MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydophila pecorum E58 chromosome

Total Repeats: 365

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015408	AAGCAG	2	12	6220	6231	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	330443761
2	NC_015408	AGATCA	2	12	8656	8667	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	330443763
3	NC_015408	TTAGGA	2	12	12307	12318	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330443767
4	NC_015408	ACTATT	2	12	16838	16849	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	330443769
5	NC_015408	TTCTTT	2	12	23313	23324	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	330443776
6	NC_015408	TCATTA	2	12	24399	24410	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	330443777
7	NC_015408	TGAGGT	2	12	30037	30048	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	330443786
8	NC_015408	AGGAAT	2	12	32663	32674	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	330443787
9	NC_015408	ATTTAA	2	12	41666	41677	50 %	50 %	0 %	0 %	330443798
10	NC_015408	TAACAT	2	12	43379	43390	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	330443800
11	NC_015408	GCAGCT	2	12	49361	49372	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330443803
12	NC_015408	TTTAAA	2	12	49857	49868	50 %	50 %	0 %	0 %	330443804
13	NC_015408	CAAGTT	2	12	52698	52709	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	330443805
14	NC_015408	CCGATA	2	12	56060	56071	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	330443807
15	NC_015408	CTATAG	2	12	56274	56285	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	330443807
16	NC_015408	CATACC	2	12	59681	59692	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	330443811
17	NC_015408	GCAATT	2	12	62237	62248	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	330443814
18	NC_015408	TCTTCA	2	12	63317	63328	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	330443814
19	NC_015408	ATCCCC	2	12	64514	64525	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	330443815
20	NC_015408	AAAGTA	2	12	66353	66364	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	330443816
21	NC_015408	TGAAAA	2	12	69169	69180	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	330443818
22	NC_015408	TAATAC	2	12	69253	69264	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	330443818
23	NC_015408	CTGCAA	2	12	75426	75437	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	330443820
24	NC_015408	CTTCGT	2	12	78719	78730	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	330443823
25	NC_015408	AAGTAA	2	12	86183	86194	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	330443830
26	NC_015408	TGAAGT	2	12	88616	88627	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330443835
27	NC_015408	ATTTAC	2	12	89762	89773	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	330443835
28	NC_015408	TCTATC	2	12	106502	106513	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	330443848
29	NC_015408	TCAAGC	2	12	110116	110127	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	330443852
30	NC_015408	AAGAAT	2	12	118549	118560	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	330443859
31	NC_015408	ATCACG	2	12	119359	119370	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	330443860
32	NC_015408	TCCTCT	2	12	121759	121770	0 %	50 %	0 %	50 %	330443863
33	NC_015408	CACCAT	2	12	122396	122407	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	330443863
34	NC_015408	ATAAAA	2	12	125302	125313	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	330443868
35	NC_015408	CTAAAG	2	12	134601	134612	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	330443877
36	NC_015408	ATGCTT	2	12	141536	141547	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	330443883
37	NC_015408	CCAGAG	2	12	148973	148984	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443886
38	NC_015408	CTTTGT	2	12	149788	149799	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	330443887
39	NC_015408	GATAGA	2	12	150065	150076	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	330443887
40	NC_015408	TTTCAG	2	12	158147	158158	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	330443894
41	NC_015408	ATAAAA	2	12	171264	171275	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	330443902
42	NC_015408	ATTTGT	2	12	171927	171938	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	330443902
43	NC_015408	TATTTT	2	12	177038	177049	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	330443907
44	NC_015408	GCCATT	2	12	178457	178468	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330443908
45	NC_015408	TGCCAT	2	12	178483	178494	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330443908
46	NC_015408	AAACAG	2	12	178956	178967	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	330443908
47	NC_015408	CAGCTA	2	12	179828	179839	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	330443909
48	NC_015408	AGGAAA	2	12	180911	180922	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443910
49	NC_015408	CCCCCT	2	12	187398	187409	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	330443919
50	NC_015408	AAATGG	2	12	189324	189335	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	330443920
51	NC_015408	TTTTAT	2	12	195794	195805	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	330443925
52	NC_015408	TAATCT	2	12	197987	197998	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	330443926
53	NC_015408	GAATAT	2	12	199293	199304	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	330443927
54	NC_015408	CTAAAA	2	12	200337	200348	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	330443927
55	NC_015408	TCTGAT	2	12	202010	202021	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	330443927
56	NC_015408	TAAAGA	2	12	204573	204584	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	330443929
57	NC_015408	CTGCAG	2	12	204746	204757	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330443930
58	NC_015408	ACTAAA	2	12	206544	206555	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	330443931
59	NC_015408	ATCCAT	2	12	209616	209627	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443934
60	NC_015408	ACCATC	2	12	221231	221242	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	330443940
61	NC_015408	CTTTTT	2	12	224998	225009	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	330443944
62	NC_015408	ATTGGC	2	12	229025	229036	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	330443948
63	NC_015408	CAGGTA	2	12	229553	229564	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	330443948
64	NC_015408	TACAGT	2	12	239196	239207	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	330443959
65	NC_015408	AATACA	2	12	241010	241021	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	330443960
66	NC_015408	CCCTCT	2	12	241505	241516	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443960
67	NC_015408	TCCTAA	2	12	243083	243094	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443962
68	NC_015408	AGGAGC	2	12	244079	244090	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	330443963
69	NC_015408	TCCATG	2	12	246515	246526	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330443966
70	NC_015408	TGCGAG	2	12	248266	248277	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	330443967
71	NC_015408	AGCTAC	2	12	257213	257224	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	330443974
72	NC_015408	CTCTAG	2	12	260287	260298	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330443977
73	NC_015408	CTTCAT	2	12	275123	275134	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	330443992
74	NC_015408	ATTAGA	2	12	276013	276024	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	330443992
75	NC_015408	AAAGAG	2	12	277879	277890	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443993
76	NC_015408	GCTTCA	2	12	279645	279656	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330443996
77	NC_015408	GGTGCT	2	12	279941	279952	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	330443998
78	NC_015408	GCCTCC	2	12	286659	286670	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	330444002
79	NC_015408	GTTTTT	2	12	295453	295464	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	330444011
80	NC_015408	CTCTTT	2	12	296061	296072	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330444011
81	NC_015408	AATTGC	2	12	296095	296106	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	330444011
82	NC_015408	GTAAAT	2	12	297320	297331	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	330444013
83	NC_015408	CTTTCT	2	12	302250	302261	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330444017
84	NC_015408	GGTAAA	2	12	308017	308028	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	330444024
85	NC_015408	GTTTTT	2	12	308633	308644	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	330444025
86	NC_015408	TGTGTA	2	12	316248	316259	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	330444029
87	NC_015408	TGAAGA	2	12	318811	318822	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	330444031
88	NC_015408	TATGGA	2	12	320921	320932	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330444032
89	NC_015408	AAAAGA	2	12	324964	324975	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	330444036
90	NC_015408	GAAAGC	2	12	328496	328507	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	330444039
91	NC_015408	CAGAAG	2	12	328596	328607	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	330444039
92	NC_015408	CATAAG	2	12	330831	330842	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	330444040
93	NC_015408	ATTAAG	2	12	331033	331044	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	330444040
94	NC_015408	CAGGGA	2	12	332647	332658	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	330444041
95	NC_015408	CTGGGT	2	12	334258	334269	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	330444041
96	NC_015408	TTTTTC	2	12	339717	339728	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	330444050
97	NC_015408	CATCTG	2	12	341483	341494	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330444051
98	NC_015408	AAAAAG	2	12	345541	345552	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	330444054
99	NC_015408	AGAAAA	2	12	348211	348222	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	330444056
100	NC_015408	CTTTCT	2	12	352527	352538	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330444061
101	NC_015408	TAAGAA	2	12	354553	354564	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	330444063
102	NC_015408	AGATGC	2	12	355093	355104	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	330444063
103	NC_015408	GCGTTT	2	12	356014	356025	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	330444063
104	NC_015408	TCGTCA	2	12	356483	356494	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330444063
105	NC_015408	CCTCTT	2	12	366561	366572	0 %	50 %	0 %	50 %	330444071
106	NC_015408	GATGCT	2	12	368502	368513	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	330444072
107	NC_015408	TTTCTG	2	12	374686	374697	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	330444078
108	NC_015408	AGCTGC	2	12	382064	382075	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330444086
109	NC_015408	TCTTTA	2	12	387104	387115	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	330444090
110	NC_015408	TTTCTT	2	12	389705	389716	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	330444094
111	NC_015408	CGATAT	2	12	393953	393964	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	330444096
112	NC_015408	TCCATT	2	12	394183	394194	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	330444096
113	NC_015408	AAGCAA	2	12	395870	395881	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	330444097
114	NC_015408	CAGAAT	2	12	400500	400511	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	330444100
115	NC_015408	CAAAAT	2	12	402675	402686	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	330444103
116	NC_015408	TTCTAA	2	12	407445	407456	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	330444109
117	NC_015408	TGAGGT	2	12	411434	411445	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	330444114
118	NC_015408	TCAAGC	2	12	421011	421022	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	330444133
119	NC_015408	GAAGTT	2	12	421252	421263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330444133
120	NC_015408	TTCTGA	2	12	428910	428921	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	330444143
121	NC_015408	ATATGA	2	12	429996	430007	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	330444143
122	NC_015408	TTTGTA	2	12	432773	432784	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	330444145
123	NC_015408	AAAGGA	2	12	439781	439792	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330444150
124	NC_015408	TTATCG	2	12	441892	441903	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	330444153
125	NC_015408	AGATTT	2	12	442237	442248	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	330444153
126	NC_015408	CTGTAG	2	12	447787	447798	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	330444159
127	NC_015408	TGTTTC	2	12	449150	449161	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	330444161
128	NC_015408	TTTGTA	2	12	450314	450325	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	330444161
129	NC_015408	TTTGAT	2	12	450538	450549	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	330444162
130	NC_015408	CTTAGG	2	12	453557	453568	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	330444164
131	NC_015408	AGGAGA	2	12	456919	456930	50 %	0 %	50 %	0 %	330444167
132	NC_015408	ATAAGG	2	12	457596	457607	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	330444167
133	NC_015408	GTTGCT	2	12	464378	464389	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	330444175
134	NC_015408	CAGAAG	2	12	465155	465166	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	330444175
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136	NC_015408	AGAAAA	2	12	466036	466047	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	330444175
137	NC_015408	GGAGAG	2	12	467331	467342	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	330444176
138	NC_015408	GTTGCC	2	12	470680	470691	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330444180
139	NC_015408	CAAGAG	2	12	470937	470948	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	330444181
140	NC_015408	GATTTG	2	12	474438	474449	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	330444185
141	NC_015408	ATGGTG	2	12	477382	477393	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	330444188
142	NC_015408	AGCTCC	2	12	478184	478195	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	330444188
143	NC_015408	TTTTCC	2	12	483321	483332	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330444193
144	NC_015408	AATAAA	2	12	483649	483660	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	330444193
145	NC_015408	AAAGAA	2	12	504162	504173	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	330444208
146	NC_015408	TTGTGC	2	12	504734	504745	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	330444210
147	NC_015408	TGCTGT	2	12	505722	505733	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	330444212
148	NC_015408	CCATTT	2	12	516334	516345	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	330444221
149	NC_015408	TGCAGC	3	18	517929	517946	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330444221
150	NC_015408	ATTTCT	2	12	526206	526217	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	330444228
151	NC_015408	GAGAGG	2	12	526978	526989	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	330444230
152	NC_015408	CTCTTC	2	12	527477	527488	0 %	50 %	0 %	50 %	330444230
153	NC_015408	GGAGTG	2	12	528065	528076	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	330444231
154	NC_015408	ATGTGT	2	12	532893	532904	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	330444236
155	NC_015408	GGATTT	2	12	540303	540314	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	330444246
156	NC_015408	AAGCTG	2	12	542801	542812	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	330444247
157	NC_015408	CAAATC	2	12	553365	553376	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	330444259
158	NC_015408	CTGTAG	2	12	554318	554329	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	330444260
159	NC_015408	AGATAG	2	12	557724	557735	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	330444263
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162	NC_015408	TTCTGT	2	12	573510	573521	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	330444277
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165	NC_015408	GGCGTA	2	12	586803	586814	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	330444286
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169	NC_015408	TTGATT	2	12	596212	596223	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	330444290
170	NC_015408	TAGGGG	2	12	597914	597925	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	330444291
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174	NC_015408	GTTCCT	2	12	602164	602175	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	330444292
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185	NC_015408	TAGCTT	2	12	625973	625984	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	330444303
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189	NC_015408	GTTGCG	2	12	627650	627661	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	330444303
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200	NC_015408	AGGAGA	2	12	659870	659881	50 %	0 %	50 %	0 %	330444334
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215	NC_015408	AGCTTG	2	12	696971	696982	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	330444367
216	NC_015408	AACTTT	2	12	698334	698345	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	330444370
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219	NC_015408	CCTTAT	2	12	702535	702546	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	330444374
220	NC_015408	AGCCTT	2	12	705409	705420	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330444378
221	NC_015408	TGTCGG	2	12	709546	709557	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	330444384
222	NC_015408	GATCGC	2	12	710585	710596	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330444384
223	NC_015408	ATTTTA	2	12	716244	716255	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330444389
224	NC_015408	AAGAGG	2	12	717428	717439	50 %	0 %	50 %	0 %	330444391
225	NC_015408	GTAATT	2	12	717837	717848	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	330444391
226	NC_015408	AATATC	2	12	718867	718878	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	330444393
227	NC_015408	TTTTGG	2	12	719244	719255	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	330444394
228	NC_015408	TGTGGC	2	12	729322	729333	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	330444403
229	NC_015408	ATTGAC	2	12	729552	729563	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	330444404
230	NC_015408	AAAGAA	2	12	729730	729741	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	330444404
231	NC_015408	CTTGGA	2	12	733579	733590	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	330444410
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342	NC_015408	ATTGTA	2	12	1025908	1025919	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	330444676
343	NC_015408	CACTCT	2	12	1027255	1027266	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	330444677
344	NC_015408	CAAGCA	2	12	1027759	1027770	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	330444678
345	NC_015408	TCCTAA	2	12	1035899	1035910	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330444685
346	NC_015408	ATCAGG	2	12	1037567	1037578	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	330444685
347	NC_015408	TTATCT	2	12	1039143	1039154	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	330444685
348	NC_015408	ACAGCA	2	12	1046014	1046025	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	330444687
349	NC_015408	TTAACC	2	12	1047838	1047849	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330444689
350	NC_015408	AGCTAA	2	12	1054628	1054639	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	330444694
351	NC_015408	ATATAA	2	12	1061814	1061825	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	330444699
352	NC_015408	GCAACA	2	12	1066681	1066692	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	330444703
353	NC_015408	AAACCA	2	12	1068216	1068227	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330444706
354	NC_015408	CAACTT	2	12	1071164	1071175	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330444709
355	NC_015408	AGCTCT	2	12	1077029	1077040	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330444716
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360	NC_015408	GATCCC	2	12	1092629	1092640	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	330444730
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363	NC_015408	GTGCTG	2	12	1102966	1102977	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	330444741
364	NC_015408	TACCAA	2	12	1103637	1103648	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	330444741
365	NC_015408	TCCTAT	2	12	1104555	1104566	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	330444743

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.