MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydophila pecorum E58 chromosome

Total Repeats: 413

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015408	TAACTT	2	12	1684	1695	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_015408	AAGCAG	2	12	6220	6231	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	330443761
3	NC_015408	AGATCA	2	12	8656	8667	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	330443763
4	NC_015408	TTAGGA	2	12	12307	12318	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330443767
5	NC_015408	ACTATT	2	12	16838	16849	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	330443769
6	NC_015408	TTCTTT	2	12	23313	23324	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	330443776
7	NC_015408	TCATTA	2	12	24399	24410	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	330443777
8	NC_015408	TGAGGT	2	12	30037	30048	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	330443786
9	NC_015408	AGGAAT	2	12	32663	32674	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	330443787
10	NC_015408	ATTTAA	2	12	41666	41677	50 %	50 %	0 %	0 %	330443798
11	NC_015408	TAACAT	2	12	43379	43390	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	330443800
12	NC_015408	TAAAAA	2	12	44190	44201	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015408	GCAGCT	2	12	49361	49372	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330443803
14	NC_015408	TTTAAA	2	12	49857	49868	50 %	50 %	0 %	0 %	330443804
15	NC_015408	CAAGTT	2	12	52698	52709	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	330443805
16	NC_015408	CCGATA	2	12	56060	56071	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	330443807
17	NC_015408	CTATAG	2	12	56274	56285	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	330443807
18	NC_015408	CATACC	2	12	59681	59692	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	330443811
19	NC_015408	GCAATT	2	12	62237	62248	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	330443814
20	NC_015408	TCTTCA	2	12	63317	63328	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	330443814
21	NC_015408	ATCCCC	2	12	64514	64525	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	330443815
22	NC_015408	AAAGTA	2	12	66353	66364	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	330443816
23	NC_015408	TGAAAA	2	12	69169	69180	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	330443818
24	NC_015408	TAATAC	2	12	69253	69264	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	330443818
25	NC_015408	CTGCAA	2	12	75426	75437	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	330443820
26	NC_015408	CTTCGT	2	12	78719	78730	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	330443823
27	NC_015408	AAGTAA	2	12	86183	86194	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	330443830
28	NC_015408	GATTTA	2	12	88489	88500	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015408	TGAAGT	2	12	88616	88627	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330443835
30	NC_015408	ATTTAC	2	12	89762	89773	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	330443835
31	NC_015408	TCTATC	2	12	106502	106513	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	330443848
32	NC_015408	AAAAAT	2	12	108965	108976	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015408	TCAAGC	2	12	110116	110127	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	330443852
34	NC_015408	AAGAAT	2	12	118549	118560	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	330443859
35	NC_015408	ATCACG	2	12	119359	119370	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	330443860
36	NC_015408	TCCTCT	2	12	121759	121770	0 %	50 %	0 %	50 %	330443863
37	NC_015408	CACCAT	2	12	122396	122407	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	330443863
38	NC_015408	ATAAAA	2	12	125302	125313	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	330443868
39	NC_015408	CTAAAG	2	12	134601	134612	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	330443877
40	NC_015408	ATGCTT	2	12	141536	141547	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	330443883
41	NC_015408	CCAGAG	2	12	148973	148984	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443886
42	NC_015408	CTTTGT	2	12	149788	149799	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	330443887
43	NC_015408	GATAGA	2	12	150065	150076	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	330443887
44	NC_015408	TTTCAG	2	12	158147	158158	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	330443894
45	NC_015408	TCGCTT	2	12	161365	161376	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_015408	TCCTTA	2	12	162271	162282	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_015408	ATAAAA	2	12	171264	171275	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	330443902
48	NC_015408	ATTTGT	2	12	171927	171938	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	330443902
49	NC_015408	TATTTT	2	12	177038	177049	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	330443907
50	NC_015408	GCCATT	2	12	178457	178468	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330443908
51	NC_015408	TGCCAT	2	12	178483	178494	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330443908
52	NC_015408	AAACAG	2	12	178956	178967	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	330443908
53	NC_015408	CAGCTA	2	12	179828	179839	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	330443909
54	NC_015408	AGGAAA	2	12	180911	180922	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443910
55	NC_015408	CCCCCT	2	12	187398	187409	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	330443919
56	NC_015408	AAATGG	2	12	189324	189335	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	330443920
57	NC_015408	TTTTAT	2	12	195794	195805	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	330443925
58	NC_015408	TAATCT	2	12	197987	197998	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	330443926
59	NC_015408	GAATAT	2	12	199293	199304	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	330443927
60	NC_015408	CTAAAA	2	12	200337	200348	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	330443927
61	NC_015408	TCTGAT	2	12	202010	202021	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	330443927
62	NC_015408	ACTATA	2	12	203918	203929	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_015408	TAAAGA	2	12	204573	204584	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	330443929
64	NC_015408	CTGCAG	2	12	204746	204757	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330443930
65	NC_015408	ACTAAA	2	12	206544	206555	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	330443931
66	NC_015408	ATCCAT	2	12	209616	209627	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443934
67	NC_015408	ACCATC	2	12	221231	221242	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	330443940
68	NC_015408	CTTTTT	2	12	224998	225009	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	330443944
69	NC_015408	ATTGGC	2	12	229025	229036	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	330443948
70	NC_015408	CAGGTA	2	12	229553	229564	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	330443948
71	NC_015408	TACAGT	2	12	239196	239207	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	330443959
72	NC_015408	AATACA	2	12	241010	241021	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	330443960
73	NC_015408	CCCTCT	2	12	241505	241516	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443960
74	NC_015408	ATTTTT	2	12	242063	242074	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015408	TCCTAA	2	12	243083	243094	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443962
76	NC_015408	AGGAGC	2	12	244079	244090	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	330443963
77	NC_015408	TCCATG	2	12	246515	246526	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330443966
78	NC_015408	TGCGAG	2	12	248266	248277	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	330443967
79	NC_015408	AGCTAC	2	12	257213	257224	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	330443974
80	NC_015408	CTCTAG	2	12	260287	260298	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330443977
81	NC_015408	TTCCTT	2	12	267215	267226	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_015408	CTTCAT	2	12	275123	275134	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	330443992
83	NC_015408	ATTAGA	2	12	276013	276024	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	330443992
84	NC_015408	AAAGAG	2	12	277879	277890	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443993
85	NC_015408	GCTTCA	2	12	279645	279656	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330443996
86	NC_015408	GGTGCT	2	12	279941	279952	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	330443998
87	NC_015408	GCCTCC	2	12	286659	286670	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	330444002
88	NC_015408	GTTTTT	2	12	295453	295464	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	330444011
89	NC_015408	CTCTTT	2	12	296061	296072	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330444011
90	NC_015408	AATTGC	2	12	296095	296106	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	330444011
91	NC_015408	GTAAAT	2	12	297320	297331	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	330444013
92	NC_015408	CTTTCT	2	12	302250	302261	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330444017
93	NC_015408	AAATAA	2	12	304205	304216	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015408	GGTAAA	2	12	308017	308028	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	330444024
95	NC_015408	GTTTTT	2	12	308633	308644	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	330444025
96	NC_015408	TGTGTA	2	12	316248	316259	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	330444029
97	NC_015408	TGAAGA	2	12	318811	318822	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	330444031
98	NC_015408	TATGGA	2	12	320921	320932	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330444032
99	NC_015408	TTATGT	2	12	322556	322567	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015408	AAAAGA	2	12	324964	324975	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	330444036
101	NC_015408	GAAAGC	2	12	328496	328507	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	330444039
102	NC_015408	CAGAAG	2	12	328596	328607	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	330444039
103	NC_015408	CATAAG	2	12	330831	330842	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	330444040
104	NC_015408	ATTAAG	2	12	331033	331044	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	330444040
105	NC_015408	TAAAAA	2	12	332261	332272	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015408	CAGGGA	2	12	332647	332658	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	330444041
107	NC_015408	CTGGGT	2	12	334258	334269	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	330444041
108	NC_015408	TTTTTC	2	12	339717	339728	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	330444050
109	NC_015408	CATCTG	2	12	341483	341494	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330444051
110	NC_015408	TTTTTA	2	12	344427	344438	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015408	AAAAAG	2	12	345541	345552	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	330444054
112	NC_015408	AGAAAA	2	12	348211	348222	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	330444056
113	NC_015408	CTTTCT	2	12	352527	352538	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330444061
114	NC_015408	TAAGAA	2	12	354553	354564	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	330444063
115	NC_015408	AGATGC	2	12	355093	355104	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	330444063
116	NC_015408	GCGTTT	2	12	356014	356025	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	330444063
117	NC_015408	TCGTCA	2	12	356483	356494	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330444063
118	NC_015408	TCATAT	2	12	364366	364377	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_015408	CCTCTT	2	12	366561	366572	0 %	50 %	0 %	50 %	330444071
120	NC_015408	GATGCT	2	12	368502	368513	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	330444072
121	NC_015408	TTTCTG	2	12	374686	374697	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	330444078
122	NC_015408	TTTTGT	2	12	381898	381909	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015408	TTAAAA	2	12	381948	381959	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015408	AGCTGC	2	12	382064	382075	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330444086
125	NC_015408	TCTTTA	2	12	387104	387115	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	330444090
126	NC_015408	TTTCTT	2	12	389705	389716	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	330444094
127	NC_015408	TGTTTA	2	12	390615	390626	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015408	CGATAT	2	12	393953	393964	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	330444096
129	NC_015408	TCCATT	2	12	394183	394194	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	330444096
130	NC_015408	AAGCAA	2	12	395870	395881	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	330444097
131	NC_015408	GGAATC	2	12	396765	396776	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_015408	CAGAAT	2	12	400500	400511	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	330444100
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140	NC_015408	TTTGTA	2	12	432773	432784	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	330444145
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142	NC_015408	TTAATA	2	12	441731	441742	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015408	TTCTTT	2	12	441751	441762	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_015408	TTATCG	2	12	441892	441903	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	330444153
145	NC_015408	AGATTT	2	12	442237	442248	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	330444153
146	NC_015408	CTGTAG	2	12	447787	447798	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	330444159
147	NC_015408	TGTTTC	2	12	449150	449161	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	330444161
148	NC_015408	TTTGTA	2	12	450314	450325	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	330444161
149	NC_015408	TTTGAT	2	12	450538	450549	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	330444162
150	NC_015408	CTTAGG	2	12	453557	453568	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	330444164
151	NC_015408	AGGAGA	2	12	456919	456930	50 %	0 %	50 %	0 %	330444167
152	NC_015408	ATAAGG	2	12	457596	457607	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	330444167
153	NC_015408	ATGGAT	2	12	460391	460402	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_015408	GTTGCT	2	12	464378	464389	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	330444175
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172	NC_015408	ATTTCT	2	12	526206	526217	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	330444228
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177	NC_015408	ATGTGT	2	12	532893	532904	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	330444236
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179	NC_015408	GGATTT	2	12	540303	540314	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	330444246
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188	NC_015408	TTATTG	2	12	564477	564488	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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198	NC_015408	GGAATG	2	12	596779	596790	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
199	NC_015408	TAGGGG	2	12	597914	597925	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	330444291
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218	NC_015408	GTCGTA	2	12	627352	627363	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	330444303
219	NC_015408	GTTGCG	2	12	627650	627661	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	330444303
220	NC_015408	CTGCGA	2	12	627669	627680	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330444303
221	NC_015408	CTCTGG	2	12	627681	627692	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330444303
222	NC_015408	GCCCTT	2	12	633053	633064	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	330444309
223	NC_015408	CAAGAA	2	12	633665	633676	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	330444310
224	NC_015408	CTTGAA	2	12	634863	634874	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	330444311
225	NC_015408	CTGCCG	2	12	636819	636830	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	330444314
226	NC_015408	TTTGTA	2	12	637145	637156	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	330444314
227	NC_015408	AAATTA	2	12	638072	638083	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
228	NC_015408	CCTCAG	2	12	644319	644330	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	330444319
229	NC_015408	TAATTC	2	12	650625	650636	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	330444326
230	NC_015408	TCAGGA	2	12	654738	654749	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	330444329
231	NC_015408	AGGAGA	2	12	659870	659881	50 %	0 %	50 %	0 %	330444334
232	NC_015408	TCAGAA	2	12	660045	660056	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	330444334
233	NC_015408	GCAGAA	2	12	664676	664687	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	330444339
234	NC_015408	GCTGGA	2	12	664781	664792	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	330444339
235	NC_015408	TTTAGG	2	12	666008	666019	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	330444340
236	NC_015408	TTTAGA	2	12	666563	666574	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	330444340
237	NC_015408	TCAATC	2	12	674710	674721	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330444347
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342	NC_015408	GAAGGG	2	12	933196	933207	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	330444591
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344	NC_015408	TAAAGG	2	12	933936	933947	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
345	NC_015408	CGCATA	2	12	935248	935259	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	330444592
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.