MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanobacterium sp. SWAN-1 chromosome

Total Repeats: 310

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015574	TTTATA	2	12	20586	20597	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015574	ATTTTT	2	12	29858	29869	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015574	TTTATT	2	12	44656	44667	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015574	TTAAAA	2	12	61404	61415	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015574	AAATCT	2	12	64273	64284	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_015574	ATTAAT	2	12	70082	70093	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015574	TTTTCA	2	12	92157	92168	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_015574	ATTATC	2	12	93945	93956	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_015574	TTTTTA	2	12	101332	101343	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015574	AAAAAT	2	12	113158	113169	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015574	ATTTTT	2	12	115527	115538	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015574	TTTTAA	2	12	115692	115703	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015574	TTTTTG	2	12	121393	121404	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015574	AAATAA	2	12	126122	126133	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015574	TTAATA	2	12	126183	126194	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015574	TCAGAT	2	12	128858	128869	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_015574	ATTTTT	2	12	146420	146431	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015574	GGTCAT	2	12	177696	177707	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_015574	TTTTAA	2	12	181493	181504	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015574	CGCTCT	2	12	185593	185604	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
21	NC_015574	ATTTAT	2	12	203812	203823	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015574	TACTAT	2	12	237048	237059	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_015574	TAATTT	2	12	249902	249913	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015574	TAATTT	2	12	251628	251639	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015574	AAAGAT	2	12	254603	254614	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015574	TTATAA	2	12	259707	259718	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015574	TCGTGG	2	12	261643	261654	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_015574	TCTTAA	2	12	279759	279770	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_015574	AGATTA	2	12	287209	287220	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015574	TTTAAA	2	12	287902	287913	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015574	TAATTA	2	12	288679	288690	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015574	TAAAAA	2	12	315760	315771	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015574	TGGTTA	2	12	318511	318522	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015574	AATTAT	2	12	320610	320621	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015574	AATTTA	2	12	320989	321000	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015574	ATTAAA	2	12	339823	339834	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015574	TTAAAT	2	12	342769	342780	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015574	GTGATG	2	12	360956	360967	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015574	ACAAAT	2	12	362060	362071	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_015574	AAAAAT	2	12	362191	362202	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015574	AATTAA	2	12	368375	368386	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015574	AATGTT	2	12	380643	380654	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015574	AATTGA	2	12	380792	380803	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015574	TTATTT	2	12	406775	406786	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015574	TATTTA	2	12	406872	406883	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015574	TAAAAT	2	12	406918	406929	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015574	TTGTCA	2	12	425588	425599	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_015574	TAAAAA	2	12	428215	428226	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015574	TTTTAA	2	12	432828	432839	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015574	ACTTAA	2	12	432981	432992	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_015574	TAATTT	2	12	440828	440839	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015574	TTTAGA	2	12	447682	447693	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015574	TATTTT	2	12	453732	453743	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015574	TAGATC	2	12	463225	463236	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_015574	TTAAGT	2	12	463665	463676	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015574	ATTTAA	2	12	469029	469040	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015574	ATTTCA	2	12	471213	471224	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_015574	TGCGTT	2	12	471320	471331	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_015574	AATTAA	3	18	482853	482870	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015574	AAGGAG	2	12	485924	485935	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015574	ATTAAT	2	12	495809	495820	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015574	TAAAAA	2	12	514422	514433	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015574	TTGAAA	2	12	521042	521053	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015574	AATTTA	2	12	523128	523139	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015574	AATTAT	2	12	540599	540610	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015574	CAATAA	2	12	540694	540705	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_015574	GTCCAA	2	12	542017	542028	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_015574	TATTTT	2	12	555114	555125	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015574	TAAAAA	2	12	562131	562142	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015574	TTTAAA	2	12	573227	573238	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015574	AATTTT	2	12	582252	582263	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015574	ACAAAA	2	12	585724	585735	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_015574	TTTTAT	2	12	607429	607440	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015574	CAATAA	2	12	609073	609084	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_015574	TTAAAT	2	12	631430	631441	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015574	ATTTAA	2	12	636394	636405	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015574	TTATTT	2	12	646727	646738	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015574	TTTGTA	2	12	668937	668948	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015574	ATATTA	2	12	673775	673786	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015574	ATTATA	2	12	678844	678855	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015574	CTAAAA	2	12	692455	692466	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_015574	CAACTA	2	12	701804	701815	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_015574	ATGAAG	2	12	723586	723597	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015574	GGTAAG	2	12	733159	733170	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015574	ATTCAT	2	12	733370	733381	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_015574	TAATTG	2	12	737496	737507	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015574	AATCAT	2	12	741488	741499	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_015574	ATTTAT	2	12	742880	742891	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015574	AATTTT	2	12	744117	744128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015574	AATTAA	2	12	749571	749582	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015574	CAGGAA	2	12	754928	754939	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_015574	ATTTTT	2	12	765630	765641	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015574	TATTTT	2	12	770493	770504	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015574	ATAATT	2	12	780000	780011	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015574	TTAATT	2	12	792618	792629	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015574	TCATTT	2	12	800422	800433	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_015574	ATTTTT	2	12	802327	802338	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015574	AGGAGA	2	12	806065	806076	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015574	TTTGAA	2	12	812638	812649	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015574	TAAGGT	2	12	815805	815816	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015574	GGACTT	2	12	818319	818330	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_015574	AAATTA	2	12	835444	835455	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015574	ATCCTG	2	12	846268	846279	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_015574	ATTTGA	2	12	849269	849280	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015574	AATTAA	2	12	849332	849343	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015574	AGGATA	2	12	857313	857324	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015574	TTAATC	2	12	857413	857424	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_015574	GAATAA	2	12	859485	859496	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015574	TAAACT	2	12	860449	860460	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_015574	TCATAA	2	12	865299	865310	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_015574	ATGAAT	2	12	871273	871284	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015574	TTTGAA	2	12	873869	873880	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015574	TAAGGT	2	12	877036	877047	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015574	GGACTT	2	12	879550	879561	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_015574	TTCCTT	2	12	886134	886145	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_015574	ATTTTC	2	12	906623	906634	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_015574	ATATTT	2	12	907494	907505	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015574	TGATCT	2	12	961827	961838	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_015574	ATTAAA	2	12	968907	968918	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015574	TTATTT	2	12	978794	978805	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015574	AAATTT	2	12	980362	980373	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015574	ATTTTA	2	12	982298	982309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015574	TCATTT	2	12	988664	988675	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_015574	TTTAAC	2	12	989252	989263	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_015574	AATCCA	2	12	992444	992455	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_015574	AATAAA	2	12	1005135	1005146	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015574	TAAATA	2	12	1031155	1031166	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015574	ATTGCT	2	12	1044189	1044200	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_015574	GTTTTG	2	12	1047896	1047907	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015574	CAGTTC	2	12	1054934	1054945	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_015574	CAGTTC	2	12	1055084	1055095	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_015574	CAGTTC	2	12	1055165	1055176	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_015574	GTTGCA	2	12	1055233	1055244	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_015574	TGTCTG	2	12	1055276	1055287	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_015574	CCAGAT	2	12	1055603	1055614	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_015574	ATTAAT	2	12	1061025	1061036	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015574	TTAAAT	2	12	1066057	1066068	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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258	NC_015574	TAAATA	2	12	2019272	2019283	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
259	NC_015574	TTAATT	2	12	2022762	2022773	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
260	NC_015574	TAAAAT	2	12	2032374	2032385	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
261	NC_015574	ATTTTT	2	12	2037936	2037947	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
262	NC_015574	AAATTA	2	12	2056414	2056425	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
263	NC_015574	TTAAAA	2	12	2056542	2056553	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
264	NC_015574	CATTTT	2	12	2075117	2075128	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
265	NC_015574	ACTAAA	2	12	2076588	2076599	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
266	NC_015574	TTTTAT	2	12	2080373	2080384	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
267	NC_015574	TAAAAA	2	12	2091823	2091834	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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274	NC_015574	TCAAAA	2	12	2161581	2161592	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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278	NC_015574	ATTGAT	2	12	2185851	2185862	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
279	NC_015574	TTTTAT	2	12	2194364	2194375	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
280	NC_015574	ATTTTT	2	12	2204054	2204065	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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282	NC_015574	TGTAAA	2	12	2236442	2236453	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_015574	TTGAAT	2	12	2292062	2292073	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
290	NC_015574	CTTTAT	2	12	2306734	2306745	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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296	NC_015574	AATATT	2	12	2443547	2443558	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_015574	TGGAGT	2	12	2448894	2448905	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
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310	NC_015574	AATTAT	2	12	2533162	2533173	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.