MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Haliscomenobacter hydrossis DSM 1100 plasmid pHALHY01

Total Repeats: 67

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015511	AGTTGC	2	12	1790	1801	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	332661770
2	NC_015511	CGATGC	2	12	2417	2428	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	332661771
3	NC_015511	AACTCA	2	12	9251	9262	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	332661778
4	NC_015511	TCAAAA	2	12	10657	10668	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	332661780
5	NC_015511	CCATGC	2	12	12890	12901	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	332661781
6	NC_015511	ATGCCC	2	12	15325	15336	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	332661781
7	NC_015511	TCTTTG	2	12	15392	15403	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	332661781
8	NC_015511	ATTAGT	2	12	15952	15963	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	332661782
9	NC_015511	AAAGCG	2	12	23578	23589	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	332661784
10	NC_015511	TCAAGC	2	12	26236	26247	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	332661785
11	NC_015511	TCAAGT	2	12	27094	27105	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	332661785
12	NC_015511	TTTCCA	2	12	27481	27492	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	332661785
13	NC_015511	TCAAGC	2	12	28057	28068	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	332661785
14	NC_015511	AGGAGC	2	12	30051	30062	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	332661785
15	NC_015511	TCCTTT	2	12	31231	31242	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	332661785
16	NC_015511	TGACAA	2	12	31897	31908	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	332661786
17	NC_015511	TATTCG	2	12	44239	44250	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	332661792
18	NC_015511	CAGGTT	2	12	46808	46819	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	332661795
19	NC_015511	TGAAAA	2	12	52820	52831	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	332661803
20	NC_015511	ACTGGC	2	12	53529	53540	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	332661804
21	NC_015511	TCCGCA	2	12	59751	59762	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	332661811
22	NC_015511	CCGTGA	2	12	63259	63270	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	332661817
23	NC_015511	GCAGGA	2	12	69926	69937	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	332661824
24	NC_015511	CCAGCA	2	12	72774	72785	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	332661827
25	NC_015511	GAAAAA	2	12	75611	75622	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	332661828
26	NC_015511	ATTACA	2	12	75699	75710	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	332661828
27	NC_015511	GCTTTT	2	12	79144	79155	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	332661830
28	NC_015511	TGGCGC	2	12	80499	80510	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	332661830
29	NC_015511	TTCCGT	2	12	80643	80654	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	332661830
30	NC_015511	AGCCAA	2	12	80959	80970	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	332661830
31	NC_015511	CATTGC	2	12	84628	84639	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	332661832
32	NC_015511	TTGTTT	2	12	93552	93563	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	332661841
33	NC_015511	GCCATT	2	12	93684	93695	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	332661841
34	NC_015511	TTCGCT	2	12	96871	96882	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	332661843
35	NC_015511	TCCTTT	2	12	100326	100337	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	332661845
36	NC_015511	ATGTAA	2	12	101537	101548	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	332661846
37	NC_015511	CTGTTG	2	12	102083	102094	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	332661846
38	NC_015511	AGAAAA	2	12	102832	102843	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	332661847
39	NC_015511	TCCAAT	2	12	103777	103788	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	332661848
40	NC_015511	TGCGCT	2	12	107026	107037	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	332661850
41	NC_015511	AAAATC	2	12	111351	111362	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	332661852
42	NC_015511	GTCATT	2	12	111496	111507	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	332661852
43	NC_015511	TACCAA	2	12	112790	112801	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	332661853
44	NC_015511	GTTTTA	2	12	113745	113756	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	332661853
45	NC_015511	ATTGCG	2	12	115364	115375	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	332661854
46	NC_015511	AAAGTA	2	12	122446	122457	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	332661861
47	NC_015511	TTTGAG	2	12	122911	122922	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	332661861
48	NC_015511	GCGGTA	2	12	125639	125650	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	332661863
49	NC_015511	GCCCAG	2	12	126011	126022	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	332661863
50	NC_015511	GGTGCG	2	12	127740	127751	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	332661864
51	NC_015511	TGAAGT	2	12	127802	127813	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332661864
52	NC_015511	AGAAAT	2	12	130906	130917	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	332661866
53	NC_015511	AGAAAT	2	12	130966	130977	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	332661866
54	NC_015511	GAAATG	2	12	131027	131038	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	332661866
55	NC_015511	ACGCAA	2	12	139836	139847	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	332661873
56	NC_015511	CTCGAT	2	12	142726	142737	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	332661876
57	NC_015511	GGCCCC	2	12	145142	145153	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	332661877
58	NC_015511	TTTCGA	2	12	145927	145938	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	332661877
59	NC_015511	GGTGTC	2	12	152723	152734	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	332661881
60	NC_015511	GCCTGG	2	12	155123	155134	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	332661883
61	NC_015511	GGTATC	2	12	155851	155862	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	332661883
62	NC_015511	GGATTT	2	12	157319	157330	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	332661885
63	NC_015511	GCTGAT	2	12	158073	158084	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	332661885
64	NC_015511	GGGGAG	2	12	158415	158426	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	332661885
65	NC_015511	TGGTTT	2	12	162013	162024	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332661888
66	NC_015511	ATGCGC	2	12	162536	162547	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	332661889
67	NC_015511	TGCAGG	2	12	163190	163201	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	332661889

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.