MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Haliscomenobacter hydrossis DSM 1100 plasmid pHALHY01

Total Repeats: 113

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015511	ATTGC	2	10	1135	1144	20 %	40 %	20 %	20 %	332661769
2	NC_015511	GGCCT	2	10	2053	2062	0 %	20 %	40 %	40 %	332661770
3	NC_015511	AAATT	2	10	5225	5234	60 %	40 %	0 %	0 %	332661772
4	NC_015511	GTTGA	2	10	5290	5299	20 %	40 %	40 %	0 %	332661772
5	NC_015511	GCGCA	2	10	5641	5650	20 %	0 %	40 %	40 %	332661772
6	NC_015511	AGAAT	2	10	8430	8439	60 %	20 %	20 %	0 %	332661776
7	NC_015511	AGGAG	2	10	9942	9951	40 %	0 %	60 %	0 %	332661779
8	NC_015511	AGGCC	2	10	10179	10188	20 %	0 %	40 %	40 %	332661779
9	NC_015511	TGGGG	2	10	10361	10370	0 %	20 %	80 %	0 %	332661779
10	NC_015511	GAAAG	2	10	10407	10416	60 %	0 %	40 %	0 %	332661779
11	NC_015511	AGCAA	2	10	10601	10610	60 %	0 %	20 %	20 %	332661779
12	NC_015511	GTCGA	2	10	10779	10788	20 %	20 %	40 %	20 %	332661780
13	NC_015511	ACCGT	2	10	12188	12197	20 %	20 %	20 %	40 %	332661781
14	NC_015511	ACCGT	2	10	12314	12323	20 %	20 %	20 %	40 %	332661781
15	NC_015511	ACCGT	2	10	13070	13079	20 %	20 %	20 %	40 %	332661781
16	NC_015511	GCAGC	2	10	13888	13897	20 %	0 %	40 %	40 %	332661781
17	NC_015511	TTGTC	2	10	16890	16899	0 %	60 %	20 %	20 %	332661782
18	NC_015511	ACGGT	2	10	20228	20237	20 %	20 %	40 %	20 %	332661783
19	NC_015511	TACTT	2	10	22205	22214	20 %	60 %	0 %	20 %	332661784
20	NC_015511	GGGTA	2	10	24373	24382	20 %	20 %	60 %	0 %	332661784
21	NC_015511	GGGTT	2	10	28347	28356	0 %	40 %	60 %	0 %	332661785
22	NC_015511	AATAG	2	10	31485	31494	60 %	20 %	20 %	0 %	332661785
23	NC_015511	TGGCC	2	10	32062	32071	0 %	20 %	40 %	40 %	332661786
24	NC_015511	TGCTG	2	10	32128	32137	0 %	40 %	40 %	20 %	332661786
25	NC_015511	CAAGA	2	10	33158	33167	60 %	0 %	20 %	20 %	332661787
26	NC_015511	TCCAG	2	10	33468	33477	20 %	20 %	20 %	40 %	332661787
27	NC_015511	GCAAG	2	10	33801	33810	40 %	0 %	40 %	20 %	332661787
28	NC_015511	AGGGG	2	10	33975	33984	20 %	0 %	80 %	0 %	332661787
29	NC_015511	TCCCC	2	10	35364	35373	0 %	20 %	0 %	80 %	332661789
30	NC_015511	GTCGC	2	10	38146	38155	0 %	20 %	40 %	40 %	332661790
31	NC_015511	CTGGG	2	10	39191	39200	0 %	20 %	60 %	20 %	332661791
32	NC_015511	AAAGC	2	10	40594	40603	60 %	0 %	20 %	20 %	332661792
33	NC_015511	ATTCA	2	10	40805	40814	40 %	40 %	0 %	20 %	332661792
34	NC_015511	GAAAA	2	10	40857	40866	80 %	0 %	20 %	0 %	332661792
35	NC_015511	TCTCC	2	10	41428	41437	0 %	40 %	0 %	60 %	332661792
36	NC_015511	GTTTT	2	10	42531	42540	0 %	80 %	20 %	0 %	332661792
37	NC_015511	AAAGC	2	10	45871	45880	60 %	0 %	20 %	20 %	332661794
38	NC_015511	CATTC	2	10	46382	46391	20 %	40 %	0 %	40 %	332661795
39	NC_015511	AAAAG	2	10	47563	47572	80 %	0 %	20 %	0 %	332661796
40	NC_015511	AGTGA	2	10	50105	50114	40 %	20 %	40 %	0 %	332661801
41	NC_015511	GATTT	2	10	50629	50638	20 %	60 %	20 %	0 %	332661802
42	NC_015511	GGTTT	2	10	51608	51617	0 %	60 %	40 %	0 %	332661803
43	NC_015511	AATTT	2	10	56524	56533	40 %	60 %	0 %	0 %	332661807
44	NC_015511	AAAAG	2	10	56841	56850	80 %	0 %	20 %	0 %	332661808
45	NC_015511	TCGTG	2	10	56895	56904	0 %	40 %	40 %	20 %	332661808
46	NC_015511	GTTAG	2	10	70616	70625	20 %	40 %	40 %	0 %	332661825
47	NC_015511	GAACC	2	10	72337	72346	40 %	0 %	20 %	40 %	332661827
48	NC_015511	TACTT	2	10	80185	80194	20 %	60 %	0 %	20 %	332661830
49	NC_015511	GGGTT	2	10	80303	80312	0 %	40 %	60 %	0 %	332661830
50	NC_015511	GTGAT	2	10	82132	82141	20 %	40 %	40 %	0 %	332661831
51	NC_015511	GCAGG	2	10	82251	82260	20 %	0 %	60 %	20 %	332661831
52	NC_015511	TTTTG	2	10	83383	83392	0 %	80 %	20 %	0 %	332661832
53	NC_015511	ATCAA	2	10	84678	84687	60 %	20 %	0 %	20 %	332661832
54	NC_015511	GCACT	2	10	86299	86308	20 %	20 %	20 %	40 %	332661833
55	NC_015511	AAAAC	2	10	87610	87619	80 %	0 %	0 %	20 %	332661835
56	NC_015511	ATTTG	2	10	89429	89438	20 %	60 %	20 %	0 %	332661837
57	NC_015511	ACTAC	2	10	89567	89576	40 %	20 %	0 %	40 %	332661837
58	NC_015511	GCAAA	2	10	90292	90301	60 %	0 %	20 %	20 %	332661838
59	NC_015511	ATACT	2	10	91193	91202	40 %	40 %	0 %	20 %	332661839
60	NC_015511	GATTC	2	10	96254	96263	20 %	40 %	20 %	20 %	332661842
61	NC_015511	TTGGG	2	10	96457	96466	0 %	40 %	60 %	0 %	332661842
62	NC_015511	CAGGT	2	10	97740	97749	20 %	20 %	40 %	20 %	332661843
63	NC_015511	ATTCA	2	10	100540	100549	40 %	40 %	0 %	20 %	332661845
64	NC_015511	ATGCT	2	10	101762	101771	20 %	40 %	20 %	20 %	332661846
65	NC_015511	CAGTA	2	10	101814	101823	40 %	20 %	20 %	20 %	332661846
66	NC_015511	ATTGA	2	10	102466	102475	40 %	40 %	20 %	0 %	332661846
67	NC_015511	AAAAC	2	10	103270	103279	80 %	0 %	0 %	20 %	332661847
68	NC_015511	GCAGA	2	10	104101	104110	40 %	0 %	40 %	20 %	332661848
69	NC_015511	ACAAG	2	10	104146	104155	60 %	0 %	20 %	20 %	332661848
70	NC_015511	TCGAA	2	10	106127	106136	40 %	20 %	20 %	20 %	332661849
71	NC_015511	ACTAA	2	10	107145	107154	60 %	20 %	0 %	20 %	332661850
72	NC_015511	CAACT	2	10	109788	109797	40 %	20 %	0 %	40 %	332661851
73	NC_015511	TTCGT	2	10	109856	109865	0 %	60 %	20 %	20 %	332661851
74	NC_015511	GAAAT	2	10	110989	110998	60 %	20 %	20 %	0 %	332661852
75	NC_015511	AAATC	2	10	112067	112076	60 %	20 %	0 %	20 %	332661852
76	NC_015511	GCAAA	2	10	112194	112203	60 %	0 %	20 %	20 %	332661852
77	NC_015511	TTGCC	2	10	112430	112439	0 %	40 %	20 %	40 %	332661852
78	NC_015511	GACCC	2	10	113781	113790	20 %	0 %	20 %	60 %	332661853
79	NC_015511	CCCAA	2	10	114369	114378	40 %	0 %	0 %	60 %	332661853
80	NC_015511	GGTAG	2	10	120727	120736	20 %	20 %	60 %	0 %	332661858
81	NC_015511	AGCGC	2	10	122874	122883	20 %	0 %	40 %	40 %	332661861
82	NC_015511	AGCAA	2	10	123503	123512	60 %	0 %	20 %	20 %	332661861
83	NC_015511	TGGAG	2	10	124284	124293	20 %	20 %	60 %	0 %	332661862
84	NC_015511	GTCAA	2	10	124644	124653	40 %	20 %	20 %	20 %	332661862
85	NC_015511	TGGTG	2	10	125515	125524	0 %	40 %	60 %	0 %	332661863
86	NC_015511	GGGTA	2	10	126122	126131	20 %	20 %	60 %	0 %	332661863
87	NC_015511	AAATT	2	10	129566	129575	60 %	40 %	0 %	0 %	332661865
88	NC_015511	GCCAG	2	10	130706	130715	20 %	0 %	40 %	40 %	332661866
89	NC_015511	TTTAG	2	10	130739	130748	20 %	60 %	20 %	0 %	332661866
90	NC_015511	AATTA	2	10	130771	130780	60 %	40 %	0 %	0 %	332661866
91	NC_015511	CCAAT	2	10	133380	133389	40 %	20 %	0 %	40 %	332661870
92	NC_015511	CTTTT	2	10	136255	136264	0 %	80 %	0 %	20 %	332661871
93	NC_015511	CAGTT	2	10	138450	138459	20 %	40 %	20 %	20 %	332661872
94	NC_015511	GGAAT	2	10	138575	138584	40 %	20 %	40 %	0 %	332661872
95	NC_015511	TTTGA	2	10	140082	140091	20 %	60 %	20 %	0 %	332661873
96	NC_015511	CTTTC	2	10	142095	142104	0 %	60 %	0 %	40 %	332661875
97	NC_015511	CACAT	2	10	142982	142991	40 %	20 %	0 %	40 %	332661877
98	NC_015511	AGACC	2	10	146364	146373	40 %	0 %	20 %	40 %	332661878
99	NC_015511	GATTA	2	10	146689	146698	40 %	40 %	20 %	0 %	332661879
100	NC_015511	TGATC	2	10	148578	148587	20 %	40 %	20 %	20 %	332661879
101	NC_015511	TTGTA	2	10	150483	150492	20 %	60 %	20 %	0 %	332661880
102	NC_015511	ATGCT	2	10	154249	154258	20 %	40 %	20 %	20 %	332661882
103	NC_015511	AATTT	2	10	154467	154476	40 %	60 %	0 %	0 %	332661882
104	NC_015511	GGCGG	2	10	155749	155758	0 %	0 %	80 %	20 %	332661883
105	NC_015511	GCGTT	2	10	158614	158623	0 %	40 %	40 %	20 %	332661885
106	NC_015511	TTAAG	2	10	158933	158942	40 %	40 %	20 %	0 %	332661885
107	NC_015511	TCAGA	2	10	159173	159182	40 %	20 %	20 %	20 %	332661885
108	NC_015511	TCAAG	2	10	159263	159272	40 %	20 %	20 %	20 %	332661885
109	NC_015511	TCAAG	2	10	159659	159668	40 %	20 %	20 %	20 %	332661885
110	NC_015511	AACTC	2	10	159929	159938	40 %	20 %	0 %	40 %	332661885
111	NC_015511	GGGGA	2	10	162394	162403	20 %	0 %	80 %	0 %	332661889
112	NC_015511	GCTGC	2	10	162734	162743	0 %	20 %	40 %	40 %	332661889
113	NC_015511	TGCCA	2	10	163239	163248	20 %	20 %	20 %	40 %	332661889

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.