MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus suis ST3 chromosome

Total Repeats: 117

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015433	TGGAAG	2	12	23703	23714	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015433	TCGGTG	2	12	52672	52683	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_015433	AGTCTA	2	12	58091	58102	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_015433	TGGAAG	2	12	98557	98568	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015433	TTCGGG	2	12	99596	99607	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_015433	TCAATA	2	12	104396	104407	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_015433	TAAGAT	2	12	142464	142475	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015433	ACTAAG	2	12	157486	157497	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_015433	GTTATA	2	12	160813	160824	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015433	TCCCTA	2	12	166169	166180	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_015433	TGATTT	2	12	188594	188605	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015433	GTCAAG	2	12	200281	200292	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_015433	ATTGCC	2	12	214255	214266	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_015433	ATCTGC	2	12	221308	221319	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_015433	AAAATT	2	12	223062	223073	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015433	AAAATC	2	12	228712	228723	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_015433	GAGTGG	2	12	228747	228758	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015433	CAGCCT	2	12	228969	228980	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
19	NC_015433	TGATTT	2	12	229090	229101	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015433	TTGTTT	2	12	238725	238736	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015433	TTTTTC	2	12	263896	263907	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_015433	AACCAA	2	12	270501	270512	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_015433	AACCAA	2	12	270821	270832	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_015433	TAGAAA	2	12	298024	298035	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015433	TAGCCG	2	12	298063	298074	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_015433	GCTAAA	2	12	300758	300769	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_015433	CTATCT	2	12	331394	331405	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_015433	ATCACT	2	12	333700	333711	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_015433	TAAAAA	2	12	338730	338741	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015433	TGGAAG	2	12	346109	346120	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015433	ATCTGC	2	12	372204	372215	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_015433	TCTTTT	2	12	392281	392292	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_015433	AAACTA	2	12	421431	421442	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_015433	GTCAAG	2	12	429897	429908	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_015433	TGGAAG	2	12	453765	453776	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015433	CAAAAT	2	12	455365	455376	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_015433	ATTGTA	2	12	457732	457743	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015433	TTAGTA	2	12	464805	464816	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015433	AAATAC	2	12	486150	486161	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_015433	AAAATC	2	12	512984	512995	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_015433	ATCTGC	2	12	513032	513043	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_015433	ACCTAT	2	12	531556	531567	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_015433	AGATAA	2	12	553821	553832	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015433	TCCTTT	2	12	566924	566935	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_015433	TAGAAC	2	12	611282	611293	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_015433	GATTCG	2	12	668191	668202	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_015433	CAGGTG	2	12	695207	695218	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_015433	CAGGTG	2	12	695507	695518	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_015433	CAGGTG	2	12	695807	695818	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_015433	CAGGTG	2	12	696106	696117	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_015433	CAGGTA	2	12	696771	696782	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_015433	AGAAAA	2	12	699994	700005	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015433	ATGTAA	2	12	715880	715891	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015433	AAAATC	2	12	722061	722072	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_015433	TAGAAA	2	12	731447	731458	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015433	TTTTCC	2	12	739304	739315	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_015433	TAATTT	2	12	754004	754015	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015433	TTAGTT	2	12	754219	754230	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015433	AATCGT	2	12	760499	760510	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_015433	AAGTCA	2	12	771751	771762	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_015433	CGTATT	2	12	771876	771887	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_015433	AAGGAA	2	12	773732	773743	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015433	GTTTTT	2	12	783810	783821	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015433	ATTTTT	2	12	808741	808752	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015433	GCCATA	2	12	854182	854193	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_015433	CAGAGC	2	12	858605	858616	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_015433	GACTGG	2	12	863799	863810	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_015433	TAATGG	2	12	893667	893678	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015433	GGACTG	2	12	902488	902499	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_015433	CTTGCA	2	12	921371	921382	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_015433	TTCGGG	2	12	923386	923397	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_015433	GTTTTA	2	12	971911	971922	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015433	TCCCAC	2	12	1001168	1001179	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_015433	GTTTGA	2	12	1060900	1060911	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015433	AGGGAC	2	12	1063833	1063844	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_015433	AATCAA	2	12	1094635	1094646	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_015433	ATCGGG	2	12	1113929	1113940	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_015433	ATAAAG	2	12	1152515	1152526	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015433	AAGAAA	2	12	1225693	1225704	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015433	AACATT	2	12	1243573	1243584	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_015433	AGACCG	2	12	1247144	1247155	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_015433	GCAGAT	2	12	1267500	1267511	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_015433	TGATTT	2	12	1267547	1267558	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015433	TGATTT	2	12	1271999	1272010	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015433	TTTATA	2	12	1287137	1287148	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015433	CCATCG	2	12	1356706	1356717	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
87	NC_015433	TATCAA	2	12	1368756	1368767	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_015433	TAAAAA	2	12	1374361	1374372	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015433	ATAAAA	2	12	1434653	1434664	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015433	CTTTTC	2	12	1477817	1477828	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_015433	TTTATG	2	12	1502178	1502189	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015433	AGGAAC	2	12	1503055	1503066	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_015433	TTCTGA	2	12	1504808	1504819	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_015433	AAAATC	2	12	1508237	1508248	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_015433	AAAATC	2	12	1518279	1518290	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_015433	CAAAAT	2	12	1518870	1518881	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_015433	ATAAAA	2	12	1523818	1523829	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015433	TGATTT	2	12	1525569	1525580	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015433	TCCCAG	2	12	1541782	1541793	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
100	NC_015433	TGATTT	2	12	1588022	1588033	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015433	AATAGA	2	12	1751572	1751583	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015433	ATTTTT	2	12	1766205	1766216	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015433	AAGAAA	2	12	1777815	1777826	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015433	CTCCAC	2	12	1803556	1803567	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_015433	TATAGG	2	12	1829399	1829410	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015433	CCTGAC	2	12	1830056	1830067	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_015433	GAAGTT	2	12	1843458	1843469	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015433	TGATTT	2	12	1852283	1852294	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015433	AAAGAA	2	12	1853987	1853998	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015433	AAAACA	2	12	1868936	1868947	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_015433	ACAAAA	2	12	1870529	1870540	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_015433	TTTATT	2	12	1875301	1875312	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015433	TAGTGT	2	12	1915213	1915224	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015433	TAAGAT	2	12	1931216	1931227	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015433	TTTTAT	2	12	1932617	1932628	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015433	GTTTTC	2	12	1936922	1936933	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_015433	ATTTTT	2	12	1947158	1947169	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.