MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila pecorum E58 chromosome

Total Repeats: 48

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015408	TAACTT	2	12	1684	1695	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_015408	TAAAAA	2	12	44190	44201	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015408	GATTTA	2	12	88489	88500	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015408	AAAAAT	2	12	108965	108976	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015408	TCGCTT	2	12	161365	161376	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_015408	TCCTTA	2	12	162271	162282	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_015408	ACTATA	2	12	203918	203929	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_015408	ATTTTT	2	12	242063	242074	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015408	TTCCTT	2	12	267215	267226	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_015408	AAATAA	2	12	304205	304216	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015408	TTATGT	2	12	322556	322567	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015408	TAAAAA	2	12	332261	332272	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015408	TTTTTA	2	12	344427	344438	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015408	TCATAT	2	12	364366	364377	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_015408	TTTTGT	2	12	381898	381909	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015408	TTAAAA	2	12	381948	381959	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015408	TGTTTA	2	12	390615	390626	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015408	GGAATC	2	12	396765	396776	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_015408	TTAATA	2	12	441731	441742	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015408	TTCTTT	2	12	441751	441762	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_015408	ATGGAT	2	12	460391	460402	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015408	TCATGG	2	12	519564	519575	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_015408	TGAGTT	2	12	532165	532176	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015408	CTCCTA	2	12	533404	533415	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_015408	ACGCTA	2	12	549888	549899	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_015408	GGAGCA	2	12	549936	549947	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_015408	AGAGAA	2	12	564354	564365	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015408	TTATTG	2	12	564477	564488	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015408	GGAATG	2	12	596779	596790	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015408	ATAAGA	2	12	614953	614964	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015408	AAATTA	2	12	638072	638083	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015408	TTTATG	2	12	679053	679064	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015408	TTTTTC	2	12	704934	704945	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_015408	TAGAGA	2	12	709366	709377	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015408	TTTGTT	2	12	784351	784362	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015408	TTAATA	2	12	861971	861982	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015408	ATTTTT	2	12	884798	884809	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015408	TCTATG	2	12	895174	895185	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_015408	TGAGGG	2	12	904491	904502	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015408	GGAAGT	2	12	904560	904571	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015408	GGATTA	2	12	904572	904583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015408	GAGTCT	2	12	904654	904665	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_015408	AGAAAA	2	12	904786	904797	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015408	AAATGT	2	12	906388	906399	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015408	TAAAGG	2	12	933936	933947	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015408	TTGCAG	2	12	950553	950564	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_015408	AATAAA	2	12	973309	973320	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015408	AACTCT	2	12	1067036	1067047	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.