MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Amycolicicoccus subflavus DQS3-9A1 plasmid pAS9A-2

Total Repeats: 266

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015561	CGGG	2	8	526	533	0 %	0 %	75 %	25 %	333917558
2	NC_015561	CGAT	2	8	912	919	25 %	25 %	25 %	25 %	333917558
3	NC_015561	GGCA	2	8	2342	2349	25 %	0 %	50 %	25 %	333917562
4	NC_015561	AAGG	2	8	2387	2394	50 %	0 %	50 %	0 %	333917562
5	NC_015561	GAAC	2	8	2738	2745	50 %	0 %	25 %	25 %	333917563
6	NC_015561	TCCT	2	8	2991	2998	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_015561	CGCC	2	8	3122	3129	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
8	NC_015561	GACC	2	8	3479	3486	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_015561	TTGA	2	8	4062	4069	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015561	AGCC	2	8	4402	4409	25 %	0 %	25 %	50 %	333917566
11	NC_015561	AGCC	2	8	4662	4669	25 %	0 %	25 %	50 %	333917566
12	NC_015561	GCCT	2	8	4690	4697	0 %	25 %	25 %	50 %	333917566
13	NC_015561	CGGA	2	8	4921	4928	25 %	0 %	50 %	25 %	333917566
14	NC_015561	CCAG	2	8	5132	5139	25 %	0 %	25 %	50 %	333917566
15	NC_015561	AACA	2	8	5737	5744	75 %	0 %	0 %	25 %	333917566
16	NC_015561	TGGC	2	8	6193	6200	0 %	25 %	50 %	25 %	333917566
17	NC_015561	TGTC	2	8	6268	6275	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_015561	CCAG	2	8	6731	6738	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
19	NC_015561	TAAT	2	8	7760	7767	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015561	CAAT	2	8	7805	7812	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_015561	CATC	2	8	7953	7960	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_015561	GCAG	2	8	8148	8155	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_015561	CAGC	2	8	8587	8594	25 %	0 %	25 %	50 %	333917569
24	NC_015561	GATC	2	8	8704	8711	25 %	25 %	25 %	25 %	333917569
25	NC_015561	CCTG	2	8	8998	9005	0 %	25 %	25 %	50 %	333917570
26	NC_015561	CGCC	2	8	9816	9823	0 %	0 %	25 %	75 %	333917570
27	NC_015561	GTCA	2	8	10228	10235	25 %	25 %	25 %	25 %	333917570
28	NC_015561	GGTG	2	8	10243	10250	0 %	25 %	75 %	0 %	333917570
29	NC_015561	CAGA	2	8	10323	10330	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_015561	GGCG	2	8	10610	10617	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
31	NC_015561	GAGT	2	8	10940	10947	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015561	GATG	2	8	10954	10961	25 %	25 %	50 %	0 %	333917572
33	NC_015561	GGTG	2	8	11106	11113	0 %	25 %	75 %	0 %	333917572
34	NC_015561	AGCA	2	8	11282	11289	50 %	0 %	25 %	25 %	333917572
35	NC_015561	GGCG	2	8	11384	11391	0 %	0 %	75 %	25 %	333917572
36	NC_015561	TTCT	2	8	11406	11413	0 %	75 %	0 %	25 %	333917572
37	NC_015561	GTGC	2	8	11510	11517	0 %	25 %	50 %	25 %	333917572
38	NC_015561	GAAG	2	8	11725	11732	50 %	0 %	50 %	0 %	333917572
39	NC_015561	CCGC	2	8	11775	11782	0 %	0 %	25 %	75 %	333917572
40	NC_015561	CCGC	2	8	11922	11929	0 %	0 %	25 %	75 %	333917572
41	NC_015561	CCCG	2	8	12175	12182	0 %	0 %	25 %	75 %	333917572
42	NC_015561	TCCA	2	8	12274	12281	25 %	25 %	0 %	50 %	333917572
43	NC_015561	ACCC	2	8	12947	12954	25 %	0 %	0 %	75 %	333917572
44	NC_015561	CCGA	2	8	13500	13507	25 %	0 %	25 %	50 %	333917572
45	NC_015561	GAAC	2	8	13599	13606	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_015561	CATA	2	8	13802	13809	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_015561	AGCA	2	8	14009	14016	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_015561	CTAC	2	8	14035	14042	25 %	25 %	0 %	50 %	333917573
49	NC_015561	AGAC	2	8	14403	14410	50 %	0 %	25 %	25 %	333917575
50	NC_015561	TGAC	2	8	14422	14429	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_015561	TACA	2	8	14793	14800	50 %	25 %	0 %	25 %	333917576
52	NC_015561	CGCA	2	8	15993	16000	25 %	0 %	25 %	50 %	333917576
53	NC_015561	GCGG	2	8	16490	16497	0 %	0 %	75 %	25 %	333917576
54	NC_015561	CAGC	2	8	16882	16889	25 %	0 %	25 %	50 %	333917576
55	NC_015561	CCGA	2	8	17485	17492	25 %	0 %	25 %	50 %	333917577
56	NC_015561	TTCT	2	8	17597	17604	0 %	75 %	0 %	25 %	333917578
57	NC_015561	GCAA	2	8	17919	17926	50 %	0 %	25 %	25 %	333917579
58	NC_015561	GAAG	2	8	18004	18011	50 %	0 %	50 %	0 %	333917579
59	NC_015561	GCCA	2	8	18437	18444	25 %	0 %	25 %	50 %	333917580
60	NC_015561	GCCT	2	8	21220	21227	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
61	NC_015561	TAGC	2	8	21326	21333	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_015561	CGGT	2	8	21491	21498	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_015561	GGTG	2	8	22522	22529	0 %	25 %	75 %	0 %	333917585
64	NC_015561	CCAG	2	8	22786	22793	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_015561	GAGT	2	8	23270	23277	25 %	25 %	50 %	0 %	333917587
66	NC_015561	CTTG	2	8	23318	23325	0 %	50 %	25 %	25 %	333917587
67	NC_015561	CGAG	2	8	23500	23507	25 %	0 %	50 %	25 %	333917587
68	NC_015561	CGAT	2	8	23776	23783	25 %	25 %	25 %	25 %	333917587
69	NC_015561	CCTC	2	8	24637	24644	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
70	NC_015561	GTGC	2	8	24981	24988	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_015561	GCAG	2	8	25485	25492	25 %	0 %	50 %	25 %	333917589
72	NC_015561	GCTG	2	8	25623	25630	0 %	25 %	50 %	25 %	333917589
73	NC_015561	CCTG	2	8	26083	26090	0 %	25 %	25 %	50 %	333917590
74	NC_015561	TACG	2	8	26586	26593	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_015561	CGTT	2	8	26913	26920	0 %	50 %	25 %	25 %	333917591
76	NC_015561	GGGT	2	8	27276	27283	0 %	25 %	75 %	0 %	333917591
77	NC_015561	CGAT	2	8	28059	28066	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_015561	CGTG	2	8	28348	28355	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_015561	CCGG	2	8	28613	28620	0 %	0 %	50 %	50 %	333917593
80	NC_015561	AGCC	2	8	29173	29180	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
81	NC_015561	TGCC	2	8	29690	29697	0 %	25 %	25 %	50 %	333917594
82	NC_015561	CCAG	2	8	30561	30568	25 %	0 %	25 %	50 %	333917595
83	NC_015561	GGCG	2	8	31285	31292	0 %	0 %	75 %	25 %	333917597
84	NC_015561	TCGC	2	8	31470	31477	0 %	25 %	25 %	50 %	333917597
85	NC_015561	CACC	2	8	31702	31709	25 %	0 %	0 %	75 %	333917597
86	NC_015561	ATCG	2	8	31774	31781	25 %	25 %	25 %	25 %	333917597
87	NC_015561	GATC	2	8	32139	32146	25 %	25 %	25 %	25 %	333917599
88	NC_015561	GCCC	2	8	32805	32812	0 %	0 %	25 %	75 %	333917601
89	NC_015561	CGAC	2	8	32914	32921	25 %	0 %	25 %	50 %	333917601
90	NC_015561	GCCA	2	8	33117	33124	25 %	0 %	25 %	50 %	333917602
91	NC_015561	TGCG	2	8	33403	33410	0 %	25 %	50 %	25 %	333917603
92	NC_015561	ACTG	2	8	33427	33434	25 %	25 %	25 %	25 %	333917603
93	NC_015561	GCAG	2	8	33531	33538	25 %	0 %	50 %	25 %	333917603
94	NC_015561	ATTG	2	8	34110	34117	25 %	50 %	25 %	0 %	333917603
95	NC_015561	TGAG	2	8	34341	34348	25 %	25 %	50 %	0 %	333917604
96	NC_015561	TCAG	2	8	34621	34628	25 %	25 %	25 %	25 %	333917604
97	NC_015561	CGCT	2	8	34910	34917	0 %	25 %	25 %	50 %	333917605
98	NC_015561	TCGC	2	8	35207	35214	0 %	25 %	25 %	50 %	333917605
99	NC_015561	GGTC	2	8	35565	35572	0 %	25 %	50 %	25 %	333917605
100	NC_015561	GCGT	2	8	36262	36269	0 %	25 %	50 %	25 %	333917606
101	NC_015561	TTTC	2	8	36425	36432	0 %	75 %	0 %	25 %	333917606
102	NC_015561	GACT	2	8	36812	36819	25 %	25 %	25 %	25 %	333917606
103	NC_015561	GGCG	2	8	37061	37068	0 %	0 %	75 %	25 %	333917607
104	NC_015561	GCGA	2	8	37181	37188	25 %	0 %	50 %	25 %	333917607
105	NC_015561	TGAG	2	8	38148	38155	25 %	25 %	50 %	0 %	333917608
106	NC_015561	CGCC	2	8	40016	40023	0 %	0 %	25 %	75 %	333917610
107	NC_015561	ACAA	2	8	40324	40331	75 %	0 %	0 %	25 %	333917610
108	NC_015561	TGGC	2	8	40427	40434	0 %	25 %	50 %	25 %	333917610
109	NC_015561	CCTG	2	8	41243	41250	0 %	25 %	25 %	50 %	333917611
110	NC_015561	CGGT	2	8	41669	41676	0 %	25 %	50 %	25 %	333917611
111	NC_015561	TGAT	2	8	42298	42305	25 %	50 %	25 %	0 %	333917612
112	NC_015561	CGCC	2	8	42331	42338	0 %	0 %	25 %	75 %	333917612
113	NC_015561	TGGC	2	8	42378	42385	0 %	25 %	50 %	25 %	333917612
114	NC_015561	CCAG	2	8	44279	44286	25 %	0 %	25 %	50 %	333917617
115	NC_015561	ACTC	2	8	44577	44584	25 %	25 %	0 %	50 %	333917617
116	NC_015561	GCGT	2	8	45410	45417	0 %	25 %	50 %	25 %	333917618
117	NC_015561	TGGA	2	8	45457	45464	25 %	25 %	50 %	0 %	333917618
118	NC_015561	CTGG	2	8	45485	45492	0 %	25 %	50 %	25 %	333917618
119	NC_015561	GACT	2	8	45525	45532	25 %	25 %	25 %	25 %	333917618
120	NC_015561	AGGC	2	8	45910	45917	25 %	0 %	50 %	25 %	333917619
121	NC_015561	GGCG	2	8	46062	46069	0 %	0 %	75 %	25 %	333917619
122	NC_015561	CGGG	2	8	46558	46565	0 %	0 %	75 %	25 %	333917619
123	NC_015561	CGGG	2	8	46933	46940	0 %	0 %	75 %	25 %	333917619
124	NC_015561	GTTT	2	8	47209	47216	0 %	75 %	25 %	0 %	333917620
125	NC_015561	CAGA	2	8	47828	47835	50 %	0 %	25 %	25 %	333917620
126	NC_015561	GCAG	2	8	47860	47867	25 %	0 %	50 %	25 %	333917620
127	NC_015561	TATC	2	8	48214	48221	25 %	50 %	0 %	25 %	333917620
128	NC_015561	CGGC	2	8	48231	48238	0 %	0 %	50 %	50 %	333917620
129	NC_015561	CGTG	2	8	48454	48461	0 %	25 %	50 %	25 %	333917620
130	NC_015561	GCAG	3	12	48645	48656	25 %	0 %	50 %	25 %	333917621
131	NC_015561	GCGT	2	8	49166	49173	0 %	25 %	50 %	25 %	333917621
132	NC_015561	TCAA	2	8	49264	49271	50 %	25 %	0 %	25 %	333917621
133	NC_015561	CAGA	2	8	49375	49382	50 %	0 %	25 %	25 %	333917621
134	NC_015561	AACA	2	8	49463	49470	75 %	0 %	0 %	25 %	333917621
135	NC_015561	CGCC	2	8	49502	49509	0 %	0 %	25 %	75 %	333917621
136	NC_015561	TCCC	2	8	49766	49773	0 %	25 %	0 %	75 %	333917621
137	NC_015561	GGCT	2	8	49806	49813	0 %	25 %	50 %	25 %	333917621
138	NC_015561	GATC	2	8	50651	50658	25 %	25 %	25 %	25 %	333917622
139	NC_015561	CAGC	2	8	51337	51344	25 %	0 %	25 %	50 %	333917623
140	NC_015561	CGGA	2	8	51900	51907	25 %	0 %	50 %	25 %	333917623
141	NC_015561	GACG	2	8	52592	52599	25 %	0 %	50 %	25 %	333917624
142	NC_015561	CAGC	2	8	52677	52684	25 %	0 %	25 %	50 %	333917624
143	NC_015561	GACC	2	8	53412	53419	25 %	0 %	25 %	50 %	333917625
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.