MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydophila pecorum E58 chromosome

Total Repeats: 690

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015408	CAAAG	2	10	7323	7332	60 %	0 %	20 %	20 %	330443763
2	NC_015408	TTTTC	2	10	8195	8204	0 %	80 %	0 %	20 %	330443763
3	NC_015408	CCTCT	2	10	9870	9879	0 %	40 %	0 %	60 %	330443764
4	NC_015408	AATTA	2	10	13602	13611	60 %	40 %	0 %	0 %	330443767
5	NC_015408	GAAAA	2	10	18432	18441	80 %	0 %	20 %	0 %	330443771
6	NC_015408	CTCTT	2	10	18569	18578	0 %	60 %	0 %	40 %	330443771
7	NC_015408	GCGTT	2	10	20385	20394	0 %	40 %	40 %	20 %	330443772
8	NC_015408	GTTTA	2	10	22058	22067	20 %	60 %	20 %	0 %	330443774
9	NC_015408	TAAAT	2	10	25423	25432	60 %	40 %	0 %	0 %	330443779
10	NC_015408	TCTTA	2	10	26811	26820	20 %	60 %	0 %	20 %	330443782
11	NC_015408	AATTG	2	10	27365	27374	40 %	40 %	20 %	0 %	330443784
12	NC_015408	TCTCT	2	10	30550	30559	0 %	60 %	0 %	40 %	330443787
13	NC_015408	CATAC	2	10	30744	30753	40 %	20 %	0 %	40 %	330443787
14	NC_015408	AGAGG	2	10	33566	33575	40 %	0 %	60 %	0 %	330443788
15	NC_015408	ATATT	2	10	35005	35014	40 %	60 %	0 %	0 %	330443789
16	NC_015408	GCAAA	2	10	35661	35670	60 %	0 %	20 %	20 %	330443790
17	NC_015408	ACATC	2	10	37873	37882	40 %	20 %	0 %	40 %	330443791
18	NC_015408	TTTGC	2	10	37982	37991	0 %	60 %	20 %	20 %	330443791
19	NC_015408	ATTAA	2	10	39899	39908	60 %	40 %	0 %	0 %	330443793
20	NC_015408	CACAA	2	10	40528	40537	60 %	0 %	0 %	40 %	330443795
21	NC_015408	ACGCC	2	10	41016	41025	20 %	0 %	20 %	60 %	330443795
22	NC_015408	AAAAG	2	10	41152	41161	80 %	0 %	20 %	0 %	330443796
23	NC_015408	TAAAG	2	10	42501	42510	60 %	20 %	20 %	0 %	330443799
24	NC_015408	ATTTT	2	10	44711	44720	20 %	80 %	0 %	0 %	330443801
25	NC_015408	GATAA	2	10	45824	45833	60 %	20 %	20 %	0 %	330443802
26	NC_015408	TATCT	2	10	49995	50004	20 %	60 %	0 %	20 %	330443804
27	NC_015408	AGGAA	2	10	50664	50673	60 %	0 %	40 %	0 %	330443804
28	NC_015408	ATAGC	2	10	51830	51839	40 %	20 %	20 %	20 %	330443805
29	NC_015408	ATTGC	2	10	55793	55802	20 %	40 %	20 %	20 %	330443807
30	NC_015408	TTTCT	2	10	57722	57731	0 %	80 %	0 %	20 %	330443808
31	NC_015408	TTGCT	2	10	58342	58351	0 %	60 %	20 %	20 %	330443809
32	NC_015408	CTCCA	2	10	58574	58583	20 %	20 %	0 %	60 %	330443809
33	NC_015408	TTAGT	2	10	58854	58863	20 %	60 %	20 %	0 %	330443809
34	NC_015408	ATTAC	2	10	60072	60081	40 %	40 %	0 %	20 %	330443812
35	NC_015408	TAGTT	2	10	66678	66687	20 %	60 %	20 %	0 %	330443816
36	NC_015408	AAAAG	2	10	67430	67439	80 %	0 %	20 %	0 %	330443817
37	NC_015408	ACAGA	2	10	68436	68445	60 %	0 %	20 %	20 %	330443817
38	NC_015408	GTTAT	2	10	70655	70664	20 %	60 %	20 %	0 %	330443819
39	NC_015408	GTAAT	2	10	72494	72503	40 %	40 %	20 %	0 %	330443820
40	NC_015408	TTGCT	2	10	74787	74796	0 %	60 %	20 %	20 %	330443820
41	NC_015408	TATTT	2	10	75942	75951	20 %	80 %	0 %	0 %	330443821
42	NC_015408	GCGAT	2	10	76122	76131	20 %	20 %	40 %	20 %	330443821
43	NC_015408	TACCT	2	10	76914	76923	20 %	40 %	0 %	40 %	330443822
44	NC_015408	CTTCT	2	10	77268	77277	0 %	60 %	0 %	40 %	330443822
45	NC_015408	CCTCC	2	10	79756	79765	0 %	20 %	0 %	80 %	330443824
46	NC_015408	CTTCA	2	10	80580	80589	20 %	40 %	0 %	40 %	330443825
47	NC_015408	CCTTT	2	10	82011	82020	0 %	60 %	0 %	40 %	330443825
48	NC_015408	TAATA	2	10	83570	83579	60 %	40 %	0 %	0 %	330443826
49	NC_015408	AGAAC	2	10	83648	83657	60 %	0 %	20 %	20 %	330443826
50	NC_015408	ATACA	2	10	85149	85158	60 %	20 %	0 %	20 %	330443829
51	NC_015408	AAGTT	2	10	95109	95118	40 %	40 %	20 %	0 %	330443840
52	NC_015408	TTCTT	2	10	97642	97651	0 %	80 %	0 %	20 %	330443841
53	NC_015408	ATCGC	2	10	99799	99808	20 %	20 %	20 %	40 %	330443842
54	NC_015408	ATCTT	2	10	100069	100078	20 %	60 %	0 %	20 %	330443842
55	NC_015408	ATGAA	2	10	100198	100207	60 %	20 %	20 %	0 %	330443842
56	NC_015408	ACAAA	2	10	100410	100419	80 %	0 %	0 %	20 %	330443842
57	NC_015408	ACCTT	2	10	102294	102303	20 %	40 %	0 %	40 %	330443844
58	NC_015408	TACCA	2	10	111023	111032	40 %	20 %	0 %	40 %	330443852
59	NC_015408	CCCAC	2	10	111151	111160	20 %	0 %	0 %	80 %	330443852
60	NC_015408	TGCAG	2	10	112056	112065	20 %	20 %	40 %	20 %	330443853
61	NC_015408	GGTTT	2	10	114244	114253	0 %	60 %	40 %	0 %	330443854
62	NC_015408	TCTCC	2	10	120549	120558	0 %	40 %	0 %	60 %	330443862
63	NC_015408	CCTTG	2	10	122719	122728	0 %	40 %	20 %	40 %	330443864
64	NC_015408	GAAAA	2	10	122786	122795	80 %	0 %	20 %	0 %	330443864
65	NC_015408	CATTA	2	10	123720	123729	40 %	40 %	0 %	20 %	330443865
66	NC_015408	AATTT	2	10	126518	126527	40 %	60 %	0 %	0 %	330443870
67	NC_015408	GATTG	2	10	127161	127170	20 %	40 %	40 %	0 %	330443871
68	NC_015408	TCCCC	2	10	132868	132877	0 %	20 %	0 %	80 %	330443875
69	NC_015408	GGCCA	2	10	133961	133970	20 %	0 %	40 %	40 %	330443876
70	NC_015408	GAAAA	2	10	135189	135198	80 %	0 %	20 %	0 %	330443877
71	NC_015408	TTTTG	2	10	140425	140434	0 %	80 %	20 %	0 %	330443882
72	NC_015408	TGTTT	2	10	141752	141761	0 %	80 %	20 %	0 %	330443883
73	NC_015408	GCTGG	2	10	143480	143489	0 %	20 %	60 %	20 %	330443884
74	NC_015408	TTAAA	2	10	143967	143976	60 %	40 %	0 %	0 %	330443884
75	NC_015408	AGGAG	2	10	144889	144898	40 %	0 %	60 %	0 %	330443884
76	NC_015408	TGGCA	2	10	147951	147960	20 %	20 %	40 %	20 %	330443885
77	NC_015408	CTTCT	2	10	148250	148259	0 %	60 %	0 %	40 %	330443885
78	NC_015408	TGCAG	2	10	149230	149239	20 %	20 %	40 %	20 %	330443886
79	NC_015408	AGAGA	2	10	149865	149874	60 %	0 %	40 %	0 %	330443887
80	NC_015408	ATCTA	2	10	150268	150277	40 %	40 %	0 %	20 %	330443887
81	NC_015408	GTATG	2	10	151915	151924	20 %	40 %	40 %	0 %	330443888
82	NC_015408	ATCCC	2	10	153454	153463	20 %	20 %	0 %	60 %	330443889
83	NC_015408	ACAAA	2	10	156601	156610	80 %	0 %	0 %	20 %	330443892
84	NC_015408	TTACA	2	10	156883	156892	40 %	40 %	0 %	20 %	330443893
85	NC_015408	ATTTT	2	10	156995	157004	20 %	80 %	0 %	0 %	330443893
86	NC_015408	TGGCT	2	10	157328	157337	0 %	40 %	40 %	20 %	330443894
87	NC_015408	GCATC	2	10	158005	158014	20 %	20 %	20 %	40 %	330443894
88	NC_015408	TATGG	2	10	158294	158303	20 %	40 %	40 %	0 %	330443894
89	NC_015408	AGTTG	2	10	165967	165976	20 %	40 %	40 %	0 %	330443896
90	NC_015408	TTCCC	2	10	166361	166370	0 %	40 %	0 %	60 %	330443896
91	NC_015408	CATTT	2	10	167156	167165	20 %	60 %	0 %	20 %	330443897
92	NC_015408	GCTAT	2	10	168864	168873	20 %	40 %	20 %	20 %	330443900
93	NC_015408	AAGAT	2	10	169790	169799	60 %	20 %	20 %	0 %	330443900
94	NC_015408	TATCT	2	10	172052	172061	20 %	60 %	0 %	20 %	330443902
95	NC_015408	TATCC	2	10	174374	174383	20 %	40 %	0 %	40 %	330443905
96	NC_015408	CAAAC	2	10	177094	177103	60 %	0 %	0 %	40 %	330443907
97	NC_015408	GTTCT	2	10	182687	182696	0 %	60 %	20 %	20 %	330443913
98	NC_015408	ACGGC	2	10	183720	183729	20 %	0 %	40 %	40 %	330443915
99	NC_015408	TCTGC	2	10	184144	184153	0 %	40 %	20 %	40 %	330443915
100	NC_015408	CCTTT	2	10	184402	184411	0 %	60 %	0 %	40 %	330443915
101	NC_015408	GGAAG	2	10	187599	187608	40 %	0 %	60 %	0 %	330443919
102	NC_015408	ACCTT	2	10	190246	190255	20 %	40 %	0 %	40 %	330443921
103	NC_015408	TATGC	2	10	191273	191282	20 %	40 %	20 %	20 %	330443922
104	NC_015408	TATTT	2	10	193375	193384	20 %	80 %	0 %	0 %	330443923
105	NC_015408	TCGTC	2	10	193705	193714	0 %	40 %	20 %	40 %	330443924
106	NC_015408	GATGC	2	10	200608	200617	20 %	20 %	40 %	20 %	330443927
107	NC_015408	TTCCA	2	10	202632	202641	20 %	40 %	0 %	40 %	330443928
108	NC_015408	AAAGG	2	10	202651	202660	60 %	0 %	40 %	0 %	330443928
109	NC_015408	TGTGA	2	10	204241	204250	20 %	40 %	40 %	0 %	330443929
110	NC_015408	CTCTG	2	10	204718	204727	0 %	40 %	20 %	40 %	330443930
111	NC_015408	ATTGT	2	10	205541	205550	20 %	60 %	20 %	0 %	330443930
112	NC_015408	CAAGC	2	10	212700	212709	40 %	0 %	20 %	40 %	330443935
113	NC_015408	CAAAA	2	10	214095	214104	80 %	0 %	0 %	20 %	330443936
114	NC_015408	AAAAG	2	10	216635	216644	80 %	0 %	20 %	0 %	330443938
115	NC_015408	ATCGC	2	10	218717	218726	20 %	20 %	20 %	40 %	330443940
116	NC_015408	TTTTC	2	10	218803	218812	0 %	80 %	0 %	20 %	330443940
117	NC_015408	ATCAG	2	10	219348	219357	40 %	20 %	20 %	20 %	330443940
118	NC_015408	CAAAA	2	10	222899	222908	80 %	0 %	0 %	20 %	330443942
119	NC_015408	TCTCC	2	10	226055	226064	0 %	40 %	0 %	60 %	330443945
120	NC_015408	GAATG	2	10	227140	227149	40 %	20 %	40 %	0 %	330443946
121	NC_015408	CAGCT	2	10	229454	229463	20 %	20 %	20 %	40 %	330443948
122	NC_015408	AAGCA	2	10	231013	231022	60 %	0 %	20 %	20 %	330443951
123	NC_015408	AGTAA	2	10	231323	231332	60 %	20 %	20 %	0 %	330443951
124	NC_015408	TTTTG	2	10	231393	231402	0 %	80 %	20 %	0 %	330443952
125	NC_015408	TTCAT	2	10	233028	233037	20 %	60 %	0 %	20 %	330443955
126	NC_015408	ATGCC	2	10	233230	233239	20 %	20 %	20 %	40 %	330443955
127	NC_015408	AAGCT	2	10	233677	233686	40 %	20 %	20 %	20 %	330443955
128	NC_015408	TTAAA	2	10	239111	239120	60 %	40 %	0 %	0 %	330443959
129	NC_015408	TTTAA	2	10	243696	243705	40 %	60 %	0 %	0 %	330443963
130	NC_015408	AGGGA	2	10	245092	245101	40 %	0 %	60 %	0 %	330443964
131	NC_015408	CAAAT	2	10	246262	246271	60 %	20 %	0 %	20 %	330443966
132	NC_015408	ACAAT	2	10	248589	248598	60 %	20 %	0 %	20 %	330443967
133	NC_015408	CCTCT	2	10	252773	252782	0 %	40 %	0 %	60 %	330443972
134	NC_015408	GTTTC	2	10	254121	254130	0 %	60 %	20 %	20 %	330443972
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249	NC_015408	GTAGG	2	10	419258	419267	20 %	20 %	60 %	0 %	330444131
250	NC_015408	TGAAA	2	10	420243	420252	60 %	20 %	20 %	0 %	330444131
251	NC_015408	TTTAC	2	10	421442	421451	20 %	60 %	0 %	20 %	330444134
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254	NC_015408	AAGAG	2	10	425867	425876	60 %	0 %	40 %	0 %	330444138
255	NC_015408	CTTGT	2	10	431849	431858	0 %	60 %	20 %	20 %	330444144
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257	NC_015408	TTTGA	2	10	439734	439743	20 %	60 %	20 %	0 %	330444150
258	NC_015408	TACAG	2	10	440285	440294	40 %	20 %	20 %	20 %	330444150
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261	NC_015408	AAGGA	2	10	445465	445474	60 %	0 %	40 %	0 %	330444157
262	NC_015408	TGCTT	2	10	446967	446976	0 %	60 %	20 %	20 %	330444158
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264	NC_015408	GAATA	2	10	447475	447484	60 %	20 %	20 %	0 %	330444158
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381	NC_015408	CTCAC	2	10	659111	659120	20 %	20 %	0 %	60 %	330444333
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389	NC_015408	GGGTT	2	10	670069	670078	0 %	40 %	60 %	0 %	330444342
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392	NC_015408	GGAAG	2	10	676024	676033	40 %	0 %	60 %	0 %	330444348
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