MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Haliscomenobacter hydrossis DSM 1100 plasmid pHALHY02

Total Repeats: 295

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015512	ACCC	2	8	2053	2060	25 %	0 %	0 %	75 %	332661893
2	NC_015512	CCAC	2	8	2141	2148	25 %	0 %	0 %	75 %	332661893
3	NC_015512	CAAA	2	8	2170	2177	75 %	0 %	0 %	25 %	332661893
4	NC_015512	TGAG	2	8	2472	2479	25 %	25 %	50 %	0 %	332661893
5	NC_015512	AAGG	2	8	3025	3032	50 %	0 %	50 %	0 %	332661893
6	NC_015512	AATA	2	8	3443	3450	75 %	25 %	0 %	0 %	332661893
7	NC_015512	GCAG	2	8	3734	3741	25 %	0 %	50 %	25 %	332661894
8	NC_015512	AGCT	2	8	3772	3779	25 %	25 %	25 %	25 %	332661894
9	NC_015512	CCCG	2	8	4029	4036	0 %	0 %	25 %	75 %	332661894
10	NC_015512	CAGC	2	8	4054	4061	25 %	0 %	25 %	50 %	332661894
11	NC_015512	AAAC	2	8	4299	4306	75 %	0 %	0 %	25 %	332661894
12	NC_015512	AAAC	2	8	4551	4558	75 %	0 %	0 %	25 %	332661894
13	NC_015512	AAAC	2	8	4677	4684	75 %	0 %	0 %	25 %	332661894
14	NC_015512	CAAA	2	8	4802	4809	75 %	0 %	0 %	25 %	332661894
15	NC_015512	AAAC	2	8	4929	4936	75 %	0 %	0 %	25 %	332661894
16	NC_015512	CAAA	2	8	5054	5061	75 %	0 %	0 %	25 %	332661894
17	NC_015512	AAAC	2	8	5181	5188	75 %	0 %	0 %	25 %	332661894
18	NC_015512	AAAC	2	8	5307	5314	75 %	0 %	0 %	25 %	332661894
19	NC_015512	GGCT	2	8	5433	5440	0 %	25 %	50 %	25 %	332661894
20	NC_015512	GCGG	2	8	6173	6180	0 %	0 %	75 %	25 %	332661895
21	NC_015512	AAAC	2	8	6214	6221	75 %	0 %	0 %	25 %	332661895
22	NC_015512	AAAC	2	8	6690	6697	75 %	0 %	0 %	25 %	332661895
23	NC_015512	AAAC	2	8	6816	6823	75 %	0 %	0 %	25 %	332661895
24	NC_015512	AATT	2	8	7375	7382	50 %	50 %	0 %	0 %	332661895
25	NC_015512	GGAT	2	8	7594	7601	25 %	25 %	50 %	0 %	332661895
26	NC_015512	GGAT	2	8	7685	7692	25 %	25 %	50 %	0 %	332661895
27	NC_015512	AAAT	2	8	8615	8622	75 %	25 %	0 %	0 %	332661898
28	NC_015512	ATAA	2	8	9160	9167	75 %	25 %	0 %	0 %	332661898
29	NC_015512	AGGC	2	8	9290	9297	25 %	0 %	50 %	25 %	332661898
30	NC_015512	AAAC	2	8	9449	9456	75 %	0 %	0 %	25 %	332661898
31	NC_015512	TTTA	2	8	9743	9750	25 %	75 %	0 %	0 %	332661898
32	NC_015512	AAAT	2	8	9800	9807	75 %	25 %	0 %	0 %	332661898
33	NC_015512	ATCA	2	8	10485	10492	50 %	25 %	0 %	25 %	332661899
34	NC_015512	ACCA	2	8	10539	10546	50 %	0 %	0 %	50 %	332661899
35	NC_015512	CAAA	2	8	10742	10749	75 %	0 %	0 %	25 %	332661899
36	NC_015512	GAAA	2	8	10872	10879	75 %	0 %	25 %	0 %	332661899
37	NC_015512	GATG	2	8	10889	10896	25 %	25 %	50 %	0 %	332661899
38	NC_015512	TGGT	2	8	11705	11712	0 %	50 %	50 %	0 %	332661900
39	NC_015512	TTTG	2	8	12283	12290	0 %	75 %	25 %	0 %	332661900
40	NC_015512	ACCT	2	8	13931	13938	25 %	25 %	0 %	50 %	332661901
41	NC_015512	TATT	2	8	13983	13990	25 %	75 %	0 %	0 %	332661901
42	NC_015512	CGAA	2	8	14025	14032	50 %	0 %	25 %	25 %	332661901
43	NC_015512	CATT	2	8	14110	14117	25 %	50 %	0 %	25 %	332661901
44	NC_015512	TTCA	2	8	14220	14227	25 %	50 %	0 %	25 %	332661901
45	NC_015512	ATCA	2	8	14228	14235	50 %	25 %	0 %	25 %	332661901
46	NC_015512	ATTC	2	8	14562	14569	25 %	50 %	0 %	25 %	332661901
47	NC_015512	CTTT	2	8	14828	14835	0 %	75 %	0 %	25 %	332661901
48	NC_015512	CAAG	2	8	15193	15200	50 %	0 %	25 %	25 %	332661901
49	NC_015512	AGAC	2	8	15228	15235	50 %	0 %	25 %	25 %	332661901
50	NC_015512	CAAT	2	8	15621	15628	50 %	25 %	0 %	25 %	332661902
51	NC_015512	TTCA	2	8	15717	15724	25 %	50 %	0 %	25 %	332661902
52	NC_015512	TCCT	2	8	15945	15952	0 %	50 %	0 %	50 %	332661902
53	NC_015512	TGGA	2	8	16400	16407	25 %	25 %	50 %	0 %	332661903
54	NC_015512	ACGC	2	8	16480	16487	25 %	0 %	25 %	50 %	332661903
55	NC_015512	GTGG	2	8	17002	17009	0 %	25 %	75 %	0 %	332661903
56	NC_015512	CAAA	2	8	19127	19134	75 %	0 %	0 %	25 %	332661904
57	NC_015512	CTGG	2	8	19151	19158	0 %	25 %	50 %	25 %	332661904
58	NC_015512	AGGG	2	8	19971	19978	25 %	0 %	75 %	0 %	332661904
59	NC_015512	CAGG	2	8	20180	20187	25 %	0 %	50 %	25 %	332661904
60	NC_015512	GTGG	2	8	20873	20880	0 %	25 %	75 %	0 %	332661905
61	NC_015512	GCTG	2	8	21268	21275	0 %	25 %	50 %	25 %	332661905
62	NC_015512	ATGA	2	8	22153	22160	50 %	25 %	25 %	0 %	332661906
63	NC_015512	TCAA	2	8	22435	22442	50 %	25 %	0 %	25 %	332661906
64	NC_015512	TTTG	2	8	23555	23562	0 %	75 %	25 %	0 %	332661906
65	NC_015512	GGCG	2	8	23683	23690	0 %	0 %	75 %	25 %	332661906
66	NC_015512	AGGT	2	8	24604	24611	25 %	25 %	50 %	0 %	332661907
67	NC_015512	GCTG	2	8	24734	24741	0 %	25 %	50 %	25 %	332661907
68	NC_015512	TAAA	2	8	25329	25336	75 %	25 %	0 %	0 %	332661907
69	NC_015512	TCGC	2	8	26052	26059	0 %	25 %	25 %	50 %	332661907
70	NC_015512	TAGC	2	8	27094	27101	25 %	25 %	25 %	25 %	332661907
71	NC_015512	TGCT	2	8	27756	27763	0 %	50 %	25 %	25 %	332661908
72	NC_015512	TGGC	2	8	28026	28033	0 %	25 %	50 %	25 %	332661908
73	NC_015512	GGGC	2	8	28292	28299	0 %	0 %	75 %	25 %	332661908
74	NC_015512	ATTG	2	8	28504	28511	25 %	50 %	25 %	0 %	332661908
75	NC_015512	CAGT	2	8	28606	28613	25 %	25 %	25 %	25 %	332661908
76	NC_015512	TTTG	2	8	29862	29869	0 %	75 %	25 %	0 %	332661908
77	NC_015512	CAGC	2	8	30061	30068	25 %	0 %	25 %	50 %	332661908
78	NC_015512	GCGG	2	8	30608	30615	0 %	0 %	75 %	25 %	332661908
79	NC_015512	CAAA	2	8	30789	30796	75 %	0 %	0 %	25 %	332661908
80	NC_015512	ATTG	2	8	30992	30999	25 %	50 %	25 %	0 %	332661909
81	NC_015512	CAAA	2	8	31088	31095	75 %	0 %	0 %	25 %	332661909
82	NC_015512	TTGC	2	8	31299	31306	0 %	50 %	25 %	25 %	332661909
83	NC_015512	TTGC	2	8	31469	31476	0 %	50 %	25 %	25 %	332661909
84	NC_015512	AAGG	2	8	32991	32998	50 %	0 %	50 %	0 %	332661912
85	NC_015512	TGGG	2	8	33223	33230	0 %	25 %	75 %	0 %	332661912
86	NC_015512	CAAA	2	8	33629	33636	75 %	0 %	0 %	25 %	332661912
87	NC_015512	GTTT	2	8	33803	33810	0 %	75 %	25 %	0 %	332661912
88	NC_015512	GATA	2	8	34108	34115	50 %	25 %	25 %	0 %	332661912
89	NC_015512	GGTG	2	8	34214	34221	0 %	25 %	75 %	0 %	332661912
90	NC_015512	GAGT	2	8	34479	34486	25 %	25 %	50 %	0 %	332661912
91	NC_015512	TGGT	2	8	34492	34499	0 %	50 %	50 %	0 %	332661912
92	NC_015512	GAAA	2	8	34744	34751	75 %	0 %	25 %	0 %	332661912
93	NC_015512	TCTT	2	8	35511	35518	0 %	75 %	0 %	25 %	332661912
94	NC_015512	GTTT	2	8	35633	35640	0 %	75 %	25 %	0 %	332661912
95	NC_015512	CCAA	2	8	35871	35878	50 %	0 %	0 %	50 %	332661913
96	NC_015512	TGAT	2	8	36264	36271	25 %	50 %	25 %	0 %	332661913
97	NC_015512	AAAG	2	8	36481	36488	75 %	0 %	25 %	0 %	332661914
98	NC_015512	CCAG	2	8	36592	36599	25 %	0 %	25 %	50 %	332661914
99	NC_015512	CGGG	2	8	37015	37022	0 %	0 %	75 %	25 %	332661914
100	NC_015512	TGGG	2	8	40350	40357	0 %	25 %	75 %	0 %	332661917
101	NC_015512	GAGG	2	8	41313	41320	25 %	0 %	75 %	0 %	332661919
102	NC_015512	ATTT	2	8	41574	41581	25 %	75 %	0 %	0 %	332661919
103	NC_015512	TGGA	2	8	41933	41940	25 %	25 %	50 %	0 %	332661919
104	NC_015512	GGAT	2	8	43104	43111	25 %	25 %	50 %	0 %	332661920
105	NC_015512	GGAG	2	8	43597	43604	25 %	0 %	75 %	0 %	332661921
106	NC_015512	TGGA	2	8	44091	44098	25 %	25 %	50 %	0 %	332661921
107	NC_015512	TTGA	2	8	44954	44961	25 %	50 %	25 %	0 %	332661922
108	NC_015512	TGGA	2	8	44970	44977	25 %	25 %	50 %	0 %	332661922
109	NC_015512	GATC	2	8	46564	46571	25 %	25 %	25 %	25 %	332661923
110	NC_015512	GGCG	2	8	46807	46814	0 %	0 %	75 %	25 %	332661923
111	NC_015512	GGCG	2	8	47201	47208	0 %	0 %	75 %	25 %	332661923
112	NC_015512	AAAC	2	8	48119	48126	75 %	0 %	0 %	25 %	332661925
113	NC_015512	GCAA	2	8	48380	48387	50 %	0 %	25 %	25 %	332661926
114	NC_015512	CCAA	2	8	49259	49266	50 %	0 %	0 %	50 %	332661926
115	NC_015512	TGGA	2	8	52261	52268	25 %	25 %	50 %	0 %	332661928
116	NC_015512	TTAA	2	8	53360	53367	50 %	50 %	0 %	0 %	332661929
117	NC_015512	ACAG	2	8	54278	54285	50 %	0 %	25 %	25 %	332661931
118	NC_015512	GTTT	2	8	55216	55223	0 %	75 %	25 %	0 %	332661932
119	NC_015512	GCGG	2	8	55368	55375	0 %	0 %	75 %	25 %	332661932
120	NC_015512	TCCC	2	8	55491	55498	0 %	25 %	0 %	75 %	332661932
121	NC_015512	GATT	2	8	56952	56959	25 %	50 %	25 %	0 %	332661934
122	NC_015512	TAGC	2	8	57261	57268	25 %	25 %	25 %	25 %	332661935
123	NC_015512	TTGA	2	8	58618	58625	25 %	50 %	25 %	0 %	332661936
124	NC_015512	CAGT	2	8	60099	60106	25 %	25 %	25 %	25 %	332661936
125	NC_015512	TGGC	2	8	60378	60385	0 %	25 %	50 %	25 %	332661936
126	NC_015512	GAAA	2	8	60439	60446	75 %	0 %	25 %	0 %	332661936
127	NC_015512	GGCC	2	8	60692	60699	0 %	0 %	50 %	50 %	332661936
128	NC_015512	ATTG	2	8	60808	60815	25 %	50 %	25 %	0 %	332661937
129	NC_015512	TCCA	2	8	61114	61121	25 %	25 %	0 %	50 %	332661937
130	NC_015512	TAAA	2	8	61256	61263	75 %	25 %	0 %	0 %	332661937
131	NC_015512	AGTA	2	8	61822	61829	50 %	25 %	25 %	0 %	332661937
132	NC_015512	TCCC	2	8	61934	61941	0 %	25 %	0 %	75 %	332661937
133	NC_015512	CAAA	2	8	62002	62009	75 %	0 %	0 %	25 %	332661937
134	NC_015512	CCAA	2	8	62039	62046	50 %	0 %	0 %	50 %	332661937
135	NC_015512	GTTT	2	8	62075	62082	0 %	75 %	25 %	0 %	332661937
136	NC_015512	TTCT	2	8	62178	62185	0 %	75 %	0 %	25 %	332661937
137	NC_015512	CAGC	2	8	62377	62384	25 %	0 %	25 %	50 %	332661937
138	NC_015512	TTTC	2	8	62777	62784	0 %	75 %	0 %	25 %	332661937
139	NC_015512	TTTG	2	8	63547	63554	0 %	75 %	25 %	0 %	332661937
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.