MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Amycolicicoccus subflavus DQS3-9A1 chromosome

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015564	TCTCAT	2	12	12841	12852	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_015564	GACATG	2	12	13035	13046	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_015564	CGTCCG	2	12	163731	163742	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
4	NC_015564	ACGTCA	2	12	163787	163798	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_015564	TCCGCT	2	12	172774	172785	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
6	NC_015564	CCGCCA	2	12	211556	211567	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_015564	GCGGAG	2	12	228010	228021	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_015564	ACGCCT	2	12	381361	381372	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
9	NC_015564	CACATC	2	12	405628	405639	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_015564	TAAGGG	2	12	557477	557488	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015564	TGTTTT	2	12	619313	619324	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015564	AGTGCA	2	12	623820	623831	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_015564	GAATGT	2	12	640371	640382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015564	TGAGCG	2	12	674494	674505	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_015564	GACAAA	2	12	699133	699144	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_015564	GGTTGC	2	12	708002	708013	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_015564	GTCCAG	2	12	753115	753126	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_015564	GCCATC	2	12	871567	871578	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
19	NC_015564	GGGTGT	2	12	936129	936140	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015564	GCGGTG	2	12	977199	977210	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_015564	GTGCTG	2	12	988980	988991	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_015564	AGAACG	2	12	1070392	1070403	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_015564	GCTGAG	2	12	1079442	1079453	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_015564	GGGGAA	2	12	1154360	1154371	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015564	CGGGCC	2	12	1169395	1169406	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
26	NC_015564	TCATCG	2	12	1226742	1226753	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_015564	CGGGCG	2	12	1265556	1265567	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_015564	CCCGTC	2	12	1355287	1355298	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_015564	AAGTCA	2	12	1404366	1404377	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_015564	GAAAGG	2	12	1455524	1455535	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015564	GGTGCT	2	12	1500185	1500196	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_015564	AGTGCA	2	12	1585298	1585309	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_015564	GTGCGC	2	12	1608702	1608713	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_015564	GAACGA	2	12	1645440	1645451	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_015564	AACATC	2	12	1682917	1682928	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_015564	AGCGAC	2	12	1780726	1780737	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_015564	TCGATA	2	12	1811359	1811370	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_015564	TTTACC	2	12	1822636	1822647	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_015564	AGCGCC	2	12	1868758	1868769	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
40	NC_015564	GTGGGG	3	18	1946673	1946690	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015564	AGCTCG	2	12	1968500	1968511	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_015564	GCACCG	2	12	2135193	2135204	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
43	NC_015564	GCATTG	2	12	2149834	2149845	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_015564	GGCCTT	2	12	2302509	2302520	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_015564	GAACCC	2	12	2323620	2323631	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
46	NC_015564	CCAGAT	2	12	2331689	2331700	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_015564	CCTGGA	2	12	2378187	2378198	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_015564	CGAAGT	2	12	2385907	2385918	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_015564	GCTGCC	2	12	2438435	2438446	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
50	NC_015564	GTGAAC	4	24	2449401	2449424	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_015564	TTTCAA	2	12	2480232	2480243	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_015564	TGGGTG	2	12	2481193	2481204	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015564	CGGGCA	2	12	2501013	2501024	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_015564	AGTCGA	2	12	2504345	2504356	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_015564	CACCGC	2	12	2554958	2554969	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_015564	GGGCGC	2	12	2720635	2720646	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_015564	AATGTC	2	12	2769697	2769708	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_015564	TTTGCG	2	12	2853993	2854004	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_015564	CCATCG	2	12	2862626	2862637	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
60	NC_015564	CCTCTC	2	12	2948119	2948130	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_015564	TTAGTG	2	12	3129442	3129453	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015564	ACCGCG	2	12	3166703	3166714	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
63	NC_015564	GAGGGA	2	12	3186611	3186622	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015564	GAGGCT	2	12	3204353	3204364	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_015564	CCACAA	2	12	3212155	3212166	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_015564	GGTCCG	2	12	3319798	3319809	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_015564	TGCACT	2	12	3326395	3326406	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_015564	TCCAGG	2	12	3360289	3360300	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_015564	CAAGGG	2	12	3369290	3369301	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_015564	GCTGTT	2	12	3418410	3418421	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_015564	TGAATC	2	12	3419521	3419532	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_015564	CTGGCG	2	12	3425980	3425991	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_015564	CCATCA	2	12	3487185	3487196	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_015564	TCTGCC	2	12	3541916	3541927	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
75	NC_015564	CTGTCC	2	12	3552345	3552356	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_015564	TTCACA	2	12	3564147	3564158	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_015564	TCGCGC	2	12	3602060	3602071	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
78	NC_015564	TTCCGC	2	12	3602077	3602088	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
79	NC_015564	CGAGTT	2	12	3602168	3602179	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_015564	TTTGGC	2	12	3602904	3602915	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_015564	TACACC	2	12	3648718	3648729	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_015564	GGCCGG	2	12	3654984	3654995	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_015564	TCTTGA	2	12	3722777	3722788	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_015564	TCCGGC	2	12	3766718	3766729	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
85	NC_015564	CGCCCG	2	12	3781456	3781467	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_015564	CCGAGC	2	12	3817132	3817143	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
87	NC_015564	GAGCGT	2	12	3840569	3840580	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_015564	GGTTAC	2	12	3858028	3858039	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_015564	CGCCCG	2	12	3965521	3965532	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_015564	TTCGCG	2	12	4014496	4014507	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_015564	CGCGAC	2	12	4059098	4059109	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
92	NC_015564	CGAGCG	2	12	4059370	4059381	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_015564	GCAGCC	2	12	4210239	4210250	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
94	NC_015564	CACCTC	2	12	4211347	4211358	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_015564	GACCGC	2	12	4237251	4237262	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
96	NC_015564	GCCGCA	2	12	4252249	4252260	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
97	NC_015564	CTGCGC	2	12	4298988	4298999	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
98	NC_015564	CGCCAC	2	12	4325019	4325030	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_015564	GGCCAA	2	12	4341015	4341026	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_015564	CGGCCA	2	12	4342148	4342159	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
101	NC_015564	GGTTGG	2	12	4416912	4416923	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015564	TGTGAC	2	12	4428340	4428351	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_015564	TACTGT	2	12	4431480	4431491	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_015564	CGCAAG	2	12	4453308	4453319	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_015564	ACCGCG	2	12	4453924	4453935	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
106	NC_015564	AGGTGG	2	12	4464443	4464454	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015564	CCCATT	2	12	4476812	4476823	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_015564	CGTCGG	2	12	4493753	4493764	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_015564	CAGACC	2	12	4678636	4678647	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
110	NC_015564	GTCACG	2	12	4695986	4695997	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.