MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydophila pecorum E58 chromosome

Total Repeats: 13228

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015408	ACA	2	6	259	264	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443756
2	NC_015408	GAA	2	6	333	338	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443756
3	NC_015408	AGA	2	6	410	415	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443756
4	NC_015408	ATA	2	6	468	473	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	330443756
5	NC_015408	ACC	2	6	576	581	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	330443756
6	NC_015408	TCC	2	6	594	599	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443756
7	NC_015408	GCA	2	6	655	660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443756
8	NC_015408	TTC	2	6	672	677	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443756
9	NC_015408	GCA	2	6	765	770	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443756
10	NC_015408	TCT	2	6	897	902	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443756
11	NC_015408	AAG	2	6	904	909	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443756
12	NC_015408	CAT	2	6	946	951	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443756
13	NC_015408	CGC	2	6	967	972	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	330443756
14	NC_015408	TCC	2	6	1088	1093	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443756
15	NC_015408	AAG	2	6	1970	1975	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443757
16	NC_015408	CAG	2	6	2100	2105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443757
17	NC_015408	ATA	2	6	2132	2137	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	330443757
18	NC_015408	AAG	2	6	2141	2146	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443757
19	NC_015408	CCT	2	6	2148	2153	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443757
20	NC_015408	AGA	2	6	2189	2194	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443757
21	NC_015408	GAA	2	6	2292	2297	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443757
22	NC_015408	AAG	2	6	2394	2399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443757
23	NC_015408	TGC	2	6	2508	2513	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443757
24	NC_015408	AAG	2	6	2630	2635	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443757
25	NC_015408	GAA	2	6	2686	2691	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443757
26	NC_015408	CCT	2	6	2727	2732	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443757
27	NC_015408	GAA	2	6	2745	2750	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443757
28	NC_015408	ATC	2	6	2804	2809	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443757
29	NC_015408	CCT	2	6	3084	3089	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443757
30	NC_015408	CAG	2	6	3175	3180	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443757
31	NC_015408	CTG	2	6	3293	3298	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443757
32	NC_015408	ACG	2	6	3843	3848	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443758
33	NC_015408	AAG	2	6	3965	3970	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443758
34	NC_015408	GCT	2	6	3978	3983	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443758
35	NC_015408	ATG	2	6	4112	4117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330443758
36	NC_015408	GAA	2	6	4243	4248	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443758
37	NC_015408	TTC	3	9	4566	4574	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443759
38	NC_015408	ATA	2	6	4608	4613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	330443759
39	NC_015408	ATA	2	6	4632	4637	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	330443759
40	NC_015408	TCA	2	6	4666	4671	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443759
41	NC_015408	ACA	2	6	4684	4689	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443759
42	NC_015408	TGT	2	6	4714	4719	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	330443759
43	NC_015408	AGA	2	6	4749	4754	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443759
44	NC_015408	CAC	2	6	4755	4760	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	330443759
45	NC_015408	ACA	2	6	4767	4772	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443759
46	NC_015408	CAT	2	6	4773	4778	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443759
47	NC_015408	TAT	2	6	5007	5012	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330443760
48	NC_015408	TCT	2	6	5013	5018	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443760
49	NC_015408	AGA	2	6	5222	5227	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443761
50	NC_015408	CCT	2	6	5245	5250	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443761
51	NC_015408	CCT	2	6	5260	5265	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443761
52	NC_015408	GAA	2	6	5319	5324	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443761
53	NC_015408	TTC	2	6	5336	5341	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443761
54	NC_015408	TGT	2	6	5354	5359	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	330443761
55	NC_015408	AAC	2	6	5383	5388	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443761
56	NC_015408	TCC	2	6	5428	5433	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443761
57	NC_015408	CTT	2	6	5481	5486	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443761
58	NC_015408	AGA	2	6	5519	5524	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443761
59	NC_015408	CTC	2	6	5554	5559	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443761
60	NC_015408	CAC	2	6	5680	5685	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	330443761
61	NC_015408	CTT	2	6	5692	5697	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443761
62	NC_015408	CTG	2	6	5746	5751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443761
63	NC_015408	CAA	2	6	5760	5765	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443761
64	NC_015408	GCT	2	6	5766	5771	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443761
65	NC_015408	AAC	2	6	5846	5851	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443761
66	NC_015408	AGG	2	6	5885	5890	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	330443761
67	NC_015408	ATT	2	6	6110	6115	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330443761
68	NC_015408	ATA	2	6	6271	6276	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	330443761
69	NC_015408	AAG	2	6	6318	6323	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443761
70	NC_015408	AGA	2	6	6425	6430	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443761
71	NC_015408	CTT	2	6	6438	6443	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443761
72	NC_015408	CTT	2	6	6567	6572	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443761
73	NC_015408	TCT	2	6	6855	6860	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443762
74	NC_015408	AGC	2	6	6898	6903	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443762
75	NC_015408	CTT	2	6	6959	6964	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443762
76	NC_015408	ATT	2	6	6987	6992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330443762
77	NC_015408	GAA	2	6	7028	7033	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443762
78	NC_015408	AGA	2	6	7099	7104	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443762
79	NC_015408	TTA	2	6	7187	7192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330443763
80	NC_015408	CTT	2	6	7440	7445	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443763
81	NC_015408	TCA	2	6	7480	7485	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443763
82	NC_015408	TCA	2	6	7586	7591	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443763
83	NC_015408	TCC	2	6	7616	7621	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443763
84	NC_015408	TCC	2	6	7654	7659	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443763
85	NC_015408	GCA	2	6	7738	7743	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443763
86	NC_015408	CAA	2	6	7746	7751	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443763
87	NC_015408	GAA	2	6	7763	7768	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443763
88	NC_015408	GTC	2	6	7901	7906	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443763
89	NC_015408	ATT	2	6	7910	7915	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330443763
90	NC_015408	TCT	2	6	7951	7956	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443763
91	NC_015408	GAA	2	6	8048	8053	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443763
92	NC_015408	AGA	2	6	8086	8091	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443763
93	NC_015408	GGA	3	9	8183	8191	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	330443763
94	NC_015408	ATT	2	6	8209	8214	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330443763
95	NC_015408	CAT	2	6	8242	8247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443763
96	NC_015408	TTG	2	6	8319	8324	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	330443763
97	NC_015408	CTT	2	6	8408	8413	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443763
98	NC_015408	ACA	2	6	8598	8603	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443763
99	NC_015408	TCC	2	6	8723	8728	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443764
100	NC_015408	ACA	3	9	8732	8740	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443764
101	NC_015408	AGA	2	6	8758	8763	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443764
102	NC_015408	GCA	2	6	8804	8809	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443764
103	NC_015408	CAA	2	6	9011	9016	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443764
104	NC_015408	CTC	2	6	9031	9036	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443764
105	NC_015408	TTC	2	6	9053	9058	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443764
106	NC_015408	AAG	2	6	9150	9155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443764
107	NC_015408	GAT	2	6	9235	9240	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330443764
108	NC_015408	TCA	2	6	9337	9342	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443764
109	NC_015408	AAC	2	6	9357	9362	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443764
110	NC_015408	TTC	2	6	9364	9369	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443764
111	NC_015408	ACA	2	6	9422	9427	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443764
112	NC_015408	GAA	2	6	9449	9454	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443764
113	NC_015408	AGA	2	6	9460	9465	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443764
114	NC_015408	CAA	2	6	9473	9478	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443764
115	NC_015408	AGC	3	9	9498	9506	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443764
116	NC_015408	CAT	2	6	9509	9514	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443764
117	NC_015408	AGC	2	6	9762	9767	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443764
118	NC_015408	CAG	2	6	9843	9848	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443764
119	NC_015408	TTC	2	6	9962	9967	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443764
120	NC_015408	GAT	2	6	10097	10102	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330443764
121	NC_015408	ATG	2	6	10182	10187	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330443764
122	NC_015408	GAA	2	6	10411	10416	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443765
123	NC_015408	CTT	2	6	10454	10459	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443765
124	NC_015408	AAT	2	6	10477	10482	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	330443765
125	NC_015408	AGA	2	6	10491	10496	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443765
126	NC_015408	GAA	2	6	10516	10521	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443765
127	NC_015408	CTC	2	6	10533	10538	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443765
128	NC_015408	AGA	2	6	10716	10721	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443765
129	NC_015408	ACG	2	6	10731	10736	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443765
130	NC_015408	TTC	2	6	10753	10758	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443765
131	NC_015408	CAT	2	6	10784	10789	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443765
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496	NC_015408	CTT	2	6	39768	39773	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443792
497	NC_015408	CTG	2	6	39843	39848	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443792
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