MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila pecorum E58 chromosome

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015408	ACTAA	2	10	1727	1736	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_015408	ATTTT	2	10	4844	4853	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015408	TCATT	2	10	18399	18408	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_015408	AACTT	2	10	20851	20860	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_015408	TAAAA	2	10	24607	24616	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015408	TAAAA	2	10	27689	27698	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015408	TAAGA	2	10	27757	27766	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015408	TTTTA	2	10	27855	27864	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015408	TAAAA	2	10	30287	30296	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015408	ATTTT	2	10	38602	38611	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015408	AAGAA	2	10	38720	38729	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015408	TCTAA	2	10	41101	41110	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_015408	CAATC	2	10	43987	43996	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
14	NC_015408	TTTAA	2	10	68633	68642	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015408	TAATT	2	10	70244	70253	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015408	TACTA	2	10	75740	75749	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_015408	GTTAG	2	10	77414	77423	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015408	AGTAG	2	10	86857	86866	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015408	TCTAC	2	10	154693	154702	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_015408	CTACA	2	10	154835	154844	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_015408	TAACT	2	10	161412	161421	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_015408	CCTTT	2	10	161544	161553	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_015408	TCAGT	2	10	161857	161866	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_015408	ACATA	2	10	162151	162160	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_015408	CTTTC	2	10	163231	163240	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_015408	GCTTA	2	10	203942	203951	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_015408	TATAA	2	10	222478	222487	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015408	CGCAA	2	10	228695	228704	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_015408	TAAAA	2	10	230270	230279	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015408	ATAAA	2	10	230332	230341	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015408	CCTTA	2	10	259780	259789	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_015408	TTTTA	2	10	288187	288196	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015408	GGGAT	2	10	316550	316559	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015408	AATTC	2	10	344210	344219	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_015408	CTTGA	2	10	362469	362478	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015408	CTTTT	2	10	364164	364173	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_015408	ATTTT	2	10	410402	410411	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015408	CTTTT	2	10	410597	410606	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_015408	TAGGT	2	10	432090	432099	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015408	CTTTT	2	10	435023	435032	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_015408	ACGAG	2	10	443248	443257	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015408	TTTTC	2	10	448248	448257	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015408	TCTTT	2	10	459808	459817	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_015408	TAAAT	2	10	460183	460192	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015408	AAAAT	2	10	478465	478474	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015408	TTTAT	2	10	494897	494906	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015408	TTTAG	2	10	497682	497691	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015408	CCTAA	2	10	503243	503252	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_015408	TAAAA	2	10	503304	503313	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015408	CCCTT	2	10	510542	510551	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
51	NC_015408	TTTTG	2	10	510607	510616	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015408	CCTTT	2	10	520368	520377	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_015408	TTTCT	2	10	520952	520961	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_015408	AATAG	2	10	549673	549682	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015408	TAAGA	2	10	550853	550862	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015408	AGTTT	2	10	560709	560718	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015408	TGTTT	2	10	571323	571332	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015408	TTCAA	2	10	585329	585338	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_015408	TTTGT	2	10	587121	587130	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015408	CCCTT	2	10	635058	635067	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_015408	TAAGC	2	10	638055	638064	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015408	GCTAT	2	10	639974	639983	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_015408	TAGCA	2	10	640280	640289	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_015408	GGGAA	2	10	650912	650921	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015408	TCTTT	2	10	658744	658753	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_015408	TGTTT	2	10	660601	660610	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015408	TAACA	2	10	682700	682709	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_015408	AAGCA	2	10	692647	692656	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_015408	AATTA	2	10	697635	697644	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015408	TTAGA	2	10	719855	719864	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015408	CTCTA	2	10	721750	721759	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_015408	ATTTA	2	10	723758	723767	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015408	TTTTG	2	10	723839	723848	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015408	CTTCT	2	10	725201	725210	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_015408	AAATA	2	10	725529	725538	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015408	TAAAA	2	10	744025	744034	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015408	ATAAA	2	10	770567	770576	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015408	GTTAT	2	10	811654	811663	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015408	AAGAA	2	10	824894	824903	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015408	ATTTT	2	10	834803	834812	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015408	ATTTT	2	10	837274	837283	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015408	ATAAA	2	10	841048	841057	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015408	TAATT	2	10	845234	845243	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015408	ATTTT	2	10	860951	860960	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015408	TAGAA	2	10	862084	862093	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015408	TGAAA	2	10	862237	862246	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015408	AGGTT	2	10	864870	864879	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015408	TTTAT	2	10	876645	876654	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015408	ACCAA	2	10	881854	881863	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_015408	TGTTT	2	10	884874	884883	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015408	AGTTT	2	10	885620	885629	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015408	CTTAG	2	10	886782	886791	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_015408	GGGGA	2	10	901754	901763	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015408	AAATT	2	10	906360	906369	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015408	TAAAA	2	10	907818	907827	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015408	AGAAA	2	10	921473	921482	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015408	TAAAA	2	10	934632	934641	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015408	TTATT	2	10	934746	934755	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015408	ATACA	2	10	937346	937355	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_015408	TTTTA	2	10	940905	940914	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015408	CTCTA	2	10	969396	969405	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_015408	AAAGA	2	10	980351	980360	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015408	AAAGC	2	10	984763	984772	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_015408	CCTAT	2	10	986725	986734	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_015408	AAATC	2	10	990679	990688	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_015408	TCTTT	2	10	1001309	1001318	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_015408	ATTAC	2	10	1001379	1001388	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_015408	TATAA	2	10	1025192	1025201	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015408	CCCCT	2	10	1057248	1057257	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
110	NC_015408	AAAGA	2	10	1100749	1100758	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015408	CTCAT	2	10	1100760	1100769	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
112	NC_015408	TCCAA	2	10	1105919	1105928	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.