MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Haliscomenobacter hydrossis DSM 1100 plasmid pHALHY02

Total Repeats: 55

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015512	GCGCAG	2	12	2480	2491	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	332661893
2	NC_015512	CTGGCG	2	12	3113	3124	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	332661893
3	NC_015512	CCTCAA	2	12	4307	4318	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	332661894
4	NC_015512	AAGCAA	2	12	9248	9259	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	332661898
5	NC_015512	TGAAAA	2	12	13672	13683	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	332661900
6	NC_015512	CCAAAG	2	12	15027	15038	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	332661901
7	NC_015512	TCTACG	2	12	17141	17152	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	332661903
8	NC_015512	TCGGCG	2	12	20706	20717	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	332661905
9	NC_015512	TTTTGG	2	12	20769	20780	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332661905
10	NC_015512	GGGGTC	2	12	24417	24428	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	332661907
11	NC_015512	GCTGGC	2	12	24774	24785	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	332661907
12	NC_015512	GGGCCA	2	12	25028	25039	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	332661907
13	NC_015512	GCAATG	2	12	25813	25824	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	332661907
14	NC_015512	CTGATC	2	12	31128	31139	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	332661909
15	NC_015512	AGTTGC	2	12	43914	43925	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	332661921
16	NC_015512	CGATGC	2	12	44602	44613	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	332661922
17	NC_015512	TCAAAA	2	12	55770	55781	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	332661933
18	NC_015512	GTTTTT	2	12	66219	66230	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015512	AGCATG	2	12	67269	67280	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	332661940
20	NC_015512	GCCATA	2	12	67882	67893	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	332661941
21	NC_015512	TGGGGA	2	12	69146	69157	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	332661942
22	NC_015512	ACCAAA	2	12	73786	73797	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332661947
23	NC_015512	ATAGGA	2	12	78559	78570	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	332661950
24	NC_015512	CACTCC	2	12	78936	78947	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	332661950
25	NC_015512	TGTTTC	2	12	85027	85038	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	332661955
26	NC_015512	CCGTGA	2	12	90846	90857	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	332661961
27	NC_015512	ACTGGC	2	12	91392	91403	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_015512	AAATAT	2	12	91514	91525	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015512	CGAAGC	2	12	95753	95764	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_015512	CGAAGC	2	12	96604	96615	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_015512	GCAGGA	2	12	96771	96782	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	332661966
32	NC_015512	ACCGCC	2	12	99308	99319	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	332661967
33	NC_015512	AAATAG	2	12	99447	99458	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	332661967
34	NC_015512	GCCTTT	2	12	99503	99514	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	332661967
35	NC_015512	GCGGTG	2	12	102935	102946	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	332661969
36	NC_015512	CCGGAA	2	12	103123	103134	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_015512	TTAAAA	2	12	106346	106357	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	332661971
38	NC_015512	AAAATC	2	12	115947	115958	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_015512	GAAGTG	2	12	116136	116147	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015512	GATGGC	2	12	119424	119435	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	332661978
41	NC_015512	GATGGC	2	12	121904	121915	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	332661979
42	NC_015512	AAGGGG	2	12	122045	122056	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015512	AATGGG	2	12	122058	122069	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015512	GATGGC	2	12	123956	123967	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	332661980
45	NC_015512	TGACGG	2	12	126273	126284	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	332661983
46	NC_015512	GCTTCA	2	12	131065	131076	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	332661987
47	NC_015512	AAAAAT	2	12	132823	132834	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015512	TAAAAA	2	12	132884	132895	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015512	CGTAGC	2	12	134432	134443	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	332661990
50	NC_015512	GCGCAG	2	12	134448	134459	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	332661990
51	NC_015512	GCCATG	2	12	139309	139320	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	332661995
52	NC_015512	TGGGGT	2	12	140154	140165	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015512	GCGGTA	2	12	141314	141325	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	332661997
54	NC_015512	GATGTT	2	12	141848	141859	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	332661997
55	NC_015512	GACGGT	2	12	143441	143452	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	332661998

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.