MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Spirochaeta coccoides DSM 17374 chromosome

Total Repeats: 232

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015436	GTCCC	2	10	7704	7713	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
2	NC_015436	GTTTT	2	10	22930	22939	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015436	ATATG	2	10	45491	45500	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015436	CAGGG	2	10	52700	52709	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_015436	GTTTA	2	10	61348	61357	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015436	GGTAT	2	10	61741	61750	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015436	TGCAT	2	10	67189	67198	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_015436	ATGGA	2	10	86759	86768	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015436	GCAAT	2	10	88035	88044	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_015436	CAGGG	2	10	95390	95399	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
11	NC_015436	TTAAT	2	10	95592	95601	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015436	TGGCA	2	10	111197	111206	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_015436	AAATA	2	10	111255	111264	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015436	GGAAT	2	10	116817	116826	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015436	TATAA	2	10	120540	120549	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015436	CTACC	2	10	128914	128923	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
17	NC_015436	ACATC	2	10	138271	138280	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
18	NC_015436	TGGGG	2	10	138323	138332	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015436	CAAGC	2	10	141155	141164	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_015436	CAAGC	2	10	141171	141180	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_015436	GGGAA	2	10	143109	143118	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015436	AGAAT	2	10	149598	149607	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015436	GCAGG	2	10	172938	172947	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
24	NC_015436	TCTTT	2	10	215461	215470	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_015436	ACTAA	2	10	216554	216563	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_015436	TGTTT	2	10	244714	244723	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015436	AGAGA	3	15	244739	244753	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015436	GGGAG	2	10	247379	247388	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015436	AGGCG	2	10	248740	248749	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
30	NC_015436	TTTTC	2	10	251770	251779	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_015436	TGAGA	2	10	258527	258536	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015436	GTACC	2	10	265277	265286	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_015436	ATCAT	2	10	275612	275621	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_015436	AGAAA	2	10	277262	277271	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015436	CTTAT	2	10	299322	299331	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015436	TCAAA	2	10	299366	299375	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_015436	GTTTA	2	10	309902	309911	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015436	AGTTT	2	10	309915	309924	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015436	CGATG	2	10	317296	317305	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_015436	AATCC	2	10	324572	324581	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_015436	GACTT	2	10	325370	325379	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015436	TTTTG	2	10	357195	357204	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015436	TTTCT	2	10	357552	357561	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_015436	GCTTT	2	10	357693	357702	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015436	AATGA	2	10	376118	376127	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015436	AATGA	2	10	381015	381024	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015436	ACCGT	2	10	389443	389452	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_015436	CATGT	2	10	404791	404800	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_015436	AACTT	2	10	407480	407489	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_015436	TATTT	2	10	411336	411345	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015436	AAAGG	2	10	413028	413037	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015436	TCAGT	2	10	424648	424657	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_015436	AAACA	2	10	432716	432725	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_015436	GAAAA	2	10	432836	432845	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015436	TATCA	2	10	508519	508528	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_015436	GAAAA	2	10	532625	532634	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015436	GGATG	2	10	532701	532710	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015436	ATGTC	2	10	542432	542441	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_015436	TAGAG	2	10	545014	545023	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015436	GAAAA	2	10	570195	570204	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015436	TCATT	2	10	584947	584956	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015436	GAGCA	2	10	621675	621684	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_015436	GTCAG	2	10	640639	640648	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_015436	CATGG	2	10	649901	649910	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_015436	ATGAA	2	10	685951	685960	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015436	CATAT	2	10	711129	711138	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_015436	GTCCT	2	10	712330	712339	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_015436	ATACA	2	10	713279	713288	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_015436	TGTTT	2	10	717975	717984	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015436	GTCAT	2	10	768755	768764	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_015436	CTCCC	2	10	771474	771483	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
72	NC_015436	AAAGG	2	10	776938	776947	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015436	ATACC	2	10	777535	777544	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_015436	GGAAA	2	10	780890	780899	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015436	CCAAT	2	10	789925	789934	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_015436	GGTAC	2	10	808213	808222	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_015436	AATCT	2	10	808238	808247	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_015436	TGGAA	2	10	810919	810928	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015436	AATTT	2	10	838105	838114	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015436	ATTGT	2	10	859303	859312	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015436	GTACG	2	10	862357	862366	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_015436	AAACC	2	10	863979	863988	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_015436	CAGGA	2	10	864022	864031	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_015436	AAAAG	2	10	864967	864976	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015436	CTTTT	2	10	866618	866627	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_015436	TACAG	2	10	868433	868442	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_015436	ATCAT	2	10	870378	870387	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_015436	TACAG	2	10	870727	870736	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_015436	ATTGC	2	10	876446	876455	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_015436	CTCCC	2	10	882224	882233	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
91	NC_015436	TTTCA	2	10	886762	886771	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_015436	GTCAA	2	10	900323	900332	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_015436	CATAA	2	10	901763	901772	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_015436	TAACA	2	10	916607	916616	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_015436	TTTCA	2	10	927415	927424	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_015436	TGGAT	2	10	931544	931553	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015436	ATATT	2	10	935943	935952	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015436	ATGAG	2	10	940084	940093	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015436	GCCGG	2	10	954460	954469	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
100	NC_015436	CTTTC	2	10	955082	955091	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_015436	AAACA	2	10	967347	967356	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_015436	GTAAT	2	10	973525	973534	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015436	CTTAG	2	10	973545	973554	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_015436	GAAAA	2	10	975462	975471	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015436	CCCCT	2	10	985159	985168	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
106	NC_015436	GACTT	2	10	990315	990324	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_015436	GAAAC	2	10	1007724	1007733	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_015436	CGACT	2	10	1009386	1009395	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_015436	CTCTC	2	10	1012344	1012353	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
110	NC_015436	GGGAA	2	10	1017071	1017080	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015436	GTCTC	2	10	1054535	1054544	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_015436	TTGCA	2	10	1084554	1084563	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_015436	TTCCT	2	10	1094958	1094967	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_015436	TATGA	2	10	1104624	1104633	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015436	TGAAA	2	10	1110174	1110183	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015436	ATAGA	2	10	1151807	1151816	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015436	CAATG	2	10	1160896	1160905	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_015436	GCCAC	2	10	1169404	1169413	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
119	NC_015436	ACGGC	2	10	1170007	1170016	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_015436	CTTTT	2	10	1170166	1170175	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_015436	ATCCT	2	10	1239203	1239212	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_015436	GACAT	2	10	1249447	1249456	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_015436	AGCGT	2	10	1258823	1258832	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_015436	CATAT	2	10	1264002	1264011	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_015436	TACTT	2	10	1267569	1267578	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_015436	ATGCC	2	10	1280993	1281002	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
127	NC_015436	TGAAA	2	10	1282260	1282269	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015436	CTATA	2	10	1301982	1301991	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_015436	TTCCA	2	10	1304839	1304848	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_015436	ACATC	2	10	1309623	1309632	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
131	NC_015436	CTGTA	2	10	1310236	1310245	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_015436	CGACA	2	10	1310553	1310562	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_015436	ACCAT	2	10	1312513	1312522	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
134	NC_015436	CATGG	2	10	1313250	1313259	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_015436	TCCAG	2	10	1360686	1360695	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_015436	ATTTA	2	10	1364740	1364749	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015436	AAATT	2	10	1364756	1364765	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015436	CCAAC	2	10	1364974	1364983	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
139	NC_015436	TTGCA	2	10	1387893	1387902	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_015436	ATGAT	2	10	1398960	1398969	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015436	AAGAA	2	10	1401249	1401258	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015436	GGATA	2	10	1403124	1403133	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015436	GAATG	2	10	1407615	1407624	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015436	AGGAG	2	10	1425693	1425702	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015436	CTAGG	2	10	1431266	1431275	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_015436	CAATA	2	10	1438065	1438074	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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149	NC_015436	ATTTC	2	10	1441745	1441754	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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161	NC_015436	AAATG	2	10	1542147	1542156	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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163	NC_015436	ATATT	2	10	1571345	1571354	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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167	NC_015436	TTTCC	2	10	1578504	1578513	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
168	NC_015436	ATTTT	2	10	1607106	1607115	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_015436	TTTCC	2	10	1610697	1610706	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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171	NC_015436	TTTCT	2	10	1616672	1616681	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
172	NC_015436	CCGTT	2	10	1629696	1629705	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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184	NC_015436	GAAAG	2	10	1744691	1744700	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
185	NC_015436	GAAAG	2	10	1746836	1746845	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
186	NC_015436	AACAT	2	10	1746915	1746924	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
187	NC_015436	CAACA	2	10	1750075	1750084	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
188	NC_015436	GCCTT	2	10	1751433	1751442	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
189	NC_015436	GGATC	2	10	1751502	1751511	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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191	NC_015436	CCTCC	2	10	1774222	1774231	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
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193	NC_015436	CGTTC	2	10	1845403	1845412	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
194	NC_015436	ACAAA	2	10	1850231	1850240	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
195	NC_015436	CTCTC	2	10	1873875	1873884	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
196	NC_015436	ACAGT	2	10	1877327	1877336	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
197	NC_015436	AAGAT	2	10	1882282	1882291	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
198	NC_015436	GAAAA	2	10	1887502	1887511	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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220	NC_015436	TTGCG	2	10	2119761	2119770	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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226	NC_015436	CTGGC	2	10	2171261	2171270	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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232	NC_015436	GCAAA	2	10	2222175	2222184	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.