MICAS: Microsatellite Analysis Server

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila pecorum E58 chromosome

Total Repeats: 1033

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015408	ACA	2	6	27	32	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_015408	TTA	2	6	64	69	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015408	CTC	2	6	1135	1140	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_015408	CTA	2	6	1205	1210	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_015408	TCA	2	6	1219	1224	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_015408	TTC	2	6	1226	1231	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_015408	CTA	2	6	1356	1361	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_015408	GAA	2	6	1405	1410	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015408	AAT	2	6	1416	1421	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015408	TAG	2	6	1457	1462	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015408	CAA	2	6	1487	1492	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_015408	CAA	3	9	1496	1504	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_015408	CAC	2	6	4970	4975	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_015408	TCT	2	6	8698	8703	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_015408	AAG	2	6	15238	15243	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015408	CTT	2	6	15268	15273	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_015408	TAT	2	6	18378	18383	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015408	ATA	2	6	20879	20884	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015408	TAA	2	6	24547	24552	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015408	AAT	2	6	27735	27740	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015408	CTA	2	6	27751	27756	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_015408	TCT	2	6	27823	27828	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_015408	TAG	2	6	28175	28180	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015408	ATT	2	6	33111	33116	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015408	TAT	2	6	33133	33138	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015408	ACT	2	6	34227	34232	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_015408	TGA	2	6	34249	34254	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015408	TTG	2	6	34273	34278	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015408	TCT	2	6	34307	34312	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_015408	CCT	2	6	38515	38520	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_015408	TAA	2	6	38556	38561	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015408	ATA	2	6	38648	38653	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015408	GAA	2	6	38704	38709	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015408	GAA	2	6	38773	38778	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015408	TTC	2	6	38849	38854	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_015408	CTT	2	6	41035	41040	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_015408	AAT	2	6	43606	43611	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015408	TCT	2	6	43743	43748	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_015408	CTT	2	6	43775	43780	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_015408	ACA	3	9	43803	43811	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_015408	TGG	2	6	43826	43831	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015408	ATA	2	6	43835	43840	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015408	GCT	2	6	43936	43941	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_015408	GCT	2	6	44029	44034	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_015408	CAA	2	6	53947	53952	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_015408	TAT	2	6	53974	53979	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015408	CTC	2	6	56902	56907	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_015408	TAC	2	6	56969	56974	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_015408	TAA	2	6	65342	65347	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015408	AGA	2	6	65359	65364	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015408	TAA	2	6	65467	65472	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015408	TAA	2	6	65476	65481	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015408	GTG	2	6	66865	66870	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015408	TCC	2	6	66923	66928	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_015408	TAT	2	6	68665	68670	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015408	TAA	2	6	68672	68677	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015408	ATT	2	6	70174	70179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015408	TAT	2	6	70192	70197	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015408	TAG	2	6	70339	70344	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015408	TCC	2	6	75561	75566	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_015408	TGC	2	6	75567	75572	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_015408	AAT	2	6	75601	75606	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015408	CTT	2	6	75674	75679	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_015408	CAA	2	6	75706	75711	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_015408	ATT	2	6	76723	76728	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015408	CAT	2	6	76756	76761	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_015408	CTT	2	6	76854	76859	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_015408	CTT	3	9	77616	77624	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_015408	ACC	2	6	77629	77634	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_015408	CTT	2	6	84498	84503	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_015408	GCT	2	6	84813	84818	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_015408	ATT	2	6	86899	86904	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015408	AGA	2	6	88114	88119	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015408	CCT	2	6	88226	88231	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_015408	AAT	2	6	88369	88374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015408	ATT	2	6	90566	90571	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015408	AAT	2	6	90614	90619	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015408	TTC	2	6	90718	90723	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_015408	TAA	2	6	90791	90796	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015408	TAT	2	6	93882	93887	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015408	AGA	2	6	94034	94039	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015408	CTA	2	6	94670	94675	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_015408	AAG	2	6	94727	94732	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015408	AAG	2	6	95042	95047	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015408	TAA	2	6	95055	95060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015408	TAA	2	6	95091	95096	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015408	TAA	2	6	95103	95108	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015408	AGA	2	6	97031	97036	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015408	TAA	2	6	97106	97111	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015408	ATA	2	6	102019	102024	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015408	GAA	2	6	103388	103393	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015408	GTT	2	6	103395	103400	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015408	CGT	3	9	103408	103416	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_015408	AAG	2	6	103474	103479	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015408	AGT	2	6	103548	103553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015408	GGT	2	6	103704	103709	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015408	CAG	2	6	103732	103737	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_015408	AAG	2	6	103803	103808	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015408	CGC	2	6	104917	104922	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_015408	CGC	2	6	104928	104933	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_015408	TGT	2	6	104946	104951	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015408	TAC	2	6	104985	104990	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_015408	ATC	2	6	105121	105126	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_015408	TGT	2	6	105156	105161	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015408	TTA	2	6	108924	108929	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015408	CTT	2	6	112988	112993	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_015408	TGA	2	6	117629	117634	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015408	TAA	2	6	117643	117648	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015408	CTC	2	6	122604	122609	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_015408	TTC	2	6	122631	122636	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_015408	TTG	2	6	134491	134496	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015408	CAG	2	6	134497	134502	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_015408	CTC	2	6	135898	135903	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_015408	TTC	2	6	135936	135941	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_015408	AAT	2	6	135979	135984	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015408	ATA	2	6	135995	136000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015408	ACT	2	6	136207	136212	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_015408	AAT	2	6	137751	137756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015408	AGA	2	6	139641	139646	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015408	TCA	2	6	139717	139722	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_015408	AGG	2	6	142697	142702	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015408	TCA	2	6	142769	142774	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_015408	CTG	2	6	142790	142795	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_015408	AAC	2	6	154759	154764	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_015408	CTC	2	6	156826	156831	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_015408	GGT	2	6	156866	156871	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015408	CAA	2	6	159081	159086	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_015408	TTA	2	6	159133	159138	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015408	ACG	2	6	159407	159412	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_015408	TGG	2	6	159535	159540	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015408	CCG	2	6	159603	159608	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_015408	CTC	2	6	159721	159726	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
133	NC_015408	AGG	2	6	159738	159743	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015408	TCC	2	6	159782	159787	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_015408	GAA	2	6	159861	159866	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015408	CTA	2	6	159980	159985	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_015408	CGG	2	6	160094	160099	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_015408	ATT	2	6	160424	160429	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015408	TCC	2	6	160459	160464	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_015408	GGT	2	6	160595	160600	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015408	ATT	2	6	160875	160880	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015408	GAT	2	6	160886	160891	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015408	TGC	2	6	160929	160934	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_015408	ATC	2	6	160964	160969	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_015408	CGG	2	6	161009	161014	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_015408	TCC	2	6	161272	161277	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
147	NC_015408	TCA	2	6	161429	161434	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_015408	CCA	2	6	162026	162031	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
149	NC_015408	TAT	3	9	162110	162118	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_015408	ATT	2	6	162144	162149	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_015408	AGG	2	6	162285	162290	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
152	NC_015408	TCA	2	6	162342	162347	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_015408	ATG	2	6	162415	162420	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_015408	TAC	2	6	162581	162586	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_015408	TCC	2	6	162650	162655	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
156	NC_015408	GAC	2	6	162763	162768	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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158	NC_015408	TTC	2	6	162850	162855	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_015408	CTC	2	6	162938	162943	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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161	NC_015408	TTC	2	6	163112	163117	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_015408	GCT	2	6	163303	163308	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_015408	CTT	2	6	163328	163333	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
164	NC_015408	TCA	2	6	163414	163419	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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166	NC_015408	CTT	2	6	163627	163632	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
167	NC_015408	ATA	2	6	163746	163751	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_015408	ATT	2	6	163761	163766	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_015408	CGC	2	6	163792	163797	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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172	NC_015408	TCT	2	6	163993	163998	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
173	NC_015408	AAG	3	9	164013	164021	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
174	NC_015408	CGT	2	6	164322	164327	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_015408	TCT	2	6	164339	164344	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
176	NC_015408	AAG	2	6	164432	164437	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
177	NC_015408	CTG	3	9	164466	164474	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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179	NC_015408	TCT	2	6	168749	168754	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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181	NC_015408	CCT	2	6	170214	170219	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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184	NC_015408	CAA	2	6	171093	171098	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
185	NC_015408	CCT	2	6	171113	171118	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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188	NC_015408	AAC	2	6	172541	172546	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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