGC	2	10	454387	454396	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015577	ACGAA	2	10	460454	460463	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_015577	CGGGG	2	10	474818	474827	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015577	TTATA	2	10	474893	474902	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015577	TCCCC	2	10	480564	480573	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
47	NC_015577	AAAAT	2	10	498270	498279	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015577	TCAAT	2	10	512597	512606	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_015577	GGAAG	2	10	545124	545133	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015577	TCATC	2	10	595803	595812	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_015577	TTTAT	2	10	595869	595878	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015577	AAGGA	2	10	595891	595900	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015577	CGTTC	2	10	608086	608095	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_015577	TCCGC	2	10	653306	653315	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
55	NC_015577	TGATA	2	10	653948	653957	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015577	CGGCC	2	10	682320	682329	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
57	NC_015577	TAAAA	2	10	684053	684062	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015577	TGATT	2	10	695284	695293	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015577	TACAA	2	10	695362	695371	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_015577	TATAA	2	10	719544	719553	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015577	TATTT	2	10	731540	731549	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015577	GTAAG	2	10	732511	732520	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015577	TGCAT	2	10	736240	736249	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_015577	AGGGC	2	10	736596	736605	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
65	NC_015577	CGGCC	2	10	737247	737256	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
66	NC_015577	AACAA	2	10	756377	756386	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_015577	TTTTC	2	10	757569	757578	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_015577	GTATT	2	10	758512	758521	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015577	TTTTA	2	10	789290	789299	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015577	TTATA	2	10	792201	792210	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015577	TTGGG	2	10	800846	800855	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015577	CAGGG	2	10	841709	841718	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_015577	TCAAA	2	10	842762	842771	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_015577	GGATT	2	10	852130	852139	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015577	TTCTC	2	10	928060	928069	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_015577	GCATA	2	10	933566	933575	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_015577	AAAAT	2	10	934923	934932	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015577	GGGCA	2	10	939394	939403	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
79	NC_015577	AGCGA	2	10	940867	940876	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_015577	AGGGA	2	10	941561	941570	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015577	GCGAA	2	10	943227	943236	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_015577	ACCGT	2	10	943289	943298	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_015577	AAAGA	2	10	989214	989223	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015577	AAGAG	2	10	993100	993109	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015577	TTTTC	2	10	1046776	1046785	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_015577	CTGAA	2	10	1048505	1048514	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_015577	TATGA	2	10	1113913	1113922	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015577	TATAA	2	10	1129952	1129961	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015577	TGCGT	2	10	1140730	1140739	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_015577	GGCAA	2	10	1168964	1168973	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_015577	AGGGG	2	10	1210795	1210804	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015577	GGCTC	2	10	1211291	1211300	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
93	NC_015577	TATAT	2	10	1215769	1215778	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015577	AAAAC	2	10	1245383	1245392	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_015577	AAAAC	3	15	1245398	1245412	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_015577	GAGAA	2	10	1256770	1256779	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015577	AGGAA	2	10	1314318	1314327	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015577	TTATA	2	10	1335302	1335311	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015577	ATACT	2	10	1335337	1335346	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_015577	GGGGA	2	10	1346555	1346564	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015577	ACTGT	2	10	1346571	1346580	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_015577	AAATG	2	10	1349748	1349757	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015577	TAACA	2	10	1381358	1381367	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_015577	TTTCT	2	10	1383487	1383496	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_015577	ATTAT	2	10	1389807	1389816	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015577	ATGGC	2	10	1420517	1420526	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_015577	TTTAT	2	10	1424762	1424771	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015577	TTATA	2	10	1428763	1428772	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015577	GTCCG	2	10	1428823	1428832	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
110	NC_015577	AGAAT	2	10	1435826	1435835	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015577	AGGAG	2	10	1439839	1439848	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015577	TATGA	2	10	1560920	1560929	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015577	GGGAA	2	10	1589182	1589191	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015577	TACTA	2	10	1611703	1611712	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_015577	GGGCA	2	10	1628509	1628518	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
116	NC_015577	GCCAA	2	10	1628605	1628614	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_015577	AGCGA	2	10	1629983	1629992	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_015577	AGGGA	2	10	1630676	1630685	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015577	GCGAA	2	10	1632342	1632351	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_015577	ACCGT	2	10	1632404	1632413	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
121	NC_015577	CTTTC	2	10	1642081	1642090	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_015577	AGGGT	2	10	1661473	1661482	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015577	AAAAC	2	10	1662430	1662439	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_015577	TACCA	2	10	1662741	1662750	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_015577	AATTC	2	10	1690072	1690081	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_015577	CTTTT	2	10	1691215	1691224	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_015577	ATAAA	2	10	1693384	1693393	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015577	ATTGA	2	10	1696962	1696971	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015577	GTATG	2	10	1742798	1742807	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015577	CAATT	2	10	1742946	1742955	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_015577	AGATT	2	10	1798511	1798520	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015577	CCCCT	2	10	1816232	1816241	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
133	NC_015577	AATAA	2	10	1820245	1820254	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015577	GGCCG	2	10	1826029	1826038	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
135	NC_015577	AACAT	2	10	1826084	1826093	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_015577	AGGGG	2	10	1837845	1837854	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015577	TAATA	2	10	1853546	1853555	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015577	TCTGC	2	10	1874342	1874351	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_015577	TCGCT	2	10	1876085	1876094	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
140	NC_015577	CCAGC	2	10	1889085	1889094	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
141	NC_015577	CCTTC	2	10	1890991	1891000	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
142	NC_015577	ATGCC	2	10	1891156	1891165	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_015577	ATGAA	2	10	1895357	1895366	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015577	TGGTT	2	10	1895542	1895551	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015577	CCGCT	2	10	1897890	1897899	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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182	NC_015577	TTTAC	2	10	2448308	2448317	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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279	NC_015577	ATTAA	2	10	3841000	3841009	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.