MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Methylomonas methanica MC09 chromosome

Total Repeats: 152

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015572	TGGATT	2	12	6430	6441	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015572	AAAATC	2	12	6477	6488	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_015572	GCATCA	2	12	11761	11772	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_015572	CGTCCA	2	12	17979	17990	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
5	NC_015572	TATTTA	2	12	185639	185650	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015572	AATAAC	2	12	258052	258063	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_015572	TGAAAT	2	12	396791	396802	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015572	AGTCAA	2	12	404167	404178	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_015572	CAAAGC	2	12	420536	420547	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_015572	CCATGC	2	12	431091	431102	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
11	NC_015572	GGCAAA	2	12	454555	454566	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_015572	TTCGGG	2	12	505318	505329	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_015572	TCGTCC	2	12	508541	508552	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
14	NC_015572	TTATTT	2	12	515218	515229	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015572	TGCGGC	2	12	529084	529095	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_015572	AAACAA	2	12	529170	529181	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_015572	TTTAAC	2	12	540199	540210	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_015572	TTTTAA	2	12	588033	588044	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015572	TGAAAT	2	12	695837	695848	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015572	TATCAA	2	12	699202	699213	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_015572	TCTTAC	2	12	734775	734786	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_015572	ATTTTG	2	12	787154	787165	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015572	TATAAC	2	12	794237	794248	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_015572	AATAAA	2	12	797435	797446	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015572	CAATAA	2	12	816999	817010	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_015572	GCCACC	2	12	842910	842921	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_015572	AGTCAG	2	12	842940	842951	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_015572	TGAAAT	2	12	854627	854638	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015572	AAGGCC	2	12	863293	863304	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_015572	TTGCCG	2	12	874761	874772	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_015572	AAGGGT	2	12	887979	887990	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015572	AATAAA	2	12	891103	891114	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015572	TTATGT	2	12	891409	891420	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015572	AATTCG	2	12	909222	909233	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_015572	ATCAAC	2	12	927864	927875	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_015572	TGGGTG	2	12	951999	952010	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015572	TGTTTT	2	12	988737	988748	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015572	TGGCGG	2	12	1039168	1039179	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_015572	AAAGAT	2	12	1051900	1051911	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015572	AGTTCT	2	12	1052029	1052040	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_015572	CGCCTG	2	12	1086919	1086930	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
42	NC_015572	TAAGCG	2	12	1118767	1118778	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_015572	GGGGGT	2	12	1123790	1123801	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015572	TGATAA	2	12	1139279	1139290	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015572	TAAAAG	2	12	1212776	1212787	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015572	TATTTA	2	12	1222183	1222194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015572	TTGCCG	2	12	1231048	1231059	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_015572	AAGTCG	2	12	1253999	1254010	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_015572	AGGTTT	2	12	1332973	1332984	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015572	CAATAA	2	12	1392990	1393001	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_015572	TAACAA	2	12	1496664	1496675	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_015572	CTTATT	2	12	1553438	1553449	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_015572	TTTGAC	2	12	1675835	1675846	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_015572	TCAGGC	2	12	1711442	1711453	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_015572	GGTCGG	2	12	1719922	1719933	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_015572	TTCGCG	2	12	1766461	1766472	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_015572	AATCAA	2	12	1774093	1774104	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_015572	CCATAA	2	12	1799992	1800003	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_015572	GCCCAT	2	12	1836706	1836717	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
60	NC_015572	GGGAGA	2	12	1880371	1880382	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015572	TGATTT	2	12	1935898	1935909	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015572	AAATCA	2	12	2019619	2019630	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_015572	GCGTAA	2	12	2114935	2114946	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_015572	AGCCAA	2	12	2117647	2117658	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_015572	TAAGGG	2	12	2131649	2131660	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015572	AATTAC	2	12	2143747	2143758	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_015572	CAAACC	2	12	2163336	2163347	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_015572	TAAGTG	2	12	2168790	2168801	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015572	ATTCCA	2	12	2168861	2168872	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_015572	GGAATT	2	12	2178769	2178780	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015572	AACGAT	2	12	2194419	2194430	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_015572	AACGAT	2	12	2214229	2214240	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_015572	TGATCG	2	12	2228291	2228302	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_015572	CGGGCT	2	12	2237799	2237810	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_015572	GTTTTC	2	12	2253450	2253461	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_015572	AAGTTA	2	12	2262287	2262298	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015572	AATCCG	2	12	2315019	2315030	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_015572	TGAGCT	2	12	2426249	2426260	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_015572	CACAAA	2	12	2466062	2466073	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_015572	GCGGTG	2	12	2473365	2473376	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_015572	ACCCCT	2	12	2547286	2547297	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_015572	CGCCGG	2	12	2553938	2553949	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
83	NC_015572	AAAAAC	2	12	2554671	2554682	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_015572	ACGCTT	2	12	2602027	2602038	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_015572	ACCGGA	2	12	2621200	2621211	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_015572	ACGCTA	2	12	2652885	2652896	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_015572	GATTTT	2	12	2653548	2653559	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015572	CCGTTA	2	12	2729257	2729268	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_015572	CCCGGC	2	12	2807939	2807950	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_015572	ATCCGG	2	12	2838187	2838198	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_015572	TGGCGT	2	12	2850366	2850377	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_015572	GCATTA	2	12	3020721	3020732	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_015572	ACGGGT	2	12	3039929	3039940	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_015572	CTATAT	2	12	3095837	3095848	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_015572	ATTTTC	2	12	3149189	3149200	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_015572	AAGTTC	2	12	3162210	3162221	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_015572	TTATTT	2	12	3167801	3167812	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015572	CCGGCC	2	12	3170809	3170820	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_015572	TAACGC	2	12	3196408	3196419	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_015572	TATGCC	2	12	3214768	3214779	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_015572	TGAAAC	2	12	3271674	3271685	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_015572	GTTATA	2	12	3352307	3352318	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015572	CATCCA	2	12	3375907	3375918	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_015572	AAAATG	2	12	3382733	3382744	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015572	GATTGC	2	12	3383159	3383170	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_015572	GCAAAA	2	12	3400188	3400199	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_015572	CGCTAA	2	12	3402456	3402467	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_015572	GATTGT	2	12	3413147	3413158	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015572	TGGGTA	2	12	3506215	3506226	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015572	CTTAAT	2	12	3513300	3513311	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_015572	TTTCGA	2	12	3543744	3543755	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_015572	TTTTAA	2	12	3601643	3601654	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015572	GATTTT	2	12	3603629	3603640	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015572	TGAGCT	2	12	3673220	3673231	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_015572	TTGGGC	2	12	3691206	3691217	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_015572	ATCATT	2	12	3717125	3717136	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_015572	TTTAAT	2	12	3727275	3727286	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015572	CCGCAT	2	12	3727986	3727997	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
119	NC_015572	TCATGG	2	12	3793878	3793889	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_015572	ATAGTT	2	12	3818598	3818609	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015572	AAAACA	2	12	3824748	3824759	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_015572	ATTAAA	2	12	3827024	3827035	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015572	AAATTC	2	12	3833746	3833757	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_015572	TAAATC	2	12	3867108	3867119	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_015572	TATTGT	2	12	3968753	3968764	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015572	CCGCGC	2	12	3988004	3988015	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_015572	TATTTA	2	12	4032604	4032615	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015572	CGTTGG	2	12	4106290	4106301	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_015572	GACCAG	2	12	4204374	4204385	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_015572	TAAAAT	2	12	4262048	4262059	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015572	TTTTTA	2	12	4268060	4268071	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015572	ACCGTA	2	12	4317914	4317925	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_015572	AGCGTT	2	12	4370153	4370164	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_015572	TCCGAA	2	12	4423080	4423091	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_015572	TTTGTT	2	12	4469691	4469702	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015572	CAATTT	3	18	4599173	4599190	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_015572	TCAATT	5	30	4599199	4599228	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_015572	TGGTTG	2	12	4634057	4634068	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015572	TTAAGT	2	12	4649197	4649208	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015572	CCCGGC	2	12	4746630	4746641	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
141	NC_015572	TTTCTC	2	12	4747049	4747060	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_015572	CATCGG	2	12	4765118	4765129	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_015572	CAAACC	2	12	4782460	4782471	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_015572	AATTGC	2	12	4824006	4824017	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
145	NC_015572	CTCCGG	2	12	4837129	4837140	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
146	NC_015572	TTGGCT	2	12	4844976	4844987	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_015572	CAGTTC	2	12	4846661	4846672	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_015572	CTAAGC	2	12	4905185	4905196	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_015572	AATCAA	2	12	4918426	4918437	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
150	NC_015572	CCCGGC	2	12	5007140	5007151	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
151	NC_015572	ACACCG	2	12	5008047	5008058	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
152	NC_015572	AGCGTA	2	12	5047740	5047751	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.