MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Pyrococcus sp. NA2 chromosome

Total Repeats: 447

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015474	GAAG	2	8	1	8	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015474	CCAC	2	8	274	281	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
3	NC_015474	AGAC	2	8	831	838	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_015474	CAAG	2	8	1092	1099	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_015474	TTTA	2	8	1407	1414	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015474	GTGA	2	8	4620	4627	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015474	CGGG	2	8	9736	9743	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
8	NC_015474	GTGA	2	8	43945	43952	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015474	TGAC	2	8	51040	51047	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_015474	TCCG	2	8	61709	61716	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_015474	TCCC	2	8	72015	72022	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
12	NC_015474	GATA	2	8	75216	75223	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015474	AAAT	2	8	78674	78681	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015474	CCAT	2	8	91029	91036	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_015474	TGAA	2	8	91074	91081	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015474	AAAT	2	8	98130	98137	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015474	AAGG	2	8	109631	109638	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015474	ATTG	2	8	119129	119136	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015474	CCGG	2	8	119161	119168	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
20	NC_015474	CGGG	2	8	120031	120038	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
21	NC_015474	TGGC	2	8	124078	124085	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
22	NC_015474	TCAC	2	8	167624	167631	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_015474	ATTG	2	8	167644	167651	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015474	ATTT	2	8	169852	169859	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015474	GAAG	2	8	185870	185877	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015474	GTGA	2	8	185964	185971	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015474	TTTG	2	8	186218	186225	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015474	CAAA	2	8	190178	190185	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_015474	CTTA	2	8	199283	199290	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_015474	TTAA	2	8	221911	221918	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015474	AGGG	2	8	221936	221943	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015474	CTTA	2	8	223887	223894	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_015474	CTTT	2	8	242224	242231	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_015474	CTTC	2	8	242400	242407	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_015474	TACC	2	8	244068	244075	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_015474	GCCA	2	8	251828	251835	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_015474	GGAT	2	8	252058	252065	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015474	TGTT	2	8	257577	257584	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015474	TCTA	2	8	269828	269835	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_015474	TAAC	2	8	291043	291050	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_015474	TAAA	2	8	291138	291145	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015474	CAAT	2	8	291261	291268	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_015474	CGGC	2	8	291743	291750	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
44	NC_015474	ACCC	2	8	291882	291889	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
45	NC_015474	GAAA	2	8	293999	294006	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015474	CCTC	2	8	294360	294367	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
47	NC_015474	AATA	2	8	300767	300774	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015474	GAAG	2	8	322894	322901	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015474	GTAA	2	8	322958	322965	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015474	ATTG	2	8	323052	323059	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015474	ACCT	2	8	325956	325963	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_015474	TTTG	2	8	340299	340306	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015474	AGGG	2	8	350483	350490	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015474	TTCT	2	8	365252	365259	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_015474	ACTA	2	8	365282	365289	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_015474	GCCC	2	8	367076	367083	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
57	NC_015474	ATTA	2	8	378453	378460	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015474	TTTA	2	8	378478	378485	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015474	TTTA	2	8	379207	379214	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015474	TAAA	2	8	379215	379222	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015474	CATT	2	8	390707	390714	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_015474	CTTA	2	8	399746	399753	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_015474	AATT	2	8	410475	410482	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015474	TGGG	2	8	419764	419771	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015474	CCTT	2	8	426605	426612	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_015474	CACT	2	8	427243	427250	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_015474	AAAG	2	8	430629	430636	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015474	TTTA	2	8	432426	432433	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015474	AATA	2	8	445668	445675	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015474	GGAG	2	8	446029	446036	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015474	TTCC	2	8	449457	449464	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_015474	AGCC	2	8	449758	449765	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
73	NC_015474	CATA	2	8	459802	459809	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_015474	ATTG	2	8	472867	472874	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015474	AACC	2	8	472904	472911	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_015474	TTAT	2	8	474469	474476	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015474	GCTC	2	8	479442	479449	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_015474	GAAA	2	8	480546	480553	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015474	ATGC	2	8	481319	481326	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_015474	TTAG	2	8	481581	481588	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015474	AATT	2	8	486328	486335	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015474	TACA	2	8	492130	492137	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_015474	CCAA	2	8	492609	492616	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_015474	GAAT	2	8	498876	498883	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015474	ATTT	2	8	500178	500185	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015474	AAAG	2	8	501817	501824	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015474	TTAT	2	8	502973	502980	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015474	TGTC	2	8	503238	503245	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_015474	GTTT	2	8	503260	503267	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015474	TTAT	2	8	506699	506706	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015474	CAAA	2	8	509386	509393	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_015474	TCCT	2	8	509477	509484	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_015474	ATGA	2	8	509547	509554	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015474	TATG	2	8	509687	509694	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015474	AAAC	2	8	514124	514131	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_015474	GTTG	2	8	514263	514270	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015474	AAAC	2	8	514431	514438	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_015474	CTTA	3	12	523971	523982	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_015474	TATT	2	8	527444	527451	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015474	TAAA	2	8	527459	527466	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015474	TACT	2	8	529603	529610	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_015474	CGAG	2	8	531195	531202	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
103	NC_015474	AATA	2	8	548332	548339	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015474	TAAT	2	8	579798	579805	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015474	AAAT	2	8	579913	579920	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015474	AAAT	2	8	579962	579969	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015474	TCCT	2	8	589846	589853	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_015474	AACA	2	8	603534	603541	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_015474	CAGA	2	8	605388	605395	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_015474	AACA	2	8	605399	605406	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_015474	TTCA	2	8	605575	605582	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_015474	ATTA	2	8	607590	607597	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015474	AATT	2	8	608069	608076	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015474	AAAT	2	8	608693	608700	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015474	CTTT	2	8	612437	612444	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_015474	CAAT	2	8	612447	612454	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_015474	ATTA	2	8	615442	615449	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015474	ATAG	2	8	622343	622350	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015474	TACA	2	8	622353	622360	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_015474	GTTT	2	8	639847	639854	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015474	CGTT	2	8	645806	645813	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_015474	CCTT	2	8	647648	647655	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_015474	AGGC	2	8	653592	653599	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
124	NC_015474	CGAG	2	8	654737	654744	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_015474	TCCC	2	8	654766	654773	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
126	NC_015474	GGGA	2	8	654778	654785	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015474	GGGC	2	8	654825	654832	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
128	NC_015474	GCCT	2	8	655219	655226	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
129	NC_015474	GCAG	2	8	655528	655535	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
130	NC_015474	AAAG	2	8	655647	655654	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015474	CCGT	2	8	656093	656100	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
132	NC_015474	AGGC	2	8	656425	656432	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
133	NC_015474	GCCG	2	8	656727	656734	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
134	NC_015474	GGCG	2	8	656777	656784	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
135	NC_015474	CCCG	2	8	656942	656949	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
136	NC_015474	CCGG	2	8	657563	657570	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
137	NC_015474	TATT	2	8	668342	668349	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015474	CTCC	2	8	673535	673542	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
139	NC_015474	TTTC	2	8	706688	706695	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_015474	TTAA	2	8	713324	713331	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015474	GGAT	2	8	719334	719341	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015474	TTAA	2	8	732239	732246	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015474	GAAA	2	8	739949	739956	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015474	ATGC	2	8	764124	764131	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_015474	GAAG	2	8	767876	767883	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015474	GAAA	2	8	779379	779386	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_015474	CTCC	2	8	791256	791263	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
148	NC_015474	TGAT	2	8	804539	804546	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_015474	ATTA	2	8	811310	811317	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_015474	GAAT	2	8	821209	821216	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_015474	CTCA	2	8	821416	821423	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
152	NC_015474	TAAA	2	8	826920	826927	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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440	NC_015474	TTGG	2	8	1822989	1822996	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
441	NC_015474	TATT	2	8	1823009	1823016	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
442	NC_015474	ACAA	2	8	1832183	1832190	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
443	NC_015474	TTAA	2	8	1838255	1838262	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
444	NC_015474	GCTA	2	8	1838986	1838993	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
445	NC_015474	GATT	2	8	1842156	1842163	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
446	NC_015474	AGAA	2	8	1850345	1850352	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
447	NC_015474	TGGT	2	8	1860570	1860577	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.