MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus suis ST3 chromosome

Total Repeats: 307

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015433	TTTAT	2	10	2847	2856	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015433	ACAAA	2	10	18829	18838	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_015433	TCGTG	2	10	19961	19970	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_015433	GTTAA	2	10	20863	20872	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015433	ATAGA	2	10	24425	24434	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015433	ATTAT	2	10	24900	24909	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015433	ATATT	2	10	25449	25458	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015433	TTTAT	2	10	62215	62224	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015433	TATGT	2	10	62253	62262	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015433	TTTAT	2	10	62353	62362	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015433	TGGAT	2	10	73760	73769	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015433	AAGGA	2	10	80681	80690	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015433	ACAAA	2	10	93684	93693	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_015433	TCGTG	2	10	94815	94824	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_015433	GTTAA	2	10	95717	95726	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015433	TTAAT	2	10	99529	99538	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015433	CTTTC	2	10	101387	101396	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
18	NC_015433	CGCTC	2	10	103115	103124	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
19	NC_015433	AAAAT	2	10	104413	104422	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015433	TTTTG	2	10	105896	105905	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015433	TAAAC	2	10	111995	112004	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_015433	AAGAA	2	10	120596	120605	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015433	GGATG	2	10	131898	131907	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015433	CATGA	2	10	135037	135046	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_015433	GAAAG	2	10	135871	135880	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015433	CTATA	2	10	138785	138794	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_015433	GAAGC	2	10	142510	142519	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_015433	AGTAA	2	10	145650	145659	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015433	AATCA	2	10	146513	146522	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_015433	TTAAG	2	10	149587	149596	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015433	TAGAA	2	10	152642	152651	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015433	ATAAA	2	10	155270	155279	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015433	AAAAG	2	10	160858	160867	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015433	TTGAC	2	10	168614	168623	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_015433	CATTG	2	10	174968	174977	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015433	CAAAT	2	10	181491	181500	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_015433	GAGAG	2	10	183390	183399	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015433	TATAA	2	10	183948	183957	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015433	TTGAT	2	10	188444	188453	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015433	TATTG	2	10	196896	196905	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015433	AGCAG	2	10	200366	200375	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015433	AAACG	2	10	201327	201336	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015433	AAAAT	2	10	202750	202759	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015433	GATTA	2	10	206004	206013	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015433	GATAT	2	10	209213	209222	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015433	TTGAT	2	10	221285	221294	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015433	ATTTA	2	10	221469	221478	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015433	TTGAT	2	10	228737	228746	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015433	TAAAA	2	10	243637	243646	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015433	AATTT	2	10	248382	248391	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015433	GGAAT	2	10	249633	249642	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015433	TCCTT	2	10	260778	260787	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_015433	TCTGC	2	10	263933	263942	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_015433	TTTAG	2	10	269111	269120	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015433	GTAAA	2	10	272488	272497	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015433	TTTTA	2	10	273962	273971	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015433	AAATA	2	10	275429	275438	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015433	TAGAA	2	10	278535	278544	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015433	TTAAA	2	10	280474	280483	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015433	CAGGG	2	10	283301	283310	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
61	NC_015433	CTTGG	2	10	283512	283521	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015433	ATAAA	2	10	298157	298166	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015433	GAAAG	2	10	304628	304637	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015433	GAAAG	2	10	304798	304807	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015433	TGGTC	2	10	324659	324668	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_015433	ACAGA	2	10	331522	331531	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_015433	GAAAG	2	10	336105	336114	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015433	TAGAA	2	10	339071	339080	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015433	GTATG	2	10	340342	340351	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015433	ACAAA	2	10	341235	341244	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_015433	TCGTG	2	10	342367	342376	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_015433	GTTAA	2	10	343269	343278	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015433	CATTA	2	10	370349	370358	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_015433	TTGAT	2	10	372130	372139	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015433	TTGCC	2	10	381718	381727	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_015433	ATTTT	2	10	381997	382006	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015433	TATTT	2	10	389103	389112	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015433	TTCAG	2	10	397105	397114	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_015433	CTTCG	2	10	398394	398403	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_015433	ATCTT	2	10	402657	402666	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_015433	ACAAA	2	10	448892	448901	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_015433	TCGTG	2	10	450023	450032	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_015433	GTTAA	2	10	450925	450934	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015433	ATAGA	2	10	454488	454497	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015433	TTGAG	2	10	455314	455323	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015433	AGAAA	2	10	458298	458307	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015433	GTTTC	2	10	459747	459756	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_015433	GATTT	2	10	465306	465315	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015433	TCAGT	2	10	468444	468453	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_015433	AAAAG	2	10	469841	469850	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015433	TTAAA	2	10	479601	479610	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015433	CTTAA	2	10	482399	482408	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_015433	AAGGA	2	10	489935	489944	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015433	AGAAA	2	10	496445	496454	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015433	TTTTC	2	10	506112	506121	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_015433	AAAGT	2	10	507108	507117	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015433	TAGAA	2	10	512596	512605	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015433	TATAC	2	10	512776	512785	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_015433	TTGAT	2	10	513009	513018	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015433	GTAAT	2	10	513449	513458	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015433	TTGGT	2	10	513695	513704	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015433	ATATT	2	10	513728	513737	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015433	ATTAT	2	10	520679	520688	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015433	GATTA	2	10	521026	521035	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015433	ACTTA	3	15	521160	521174	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_015433	TAAGT	2	10	521181	521190	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015433	ATAAA	2	10	537111	537120	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015433	ATAGG	2	10	540377	540386	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015433	AGTAT	2	10	543056	543065	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015433	ATAAA	2	10	550887	550896	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015433	AAAAC	2	10	554510	554519	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_015433	AAGTG	2	10	565054	565063	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015433	GATAT	2	10	569745	569754	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015433	GAAAG	2	10	581004	581013	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015433	GAAAG	2	10	581233	581242	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015433	TTTGC	2	10	584664	584673	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_015433	GAAGA	2	10	595588	595597	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015433	GGATT	2	10	601683	601692	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015433	TTTTA	2	10	609913	609922	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015433	ATACT	2	10	611251	611260	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_015433	AGGAT	2	10	618405	618414	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015433	TGTAT	2	10	624070	624079	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015433	TTGAT	2	10	628077	628086	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015433	GATAG	2	10	632476	632485	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015433	AGCTC	2	10	640891	640900	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_015433	TTGAT	2	10	642515	642524	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015433	TCTTG	2	10	645072	645081	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_015433	ATAAA	2	10	647741	647750	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015433	TTGAT	2	10	655827	655836	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015433	TGATA	2	10	659023	659032	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015433	TTGAT	2	10	665591	665600	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015433	CTTAT	2	10	679036	679045	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_015433	AATTG	2	10	684827	684836	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015433	AGGAT	2	10	688138	688147	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015433	CTTTG	2	10	691077	691086	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_015433	TTATA	2	10	695176	695185	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015433	TTATA	2	10	695476	695485	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015433	GAAGC	2	10	695539	695548	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_015433	GAAGC	2	10	695839	695848	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_015433	TTATA	2	10	696076	696085	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015433	CGTTT	2	10	717992	718001	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_015433	AGCAA	2	10	718036	718045	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_015433	TAATA	2	10	719474	719483	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015433	TTGAT	2	10	722086	722095	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015433	TGGTT	2	10	754644	754653	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015433	ATAAA	2	10	763859	763868	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_015433	ATATG	2	10	771209	771218	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_015433	TACCT	2	10	771584	771593	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
149	NC_015433	AAAAT	2	10	796410	796419	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_015433	GCTAA	2	10	802144	802153	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
151	NC_015433	AGCAA	2	10	806928	806937	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
152	NC_015433	TTTAA	2	10	822154	822163	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_015433	AAGTG	2	10	831708	831717	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
154	NC_015433	AAAAT	2	10	844471	844480	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_015433	GAATT	2	10	849504	849513	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
156	NC_015433	TCAAA	2	10	853110	853119	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
157	NC_015433	GAAAA	2	10	857792	857801	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
158	NC_015433	TGAGC	2	10	858965	858974	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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160	NC_015433	TGGTA	2	10	860080	860089	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
161	NC_015433	ATTGG	2	10	863362	863371	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
162	NC_015433	TAACA	2	10	864390	864399	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
163	NC_015433	ATGAT	2	10	870559	870568	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
164	NC_015433	CTCTT	2	10	890225	890234	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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168	NC_015433	CTCTT	2	10	921385	921394	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
169	NC_015433	TTGAT	2	10	921878	921887	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
170	NC_015433	TTTCC	2	10	925125	925134	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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174	NC_015433	GATTT	2	10	937530	937539	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
175	NC_015433	CTTAT	2	10	938904	938913	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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177	NC_015433	TTTAT	2	10	951710	951719	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_015433	AAATG	2	10	992169	992178	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
182	NC_015433	TATTT	2	10	1002034	1002043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_015433	AAGAA	2	10	1021285	1021294	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
184	NC_015433	CACTG	2	10	1029965	1029974	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
185	NC_015433	TAAAC	2	10	1030062	1030071	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
186	NC_015433	TTTTA	2	10	1048597	1048606	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_015433	GAAAA	2	10	1051524	1051533	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_015433	ATTGA	2	10	1081814	1081823	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
193	NC_015433	ATAGA	2	10	1102730	1102739	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
194	NC_015433	TAGAA	2	10	1105523	1105532	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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272	NC_015433	TACTT	2	10	1748571	1748580	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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284	NC_015433	CCATA	2	10	1828870	1828879	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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287	NC_015433	CGACA	2	10	1831726	1831735	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
288	NC_015433	ACAAG	2	10	1835388	1835397	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
289	NC_015433	GTTCT	2	10	1842767	1842776	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
290	NC_015433	AACCA	2	10	1844108	1844117	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
291	NC_015433	CGTCT	2	10	1844138	1844147	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
292	NC_015433	AATCA	2	10	1852265	1852274	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
293	NC_015433	GAAGT	2	10	1858420	1858429	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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296	NC_015433	TATTT	2	10	1902442	1902451	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_015433	AAACC	2	10	1915265	1915274	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
298	NC_015433	GAAAA	2	10	1936760	1936769	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
299	NC_015433	CTTTT	2	10	1944099	1944108	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
300	NC_015433	TTCCT	2	10	1948055	1948064	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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307	NC_015433	TAAAA	2	10	2025143	2025152	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.