MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydophila psittaci 6BC chromosome

Total Repeats: 358

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015470	CTGTGG	2	12	4820	4831	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	332286963
2	NC_015470	GAGAAA	2	12	8592	8603	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286966
3	NC_015470	AGGAAG	2	12	11322	11333	50 %	0 %	50 %	0 %	332286967
4	NC_015470	AAGAGT	2	12	12925	12936	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	332286967
5	NC_015470	ATAGTT	2	12	13147	13158	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	332286967
6	NC_015470	AAAAGC	2	12	17202	17213	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	332286970
7	NC_015470	TAAGTG	2	12	29026	29037	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332286976
8	NC_015470	TGATGT	2	12	34192	34203	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	332286984
9	NC_015470	TTTTTA	2	12	39396	39407	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	332286988
10	NC_015470	CGATTT	2	12	40266	40277	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	332286990
11	NC_015470	GATAAA	2	12	40417	40428	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	332286990
12	NC_015470	TTTTAA	2	12	42720	42731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	332286992
13	NC_015470	TGCTGG	2	12	44639	44650	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	332286995
14	NC_015470	CTTATC	2	12	54351	54362	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	332287002
15	NC_015470	AAATTT	2	12	55119	55130	50 %	50 %	0 %	0 %	332287003
16	NC_015470	TTGTTC	2	12	61425	61436	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	332287009
17	NC_015470	TTATGG	2	12	62247	62258	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	332287009
18	NC_015470	ATTTGG	2	12	62631	62642	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	332287009
19	NC_015470	AAGTTG	2	12	65589	65600	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332287011
20	NC_015470	TAGGGC	2	12	72924	72935	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	332287018
21	NC_015470	CCTGAT	2	12	72949	72960	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	332287018
22	NC_015470	TGTTTC	2	12	75005	75016	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	332287021
23	NC_015470	CACCTC	2	12	78329	78340	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	332287023
24	NC_015470	GCTGAT	2	12	80156	80167	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	332287024
25	NC_015470	TCAAAA	2	12	85889	85900	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	332287030
26	NC_015470	GATATC	3	18	90711	90728	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	332287033
27	NC_015470	CATTTC	2	12	90942	90953	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	332287033
28	NC_015470	TTGGGG	2	12	91294	91305	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	332287033
29	NC_015470	CTTTTG	2	12	91991	92002	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	332287033
30	NC_015470	ACCACA	2	12	98182	98193	50 %	0 %	0 %	50 %	332287039
31	NC_015470	TGAATA	2	12	102278	102289	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	332287045
32	NC_015470	CTCTTC	2	12	103791	103802	0 %	50 %	0 %	50 %	332287046
33	NC_015470	AAATTA	2	12	107050	107061	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	332287050
34	NC_015470	TAAAGG	2	12	108836	108847	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	332287052
35	NC_015470	GTAAAG	2	12	112632	112643	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	332287059
36	NC_015470	ATTCCT	2	12	115367	115378	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	332287066
37	NC_015470	TGCATT	2	12	124579	124590	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	332287078
38	NC_015470	TATACT	2	12	124786	124797	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	332287079
39	NC_015470	ATATGA	2	12	127975	127986	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	332287082
40	NC_015470	AGCAAC	2	12	129746	129757	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	332287083
41	NC_015470	TTTCTT	2	12	131897	131908	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	332287085
42	NC_015470	TGATTC	2	12	134343	134354	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	332287086
43	NC_015470	TGTTTT	2	12	145530	145541	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	332287097
44	NC_015470	AAGTAA	2	12	147814	147825	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	332287099
45	NC_015470	CTCTAT	2	12	152300	152311	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	332287101
46	NC_015470	TGGATT	2	12	160819	160830	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	332287108
47	NC_015470	AAGAGA	2	12	166638	166649	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332287113
48	NC_015470	TAAAGA	2	12	173143	173154	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	332287119
49	NC_015470	GTTTTT	2	12	173481	173492	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	332287120
50	NC_015470	TGCTGG	2	12	174176	174187	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	332287121
51	NC_015470	GATAGA	2	12	174464	174475	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	332287121
52	NC_015470	ACCAAC	2	12	182868	182879	50 %	0 %	0 %	50 %	332287128
53	NC_015470	TCCCTG	2	12	183862	183873	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	332287129
54	NC_015470	AAGGAG	2	12	188852	188863	50 %	0 %	50 %	0 %	332287133
55	NC_015470	GCCTTG	2	12	190271	190282	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	332287133
56	NC_015470	ACAATC	2	12	194581	194592	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	332287135
57	NC_015470	CAAAGG	2	12	194712	194723	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	332287135
58	NC_015470	TGCAGA	2	12	202262	202273	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	332287141
59	NC_015470	AAAGAC	2	12	205392	205403	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	332287144
60	NC_015470	TATTAC	2	12	206394	206405	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	332287146
61	NC_015470	AGGAAA	2	12	207780	207791	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332287146
62	NC_015470	CAGGAA	2	12	209303	209314	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	332287148
63	NC_015470	AATGGT	2	12	221546	221557	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332287158
64	NC_015470	AGTAGA	2	12	222275	222286	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	332287158
65	NC_015470	CAGGAG	2	12	222556	222567	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	332287158
66	NC_015470	GCCAAC	2	12	226311	226322	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	332287160
67	NC_015470	AAGACC	2	12	227306	227317	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	332287162
68	NC_015470	ATATTT	2	12	228645	228656	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	332287163
69	NC_015470	AATTGA	2	12	230832	230843	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	332287167
70	NC_015470	ATTTTG	2	12	232875	232886	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	332287169
71	NC_015470	TGCGAA	2	12	235265	235276	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	332287171
72	NC_015470	TAGGAA	2	12	235792	235803	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	332287171
73	NC_015470	TTTCCT	2	12	244835	244846	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	332287179
74	NC_015470	TTTAGG	2	12	245443	245454	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	332287180
75	NC_015470	TAAAAG	2	12	245535	245546	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	332287180
76	NC_015470	GTTAAT	2	12	257066	257077	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	332287193
77	NC_015470	TTTCAT	2	12	257581	257592	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	332287193
78	NC_015470	GACTTT	2	12	258044	258055	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	332287194
79	NC_015470	AATTTA	2	12	258665	258676	50 %	50 %	0 %	0 %	332287195
80	NC_015470	GTGTAA	2	12	261434	261445	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332287196
81	NC_015470	TATTTC	2	12	271273	271284	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	332287204
82	NC_015470	TGAAAA	2	12	272447	272458	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	332287206
83	NC_015470	TCTAGA	2	12	273368	273379	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	332287207
84	NC_015470	CTGTTT	2	12	275563	275574	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	332287209
85	NC_015470	TTTTAT	2	12	276263	276274	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	332287209
86	NC_015470	CTAAGT	2	12	279106	279117	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	332287212
87	NC_015470	AGCACG	2	12	284311	284322	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	332287216
88	NC_015470	GGATTA	2	12	290342	290353	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332287220
89	NC_015470	ATAGAA	2	12	290882	290893	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	332287220
90	NC_015470	GATTTA	2	12	294420	294431	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	332287222
91	NC_015470	TCTTTT	2	12	294635	294646	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	332287222
92	NC_015470	TTTTTG	2	12	298121	298132	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	332287223
93	NC_015470	ATTTGT	2	12	301099	301110	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	332287224
94	NC_015470	TAGGCG	2	12	302748	302759	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	332287225
95	NC_015470	GGTTAC	2	12	304225	304236	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	332287225
96	NC_015470	TATATT	2	12	304688	304699	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	332287226
97	NC_015470	GCAATC	2	12	312757	312768	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	332287228
98	NC_015470	GTCTTT	2	12	320134	320145	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	332287231
99	NC_015470	GTCTTT	2	12	325489	325500	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	332287233
100	NC_015470	AGAACC	2	12	326236	326247	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	332287233
101	NC_015470	GTCTTT	2	12	328163	328174	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	332287234
102	NC_015470	ACCAAT	2	12	331937	331948	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	332287235
103	NC_015470	TGTTGC	2	12	337479	337490	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	332287238
104	NC_015470	AGCAAT	2	12	342160	342171	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	332287242
105	NC_015470	TTGACT	2	12	348151	348162	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	332287248
106	NC_015470	ATGTTC	2	12	350488	350499	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	332287249
107	NC_015470	TATTAA	2	12	352706	352717	50 %	50 %	0 %	0 %	332287252
108	NC_015470	ATGATC	2	12	354334	354345	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	332287252
109	NC_015470	GCTAAA	2	12	355032	355043	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	332287253
110	NC_015470	CCTTTT	2	12	358150	358161	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	332287255
111	NC_015470	CTAAAG	2	12	358622	358633	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	332287255
112	NC_015470	GCTGAT	2	12	364381	364392	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	332287262
113	NC_015470	ATCGGG	2	12	366564	366575	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	332287263
114	NC_015470	CTAAAT	2	12	368151	368162	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	332287265
115	NC_015470	AATTCC	2	12	369139	369150	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	332287265
116	NC_015470	GAATGT	2	12	372759	372770	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332287269
117	NC_015470	TCTATG	2	12	379935	379946	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	332287274
118	NC_015470	GTTTTT	2	12	381010	381021	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	332287275
119	NC_015470	AGAAAA	2	12	381680	381691	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	332287275
120	NC_015470	CTTAGG	2	12	385070	385081	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	332287278
121	NC_015470	TAGGTG	2	12	388670	388681	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	332287281
122	NC_015470	TCCTAA	2	12	393840	393851	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	332287287
123	NC_015470	TAAAAC	2	12	394356	394367	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	332287288
124	NC_015470	CGGTAT	2	12	399102	399113	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	332287293
125	NC_015470	ATTTAA	2	12	399939	399950	50 %	50 %	0 %	0 %	332287294
126	NC_015470	AGATGA	2	12	403103	403114	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	332287296
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130	NC_015470	GCGTAT	2	12	410862	410873	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	332287303
131	NC_015470	ATTCCC	2	12	414196	414207	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	332287307
132	NC_015470	CAGTGA	2	12	414590	414601	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	332287307
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141	NC_015470	TCTTAT	2	12	435582	435593	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	332287330
142	NC_015470	AGCAAG	2	12	435985	435996	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	332287330
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149	NC_015470	CCATGA	2	12	467526	467537	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	332287361
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157	NC_015470	GCTGCA	2	12	480735	480746	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	332287370
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229	NC_015470	GGAAAA	2	12	728440	728451	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332287568
230	NC_015470	TTCTCA	2	12	737062	737073	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	332287574
231	NC_015470	AATCTG	2	12	737099	737110	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	332287574
232	NC_015470	AACCGC	2	12	744104	744115	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	332287580
233	NC_015470	TAGCTA	2	12	744748	744759	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	332287581
234	NC_015470	TCTATT	2	12	745533	745544	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	332287583
235	NC_015470	TATTTT	2	12	745710	745721	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	332287583
236	NC_015470	TCCGCA	2	12	746114	746125	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	332287583
237	NC_015470	CGGCGC	2	12	747548	747559	0 %	0 %	50 %	50 %	332287585
238	NC_015470	AGCTAC	2	12	748742	748753	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	332287586
239	NC_015470	AGTTTC	2	12	749685	749696	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	332287587
240	NC_015470	CCTTCC	2	12	757173	757184	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	332287591
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243	NC_015470	CCATAT	2	12	768998	769009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	332287601
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249	NC_015470	ATCCTA	2	12	784682	784693	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	332287609
250	NC_015470	CCTTTA	2	12	790468	790479	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	332287614
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255	NC_015470	TTTAGC	2	12	804430	804441	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	332287625
256	NC_015470	GGTGTT	2	12	806909	806920	0 %	50 %	50 %	0 %	332287628
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320	NC_015470	CTAAAG	2	12	1013335	1013346	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	332287798
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333	NC_015470	GCTTTT	2	12	1080762	1080773	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	332287847
334	NC_015470	TCAGAT	2	12	1082717	1082728	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	332287848
335	NC_015470	GATAAT	2	12	1087379	1087390	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	332287852
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337	NC_015470	GTTTTT	2	12	1093523	1093534	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	332287861
338	NC_015470	CATTGC	2	12	1094394	1094405	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	332287862
339	NC_015470	CGCAAG	2	12	1104732	1104743	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	332287870
340	NC_015470	CAAACA	2	12	1106917	1106928	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332287871
341	NC_015470	CACCAA	2	12	1107792	1107803	50 %	0 %	0 %	50 %	332287872
342	NC_015470	ATGACT	2	12	1110424	1110435	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	332287874
343	NC_015470	ACAAAA	2	12	1116117	1116128	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	332287879
344	NC_015470	TTACAA	2	12	1118411	1118422	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	332287880
345	NC_015470	GCTCTT	2	12	1124404	1124415	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	332287883
346	NC_015470	CGATTC	2	12	1129975	1129986	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	332287887
347	NC_015470	CTAACC	2	12	1145027	1145038	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	332287903
348	NC_015470	TATCGA	2	12	1146328	1146339	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	332287904
349	NC_015470	GAGAAG	2	12	1146453	1146464	50 %	0 %	50 %	0 %	332287904
350	NC_015470	AAATAA	2	12	1150383	1150394	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	332287906
351	NC_015470	ACTCAC	2	12	1152208	1152219	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	332287908
352	NC_015470	AAAATC	2	12	1152470	1152481	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	332287908
353	NC_015470	AACGGA	2	12	1152890	1152901	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	332287908
354	NC_015470	GATAAC	2	12	1153783	1153794	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	332287909
355	NC_015470	TAATCC	2	12	1156511	1156522	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	332287912
356	NC_015470	ATGAAC	2	12	1156910	1156921	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	332287912
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358	NC_015470	CACAGG	2	12	1168263	1168274	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	332287923

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.