MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanotorris igneus Kol 5 chromosome

Total Repeats: 278

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015562	TTTTAT	2	12	1340	1351	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015562	ATTTTT	2	12	2762	2773	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015562	ATTTTT	2	12	2965	2976	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015562	TAAAAA	2	12	12744	12755	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015562	ATTTTT	2	12	17426	17437	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015562	TTAAAA	2	12	17711	17722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015562	ATAAAA	2	12	19664	19675	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015562	ATAGTT	2	12	21385	21396	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015562	TAAATT	2	12	25799	25810	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015562	TTAATT	2	12	36597	36608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015562	AAATTA	2	12	43685	43696	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015562	AAAATA	2	12	43697	43708	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015562	TTTGAT	2	12	52245	52256	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015562	TTTAAT	2	12	52461	52472	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015562	AAGTTT	2	12	55208	55219	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015562	TATTTA	2	12	58253	58264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015562	TCAATA	2	12	64292	64303	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_015562	TTTCAT	2	12	76121	76132	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_015562	CATAAT	2	12	86902	86913	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_015562	AAAAAT	2	12	88295	88306	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015562	AAAATT	2	12	93194	93205	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015562	AATTTA	2	12	93243	93254	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015562	TTCTTT	2	12	97974	97985	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_015562	CAACTG	2	12	99364	99375	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_015562	TTTAGT	2	12	105172	105183	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015562	ATAAAA	2	12	106470	106481	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015562	TAAATT	2	12	107098	107109	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015562	TAAAAA	2	12	115472	115483	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015562	TTTTCG	2	12	117588	117599	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_015562	TAAAAA	2	12	123629	123640	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015562	TTTTAA	2	12	128556	128567	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015562	TTAAAT	2	12	143230	143241	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015562	TAAATT	2	12	149049	149060	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015562	TAAAAA	2	12	154247	154258	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015562	AACATG	2	12	157020	157031	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_015562	TTTTCT	2	12	187600	187611	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_015562	TTTTGT	2	12	194280	194291	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015562	TTTTCG	2	12	194807	194818	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_015562	TTCTAT	2	12	199760	199771	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_015562	ATAAAA	2	12	204968	204979	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015562	ATTAAC	2	12	209532	209543	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_015562	TTAAAT	2	12	221837	221848	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015562	TTAAAA	2	12	221897	221908	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015562	TATAAA	2	12	227055	227066	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015562	ATAAGG	2	12	245096	245107	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015562	ATTTTT	2	12	254057	254068	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015562	ATTGTT	2	12	259968	259979	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015562	AAAATA	2	12	268971	268982	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015562	AATAAA	2	12	268983	268994	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015562	TAAAAA	2	12	268998	269009	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015562	ATATTT	2	12	270716	270727	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015562	AAAATT	2	12	270852	270863	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015562	TATTTT	2	12	282083	282094	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015562	AAAATT	2	12	308177	308188	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015562	TTAAAA	2	12	308286	308297	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015562	TAAAAA	2	12	309048	309059	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015562	TGCATC	2	12	332478	332489	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_015562	ATTTTT	2	12	337359	337370	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015562	TAACAT	2	12	365492	365503	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_015562	ATTTAA	2	12	385582	385593	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015562	TTTAAT	2	12	390783	390794	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015562	ATTTAA	2	12	407651	407662	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015562	TTTTTA	2	12	427470	427481	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015562	ATTTTT	2	12	437152	437163	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015562	AAATTA	2	12	437315	437326	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015562	ATTTTT	2	12	445390	445401	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015562	TTTTAA	2	12	451221	451232	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015562	AAATTT	2	12	451540	451551	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015562	TATTTT	2	12	452466	452477	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015562	TTTTCG	2	12	458149	458160	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_015562	ATATAA	2	12	458187	458198	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015562	TTTATA	2	12	462077	462088	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015562	CGAAAA	2	12	468758	468769	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_015562	AATTTA	2	12	482480	482491	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015562	TTTTTC	2	12	482554	482565	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_015562	AACATT	2	12	487137	487148	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_015562	TTTTCG	2	12	492850	492861	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_015562	CCCTTC	2	12	500495	500506	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_015562	AACATT	2	12	512422	512433	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_015562	TATTTA	2	12	519453	519464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015562	TAGAAA	2	12	528285	528296	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015562	AAATAA	2	12	531812	531823	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015562	ATTTTT	2	12	532035	532046	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015562	TAAAAA	2	12	539846	539857	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015562	AAATTT	2	12	556285	556296	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015562	ATTTAA	2	12	562994	563005	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015562	TTGGAC	2	12	573973	573984	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_015562	ATTGAA	2	12	584944	584955	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015562	TAAATT	2	12	588183	588194	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015562	TTAATT	2	12	591367	591378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015562	ATGGAA	2	12	592659	592670	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015562	ACTTAT	2	12	593943	593954	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_015562	TTTCAT	2	12	602235	602246	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_015562	ATTAAG	2	12	602842	602853	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015562	CATTAT	2	12	604135	604146	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_015562	ATACAA	2	12	608992	609003	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_015562	CTTTGC	2	12	621408	621419	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_015562	ATTTTA	2	12	624284	624295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015562	TCACAA	2	12	624468	624479	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_015562	CTATAA	2	12	627026	627037	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_015562	TTTCTT	2	12	640166	640177	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_015562	TTAATT	2	12	652449	652460	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015562	TAAAAA	2	12	652499	652510	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015562	AAATAT	2	12	656548	656559	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015562	AAATAT	2	12	656563	656574	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015562	TCCATT	2	12	659498	659509	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_015562	TTTTAA	2	12	668185	668196	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015562	TAAAAT	2	12	668307	668318	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015562	TTGGAC	2	12	675524	675535	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_015562	CGAAAA	2	12	675724	675735	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_015562	AAAGAT	2	12	681152	681163	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015562	ATTTAA	2	12	682626	682637	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015562	TAAAAA	2	12	694761	694772	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015562	ATTTAA	2	12	699420	699431	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015562	TAAAAA	2	12	701160	701171	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015562	CAAAAT	2	12	715390	715401	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_015562	TTTTTC	2	12	718103	718114	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_015562	TGATGG	2	12	741666	741677	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015562	AAATTA	2	12	748254	748265	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015562	AAAATT	2	12	748268	748279	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015562	AGAAAT	2	12	748958	748969	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015562	CTATAA	2	12	771146	771157	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_015562	ATTTTT	2	12	781638	781649	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015562	TTAAAT	2	12	789496	789507	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015562	TAAAAA	2	12	790211	790222	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015562	TTCAAT	2	12	792700	792711	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_015562	TTTTCG	2	12	802103	802114	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_015562	CAACTA	2	12	815827	815838	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_015562	ATTTTG	2	12	817152	817163	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015562	AATATA	2	12	827169	827180	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015562	TAAATA	2	12	838257	838268	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015562	TAAAAT	2	12	845745	845756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015562	AATTAA	2	12	855458	855469	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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261	NC_015562	AAACTA	2	12	1723860	1723871	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
262	NC_015562	TTATTT	2	12	1731049	1731060	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
263	NC_015562	TTAATT	2	12	1751456	1751467	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
264	NC_015562	ATTTTT	2	12	1753135	1753146	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.